開催趣旨 近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 本リモート講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電子顕微鏡の原理と実験手続き、単粒子解析の原理、画像処理、三次元再構成、 原子モデリングについての講義と講習を行います。遠隔による講義のため、本格的な実習はできませんが、動画や実データの配布を行うことで、できるだけ体感的な講習を行います。 主催 医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE)「タンパク質構造解析のハイスループッ ...

OneDepシステム上で提供されるNMRエントリーのwwPDBの検証レポートに、NMR制限情報の検証結果が追加され、登録者が登録データに含まれる潜在的な不一致を特定することが容易になりました。 wwPDBのNMRデータ検証に関する専門委員会（Validation Task Force , VTF）は、制限情報の検証の進め方に関する提言を公表しています(10.1016/j.str.2013.07.021)。それ以来、wwPDBはNMRの専門家と協力して、制限情報の検証を可能にするために、NEF（NMR ...

PDBj（日本蛋白質構造データバンク Protein Data Bank Japan）は、 - 国際蛋白質構造データバンク(wwPDB)の一員で、各構成組織（米国RCSB、BMRB、および欧州PDBe）と協力して国際的に統一された生体高分子の立体構造データベース「PDB」を運営しています。 - 日本国内では「JST-NBDC」と「大阪大学蛋白質研究所に措置された共同利用・共同研究拠点経費（文部科学省）」の支援を受けています。 - 後述の「PDBアーカイブ」の提供を行っている他、PDBj独自に実験 ...

- 統括責任者 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所・教授） - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所・教授） - PDB/EMDBデータベース構築グループ 中川 敦史（大阪大学蛋白質研究所・教授） 于 健（大阪大学蛋白質研究所・特任准教授） 張 羽澄（陳 旻瑜）（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 池川 恭代（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 金 宙妍（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 丹羽 智美（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 多久和 綾子（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） - 中川 敦史（大阪大 ...

PDBjでは2000年7月に大阪でのデータ処理を開始し，地域分担して処理したPDBエントリー数が累計で40,000件に到達しました（wwPDBサイトの統計ページ）。 wwPDB全体で約17万件のエントリー数ですので，全体の約24％をPDBjでデータ登録処理した計算になります。 2000年から継続して援助していただいているJSTに深く感謝いたします。 PDBj 20周年の記事については、ニュースレター(Vol.21 No.2)もご覧ください。

[PDB format] １行が80列の固定長となっている、テキスト形式の書式です。 最も古くから用いられています。 詳細は以下のサイトに記されています（英語）。 - http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html 各レコードの簡易版説明 （日本語） [mmCIF] 結晶構造のデータ書式として用いられるCIFを高分子用に拡張したもので、PDBMLはこのデータに基づいてつくられています。 mmCIFの辞書は、以下のサイトから ...

トーゴーの日シンポジウム2020 開催日： 2020（令和2）年10月5日（月） 開催場所： オンライン開催 ポスター - 【49】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 - 【50】PDB/BMRBのデータ登録システム改善及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方法の改訂 第58回日本生物物理学会年会 オンライン展示会 開催日： 2020（令和2）年9月16日（水）～ 18日 (金） 開催場所： メッセ群馬 オンライン開催 演者・演題： - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋 ...

11月22日（日）、サイエンスアゴラ2020にてオンラインライブイベントを開催します。 視聴には概要ページ左下「このセッションに参加する（事前登録）」から事前参加登録が必要です（参加料無料）。ご参加お待ちしています。 日時 2020年11月22日（日）12:30-13:20 タイトル ようこそ、タンパク質ワンダーランドへ！ 出展者 大阪大学蛋白質研究所・ＰＤＢｊ 登壇者 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所 教授、PDBj代表） 企画概要 タンパク質と言えば栄養素の一種としてお肉や卵などを思い浮かべる人が多 ...

Q) PDBエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかはどこに記載されていますか？ A) PDBx/mmCIFまたはPDBMLで、pdbx_database_status.pdb_format_compatibleを見ると、そのエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかが判別できます。 直接ファイル内を参照する以外に、CIF queryサービスや、SQL searchサービスを使って、この項目を参照することができます。 この要素の値として「Y」が設定されていればPDB形式変換可（従来同様PDB ...

[よくあるお問い合わせ] 1. データの公開・ダウンロードに関して - 1-1) 新しいPDBデータの公開・更新はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょうか？ 更新タイミングは異なるのでしょうか？ - 1-2) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入手することはできますか？ - 1-3) FTP又はrsyncを使用してPDBデータをダウンロードするためのURL等を教えて下さい - 1-4) FTPで、指定したフォーマット（PDB、mmCIF、 ...

PDB bundle ファイルは、複数の著者、引用文献の詳細、座標データ等、PDB形式変換不可エントリーに対して”可能な範囲で表現された (best-effort, minimal)”制限付きPDBフォーマットファイル(群)と PDB形式変換不可エントリーの鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載したマッピングファイルを１つにまとめて圧縮したものです。各ファイルの内容につきましては、以下のFTP siteから、PDB bundle (PDBID-pdb-bundle.tar.gz) ファイル ...

「PDB形式変換不可エントリー」は、以下のいずれかの理由により、PDBフォーマットでは表現できず、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ表現可能なエントリーです。 - 非常に大きい（原子数が99,999より多い） - 非常に複雑（鎖数が62より多い） - ２文字以上の鎖名が使用されている - 複雑なシート構造（例えば、大きなベータバレル構造） - 温度因子が大きい（値が1000以上） - 5桁の化合物IDが使用されている 2014年12月10日、これまで提供してきた分割エントリー（splitエン ...

PDB形式変換不可エントリー PDB形式変換不可エントリーは、いくつかの理由によりPDBフォーマットの制限を超えるため、通常のPDBフォーマットでは表現できないエントリーです。 PDBフォーマットの制限を超えるため、PDBx/mmCIF、 PDBML/XMLファイルとしてのみ保管されています。 URL: https://pdbj.org/PDBSearchOnly?query=tag:large_structures グループ登録エントリー グループ登録エントリーは、 ...

PDBjの各種サービスを引用される際は、以下に記載された文献をご利用ください。 PDBjウェブサイト上のコンテンツのご利用については、利用規約ページもご覧ください。 また、個別のPDBエントリーの引用方法についてもご覧ください。 - PDBjの引用文献 - PDBjサービスの引用文献 - PDBアーカイブの引用文献 - PDBエントリーの引用について PDBjの引用文献 PDBj自体を引用される場合は、文献リストの (29) (30) (36) をご利用ください。 PDBjサービスの引 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 主要項目テーブル「brief_summary」を使う 検索高速化のため、日付、文献情報、各分子の情報など主要な項目だけを抽出したbrief_summaryという名前のテーブルを用意しています。 テーブルの構造について詳しくはbrief_summaryテーブルの構造をご覧ください。 以下にbrief_summaryを使った事例を挙げます。 - PDBID一覧、件数 - エントリーの概要、キーワード - 登録者・文献情報 - ...

公開WEBシンポジウム「COVID-19パンデミックを契機として考える日本の結晶学の現状と今後」にてPDBjからも講演します。ご参加お待ちしています。 日時 2020年11月29日（日）10:00～15:30 場所 WebEXによるオンライン 対象 どなたでもご参加いただけます 参加料金 無料 参加方法 登録ページから事前登録をお願いします。 PDBjからの講演 時間 10:25～10:50 講演タイトル 新型コロナウイルス感染症と立体構造データベース－蛋白質科学の視点から 講演者 栗栖 源嗣（ ...

PDBは1971年10月20日に、 Crystallography: Protein Data Bank Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0 において発表されました。 今日、PDBアーカイブには、約17万件の蛋白質や核酸、複合体の構造が登録されており、学生や研究者がタンパク質合成から健康や疾病まで、生体臨床医学と農業のあらゆる側面を理解する手助けとなっています。 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB, ...

- 大阪大学蛋白質研究所 蛋白質構造データバンク構築研究室 - 大阪大学蛋白質研究所 - 大阪大学 - Japan alliance for Bioscience Information (JBI) - ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) - 日本DNAデータバンク(DDBJ) - バイオサイエンスデータベースセンター (JST-NBDC) - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) - European ...

PDBjが以前EDMapサービスで提供していたX線構造の電子密度は、独自にCCP4を使って座標から計算した係数を使って提供していました。 2020年9月23日からは，wwPDBの検証レポートの計算でつかうBuster (Global Phasing社） による係数で統一して提供しています。 詳しくは、過去のwwPDBニュースもご覧ください。 更新された電子密度マップ係数ファイルは検証レポートと同様、以下のPDBj FTPサイト( ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/ ...

2020年10月5日（月）、オンラインで開催されるトーゴーの日シンポジウム2020にてPDBjからもポスター発表を行います。 - 【49】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 - 【50】PDB/BMRBのデータ登録システム改善及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方法の改訂

分子ビューアについて PDBjウェブサイトでは、下記の分子ビューアを使い、マウスなどで対話的に分子を操作し閲覧できる分子閲覧ページを用意しています。 各分子ビューアの特徴を以下に記します。 分子ビューア名 コードタイプ 開発元 備考 jV Java PDBj Java Appletが動作する環境はPC用OSに限られる。 Java Appletの制約は厳しくなる傾向にある。 Molmil WebGL PDBj 動作が軽快で、PC用OSだけではなくモバイル環境（AndroidやiOS） ...

[はじめに] 電子密度マップ(EDM)ビューアでは、分子モデルとともに電子密度マップを表示することができます。 EDMapビューアは、 [データベース情報] パネルのリンクによって、 [Mine PDB Entry Explorer] に統合されています。このリンクをクリックすると、WebGLベースのビューアーであるMolmilのページが表示されます。ここで[電子密度マップを作成]ボタンをクリックすると、選択した領域の電子密度マップが生成されます。 デフォルトでは、マップの中心が選択され、直径25Åの領 ...

現在PDBアーカイブで公開されている、X線やNMR、電子顕微鏡法によって解析された全てのエントリーについて、検証レポートを更新しました。 レポート中の統計グラフは2019年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなり、また検証レポートの作成過程で計算された電子密度マップ係数ファイルを追加しました。 更新後のレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。 - ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB) - ftp ...

このプロジェクトに寄付をする Protein Data Bank 蛋白質構造データバンク（ PDB：Protein Data Bank）は実験的に決定した生体高分子の３次元構造を保存するデータベースで，1971年に米国で7つのエントリーからスタートしました。90年代後半になり，登録件数が全世界的に増加したことに伴って，日本には日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）が，欧州にはProtein Data Bank in Europe（PDBe）が設置さ ...

PDB-Devウェブサイトを更新しました 新しく改善されたPDB-Devウェブサイトをご利用頂けるようになりました。 PDB-Devは、wwPDBが統合構造のアーカイブ要件を理解するために役立つプロトタイプシステムであり、 wwPDB 統合/ハイブリッド法専門委員会（wwPDB Integrative/Hybrid Methods (I/HM) Task Force）の提言に基づいて構築されました。 PDB-Devには現在、37件の生体高分子複合体の統合構造があります。 更新されたPDB-Dev ...