wwPDBは2021年を通してPDBアーカイブの50周年の記念行事を行います (wwpdb.org/pdb50). まず最初に2021年5月4日、5日（米国東部時間, EST)には、発足シンポジウムがオンラインで開催される予定です。 オンラインのセッションは、米国東部時間 5月4日、5日の午前11時～午後4時30分（日本時間 5月5日、6日の午前0時～5時30分）に開催されます。 イベントの様子を録画し、会議終了後に、登録済みの参加者へ公開する予定です。 学生や若手研究者はポスター賞の対象 ...

- 生体高分子の構造データ検索と解析ならPDBj - イメージング時代の構造生命科学 第4章 栗栖源嗣 実験医学増刊 38 5 889-896 2020 羊土社 978-4-7581-0385-5 - 生体高分子の構造データ検索と解析ならPDBj - イメージング時代の構造生命科学 第4章 - 栗栖源嗣 - 実験医学増刊 - 38 - 5 - 889-896 - 2020 - 羊土社 - 978-4-7581-0385-5 - Protein Data Bankで利用するPDBx/mmCIF形式について ...

今週の更新で、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）関連構造が1000件を超え、1018件の関連エントリーをPDBからご利用頂けるようになりました。 最初のSARS-CoV-2由来蛋白質の構造はメインプロテアーゼ(PDB 6lu7, wwPDB DOI landing page)の高分解能結晶構造で、流行初期の2020年2月5日に公開されました。 それ以来構造生物学者は、SARS-CoV-2のスパイク蛋白質、そのヒトACE2受容体および中和抗体との複合体など、SARS-CoV-2蛋白質の ...

概要 CIFクエリサービスは、XPath検索でPDBMLファイルからその一部を取り出すのと似た方法で、mmCIFファイルの一部分を取り出すことができます。XPath検索のように条件付きで検索することはできませんが、もし希望があるなら実装を検討します。また、mmCIFクエリサービスではXPath検索とは異なり、atom_siteカテゴリや巨大構造エントリーも検索することができます。 例 PDB ID「1GOF」のmmCIF内容を得る 1gof PDB ID「1GOF」の化合物情報のmmCIF ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各Chemical Component IDの分子名、分子式、化学式量、InChIKeyを得る PDBエントリーに現れるすべての化合物にはPDBで規定した独自のIDChemical Component IDが割り振られています。 PDBj Mineのデータベースに問い合わせることでChem Comp IDと化合物に関する他の情報との関係を得ることができます。 検索はこちら SELECT c.id, c.name, c. ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 化合物（chem_comp）について PDBエントリーに現れる化合物単位は、 PDBで独自に設定した3文字以内のIDが割り振られています。 化合物単位とは、ペプチド、核酸、多糖の高分子を構成するアミノ酸、核酸、単糖などと その他リガンド、補欠分子族、溶媒などとして現れるすべての化合物です。 以下にそれらを検索する事例を挙げます。 - ヘム（HEM）を含むエントリーのPDBIDと分子名を得る - 非ポリマー分子を含むが、 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 追加の情報を使う（PDBMLadd、SIFTS、BIRD辞書、CSD） PDBj Mineの検索ではPDBのデータに含まれる内容以外に、PDBjで独自に作成した「PDBMLadd」を含む以下の情報も利用することができます。 - PDBjで独自に作成した「PDBMLadd」 引用論文に記載されているが共通のPDBデータには記載されていない情報 関連する遺伝子オントロジー（Gene Ontology、GO）の情報 PDBeで提供している ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 構成要素情報 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。 高分子鎖の種別名と番号の対応は以下の通りです。 なお現在のPDBにおいて多糖は高分子種から除外されています。 1. D体アミノ酸でできたポリペプチド（polypeptide(D)） 2. L体アミノ酸でできたポリペプチド（polypeptide(L)） 3. デオキシリボ核酸で ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - エントリー情報 以下にエントリー情報（PDBID、登録日、公開日など）に関する検索例を挙げます。 - 全てのPDB IDを得る - PDB IDの全件数を得る - 「1g」で始まるPDBID全てを得る - PDBIDを構成する文字が4文字とも数字であるエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る - 同じ鎖の含まれている数（分子数）が多いものから5つについて、PDBIDとentity IDを得る - ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各PDBエントリーのタイトル（pdbx_descriptor）、キーワード（pdbx_keywords）、単位格子の3辺の長さと角度、高分子鎖の数、高分子鎖の合計化学式量を得る 検索はこちら SELECT cell.pdbid, struct.pdbx_descriptor, struct_keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各PDBエントリーのPDBIDと高分子鎖の合計化学式量を得る（合計化学式量の多い順） 検索はこちら SELECT pdbid, SUM(pdbx_number_of_molecules*formula_weight) AS weight FROM entity WHERE type = 'polymer' GROUP BY pdbid ORDER BY weight DESC タグ - エントリー情報 - 構成要素情報 - ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDと化学式量を表示（表示順は化学式量が大きい順） 検索はこちら SELECT e1.pdbid, SUM(e2.formula_weight) AS total_formula_weight FROM pdbx_database_status e1 JOIN entity e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE e1.pdb_ ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 化学式量が1000 Da以下の抗体を含むPDBエントリーのPDBID、分子名を得る 検索はこちら SELECT mf.pdbid, rm.name FROM pdbj.pdbx_molecule_features mf JOIN prd.pdbx_reference_molecule rm ON rm.prd_id = mf.prd_id WHERE rm.class = 'Antibiotic' AND rm.formula_ ...

wwPDB OneDepシステム X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録に対応しています。 - 登録の手引き チュートリアル wwPDB OneDepシステムの概要 wwPDB OneDepシステム - よくあるご質問（FAQ）- OneDepを使ったPDB登録への5つのステップ (PDF) PDBj YouTubeチャンネルの登録講習会動画 - チュートリアル - wwPDB OneDepシステムの概要 - wwPDB OneDepシステム - よくあるご質問（FAQ）- - ...

2021年を通して、wwPDBはPDBアーカイブの50周年を記念しています。 2021年5月4日、5日（米国東部時間, EST)には、 米国生化学分子生物学会（American Society for Biochemistry and Molecular Biology）が主催し、 wwPDB財団が企画するイベントにおいて、発足シンポジウムが開催される予定です。 生物学界初のオープンアクセス・デジタルデータリソースとしてのPDBの設立50周年を記念して、構造生物学とバイオインフォマティクスの分野 ...

wwPDBアーカイブ（PDB, EMDB）を更新し、PDBアーカイブ内の全てのEMモデル座標エントリーと全てのEMDBマップエントリーについて、検証レポートを追加・更新しました。検証レポートは、構造の品質について定量的および視覚的な評価を提供し、アーカイブ全体で比較できるようになります (https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports). wwPDBのEM検証レポートは、2019年に初めて、OneDepの登録者に向けて提供されました。 ( ...

PDBjの著作権表示、PDBj Mine（PDB検索結果）ページなどPDBjサイト内のページへのリンクなど、PDBjに関係する事項についてはご自由に以下のロゴをご利用ください。 PDBjアイコンのみ（カラー） - jpg（567px x 567px, 300dpi） - png（567px x 567px, 300dpi） - svg PDBjアイコンのみ（白黒） - jpg（567px x 567px, 300dpi） - png（567px x 567px, 300dpi） - svg ...

FAQページもご覧下さい。 お探しの情報が見つからない場合、下記フォームからお問い合わせ下さい。 PDBjのサービスをご利用中のご質問やトラブルについては、サービス名もご記入ください。 OneDepへの登録に関するご質問については、OneDep内のコミュニケーションページからご連絡ください。 お名前: メールアドレス: 件名 (64文字以内): お問い合わせ内容:

2021年1月5日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20210105は、 ...

PDBアーカイブ 現在公開しているPDBの元データはPDBアーカイブから入手することができます。内容は毎週水曜日の９時（日本時間）に更新されます。 (次世代アーカイブについては、毎月第１水曜日の９時（日本時間）に更新されます。） - 使用できるプロトコルはhttps、ftp、rsyncです。 - PDBアーカイブは、従来からあり最新版だけを保持しているメインアーカイブ（files.pdbj.org）と各主要バージョンを収容しているversionedアーカイブ（files-versioned. ...

PDBは1971年10月20日に、 Crystallography: Protein Data Bank Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0において発表されました。 50年後の今日、PDBアーカイブには17万件を超える蛋白質や核酸、複合体の構造が登録されており、学生や研究者がタンパク質合成から健康や疾病まで、生体臨床医学と農業のあらゆる側面を理解する手助けとなっています。 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB, ...

PDBデータが医薬品開発を加速することは広く知られており，現在猛威をふるう新型コロナウイルス感染症（COVID-19）に対しても， 世界中で積極的な研究が進められています。 PDBは地域分担で運営されているので，アジア発の蛋白質構造は全て大阪大学にあるPDBjで編集された後に世界共通のPDBアーカイブへ登録されます。 COVID-19に関連する最初の構造は，中国・上海科技大学のRao Zihe氏とYang Haitao氏が率いる共同グループが解析したメインプロテアーゼの構造でした（PDB ID: ...

An archival-level carbohydrate remediation project that led to the re-release of over 14,000 PDB structures in July 2020. This update includes diverse oligosaccharides: glycosylation; metabolites such as maltose, sucrose, cellulose fragments; ...

開催趣旨 科学研究で得られたデータを、公開データベースに登録することは、科学の健全な発展に大変重要です。 構造生物学のデータの登録・配布については、PDBをはじめとする様々なデータベースが整備されています。 しかし、近年、登録に必要なデータが複雑化してきたため、初心者にはわかりにくくなってきていることも確かです。 そこで、本講習会では、データ登録作業を円滑に行っていただくためのコツやノウハウを、登録経験が豊富な方やデータベースの開発・管理を 行っている方を講師に招き、説明していただきます。 主催 日本蛋 ...