PDBアーカイブの全てのエントリーについて、検証レポートが更新され、レポート内の統計グラフも、2017年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなっています。 また、CCP4/Refmac (7.0 v44)、Phenix (1.13)、Mogul (2018)など、更新されたソフトウェアやCSDアーカイブ(as539be)が使用されています。 電子密度に上手くフィットしないリガンドを識別するために、これまではLLDF統計が使用されてきましたが、 実空間R因子(RSR>0.4) と実空間相関係数( ...

"Preliminary"な検証レポートとは、 検証サーバで生成されるレポートや、 構造が最初に、登録・アノテーションシステムで登録されるときに、生成されるレポートのことを呼びます。 この初期のレポートには、行われるチェックに関して以下の制限があります。 - 構造の一次配列は座標ファイルから取得されます。 この配列が、登録者や外部データベースの高分子の一次配列に一致するかどうかのチェックは行われません。 - ある化合物IDのリガンドが、一般に公開されているwwPDBの化合物定義（wwPDB ...

学術雑誌 Databaseから、論文 Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology data が公開されました。 PDBに登録されたデータは全て、wwPDBのバイオキュレーター（アノテーション、キュレーション処理担当者）によって、厳格な審査を受けます。 処理担当者は、構造データが首尾一貫しているか検査を行い、規定の用語を使って標準化し、 他の生 ...

2018年2月20日（火）、大阪大学吹田キャンパスにて、大阪大学蛋白研セミナー / PDBj & BINDS 合同講習会を開催します。 PDBjに収納されている生体高分子の立体構造データには、生命科学の研究に広く役立つ有用な情報が含まれています。本講習会では、立体構造データの検索法、分子表示ソフトの使い方、ホモロジー・モデリングの方法などを、初心者にもわかりやすく説明します。また最近注目されているクライオ電子顕微鏡によるデータの解説や、創薬等先端支援技術プラットフォーム(BINDS)による研究支援申 ...

構造ビューアJSmolで単位講師の軸を表示し、 目盛りをつけることでものさし（スケール）相当のものを表示することができます。 万見での表示例を以下に示します。 1. 万見にアクセス 万見にアクセスします。 2. 構造ビューアをJSmolに変更 画面右のメニューパネルの一番下にある「オプション」をクリック。 構造ビューアの分子を「Molmil」から「Jmol/JSmol」に変更。 3. 構造を読み込み構造ビューアで開く 任意の構造を読み込む（例：PDB-1crn） ...

PDBjのJava分子ビューアjVの新たなバージョン4.5.4を公開しました。 変更内容はコード署名に用いている証明書の更新だけで、機能上の変更点はありません。 Javaアプレットを埋め込んだウェブサイトを運営されている場合は更新が必要な場合があります。詳細は以下をご覧ください。 利用種別 対処 備考 バイナリファイル（jar）版 更新の必要なし 既にローカルマシンにダウンロードされているjarファイルを実行するもの。 機能上の違いはなくローカルで実行する上で証明書の確認はないので更新の必 ...

eF-surf は PDBフォーマットファイルにある原子座標情報に基づいて 分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算する ウェブサービスです。 静電ポテンシャルはポアソン-ボルツマン方程式を解いて計算しています。 分子表面は Connolly によって作られた msroll プログラムを使って計算しています。 eF-surf トップページ eF-surf ヘルプページ

eF-seek は似たリガンド結合部位を検索する ウェブサービスです。 PDBフォーマットファイルの原子座標情報に基づいて計算してます。 eF-site に登録されている代表的な結合部位は、 クリーク検索アルゴリズムに基づいて検索しています。 eF-seek トップページ eF-seek ヘルプページ

2018年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20180101は、 ...

これまでPDBjのPDBアーカイブダウンロードサービスは ftp（File Transfer Protocol）とrsyncでのみ提供してきましたが、 新たにhttp（Hyper Text Transfer Protocol）でのサービスも開始しました。 ftpやrsyncが利用できない方も、httpですべてのPDBアーカイブデータをダウンロードしていただくことができるようになりました。 - http://ftp.pdbj.org/（現行のPDBアーカイブ） - http://ftp- ...

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.3273/full New tools and functions in Data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj) Kinjo, A.R., Bekker, G.-J., Wako, H., Endo, S., Tsuchiya, Y., Sato, H., Nishi, H., Kinoshita, K., Suzuki, H., ...

新しいバージョンのRDBには、化合物（cc)、化合物モデル(ccmodel)、BIRD(prd)の新しいスキーマが加わりました。 また、PDBj Mine2のスキーマも、pdbx-v50-v5.287へ更新しました。 cc、ccmodel、prdについては、ダンプファイルをダウンロードしてご利用ください。次週からは、差分ファイルをご利用頂けます。 RDBヘルプページもご覧ください。

wwPDBが作成した構造検証レポートに焦点を当てた論文(Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure doi: 10.1016/j.str.2017.10.009)が発表されました。 その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検証レポートが登録者に提供できるようになり(PDBjニュース）、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述されています(PDBjニュース)。 2016年の始めには ...

ConBio2017 2017年度生命科学系学会合同年次大会 （2017年12月6日（水）～9日（土） 神戸ポートピアアイランド） ブース展示：「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」 ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースをポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベー ...

PDBj FTP Archiveから、化合物エントリー (mmCIF / PDBML フォーマット)のファイルがダウンロードできるようになりました。 化合物エントリーの詳細については、化合物検索サービスや、 chem_comp/RDFサービスもご利用下さい。

サイエンスアゴラ2017 －in 東京－ サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。 日時： - 2017年11月24日（金）13:30〜18:00 - 2017年11月25日（土）〜26日（日）10:00〜16:00 場所： テレコムセンタービル（東京お台場） 5F Dエリア（分野の壁を越えて新たな知を創造する） 65 生命をささえるタンパク質の「かたち」 「見る」「さわる」「つくる」といったさまざまな ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 平成29年度 日本結晶学会年会および会員総会 にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年11月24日（金）12:00-13:00 会場（部屋名) JMSアステールプラザ (広島市) 4F A会場 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "PDBjとwwPDBの活動方針について (Recent activities of PDBj and wwPDB)" - 中川 敦史（大阪大学蛋白質 ...

Q)フォーマット変換: ファイルフォーマットをPDBフォーマット - PDBx/mmCIF の間で変換するサービスはありますか A)フォーマット変換のウェブサービスを使ってPDBフォーマットファイルをPDBx/mmCIFフォーマットに変換することができます。 また逆方向（PDBx/mmCIFからPDBフォーマット）への変換も可能です。 [質問一覧に戻る]

Q)Spanner: SpannerもAlphaFoldなど同じように配列から構造を予測しますが、どのように違うのですか？ A) SpannerとAlphaFoldとの違いは、「templateを必要とするかどうか」です。 Spannerはtemplateとする構造（モデリングしたい配列と似た配列を持つ構造）が既にPDBに登録されている必要があります。 一方AlphaFoldは深層学習に基づいた手法を用いたtemplateを必要としないツールです。 templateがあるならどちらのツールも使うことがで ...

FAQページもご覧下さい。 お探しの情報が見つからない場合、下記フォームからお問い合わせ下さい。 PDBjのサービスをご利用中のご質問やトラブルについては、サービス名もご記入ください。

Q) OneDep登録サービスのチュートリアルはありますか？ A)チュートリアルページをご覧ください。 また、その他登録に関する情報をデータ登録の案内ページに掲載しています。 [質問一覧に戻る]

バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について 新しいFTPアーカイブ ' ftp-versioned.wwpdb.org/' (PDBj: ' ftp-versioned.pdbj.org/')で、モデル構造ファイルが、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで、公開されました。 5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるバージョニン ...

トーゴーの日シンポジウム2017 （2017年10月4日（水）、5日（木） 東京大学弥生講堂一条ホール アネックス） 口頭発表 （講演プログラム） 1. 10月5日（木）10:00-10:15「蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化」 発表者： 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） ポスター発表 （日程・一覧） 1. No. 24 「ASH Viewerの開発」 発表者： 藤 博幸 （関西学院大学理工学部） 2. No. 25 「 蛋白質構造データバンク(PDBj）の検証高度化と統合 ...

国際蛋白質構造データバンク財団（wwPDB Foundation）では個人・企業からの寄付を受け付ける基金を立ち上げました。集めた資金は、講習会、シンポジウム、諮問委員会など将来に渡ってPDBアーカイブを維持する上で重要となるwwPDBのアウトリーチ活動に活用します。 支援企業には財団のウェブサイト上で謝意を表明するとともに、求人情報の掲載や財団ロゴの商品への使用を許可します。 個人の支援者（$100以上を寄付した専門家、または$25以上寄付した学生）には、オンラインで謝意をお伝えするととも ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 第６回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2017) にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年9月27日（水）12:25 - 13:25 会場（部屋名) 北海道大学情報科学研究科棟２F A会場 席数 80席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "PDBjとwwPDBの活動方針について" - 城田 松之（東北大学大学院医学系研究科）、木下賢吾（東北大学大学院情報科学研究科） "PDBjを利用したデ ...