| 非ポリマー分子を含むが、pdbx_nonpoly_schemeCategoryを持たないエントリーのPDBID、entity_id、および分子の説明（pdbx_description）を得る（出力はPDBID値の小さい順） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 非ポリマー分子を含むが、pdbx_nonpoly_schemeCategoryを持たないエントリーのPDBID、entity_id、および分子の説明（pdbx_description）を得る（出力はPDBID値の小さい順） 検索はこちら SELECT DISTINCT e1.pdbid, e1.id AS entity_id, e1.pdbx_description FROM entity AS e1 LEFT JOIN pdbx_ ... |
| PDBID 1a14 のentity_id（鎖、分子ごとの識別ID）、label_asym_id（PDBで系統的に定義したChainID）とauth_asym_id（構造登録者が定義したChainID）との対応情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBID 1a14 のentity_id（鎖、分子ごとの識別ID）、label_asym_id（PDBで系統的に定義したChainID）とauth_asym_id（構造登録者が定義したChainID）との対応情報を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e1.entity_id, e2.asym_id AS label_asym_id, e2.pdb_strand_id AS auth_asym_id FROM ... |
| PDBエントリーとUniProt IDとの対応情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリーとUniProt IDとの対応情報を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT pdbid, entity_id, db_code, pdbx_db_accession FROM struct_ref WHERE db_name='UNP' AND entity_id IS NOT NULL タグ - エントリー情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - 複数条件 ... |
| PDBｊウェブサイトをご利用いただくために PDBjウェブサイトでは、最先端の機能を実装しています。 PDBjウェブインターフェースの機能を十分にご利用頂くために、下記の、一般的に使用されているブラウザの最新版をお使い頂き、 Javascriptを有効にしてください。 最新版のブラウザは、高度な機能をもち、パフォーマンスやセキュリティが向上しています。 - Google Chrome - Mozilla Firefox - Microsoft Edge - Apple Safari - Opera 完全なWebGLへの対応は、こちらに記載さ ... |
| PDBエントリー1a14に含まれる残基の数を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー1a14に含まれる残基の数を得る 検索はこちら WITH slen(pdbid, entity_id, len) AS (select pdbid, entity_id, count(*) FROM entity_poly_seq WHERE pdbid='1a14' GROUP BY pdbid, entity_id) SELECT entity.pdbid, SUM(entity.pdbx_number_of_ ... |
| キーワード（struct_keywords.pdbx_keywords）とそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（件数の多い順、大文字小文字の区別なし） - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - キーワード（struct_keywords.pdbx_keywords）とそのキーワードが定義されているPDBエントリーの件数を得る（件数の多い順、大文字小文字の区別なし） 検索はこちら SELECT LOWER(pdbx_keywords), COUNT(entry_id) AS noe FROM struct_keywords GROUP BY LOWER(pdbx_keywords) ORDER BY COUNT(entry_ ... |
| 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT DISTINCT e1.pdbid FROM citation_author e1 JOIN audit_author e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE (e1.name='Roberts, R.J.' AND e1.citation_id='primary') OR e2. ... |
| 人工合成の高分子とそうでない高分子の両方が含まれるエントリーのPDBID一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 人工合成の高分子とそうでない高分子の両方が含まれるエントリーのPDBID一覧を得る 検索はこちら WITH pdbent AS (SELECT e1.pdbid, COUNT(e2.entity_id) syncount, COUNT(e3.entity_id) natcount, COUNT(e4.entity_id) gencount FROM entity e1 LEFT JOIN pdbx_entity_src_syn e2 ... |
| PDBエントリー 1gof の citation_author カテゴリの内容を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1gof の citation_author カテゴリの内容を得る 検索はこちら SELECT * FROM citation_author WHERE pdbid='1gof' タグ - 著者・登録者、文献の情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - citation_authorカテゴリ |
| 同じ鎖の含まれている数（分子数）が多いものから5つについて、PDBIDとentity IDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 同じ鎖の含まれている数（分子数）が多いものから5つについて、PDBIDとentity IDを得る 検索はこちら SELECT pdbid,id,pdbx_number_of_molecules FROM entity WHERE type='polymer' ORDER BY pdbx_number_of_molecules DESC LIMIT 5 タグ - エントリー情報 - 構成要素情報 - 情報を取り出す（ ... |
| EC番号が1.1.1.1であるエントリーのPDBID, entity ID, ChainID（label_asym_id）と分子名を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - EC番号が1.1.1.1であるエントリーのPDBID, entity ID, ChainID（label_asym_id）と分子名を得る 検索はこちら SELECT entity.pdbid, entity.id, struct_asym.id AS label_asym_id, entity.pdbx_description FROM entity LEFT JOIN struct_asym ON entity.pdbid= ... |
| ヘム（HEM）を含むエントリーのPDBIDと分子名を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - ヘム（HEM）を含むエントリーのPDBIDと分子名を得る 検索はこちら SELECT pdbid FROM chem_comp WHERE id='HEM' タグ - エントリー情報 - 化合物情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - chem_compカテゴリ |
| PDBエントリー 1iqq のP値（密度値、exptl_crystal/density_percent_sol の値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1iqq のP値（密度値、exptl_crystal/density_percent_sol の値）を得る 検索はこちら SELECT density_percent_sol FROM exptl_crystal WHERE pdbid='1iqq' タグ - 実験情報 - 情報を取り出す（SELECT） - 対象を限定する（WHERE） - exptl_crystalカテゴリ |
| PDBエントリー 1iqq の文献のDOI（citation/pdbx_database_id_DOI の値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1iqq の文献のDOI（citation/pdbx_database_id_DOI の値）を得る 検索はこちら SELECT "pdbx_database_id_DOI" FROM citation WHERE pdbid='1iqq' 注意：項目名（カラム名）に大文字を含む場合、項目名は引用符で囲んでください。そうしないと小文字に変換され、正しい結果が得られません。 タグ - 著者・登録者、文献の ... |
| PDBエントリー 1iqq の文献のPubMed ID（citation/pdbx_database_id_PubMed の値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1iqq の文献のPubMed ID（citation/pdbx_database_id_PubMed の値）を得る 検索はこちら SELECT "pdbx_database_id_PubMed" FROM citation WHERE pdbid='1iqq' 注意：項目名（カラム名）に大文字を含む場合、項目名は引用符で囲んでください。そうしないと小文字に変換され、正しい結果が得られません。 タグ ... |
| PDBエントリー 1ao8 と 1ai9 それぞれの文献に対する PubMed ID（citation/pdbx_database_id_PubMed の値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1ao8 と 1ai9 それぞれの文献に対する PubMed ID（citation/pdbx_database_id_PubMed の値）を得る 検索はこちら SELECT pdbid, "pdbx_database_id_PubMed" FROM citation WHERE (pdbid='1ai9' OR pdbid='1ao8') AND "pdbx_database_id_DOI" IS NOT NULL ... |
| PDBIDが「1i」で始まる各エントリーの文献に対するDOI（citation/pdbx_database_id_DOI の値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBIDが「1i」で始まる各エントリーの文献に対するDOI（citation/pdbx_database_id_DOI の値）を得る 検索はこちら SELECT pdbid, "pdbx_database_id_DOI" FROM citation WHERE pdbid LIKE '1i%' AND "pdbx_database_id_DOI" IS NOT NULL 注意：項目名（カラム名）に大文字を含む場合、項目名は引用 ... |
| PDBID 1iqq と 1ioo の実験手法（exptl/method）、単位格子の3辺の長さと角度、P値（密度値、exptl_crystal/density_percent_sol の値）を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBID 1iqq と 1ioo の実験手法（exptl/method）、単位格子の3辺の長さと角度、P値（密度値、exptl_crystal/density_percent_sol の値）を得る 検索はこちら SELECT exptl.pdbid, exptl.method, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, exptl_crystal.density_percent_sol ... |
| 分解能が2.0Åより高いエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 分解能が2.0Åより高いエントリーのPDBIDを得る 検索は |
| PDBエントリー 1nov の生物学的単位に関する情報を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー 1nov の生物学的単位に関する情報を得る 検索はこちら SELECT pdbx_struct_assembly.pdbid, pdbx_struct_assembly.details, pdbx_struct_assembly.oligomeric_count, pdbx_struct_assembly.oligomeric_details, pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id ... |
| 生物学的単位 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 生物学的単位情報 PDBに登録されている原子座標データの単位は「非対称単位」で 必ずしも生物学的に機能する時のまとまりである「生物学的単位」と一致するとは限りません。 非対称単位と生物学的単位については以下のページも参照してください。 - 非対称単位と生物学的単位について - PDBの生物学的構造単位について 以下に生物学的単位に関する例を挙げます。 - 全エントリーの生物学的単位に関する情報を得る（生物学的単位に関する情 ... |
| [wwPDB] CASP13のため蛋白質の立体構造を求めています。 蛋白質立体構造予測の国際コンテスト (CASP)は、蛋白質の立体構造モデリングの最先端技術を進歩させることを目的とした、研究者コミュニティの実験です。 1994年以来隔年で、CASPは、間もなく公開される実験構造に関する情報を集め、配列データを構造モデリングのコミュニティへ伝え、 評価のための構造のブラインド予測を収集しています。 世界中から、およそ100個のモデリング団体が参加してきました。 CASP実験の結果は、学術誌Proteinsの特別号に掲載されています （例えばCASP12）。 CASP ... |
| 詳細検索 - 検索サービス - PDBj Mine - 詳細検索 URL: https://pdbj.org/advancedSearch 詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。 右上のパネルには、指定できる条件の一覧が表示されています。 デフォルトでは、太字の条件項目が表示されていますが、必要に応じて、追加又は削除することができます。 - PDB ID - キーワード - エントリーのタイトル - 公開日、登録日 - 文献著者 - 文献情報 - 含まれるポリマ ... |
| PDBj Mine - 検索サービス - PDBj Mine PDBj Mine はPDBjで開発した、PDBエントリーの検索サービスです。以下のような特徴があります。 1. PDBj Mine は関係データベース（PortgreSQL）を使っています。 2. 簡易検索（キーワード検索）、詳細検索、SQL検索などの検索方法を提供しています。後に挙げた検索方法の方がより詳細な検索に向いています。 3. 各種検索語には日本語が使え、自動的に英語に変換して検索が行われます。 4. 結果はウェブページで得られる他、各種フォーマ ... |
| 高分子鎖の中にD体アミノ酸でできたポリペプチド（polypeptide(D)）だけを含むエントリーのPDBIDを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 高分子鎖の中にD体アミノ酸でできたポリペプチド（polypeptide(D)）だけを含むエントリーのPDBIDを得る 検索は |
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件を2024-04-24に公開中
