OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー（連絡先）情報で、 これまで任意となっていた研究者ID番号（ORCiD）が、必須となりました。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。 [ wwPDB ニュース ]

朱鷺メッセ（新潟県新潟市）で開催される第18回日本蛋白質科学会年会にて、化学情報協会（JAICI）と合同でランチョンセミナーを開催します。 日時： 2018年6月28日（木） 11:45 - 12:35 場所： C会場（中会議室 302B） 講演内容・演者： 演題 演者 所属 PDBとBMRB: データベースの高度化と機械学習への応用（PDB and BMRB: Innovation of database and application to machine learning） 小林 直宏（ ...

7/10（火）に物質・材料研究機構にて開催される統合データベース講習会：AJACS筑波4でPDBjからも講演を行います。 日時 2018年7月10日（火）9:30-17:30（開場および受付開始は、開始時間の30分前） 場所 物質・材料研究機構 千現地区研究本館1階第2会議室（茨城県つくば市千現1-2-1）アクセス Google Map 参加費 無料 持ち物 パソコン ※会場に電源、無線LANの環境あり PDBjからの講演 16:00-17:30「タンパク質立体構造データベース（PDBj）」 鈴木 博文 ...

ProMode-Elastic（プロモード エラスティック）は、プログラムPDBETA（PDBη、ピーディービーイータ）を使ってPDBデータの基準振動解析を行った結果を公開しているデータベースである。 PDBETAは、 二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによる基準振動解析計算プログラム（Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data） で、 二面角を独立変数に採用することで ...

wwPDBのOneDepシステムは、登録、検証、編集処理で使用されていますが、 OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー（連絡先）情報で、 現在は任意となっている研究者ID番号（ORCID）が、夏以降に必須となる予定です。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。 [ wwPDB ニュース ]

URL： http://pdbj.org/spanner/ Spanner（スパナー）は既知の立体構造との類似性に基づいて、構造が分かっていないアミノ酸配列の立体構造を予測するサービスです。 構造を予測したモデルを作るには、構造予測したい（構造が未知の）アミノ酸配列と、その配列と類似性比較を行う基準となる構造既知の鋳型構造（template structure）を指定します（詳細は「利用方法」をご覧下さい）。Spannerは適合する残基の置換、すきまへの残基挿入や削除を行い、熱力学的に最適な構 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ（Glycine max）である構造のPDBID＋ChainID（auth_asym_id）を得る 検索はこちら SELECT b.pdbid, e.pdbx_strand_id FROM entity_poly e LEFT JOIN brief_summary b ON e.pdbid=b. ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 著者・登録者、文献の情報 以下に著者・登録者、文献の情報に関する例を挙げます。 - 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリー 1gof の citation_author カテゴリの内容を得る - 文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る - 著者名（citation_author）に「Ito, N.」と「Phillips, S. ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 登録者・文献情報 登録者や文献に関する情報は以下の項目にあります。 WHERE節を併用し 条件に合ったエントリーの必要情報を取り出すことができます。 項目名 内容 deposit_author エントリーの登録者リスト citation_author 論文の著者リスト citation_title 論文タイトルのリスト citation_journal 論文雑誌名のリスト ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌名に「molecular cell」を含むエントリーのPDBID、雑誌名、文献タイトルを得る 検索はこちら SELECT pdbid, citation_journal, citation_title FROM brief_summary WHERE CAST(citation_journal AS text) ILIKE '%molecular cell%' - citation_journalのデータ型はテキストではないの ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - ケンブリッジ結晶構造データベース（CSD）の化合物IDが「YARXEW」である化合物を含むPDBエントリーのPDB ID、化合物ID一覧を得る 検索はこちら SELECT p.pdbid, p.id, p.name, r.db_code FROM pdbj.chem_comp p JOIN ccmodel.pdbx_chem_comp_model m ON m.comp_id = p.id JOIN ccmodel.pdbx_chem ...

新しいバージョン(V3.0)のOneDepでは、公開前に、PDBやEMDBエントリーのデータを差し替える際の手続きが改善されています。 V3.0では、新しいファイルが登録セッションにマージされる前に、全ての新しいデータのチェックと検証が行われます。 データが更新される度に、新しい検証レポートが作成されます。 登録者は検証レポートを慎重に確認し、ハイライト表示された問題は、全て調査する必要があります。 登録者は、アーカイブへデータを再提出する前に、検証レポートを承認する必要があります。 今回のバージョンアップ ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - データベース情報 以下の検索で、データベース内にあるテーブルの名称一覧を得ることができます。 検索はこちら SELECT relname FROM pg_class WHERE relkind='r' AND relacl='{pdbj=arwdDxt/pdbj,pdbjuser=r/pdbj}' 以下の検索で、指定したテーブルのカラム名（項目名）一覧を得ることができます SELECT ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 以下に、SQL文の基本的な書式について説明します。 なお、SQLコマンド類は分かりやすくするため大文字にしていますが、これは小文字で入力しても構いません。また、読み書きしやすいよう適宜改行を入れても構いません（但しLIMITは大文字でないと動作しないようです）。 PDBj Mineの検索ではPostgreSQLによる関係データベースを使っています。 PostgreSQLについて詳しくはPostgreSQL 9 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - InChIKeyの値が「ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N」である化合物を含んでいるPDBエントリーのPDBIDと該当化合物の化合物ID（chem_comp ID）を得る 検索はこちら SELECT p.pdbid, p.id FROM pdbj.chem_comp p JOIN cc.pdbx_chem_comp_descriptor cc ON cc.comp_id = p.id WHERE cc.type = ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - テキストの全文検索（照合） テキストの全文検索を行うには照合演算子 @@ を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.13. テキスト検索関数と演算子）。 この演算子による比較では複数形などの変化型も考慮に入れて検索が行われます。なお、全文検索の検索対象と問い合わせ内容は一定の書式に基づいて記す必要がありますが、to_tsvector/to_tsquery 関数などを使った方がその手続きの ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 2つの配列に共通要素があるか調べる（重複、&&） 配列同士を比較し、1つでも共通する要素があるかどうかを表現するには「重複」（&&）の演算子を使います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.18. 配列関数と演算子）。 例：カラム名2 の値（配列）に {値1,値2} のいずれか1つを含むデータについて、カラム名1 を表示する。 SELECT カラム名1 FROM テーブル名 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - ある値が配列にあるか調べる（包含、<@,>@） いくつかのカラムのデータ側は配列型になっています。その配列内にある値を含むかどうかを表現するには「包含」（>@ ＝ 右の要素が左の要素を含む、<@ ＝ 右の要素が左の要素を含むか同一）の演算子を使います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.18. 配列関数と演算子）。 例：カラム名2 の値（配列）が 値1 １つだけを含む集合を包含している ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字列結合（||） 文字列を結合するには「||」を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.4. 文字列関数と演算子）。 例： SELECT カラム名1 || ( || カラム名2 || ) AS 別名 FROM テーブル名 ↓ +------------+ | 別名 | +------------+ | hoge (foo) | +------------+ 結合する要素 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 別名指定（AS） カラム名が長い場合など別名を付けて結果を表示させることもできます。その場合はASを用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.3.2. 列ラベル）。 例： SELECT 長〜〜〜〜〜〜いカラム名 AS 短い別名 FROM テーブル名 なお、ASは省略可能です。 例： SELECT 長〜〜〜〜〜〜いカラム名 短い別名 FROM テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字数カウント（CHAR_LENGTH、CHARACTER_LENGTH） 文字数を数えるには CHAR_LENGTH または CHARACTER_LENGTH を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.6 SQL文字列関数と演算子、表9.7 その他の文字列関数）。 例： SELECT CHAR_LENGTH(カラム名) FROM テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字列置換（REPLACE）、コードでの文字指定（CHR） 文字列を置換するには REPLACE(対象文字列,検索文字列,置換文字列) を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.7 その他の文字列関数）。 なお改行コードなど制御系文字列を指定するには CHR(キャラクターコード) を用います。 LFの場合は10、CRの場合は13になります。 例：列「カラム名1」の値から改行（LF ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字列位置検出（STRPOS） 指定した文字列が結果文字列の何文字目から現れるかを得るには STRPOS(処理対象文字列,検索文字列) を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.7 その他の文字列関数）。 例：列「カラム名1」の値と、その中で「検索文字列」が何文字目から登場するかを得る SELECT カラム名1, STRPOS( カラム名1, 検索文字列) from テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 結果件数を制限する（LIMIT） 結果の件数を制限するには、LIMIT 数値 を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.6. LIMITとOFFSET）。 SELECT カラム名1 FROM テーブル名 LIMIT 数値

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - グループ化（GROUP BY）と集約関数 同じ値のものはまとめて表示するには GROUP BY カラム名 を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.2.3. GROUP BY句とHAVING句、9.20. 集約関数）。 SELECT カラム名1 , カラム名2 FROM テーブル名 GROUP BY カラム名1 GROUP BY節で指定したカラムについては同じ値ものがグループ化 ...