2018年に、米国保健福祉省（U.S. Department of Health and Human Services）の研究公正局（Office of Research Integrity, ORI）は、 H.M. Krishna Murthy事件の最終的な調査で、研究不正行為があったと発表しました。 Murthy氏は、10件の研究論文と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は捏造した研究を報告したことが判明しました 。 研究公正局がこの問題で証拠を集めて評価している間に、 ...

2019/1/28（月）、東京都千代田区で開催される「All-in-one 合同講習会 2018／統合データベース講習会：AJACS 番町２」にて、 PDBjからも講演を行います。詳細は以下の通りです。 日時 2019/1/28（月）10:15-16:00 場所 科学技術振興機構東京本部別館1階ホール（東京都千代田区五番町7 Kʼs五番町）アクセス・Google Map 参加費 無料 締め切り 2019/1/25（金）12:00 申し込み 申し込みフォームからお願いします。 演題・演 ...

※一覧の順序は、PDBファイル内のレコード出現順 レコード名称 レコードの説明 HEADER 登録された分子の分類、登録日、PDB ID等 OBSLTE 一旦公開されたPDBエントリーが削除される場合に使用される TITLE PDBエントリーの表題 SPLIT 一つの構造が複数のエントリーに分割されて登録される場合に使用される。構成要素となるエントリーのPDB IDを並列する CAVEAT キラリティエラー等、エントリー中の未解決の問題を警告するために使用される COMPND ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 全エントリーの生物学的単位に関する情報を得る（生物学的単位に関する情報がないエントリーを除く） 検索はこちら SELECT pdbx_struct_assembly.pdbid, pdbx_struct_assembly.details, pdbx_struct_assembly.oligomeric_count, pdbx_struct_assembly.oligomeric_details, pdbx_struct_ ...

※利用規約はこちらをご覧ください 当サイトでは、情報提供者の了解なく、個人情報を第三者に提供/開示いたしません。但し、法律に基づいて請求された場合には、開示することもあります。 個人情報の範囲 - お問い合わせページからのご入力情報 （お名前、メールアドレス等） - アクセス情報（アクセスされた方のドメイン名やIPアドレス、使用しているブラウザの種類、アクセス日時、検索語句などで構成されますが、個人を特定できる情報を含むものではありません） 個人情報の利用目的 - お問い合わせに ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 2016年に最初の登録が行われたキナーゼ（EC 2.7）のPDBID、entity_id、label_asym_id、分子名を得る 検索はこちら SELECT entity.pdbid, entity.id, struct_asym.id AS label_asym_id, entity.pdbx_description FROM entity LEFT JOIN struct_asym ON entity.pdbid=struct_ ...

2019年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20190101は、 ...

核磁気共鳴(NMR)分光法は、生体高分子の構造解析・運動解析の強力な実験手法です。 本講習会では、NMRによる構造決定の初心者を対象に、立体構造データベースPDB、NMRのデータベースBMRBの概説、 NMRの計測原理の講演のあと、実際に計算機を用いて、NMRデータの自動解析プログラム （自動信号帰属、自動構造計算）を実行していただきます。 主催： 創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム: BINDS 最適化拠点 日程： 2019年2月19日(火) 9:30 - 17:30 定員： 10名 程 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 「ペプチド鎖」と「水を除く低分子」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る 検索はこちら SELECT DISTINCT b.pdbid FROM brief_summary b LEFT JOIN entity e1 ON b.pdbid=e1.pdbid LEFT JOIN pdbx_nonpoly_scheme e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid AND e1.id=e2.entity_id WHERE ('{1,2 ...

学術雑誌 Nucleic Acids Research の2019年データベース特集号（Database issue）において、PDBアーカイブに関する論文 「Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data」が出版されました。 PDBアーカイブの運営においては、国際的なwwPDBのパートナーシップが重要であることを強調するため、論文の著書は、"wwPDB Consortium"となっています。 ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 日本結晶学会 2018年度年会および総会 にて、PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成30年11月11日（日）11:30-12:30 会場（部屋名) 東京工業大学 大岡山キャンパス A会場 西9号館 3階 W933教室 <演者・演題> - 鈴木 博文（早稲田大学 先進理工学部） "構造データベースから見えてくる電子顕微鏡による構造解析の動向" - Gert-Jan Bekker (大阪大学 蛋白質研究所) " ...

Q) 廃止または他のIDに置き換えられたエントリーのリストはありますか? A) PDBjのFTPサイトで配布しています。 詳しくはPDBj FTPサイトの詳細もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

2018年11月1日より、PDBjのウェブインターフェース（PDBj Mine等）では、Molmilのベータ版Molmil 2（現行Molmilの機能拡張版）が、デフォルトビューアになりました。 従来のMolmil 1インターフェースを継続してご利用になる場合は、カスタマイズ設定ページで、デフォルト選択ビューアから、「Molmil 1」を選択してください。 Molmil 2は、スタンドアロンのビューアとしてもご利用頂けます（https://pdbj.org/molmil2/）。 Molmil 2の開発 ...

最新の情報は、wwPDB: Deposition Tutorial （英語）をご覧ください。 OneDep登録システムの紹介 目次 - ビデオチュートリアル - 段階的なチュートリアル 座標の登録 NMR構造の登録 電子顕微鏡法のマップの登録 - 座標の登録 - NMR構造の登録 - 電子顕微鏡法のマップの登録 新登録システムや、本チュートリアルについてのご意見をお待ちしています。 さらに詳細な説明のご要望や登録中に遭遇した問題点についても、下記宛先へお問い合わせください。 - ...

はじめに MolmilはPDBjで開発したjVと同じようにPDBjの様々なサービスで使われている分子ビューア（閲覧ソフト）です。 標準的なウェブブラウザがあれば動作します。 Molmilはウェブページに埋め込むことも、スタンドアロンビューアとしても使うこともできます。 利用方法 基本的な操作は標準的なマウス（2ボタン＋ホイール付きマウス）で行うことができます。 操作内容 操作方法 移動 今の中心の周りに回転 以下のいずれかの方法が使えます。 - 左ドラッグ（マウスの左ボタン ...

大阪大学共創DAY＠EXPOCITY「大阪大学とあそぼう」 －in 大阪－ 大阪大学のさまざまな研究・実績・資料などのブースや体験コーナーを会場内一帯で展開し、小さなお子様から大人まで、楽しみながら科学、研究について学んでいただけるイベントです。お申し込み不要ですので、ぜひお気軽にお越しください♪ 日時： 2018年11月17日（土）11:00〜17:00 場所： ららぽーとEXPOCITY（大阪府吹田市）「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約2分 PDBj は2F光の広場付近に出展します ...

サイエンスアゴラ2018 －in 東京－ サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。 今年は2018年11月9日（金）～11（日）、東京お台場地域で開催されます。このイベントにブースを出展します。 出展日時： - 2018年11月10日（土）・11日（日）10:00〜16:00 出展場所： テレコムセンタービル（東京都江東区青海2丁目5−10） 4F 出展番号35 生命をささえるタンパク質の「かたち」 「 ...

登録や検証、編集処理に使用されているOneDepシステムは、 X線自由電子レーザー（XFEL）と連続フェムト秒結晶構造解析（SFX）によって解析された構造に対して、メタデータの収集範囲を拡張しました。 登録者は、結晶搬送法の詳細、 集光光学系、パルスエネルギー、周波数、使用した結晶の数など、データ測定についての詳細を、 XFEL及びSFX実験に特化したPDBx/mmCIFカテゴリ内に、入力できるようになりました。 PDBアーカイブ中の既存のXFELエントリーについては、登録者に連絡をとり、情報を追加 ...

岡山大学、津島キャンパスにて開催される第56回日本生物物理学会年会にてPDBjランチョンセミナーを開催します。 日時 2018年9月16日（日）11:45-12:35 場所 岡山大学 津島キャンパス D会場（A棟3階 A36） [交通アクセス] 講演者 「wwPDB検証レポートの活用法」“Making full use of the wwPDB validation reports” 横地 政志（大阪大学蛋白質研究所） 「遺伝研スパコンとDDBJの紹介」“Introduction to NIG ...

トーゴーの日シンポジウム2018 （2018年10月5日（金） 日本科学未来館） 口頭発表 （講演プログラム） 1. 10月5日（金）11:35～11:50「 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化・統合化と創薬研究」 発表者： 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） ポスター発表 （日程・一覧） 1. No. 9 「 Linked Open Dataを利用するアラインメントビューアの開発」 発表者： 藤 博幸 （関西学院大学理工学部） 2. No. 42 「 PDBアーカイブの検証レポートの ...

PDBjが開発・提供しているmmJSONファイルが、これまでの RESTインターフェースに加えて、 PDBjのFTPサイトからもご利用頂けるようになりました。 詳細は、mmJSONヘルプページをご覧ください。

"PDBx/mmJSON"は、"PDBx/mmCIF"をJSON形式で表現した、PDBjが開発したファイルフォーマットです。 以下のサービスでは、mmJSON形式を使用しています。 - Mine PDBエクスプローラ - Mine CIF クエリサービス - Molmil - CIF ツリーツール mmJSONファイルを作成できる、PDBx/mmCIFパーサーについての詳細は、 GitHubの説明をご覧ください。 PDBjはまた、PDBや、化合物（chem_comp）、化合物モデル、PRD/ ...

URL: http://rdf.wwpdb.org/pdb/ PDB/RDF は Resource Description Framework （RDF）形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語 （Web Ontology Language、OWL）で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これは PDB mmCIF Exchange Dictionary をそのままRDF形式に書き直したものです。 ...

wwPDBは、信頼できるデジタルリポジトリとして、CoreTrustSealの認定を受けました。 CoreTrustSealは、データリポジトリの認証のための統一された国際組織として、国際科学会議世界科学データシステム（ICSU World Data System）とData Seal of Approval（DSA）によって、設立されました。 この認定の要件は、PDBデータの管理やプロジェクトの組織及び管理の完全なライフサイクルを広くカバーしています。 wwPDBは、永続的な公共の利益として、自由にアクセ ...

PDBjの新サービス「omni検索」の機能を使って、必要な情報やサービスをより素早く探し出すことができます。 検索キーワードを入力している途中でも、PDBjが提供する様々なデータベースに対して検索を行い、キーワードに合った項目を表示します。 PDBj各ページ上にあるomni検索バーに「ubi」を入力したところ 現在、PDBj各ページの上にあるomni検索バーでは以下の検索を行うことができます。 - PDBjサービス検索 - PDB ID検索 - PDB キーワード検索（英語、日本語） - ...