| 著者名（citation_author）に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る ... _author）に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーの ... +b+%0AWHERE+'{"Ito%2C+N."%2C"Phillips%2C+S.E.V."}'+こちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE ... '{"Ito, N.","Phillips, S.E.V."}' <@ citation_author タグ - brief_summary - 著者 ... |
| 出版物 ... new policies affecting biomolecular NMR depositions Markley, J.L., Ulrich, E.L., Berman, H.M., Henrick, K., Nakamura, H., Akutsu ... R., Shimizu, Y., Swaminathan, J., Velankar, S., Ory, J., E. Ulrich, E.L., Vranken, W., Westbrook, J.D., Yamashita, R., Yang, H ... |
| PDBjの引用・利用規約 ... Webb BM, Westbrook JD, Goddard TD, Hanke CA, Graziadei A, Peisach E, Zalevsky A, Sagendorf J, Tangmunarunkit H, Voinea S, Sekharan M, ... Yu J, Bonvin AAMJJ, DiMaio F, Hummer G, Meiler J, Tajkhorshid E, Ferrin TE, Lawson CL, Leitner A, Rappsilber J, Seidel CAM, ... |
| 2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る ... .chain, t.tax_id FROM sifts.pdb_chain_taxonomy t) SELECT e.pdbid,e.entity_id, ARRAY_AGG(DISTINCT t2.tax_id) AS tax_ids FROM ... AND t2.chain = ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,',')) GROUP BY e.pdbid,e.entity_id HAVING COUNT(DISTINCT t2.tax_id) = 2 要素 ... |
| PDBエントリー1babに含まれる各高分子鎖のentity ID、Chain ID（auth_asym_id）、UniProt IDを得る ... ）、UniProt IDを得る 検索はこちら SELECT e.pdbid, e.entity_id, s.chain, s.sp_primary FROM entity_poly AS ... _uniprot AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,',')) WHERE e.pdbid='1bab' 要素 内容 ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）でかつヒト由来のタンパク質の、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る ... 検索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid, e.entity_id, s.sp_primary FROM entity_poly e JOIN sifts.pdb_chain_go s ON ... _strand_id,',')) JOIN sifts.pdb_chain_taxonomy t ON t.pdbid = e.pdbid AND t.chain = s.chain WHERE s.go_id = 'GO:0006220' ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る ... 索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid, e.entity_id, s.sp_primary FROM ... entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_go AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s.chain = ... ANY(STRING_TO_ARRAY(e.pdbx_strand_id,',')) WHERE s.go_ ... |
| PDBのエントリー数が10万件を突破しました ... ray analysis. Nature 181: 662-666; J. C. Kendrew, R. E. Dickerson, B. E. Strandberg, R. G. Hart, D. R. Davies, D. C ... Crystallographic refinement. J. Mol. Biol. 123: 607-630; Virus (4rhv): E. Arnold, M. G. Rossmann. (1988) The use of molecular-replacement ... |
| 配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ（Glycine max）である構造のPDBID＋ChainID（auth_asym_id）を得る ... ら SELECT b.pdbid, e.pdbx_strand_id FROM entity_poly e LEFT JOIN brief_summary b ON e.pdbid=b.pdbid WHERE e.pdbx_seq_one_letter ... |
| [wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました ... , D., Lasker, K., Webb, B., Velazquez-Muriel, J., Tjioe, E., Schneidman-Duhovny, D., Peterson, B., and Sali, A., Putting the ... journal.pbio.1001244. 3. Shi, Y., Fernandez-Martinez, J., Tjioe, E., Pellarin, R., Kim, S.J., Williams, R., Schneidman-Duhovny, D ... |
| データ管理：中核データを維持するための国際的な連携 ... . Cochrane, V. Di Francesco, T. Donohue, C. Durinx, A. Game, E.D. Green, T. Gojobori, P. Goodhand, A. Hamosh, H. Hermjakob, M ... M.A. Ragan, G. Richards, Y-Y. Teo, M. Westerfield, E. Westhof, P.F. Lasko (2017) Towards coordinated international support of core ... |
| 遺伝子オントロジー（GO）のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る ... 索はこちら SELECT DISTINCT e.pdbid FROM gene_ontology_pdbmlplus e WHERE e.namespace='biological_process' AND e.name='tricarboxylic acid cycle' タグ - brief ... |
| [wwPDB] 糖鎖分子の表現の改善について（英語） ... , modification vs common sugars tags, chemical types (e.g., isomers), structure feature types (e.g., anomers), and symbol identifiers (e.g., IUPAC condensed symbols). The chemical names ... |
| PDBの生物学的構造単位について ... assembly_gen assembly_id="1" asym_id_list="A,B,C,D,E,F,G,H" oper_expression="1,2"/> E. Krissinel and K. Henrick (2007) Inference of macromolecular assemblies from crystalline ... |
| ニュース (2014年5月2日) ... されています。 1. J. C. Kendrew, R. E. Dickerson, B. E. Strandberg, et al. (1960) Structure of myoglobin: A three- ... D Biol Crystallogr 52: 65-76. 12. W. A. Hendrickson, W. E. Love, J. Karle. (1973) Crystal structure analysis of sea lamprey hemoglobin at ... |
| Sequence Navigator ... ション 配列ナビゲータはBLASTのE値を用いた出力をクラスタ ... るには、ページの下にあるCluster by E-valueボタンをクリックして下 ... さい。 E値の初期閾値は0.00001です。+ボ ... |
| 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDを得る ... 索はこちら SELECT pdbid FROM pdbx_database_status AS e WHERE e.pdb_format_compatible='N' タグ - エントリー情 ... |
| ProMode-Elasticとは何か ... うな単純な形で与えられる: E (dij) = K exp{-(dij)2/a2} (dij - dijPDB)2 - dij は計 ... ニメーションも表示している。 e) 変位ベクトル図。10個の最低 ... |
| Spanner ... , 16, 243-248.(DOI) - Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E. and Berendsen, H. J. C. (2005), GROMACS: Fast, flexible ... |
| MAFFTash ... 。但し内部パラメータによって e-value が 0.01 より大きいPDBエン ... 。但し内部パラメータによって e-value が 0.01 より大きいPDBエン ... |
| BLAST ... 検索の精度は期待値またはE値で評価されます。 スコアを ... 用いた配列検索のE値は「スコアが、偶然データベース ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブから、NMR実験データを統合フォーマットで提供します ... 、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: comprehensive ontology for representing, archiving and ... |
| 分子ビューア ... of large molecular assemblies. Goddard, T.D., Huang, C.C., Ferrin, T.E. Structure 13: 473-482 (2005) [doi:10.1016/j.str.2005.01 ... |
| NMR統合データ ... 、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: comprehensive ontology for representing, archiving and ... |
| 過去の講習会・イベント ... 27日(金) 12：15－13：15 - 会場（部屋名）：E会場（ワークピア横浜3階、いち ... |
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