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エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット」である構造のPDBIDと鎖ID(auth_asym_id、lebel_asym_id)、エンティティID、エンティティ名を得る

... - エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット ... .pdbx_description chain_name FROM entity e1 WHERE e1.pdbx_description ~* '.*phospholipase C.*') SELECT t1.pdbid, t1.entity_id, array_agg(DISTINCT e2.pdb_strand ...

エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含む構造のPDBIDと鎖ID(auth_asym_id、label_asym_id)、エンティティID、エンティティ名を得る

... - エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含む構造のPDBIDと鎖ID(auth_asym ... .pdbx_description chain_name FROM entity e1 WHERE e1.pdbx_description ~* '.*phospholipase C.*') SELECT t1.pdbid, t1.entity_id, array_agg(DISTINCT e2.pdb_strand ...

出版物

... Yamada, Shinichiro Tsuchiya, Kiyoko F.Aoki-Kinoshita, Jeffrey C.Hoch, Genji Kurisu, Sameer Velankar, Stephen K.Burley, ... Yao, Toshimichi Fujiwara, Genji Kurusu, Eldon L. Ulrich, Jeffrey C. Hoch, John L. Markley - Structural Bioinformatics. Methods in ...

PDBjの引用・利用規約

... Foundational Semantic Tools for Structural Biology. Westbrook JD, Young JY, Shao C, Feng Z, Guranovic V, Lawson CL, Vallat B, Adams ... Archive. Sameer Velankar, Stephen K Burley, Genji Kurisu, Jeffrey C Hoch, John L Markley Methods in molecular biology 2305 3 ...

[wwPDB] 糖鎖分子の表現の改善について(英語)

... _atom_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num ... HETATM 27655 C C1 . NAG Y 6 . ? 191.103 162.375 206 ... 1.00 47.28 ? 1301 NAG A C1 1 HETATM 27656 C C2 . NAG Y 6 . ? 191.067 161.665 ... 1.00 47.22 ? 1301 NAG A C2 1 HETATM 27657 C C3 . NAG Y 6 . ? 190.138 160.434 ...

ニュース (2014年5月2日)

... Å resolution, obtained by X-ray analysis. Nature 185: 416-422. 4. C. C. F. Blake, L. N. Johnson, G. A. Mair, et al. (1967) ... -white lysozyme. Proc. R. Soc. London Ser. B 167: 378-388. 5. C. C. F. Blake, D. F. Koenig, G. A. Mair, et al. (1965) ...

PDBのエントリー数が10万件を突破しました

... Strandberg, R. G. Hart, D. R. Davies, D. C. Phillips, V. C. Shore. (1960) Structure of myoglobin: A three-dimensional Fourier synthesis ... -1597; Protein-DNA complexes, top to bottom (1j59): G. Parkinson, C. Wilson, A. Gunasekera, Y. W. Ebright, R. E. Ebright ...

各Chemical Component IDの分子名、分子式、化学式量、InChIKeyを得る

... できます。 検索はこちら SELECT c.id, c.name, c.formula, c.formula_weight, d.descriptor AS "InChIKey" FROM cc.chem_comp ... cc.pdbx_chem_comp_descriptor d ON d.comp_id = c.comp_id WHERE d.type = 'InChIKey' 要素 内容 cc.chem_ ...

[wwPDB] ペプチド残基に関する主鎖の注釈と標準化が公開されました

... CCDファイルに、主鎖、N-またはC-末端基を形成する原子をラ ... ゴリ内に pdbx_backbone_flag、pdbx_N-terminal_flag、pdbx_C-terminal_flagとして追加され、 それぞ ... れ主鎖、N末端、C末端の原子にフラグを付け ... ル基、アミノ基、側鎖連結炭素(C-α)の原子命名法が標準的な ... 原子名と主鎖/N末端およびC末端の注釈が加えられてい ...

[wwPDB] ペプチド残基に関するアノテーションの更新と標準化

... 追加し、バックボーン、 N-またはC-末端基を形成する原子をラ ... ータ項目が、pdbx_backbone_flag、pdbx_n-terminal_flag、pdbx_c-terminal_flagとしてCCDのカテゴリ_chem ... 、 それぞれバックボーン、N末端、C末端の原子にフラグを立て ... ル基、アミノ基、側鎖連結炭素(C-α)の原子命名法が標準的な ... とバックボーン/N末端およびC末端の注釈が付与されます ...

グループ化(GROUP BY)と集約関数

... 要素とする配列 array_agg(a,b,c)→a,b,c avg(カラム名) 各カラム値の ... ム名) カラム値の件数 count(a,b,c)→3 max(カラム名) カラム値の中 ... で結合した文字列 string_agg((a,b,c),-)→a-b ...

RESTインタフェース

... イトルフィールドが検索対象) - c_authors: 参照文献著者名(文字列、任 ... 著者名フィールドが検索対象) - c_title: 参照文献タイトル(文字列 ... イトルフィールドが検索対象) - c_name: 参照文献雑誌名(文字列、任 ... 雑誌名フィールドが検索対象) - c_volume: 参照文献雑誌巻号(任意、参 ... 指定を行う時の終了日(任意) - c_year: 参照文献の発行年を指定 ...

[wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました

... A., Henderson, R., Hummer, G., Iwasaki, K., Johnson, G., Lawson, C.L., Meiler, J., Marti-Renom, M.A., Montelione, G.T., Nilges, M ... J., Read, R.J., Saibil, H., Schroder, G.F., Schwieters, C.D., Seidel, C.A., Svergun, D., Topf, M., Ulrich, E.L., Velankar, S., ...

PDBの生物学的構造単位について

... 2 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_oper_list ... _gen assembly_id="1" asym_id_list="A,B,C,D,E,F,G,H" oper_expression="1,2"/> ... 774-797. [doi:10.1016/j.str.2008.12.014] 2. C.L. Lawson, S. Dutta, J.D. Westbrook, K. Henrick ...

wwPDBは設立10周年を迎えました

... M Sayed, T Sewell, HW Dirr. Tertiary interactions stabilise the C-terminal region of human glutathione transferase A1-1: a crystallographic ... A Loquet, NG Sgourakis, R Gupta, K Giller, D Riedel, C Goosmann, C Griesinger, M Kolbe, D Baker, S Becker, A Lange ( ...

[wwPDB] CASP13のため蛋白質の立体構造を求めています。

... JF, Biasini M, Burgin A, Chen C, Cochran FV, Craig TK, Das R, Fass D, Garcia ... -Doval C, Herzberg O, Lorimer D, Luecke H, Ma ... Hunt JF, Seetharaman J, Joachimiak A, Kennedy MA, Kim C, Lingel A, Michalska K, Montelione GT, Otero JM, ...

SeSAW Tutorial

... 配列が多く見られます(Q35とC末端のリジン残基)。 これらの ... ドとも結合します。 この点で、C末端領域は恐らくRNA結合に ... ていて、 膜貫通らせんが続きC末端に信号伝達ドメインが ...

PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました

... , DOI:10.1093/jb/mvab133 - Tomitake Tsukihara, "Crystallographic studies of cytochrome c and cytochrome c oxidase", The Journal of Biochemistry, Volume 171, Issue 1, January 2022 ...

構成要素情報

... - エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含む構造のPDBIDと鎖ID(auth_asym ... - エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット ...

各PDBエントリーのタイトル(pdbx_descriptor)、キーワード(pdbx_keywords)、単位格子の3辺の長さと角度、高分子鎖の数、高分子鎖の合計化学式量を得る

... keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell.angle_alpha, cell.angle_beta, cell.angle_gamma, SUM( ... keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell.angle_alpha, cell.angle_beta, cell.angle_gamma タグ ...

PDBレコードの説明(簡易版)

... 格子定数b (Å) 25 - 33 格子定数c (Å) 34 - 40 格子定数a (度) 41 - 47 格 ... 子定数b (度) 48 - 54 格子定数c (度) 56 - 66 空間群 67 - 70 Z 値 [トッ ...

ニュース (2016年5月31日)

... ランフ ロント大阪 北館タワーC 9F)にて、All-in-one 合同講習会 2016 ... ランフ ロント大阪 北館タワーC 9F)にて、All-in-one 合同講習会 2016 ...

過去の講習会・イベント

... 所: ホテル金沢 ダイヤモンドC 演者・演題: - 栗栖 源嗣(大阪大学 ... ランフロント大阪 北館タワーC 9F、大阪市北区) プログラム(PDBj ...

ジカウイルスの構造が公開されました。

... Virus Devika Sirohi, Zhenguo Chen, Lei Sun, Thomas Klose, Theodore C. Pierson, Michael G. Rossmann, Richard J. Kuhn, Science (2016 ... by Devika Sirohi, Zhenguo Chen, Lei Sun, Thomas Klose, Theodore C. Pierson, Michael G. Rossmann, Richard J. Kuhn, published ...

PDBML-extatom

... _model_num> C ... 同じ情報が PDBML ... :atom_record id= "2"> ATOM 1 A A 1 1 ? . VAL VAL C CA CA 103.062 38.513 -2.159 1.00 47.99 ...

 

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件を2024-09-18に公開中

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