| PDBjの引用・利用規約 ... PDBx/mmCIF Data Standard for Integrative Structure Determination Methods. Vallat B, Webb BM, Westbrook JD, Goddard TD, Hanke CA, ... mmCIF Data Standard for Integrative Structure Determination Methods. 24. Vallat B, Webb BM, Westbrook JD, Goddard TD, Hanke CA, ... |
| [wwPDB] 糖鎖分子の表現の改善について（英語） ... fragments of heparin and heparan sulfate; epitope patterns such as A/B blood group antigens and the H-type or Lewis-type stems; ... Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth ... |
| PDBの生物学的構造単位について ... :pdbx_struct_assembly_gen assembly_id="2" asym_id_list="A,B" oper_expression="1"> |
| MAFFTash ... を用いて行っています[10]。 b. Min seq ID from original input ... いて行っています[10]。 3. b. Min seq ID from original input こ ... ています。初期値は90（%）です。 b. Min seq ID from original input ... ます。初期値は90（%）です。 7. b. Min seq ID from original input この ... 下さい。初期値は90（%）です。 b. Min seq ID from original この ... |
| PDBのエントリー数が10万件を突破しました ... L. Lawson, A. Joachimiak, R. Q. Marmorstein, B. F. Luisi, P. B. Sigler. (1988) Crystal structure of trp repressor/operator ... M. Clemons, D. E. Brodersen, R. J. Morgan-Warren, B. T. Wimberly, V. Ramakrishnan. (2000) Functional insights from the structure ... |
| PDBML-extatom ... _siteCategory> |
| 文献タイトルまたは構造のタイトルに「spike」を含むエントリーのPDBID、文献タイトル、構造タイトルを得る ... 検索はこちら SELECT b.pdbid, b.citation_title, s.title FROM brief_summary b JOIN struct s ON b.pdbid=s.pdbid WHERE CAST ... (b.citation_title AS text) ILIKE '%spike%' OR s.title ... |
| グループ化（GROUP BY）と集約関数 ... を要素とする配列 array_agg(a,b,c)→a,b,c avg(カラム名) 各カラム値 ... ラム名) カラム値の件数 count(a,b,c)→3 max(カラム名) カラム値の ... 字で結合した文字列 string_agg((a,b,c),-)→a-b-c |
| 「ペプチド鎖」と「水を除く低分子」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る ... 検索はこちら SELECT DISTINCT b.pdbid FROM brief_summary b LEFT JOIN entity e1 ON b.pdbid=e1.pdbid LEFT JOIN pdbx_nonpoly ... .pdbid=e2.pdbid AND e1.id=e2.entity_id WHERE ('{1,2}' && b.chain_type_ids) AND e1.type='non-polymer' AND NOT (e2.mon ... |
| 配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ（Glycine max）である構造のPDBID＋ChainID（auth_asym_id）を得る ... _asym_id）を得る 検索はこちら SELECT b.pdbid, e.pdbx_strand_id FROM entity_poly e LEFT JOIN ... brief_summary b ON e.pdbid=b.pdbid WHERE e.pdbx_seq_one_letter_code LIKE '%TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR ... |
| [wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました ... , D., Sali, A., Rout, M.P., and Chait, B.T., Structural characterization by cross-linking reveals the detailed architecture of a ... Q.J., Sali, A., Rout, M.P., and Chait, B.T., A strategy for dissecting the architectures of native macromolecular assemblies. ... |
| エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット」である構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、lebel_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る ... t1.entity_id=e2.entity_id LEFT JOIN brief_summary b ON e2.pdbid=b.pdbid WHERE b.biol_species LIKE '%Rattus norvegicus%' GROUP BY t1.pdbid ... ,t1.entity_id,t1.chain_name,b.biol_species タグ - 構成要素情報 - 生物 ... |
| 文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る ... /sql?query= SELECT+pdbid+FROM+brief_summary+b+WHERE+'{"Ito%2C+N."}'+こちら SELECT pdbid ... FROM brief_summary b WHERE '{"Ito, N."}' <@ citation_author ... 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE 'Ito, N.'=ANY(citation_author) タ ... |
| 由来生物種に新型コロナウイルス（NCBI Taxonomy ID: 2697049）を含み最近30日以内に公開されたPDBエントリーの一覧を得る ... を得る 検索はこちら SELECT DISTINCT b.pdbid FROM brief_summary AS b JOIN sifts.pdb_chain_taxonomy AS s ON ... b.pdbid=s.pdbid WHERE s.tax_id='2697049' AND release_date>=(CURRENT_ ... |
| 過去の講習会・イベント ... ベンションセンター１階、B会場（中ホールB） - 講演：（要旨：PDF） 1. "Modifications to the ... |
| 公開日が2003年1月1日以降、登録日が2001年1月1日以降で、PDBIDが「2k」で始まる各エントリーのPDBIDを得る ... る 検索はこちら SELECT pdbid FROM brief_summary b WHERE release_date >= '2003-01-01' AND deposition_date >= '2001-01-01 ... ' AND b.pdbid LIKE '2k%' タグ - brief_summary - エントリー情 ... |
| PDBMLplus、PDBMLadd、mmjson-plusについて ... of_bins_used, percent_reflns_R_free, update_id refine_pdbmlplus B_iso_mean, auth_validate, entry_id, Is_R_factor_R_free ... pdbx_Is_sigma_I, pdbx_refine_id, update_id reflns_pdbmlplus B_iso_Wilson_estimate, Rmerge_F_obs, auth_validate, d_resolution_high ... |
| 著者名（citation_author）に「Ito, N.」と「Phillips, S.E.V.」の両方を含むエントリーのPDBIDを得る ... 索はb WHERE '{"Ito, N.","Phillips, S.E.V."}' <@ citation_author タグ - brief ... |
| Spanner ... 41, 108-122.(PubMed DOI) - Desmet, J., Demaeyer, M., Hazes, B. and Lasters, I. (1992) The Dead-End Elimination Theorem and Its Use ... , 16, 243-248.(DOI) - Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E. and Berendsen, H. J. C. (2005 ... |
| ニュース (2014年5月2日) ... れています。 1. J. C. Kendrew, R. E. Dickerson, B. E. Strandberg, et al. (1960) Structure of myoglobin: A three-dimensional Fourier ... the activity of hen egg-white lysozyme. Proc. R. Soc. London Ser. B 167: 378-388. 5. C. C. F. Blake, D. F. Koenig, G ... |
| 3-3) PDBフォーマットのファイルをアップロードする方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ... 35.428 1.00 30.90 C TER ATOM 2707 N ALA B 3 14.064 2.135 20.580 1.00 15.71 N ... b) PDBフォーマットファイルに含 ... |
| PDBレコードの説明（簡易版） ... 格子定数a (Å) 16 - 24 格子定数b (Å) 25 - 33 格子定数c (Å) 34 - 40 格 ... 子定数a (度) 41 - 47 格子定数b (度) 48 - 54 格子定数c (度) 56 - 66 空 ... |
| ニュース (2016年1月11日) ... Paul Emsley, Robbie P. Joosten, Gerard J. Kleywegt, Eugene B. Krissinel, Thomas Lütteke, Zbyszek Otwinowski, Anastassis Perrakis, Jane S. ... Steven J. Ludtke, Ohad Medalia, Pawel A. Penczek, Peter B. Rosenthal, Michael G. Rossmann, Michael F. Schmid, Gunnar F ... |
| 各PDBエントリーのタイトル（pdbx_descriptor）、キーワード（pdbx_keywords）、単位格子の3辺の長さと角度、高分子鎖の数、高分子鎖の合計化学式量を得る ... _descriptor, struct_keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell.angle_alpha, cell.angle_beta, cell ... _descriptor, struct_keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell.angle_alpha, cell.angle_beta, cell ... |
| ニュース (2014年7月9日) ... までの精度を維持） - 等方性B因子（isotropic B-factor）と占有率（occupancy）は小数第 ... |
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件を2025-07-09に公開中
