Q) PDBエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかはどこに記載されていますか？ A) PDBx/mmCIFまたはPDBMLで、pdbx_database_status.pdb_format_compatibleを見ると、そのエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかが判別できます。 直接ファイル内を参照する以外に、CIF queryサービスや、SQL searchサービスを使って、この項目を参照することができます。 この要素の値として「Y」が設定されていればPDB形式変換可（従来同様PDB ...

[よくあるお問い合わせ] 1. データの公開・ダウンロードに関して - 1-1) 新しいPDBデータの公開・更新はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょうか？ 更新タイミングは異なるのでしょうか？ - 1-2) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入手することはできますか？ - 1-3) FTP又はrsyncを使用してPDBデータをダウンロードするためのURL等を教えて下さい - 1-4) FTPで、指定したフォーマット（PDB、mmCIF、 ...

PDB bundle ファイルは、複数の著者、引用文献の詳細、座標データ等、PDB形式変換不可エントリーに対して”可能な範囲で表現された (best-effort, minimal)”制限付きPDBフォーマットファイル(群)と PDB形式変換不可エントリーの鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載したマッピングファイルを１つにまとめて圧縮したものです。各ファイルの内容につきましては、以下のFTP siteから、PDB bundle (PDBID-pdb-bundle.tar.gz) ファイル ...

「PDB形式変換不可エントリー」は、以下のいずれかの理由により、PDBフォーマットでは表現できず、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ表現可能なエントリーです。 - 非常に大きい（原子数が99,999より多い） - 非常に複雑（鎖数が62より多い） - ２文字以上の鎖名が使用されている - 複雑なシート構造（例えば、大きなベータバレル構造） - 温度因子が大きい（値が1000以上） - 5桁の化合物IDが使用されている 2014年12月10日、これまで提供してきた分割エントリー（splitエン ...

PDB形式変換不可エントリー PDB形式変換不可エントリーは、いくつかの理由によりPDBフォーマットの制限を超えるため、通常のPDBフォーマットでは表現できないエントリーです。 PDBフォーマットの制限を超えるため、PDBx/mmCIF、 PDBML/XMLファイルとしてのみ保管されています。 URL: https://pdbj.org/PDBSearchOnly?query=tag:large_structures グループ登録エントリー グループ登録エントリーは、 ...

PDBjの各種サービスを引用される際は、以下に記載された文献をご利用ください。 PDBjウェブサイト上のコンテンツのご利用については、利用規約ページもご覧ください。 また、個別のPDBエントリーの引用方法についてもご覧ください。 - PDBjの引用文献 - PDBjサービスの引用文献 - PDBアーカイブの引用文献 - PDBエントリーの引用について PDBjの引用文献 PDBj自体を引用される場合は、文献リストの (29) (30) (36) をご利用ください。 PDBjサービスの引 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 主要項目テーブル「brief_summary」を使う 検索高速化のため、日付、文献情報、各分子の情報など主要な項目だけを抽出したbrief_summaryという名前のテーブルを用意しています。 テーブルの構造について詳しくはbrief_summaryテーブルの構造をご覧ください。 以下にbrief_summaryを使った事例を挙げます。 - PDBID一覧、件数 - エントリーの概要、キーワード - 登録者・文献情報 - ...

公開WEBシンポジウム「COVID-19パンデミックを契機として考える日本の結晶学の現状と今後」にてPDBjからも講演します。ご参加お待ちしています。 日時 2020年11月29日（日）10:00～15:30 場所 WebEXによるオンライン 対象 どなたでもご参加いただけます 参加料金 無料 参加方法 登録ページから事前登録をお願いします。 PDBjからの講演 時間 10:25～10:50 講演タイトル 新型コロナウイルス感染症と立体構造データベース－蛋白質科学の視点から 講演者 栗栖 源嗣（ ...

PDBは1971年10月20日に、 Crystallography: Protein Data Bank Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0 において発表されました。 今日、PDBアーカイブには、約17万件の蛋白質や核酸、複合体の構造が登録されており、学生や研究者がタンパク質合成から健康や疾病まで、生体臨床医学と農業のあらゆる側面を理解する手助けとなっています。 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB, ...

- 大阪大学蛋白質研究所 蛋白質構造データバンク構築研究室 - 大阪大学蛋白質研究所 - 大阪大学 - Japan alliance for Bioscience Information (JBI) - ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) - 日本DNAデータバンク(DDBJ) - バイオサイエンスデータベースセンター (JST-NBDC) - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) - European ...

PDBjが以前EDMapサービスで提供していたX線構造の電子密度は、独自にCCP4を使って座標から計算した係数を使って提供していました。 2020年9月23日からは，wwPDBの検証レポートの計算でつかうBuster (Global Phasing社） による係数で統一して提供しています。 詳しくは、過去のwwPDBニュースもご覧ください。 更新された電子密度マップ係数ファイルは検証レポートと同様、以下のPDBj FTPサイト( ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/ ...

2020年10月5日（月）、オンラインで開催されるトーゴーの日シンポジウム2020にてPDBjからもポスター発表を行います。 - 【49】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 - 【50】PDB/BMRBのデータ登録システム改善及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方法の改訂

分子ビューアについて PDBjウェブサイトでは、下記の分子ビューアを使い、マウスなどで対話的に分子を操作し閲覧できる分子閲覧ページを用意しています。 各分子ビューアの特徴を以下に記します。 分子ビューア名 コードタイプ 開発元 備考 jV Java PDBj Java Appletが動作する環境はPC用OSに限られる。 Java Appletの制約は厳しくなる傾向にある。 Molmil WebGL PDBj 動作が軽快で、PC用OSだけではなくモバイル環境（AndroidやiOS） ...

[はじめに] 電子密度マップ(EDM)ビューアでは、分子モデルとともに電子密度マップを表示することができます。 EDMapビューアは、 [データベース情報] パネルのリンクによって、 [Mine PDB Entry Explorer] に統合されています。このリンクをクリックすると、WebGLベースのビューアーであるMolmilのページが表示されます。ここで[電子密度マップを作成]ボタンをクリックすると、選択した領域の電子密度マップが生成されます。 デフォルトでは、マップの中心が選択され、直径25Åの領 ...

現在PDBアーカイブで公開されている、X線やNMR、電子顕微鏡法によって解析された全てのエントリーについて、検証レポートを更新しました。 レポート中の統計グラフは2019年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなり、また検証レポートの作成過程で計算された電子密度マップ係数ファイルを追加しました。 更新後のレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。 - ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/validation_reports/ (wwPDB) - ftp ...

このプロジェクトに寄付をする Protein Data Bank 蛋白質構造データバンク（ PDB：Protein Data Bank）は実験的に決定した生体高分子の３次元構造を保存するデータベースで，1971年に米国で7つのエントリーからスタートしました。90年代後半になり，登録件数が全世界的に増加したことに伴って，日本には日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）が，欧州にはProtein Data Bank in Europe（PDBe）が設置さ ...

PDB-Devウェブサイトを更新しました 新しく改善されたPDB-Devウェブサイトをご利用頂けるようになりました。 PDB-Devは、wwPDBが統合構造のアーカイブ要件を理解するために役立つプロトタイプシステムであり、 wwPDB 統合/ハイブリッド法専門委員会（wwPDB Integrative/Hybrid Methods (I/HM) Task Force）の提言に基づいて構築されました。 PDB-Devには現在、37件の生体高分子複合体の統合構造があります。 更新されたPDB-Dev ...

コロナウイルス, 2020. David S. Goodsell@RCSB PDB による原画を修正 最近、新型コロナウイルス感染症（Novel Coronavirus disease 2019: COVID-19）の拡大が世界中で深刻な問題となっています。早急にこの新型ウイルス（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2）を理解し有効な薬を開発するため，関連するタンパク質の構造研究は既に始まっています。そして，解明され ...

登録者は登録構造の生データを登録し、wwPDB OneDepシステムから構造を登録する際に、“Related Entries（関連エントリー）”に対応するDOIを記載することが推奨されます。 以下のキュレーション付きアーカイブへ登録してください。 - X線結晶構造 - ProteinDiffraction.org - https://proteindiffraction.org - SBGrid - https://sbgrid.org - CXIDB - http://www.cxidb. ...

最新の情報は、wwPDB: wwPDB New Deposition and Annotation System-Frequently Asked Questions （英語）をご覧ください。

NMR-STARは、NMRのデータを記述する公式なwwPDBのフォーマットであり、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: comprehensive ontology for representing, archiving and exchanging data from nuclear magnetic resonance spectroscopic experiments Journal of Biomolecular NMR, ...

PDBjは9/16(水)～9/18(金)にオンライン開催される第58回日本生物物理学会年会において オンライン展示会を開催いたします 日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は、生体高分子の立体構造データのデータベースであり、 今年で設立20周年を迎えました。 米国RCSB PDBと欧州PDBeと共にwwPDBを組織し，アジア・中東地区からの構造データの登録を行っています。 本展示会では、２０年を迎えたPDBjと、最近のPDBの動向に加え、 正式なファイル ...

PDBエントリー内の糖鎖に関する新たなデータ表現方法と、高分子構造中における糖鎖の検索性と相互運用性を向上させることを目的とした参照データをPDBデータに組み込みました。 PDBアーカイブにおける糖鎖表現を修正し改良するために、wwPDBでは以下のことを行いました。 - IUPAC-IUBMB勧告にしたがい化合物辞書の命名法を標準化 - オリゴ糖に対するばらつきのない表記法を提供 - 糖鎖科学のコミュニティのツールを使い、このコミュニティで一般的に使われている線形記述法を採用 - PDB構造にお ...

7/29を以って、PDBj FTPサイトにおけるPDBj Mine旧RDBのダンプファイルや週次差分ファイル群(ftp://ftp.pdbj.org/mine/) の提供を終了いたします。 今後は現行のRDBデータファイル群 (ftp://ftp.pdbj.org/mine2/) をご利用ください。 現行のRDBには、validation report(vrpt)の新しいスキーマも加わっています。 vrptについても、PDBj FTP site (ftp://ftp.pdbj.org/mine2/) にて、 ...

PDBjで提供しているデータベースダンプファイルをロードすることにより、 PDBj Mineの関係データベースをローカルにインストールすることができます。 このデータベースダンプファイルは、最新のPostgreSQLで作られています。 今後、ローカルデータベースをインストールし、維持していくための管理用スクリプトなども公開していく予定です。 質問等ございましたら、PDBjのお問い合わせページからお願いします。 必須要件 - 最新のPostgreSQL 12以上が推奨バージョンです(それよ ...