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ニュース (2015年7月29日)

... 登録されています。そのうち1,418種に対しては、完全に一致 ... 組みは、BBSRCのPDBeへの助成BB/K016970/1の支援を受けて、また、RCSB PDBの ... 製薬会社を含む、世界中の約1,400の研究機関で利用されて ...

[wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました

... 、支援されています。 参考文献 1. Sali, A., Berman, H.M., Schwede, T., Trewhella, J., Kleywegt, G., ... platform software for structure determination of macromolecular assemblies. PLoS Biol, 2012. 10(1): p. e1001244. doi:10.1371/journal.pbio.1001244. 3. Shi, Y., ...

6/26(水)蛋白質科学会年会@神戸にてPDBjランチョンセミナーを開催します

... 市中央区港島中町6丁目9−)アクセス・Google Map E会場(5F 501) 参 ... 表言語 日本語 演題・演者・内容 () 演題:「PDBjとwwPDBの今後の活動方 ... ています。 今回のセミナーでは、1) wwPDBが管理するコアアーカイブ ...

jV アプレット版の問題 -FAQ

... 表示できません。 A) JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場 ... くなることがあります。 JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いくださ ...

最近、Molmil viewerが動作しなくなりました。 -FAQ

... 因である可能性があります。1 PDBjのウェブインターフェースに ... ョンに更新してください。 1) Windows 8.1 + Firefox 43.0.4 + NVIDIA driver 327.02で、この ...

ニュース (2014年11月26日)

2015年1月27日以降、ADITはX線結晶構 ... ADITにてご利用頂けます。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及 ... とを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは、 X線結晶構造 ...

ニュース (2014年12月24日)

2015年1月27日の日本時間午前9時 ... ADITにてご利用頂けます。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及 ... とを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは、 X線結晶構造 ...

10月9日(水)-11日(金)に、パシフィコ横浜で開催される BioJapan 2013 -World Business Forum に出展します。

... -0012 横浜市西区みなとみらい1-1-1 [Map] 展示会場・大学研究室/TLO向 ...

3-3) PDBフォーマットのファイルをアップロードする方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ -

... : ATOM 2705 CB HIS A 337 -2.421 -9.493 35.428 1.00 30.90 C TER ATOM 2707 N ALA B 3 14 ... .064 2.135 20.580 1.00 15.71 N b) PDBフォーマットフ ... 要があります。 HETATM 1574 C1 GOL A 104 -1.268 -20.812 15.070 0.75 21.78 C [質問 ...

NMR距離制限情報

[NMR距離制限情報] 2008年2月1日より、NMRによって解析され ... 須となっています。 (バージョン) データ形式に制限はなく、登録 ... されます。 (バージョン2) NMR-STAR 3.1のフォーマット で提供され、現 ...

[wwPDB] 生物学的単位のファイルをPDBx/mmCIFフォーマットで提供するようになりました

... ートしています。 ファイルには、1つのモデル内で対称操作で ... の鎖IDは保持されます(例:A) - 1つのモデル内の各対称コピ ...

6/20(木)・21(金)に、CiCLE:クライオ電顕単粒子解析 データ処理講習会を開催します(5/24(金)締め切り)

... ません。 3次元再構成は、一人台のWindowsノートPCから、GPUマシン ... 子モデリングは、二人一組で台のワークステーションを使用 ...

PDB形式変換不可エントリー

... トリー(splitエントリー)は廃止され、1つの巨大エントリーに統合さ ... した。そして、分割エントリーは1つのエントリーに統合し、個々の ...

[wwPDB] 初期モデルの収集を強化しました

... の例です。 _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx ...

6月24日(木)・25日(金)、CiCLE単粒子解析リモート講習会を開催します

... ストールしておいてください。 1. Comment Screen 2. UCSF Chimera 3. Coot インストール ... X, Linux版があります。最新版は1.15です。非商用目的での使用 ...

[wwPDB] PDBアーカイブにおけるFTPファイル転送プロトコルの廃止について

... とを考慮して、 wwPDBは2024年11月1日にFTPダウンロードプロトコ ... .org (RSYNC用) - ftp.wwpdb.org (FTP用) 2024年11月1日に廃止する予定です。すで ...

ニュース (2007年12月12日)

2008年2月1日より、PDBへの登録の際に構 ... を保留する場合 (HPUB) を含めて、1年を限度に保留することが ...

[wwPDB] PDBx/mmCIFフォーマットで生物学的単位のファイルを提供します

... ートしています。 ファイルには、1つのモデル内で対称操作で ... の鎖IDは保持されます(例:A) - 1つのモデル内の各対称コピ ...

[wwPDB] 結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルが必須になります

2019年7月1日より、結晶構造解析法によ ... が必須になります。 2019年7月1日からは、X線、中性子、ファイ ...

高分子鎖の中にD体ポリペプチド(polypeptide(D))を含むエントリーのPDBIDを得る

... ?query=SELECT+pdbid+FROM+brief_summary+WHERE+'{1}'+こちら SELECT pdbid FROM brief_summary WHERE '{1}' <@ chain_type_ids 主要項目テ ...

[wwPDB] 拡張されたPDBx/mmCIF構造因子ファイルに対してOneDepのサポートを改善しました

... の3つの内容が含まれます。 1. 回折異方性を考慮して処理 ... み,マージ済み反射データに対し,(1)パラメータに依存せず反射ご ...

[wwPDB] PDB が Global Core Biodata Resource に認定されました

... つのコアアーカイブのうちの1つです。 wwPDBのメンバーであるRCSB ... 取り組んでいます。 今回の第回GCBRsは、世界中のバイオデータ ...

大阪大学共創DAY@EXPOCITY2023『未来社会を創造中!』に出展します

... 阪府吹田市千里万博公園2−: GoogleMap) 入場料 無料 主催 国立大学 ... の出展内容 場所 ららぽーとEXPOCITY 1階 光の広場 出展形式 ブース 出 ...

[wwPDB] PDBアーカイブにおけるFTPファイル転送プロトコルの廃止について

... とを考慮して、 wwPDBは2024年11月1日にFTPダウンロードプロトコ ... (HTTP/S用) - ftp.wwpdb.org (FTP用) 2024年11月1日に廃止する予定です。2023年 ...

遺伝子変異情報とタンパク質の配列・立体構造情報をつなぐ新しいポータルサイトを公開しました

... Data Bank Japan :PDBj 代表 栗栖源嗣教授)※1と国立大学法人東北大学 東 ... 大学 蛋白質研究所 用語説明 ※1 日本蛋白質構造データバンク ...

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件を2025-06-25に公開中

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