| [wwPDB] 10,000件以上のPDB登録を処理したバイオキュレータ ... キュレーター Yuhe Liang氏が処理したPDBエントリーが10,000件に到達し ... に関する研修に従事した後、PDBに加わりました。 Yuhe Liang RCSBの ... PDBでの10年にわたるキャリア ... |
| バージョン化されたPDBエントリー ... リーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せ ... システムを導入した、 新しいPDBアーカイブを公開しました。 こ ... ットで公開しています。 wwPDBは、PDBバージョニングについて、以下 ... れます。 - このアーカイブには、各PDBエントリーに対して、最新マイ ... |
| 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDと化学式量を表示（表示順は化学式量が大きい順） ... 索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述 ... _status e1 JOIN entity e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE e1.pdb_format_compatible='N' GROUP BY e1.pdbid ORDER BY total_formula_weight ... （鎖）ごとの化学式量 pdbx_database_status.pdb_format_compatible PDBフォーマットと互換性があ ... |
| [wwPDB] PDBエントリー中の蛋白質の修飾の取り扱いを標準化します ... り扱いを標準化することで、PDBアーカイブ内で起こる蛋白質 ... とができます。 しかし、既存のPDBエントリーの中には、この取り ... します。 最終的に、ある修飾がPDBアーカイブの中で一貫して扱 ... われるように、PDBエントリー中で一貫して扱わ ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました ... けます 2024年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、 https://s3.rcsb.org ... ップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役 ... ファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットフ ... ます。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショッ ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました 2021年1月5日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp. ... ップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役 ... ファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットフ ... ます。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショッ ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました 2020年1月1日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp. ... ップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役 ... ファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットフ ... ます。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショッ ... |
| PDBj FTPサイト(PDBアーカイブ)に、HTTPでもアクセスできるようになりました。 これまでPDBjのPDBアーカイブダウンロードサービス ... できない方も、httpですべてのPDBアーカイブデータをダウンロード ... なりました。 - http://ftp.pdbj.org/（現行のPDBアーカイブ） - http://ftp-versioned.pdbj.org ... /（PDBバージョニングアーカイブ） ＊なお、 ... |
| [wwPDB] 10,000件の区切りのPDBデータを処理した研究員 ... 博士とMonica Sekharan博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達し ... いた薬剤設計に携わった後、PDBメンバーに加わりました。 Sekharan博 ... 専門としています。 15年間のPDBでのキャリアの中で、多くの ... の活躍を期待しています。 RCSB PDB Biocurators Dr. Sutapa Ghosh and Dr. Monica Sekharan [ wwPDB News ... |
| 3-2) PDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットのファイルに変換する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 新しい登録システムでは、PDBフォーマットでアップロードさ ... 換されます。 アップロードしたPDBフォーマットファイルと変換 ... できます。 あるいは、登録前にPDBフォーマットのファイルをPDBx ... ーマットに変換したい場合は、pdb_extractを使用して変換し登録用 ... |
| InChIKeyの値が「ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N」である化合物を含んでいるPDBエントリーのPDBIDと該当化合物の化合物ID（chem_comp ID）を得る ... 要素 内容 pdbj.chem_comp PDBIDとchem_comp ID（PDBで定義している化合物ID）と ... を収めたテーブル pdbj.chem_comp.id PDBで定義している化合物ID（chem ... _comp ID） cc.pdbx_chem_comp_descriptor chem_comp ID（PDBで定義している化合物ID）と ... めたテーブル cc.pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id PDBで定義している化合物ID（chem ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました A snapshot of the PDB Core Archive (ftp://ftp.wwpdb.org) as of January 3rd, ... ://snapshots.pdbj.org. 2022年1月3日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj: ... ショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に ... イルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマット ... 。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショ ... |
| wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセスについて wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセス ... 子の立体構造データを集めたPDBアーカイブを 世界中の利用者 ... 、wwPDBウェブサイトは、wwPDB.org又はPDB.orgで アクセスできるように ... なります。 RCSB PDBのリソースは、これまで通り、RCSB ... .orgからご利用頂けます。 RCSB PDBのリソースへのブックマークを ... |
| [wwPDB] PDBアーカイブとEMDBアーカイブのスナップショットを公開しました ... , 2023 is available. 2023年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、https://s3.rcsb.org ... ップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役 ... ファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットフ ... ます。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショッ ... |
| [wwPDB] PDB が Global Core Biodata Resource に認定されました 蛋白質構造データバンク（PDB）はGlobal Biodata Coalition（GBC）が認定する Global Core ... る 37のリソースが含まれます。 PDBは、Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)パートナーシップ ... RCSB蛋白質構造データバンク（RCSB PDB）、欧州蛋白質構造データバンク ... 検証の全てに責任を分担し、PDBアーカイブを世界的に管理し ... 要があります。 これはまさに、PDBアーカイブが50年以上の歴史 ... |
| [wwPDB] まもなく、新規リガンドを含むPDBエントリーは、PDBx/mmCIFとPDBMLファイルフォーマットでのみ提供されるようになります ... になります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4 ... ードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新 ... -99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしま ... ーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在 ... よう求めています。 拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイル ... |
| [wwPDB] PDBが標準的なクリエイティブ・コモンズ・オープンソース・ライセンスを採用 ... ブリック・ドメイン提供 wwPDBは、PDBコア・アーカイブをFAIR原則(検索 ... ープンアクセスを提供します。 PDBデータは、商用ユーザーを含むすべ ... てのPDBユーザーが自由にご利用頂けま ... を反映して更新されました。 PDBデータの利用者は、可能な限り ... PDB構造データの原著者を表示す ... |
| [wwPDB] 2020年に、PDBデータ中の糖鎖分子の表現を改良します ... 標準化された表現を使って、PDB構造ファイルと参照データフ ... ァイルを更新し、PDBデータの発見可能性（Findability）と相互 ... トからご利用いただけます 。 PDBデータを作成・アクセスしたり ... を開発しました。 このツールは、PDBアーカイブ内のオリゴ糖や多 ... ともできます。 影響を受けるPDBエントリーおよそ12,000件のそ ... 改善しています。 これにより、PDB内の低分子の代替名称をよ ... |
| GO IDが0006220（ピリミジンヌクレオチド代謝過程）である、PDB IDとUniProtアクセッションコード一覧を得る ... _id, s.sp_primary FROM entity_poly AS e JOIN sifts.pdb_chain_go AS s ON s.pdbid = e.pdbid AND s ... Chain ID」との対応情報テーブル「sifts.pdb_chain_go」におけるChainID（＝atom_site.auth_ ... asym_id） sifts.pdb_chain_go.sp_primary GO IDと「PDBID＋Chain ID」 ... |
| 2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM）によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。 ... ）によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマ ... 3DEM）で決定した原子座標をPDBへ登録する場合、マップを ... 録サイトから、統合化されたPDB、EMDB、BMRB登録ツールを使って ... 、登録できます。 RCSB PDB (http://deposit.wwpdb.org) PDBe (https://deposit-pdbe.wwpdb.org) PDBj ... の状態にしておけます。 PDBとEMDB両方の登録の場合、2016 ... ります。 方針の変更は、PDBやEMDBユーザの意見に基づいて ... |
| ケンブリッジ結晶構造データベース（CSD）の化合物IDが「YARXEW」である化合物を含むPDBエントリーのPDB ID、化合物ID一覧を得る ... 「YARXEW」である化合物を含むPDBエントリーのPDB ID、化合物ID一覧を得 ... ' 要素 内容 pdbj.chem_comp PDBIDとchem_comp ID（PDBで定義している化合物ID）と ... 報を収めたテーブル pdbj.chem_comp.id PDBで定義している化合物ID（chem ... ccmodel.pdbx_chem_comp_model ccmodel.pdbx_chem_comp_model.comp_id PDBで定義している化合物ID（chem ... |
| [wwPDB] PDB検証レポートの概要に関する論文がStructure誌で公開されました ... ました。 その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検 ... うになり(PDBjニュース）、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述さ ... 提供されるようになり、 後にPDB Archiveに加えられました (PDBjニュ ... )で作成されます。 wwPDBパートナーは、PDBアーカイブへデータを登録する ... 稿されなければなりません。 PDBエントリーが公開される時に ... 、対応する検証レポートもまた、PDBアーカイブに公開されます。 |
| BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質の最新研究」(開催:2021-09-30) 講習会名 BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質 ... です。蛋白質構造データバンクPDBには、多くの立体構造データが ... 資料・講義データなど 13:00-13:15 「PDBの最近の動向」栗栖 源嗣（大阪 ... 大・蛋白研） 講義資料「PDBの最近の動向」 [講演動画(YouTube)] 13 ... :15-14:15 「PDBデータの使い方・分子ビューワの ... 研究奨励会・大阪大） 講義資料「PDBデータの使い方・分子ビューワの ... |
| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による判断に従い、PDBエントリーが廃止され、論文も取り消されました ... と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は ... している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤 ... 応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再 ... 場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連 ... れました。 この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧く ... ブデータのリソースとしてのPDBの役割 PDBは、構造モデルとその関 ... する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション及 ... |
| [wwPDB] 研究公正局（ORI）による研究不正行為判断に従い、PDBエントリーを廃止しました。 ... と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は ... している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤 ... 応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再 ... 場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連 ... れました。 この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧く ... ブデータのリソースとしてのPDBの役割 PDBは、構造モデルとその関 ... する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション ... |
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件を2024-06-12に公開中
