※旧版ヘルプページはこちら このチュートリアルではPDBjのサービスの１つとして提供されている SeSAW について解説しています。 用いている手法など基本的なことについては SeSAWに関する文書 をご覧下さい。 - PDB IDによる構造指定 - ファイル送信による構造指定 - 実験的に決定された構造の場合 構造モデルの場合 - 実験的に決定された構造の場合 - 構造モデルの場合 - 実験的に決定された構造の例 - 2czl 1wjk 1wj5 - 2czl - 1wjk - 1wj5 ...

構造ドメイン は、分子の２次構造と３次構造の間に位置する構造階層を指しますが、 １つのドメインで構成されている分子では、構造ドメインは３次構造に等しいものと考えられます。 構造ドメインを考える上で、その順序と構造は中心的な要素となりますが、 残念ながら１つに定まった構造ドメインの定説はなく、 実際はいくつかある構造ドメインの定義に頼らざるをえません。 PDBj Mine では、 SCOP と CATH 両方のデータベースへのリンクを提供しています。この２つのデータベースは比較的広く受け入れられている方法 ...

[機能注釈] 1uan PDBエントリー1uan（好熱性細菌 Thermus thermophilus の HB8株から得られた TT1542 ）は、日本のタンパク3000プロジェクトの一環として構造が解明された、 構造ゲノミクス （SG）対象の１つです[1]。 構造が解明された当初は、PDBエントリーの中に似た配列を持つものはありませんでしたが、分子表面に位置するアミノ酸残基の保存性と対称性から、 N末端付近にある「HPDDGE」ループ周辺が活性部位ではないかと推測されました。 そこで著者たちは、 ...

XPath は X ML Path Languageの略で、XML文書の一部を指定するための共通文法を取り決めたものです。内容はW3Cコンソーシアムで勧告されています→ こちら （英語）。 このXPathの表記法を用いて、指定したエントリー(PDB ID)対して、目的の情報をPDBMLのデータ集合から抽出するツールが、Mineで提供している「Entry-wise XPath」検索ツールです。 http://pdbj.org/mine このツールによる検索で返る結果は１種類だけです。複数の要素を検 ...

日本語版： http://eprots.pdbj.org/eprots/index_ja.cgi 英語版： http://eprots.pdbj.org/eprots/index_en.cgi eProtS（タンパク質構造百科事典）とは、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。タンパク質構造の専門家でない方にも利用しやすいように、日本語版と英語版を用意しています。 jV という表示ソフトを使えるシステムでは、マウス ...

URL: https://pdbj.org/seqNavi [概要] Sequence Navigator はPDBjエントリに対する BLAST 検索を行うサイトです。 PDB ID やアミノ酸配列を入力して検索することができます。結果を類似性の度合いによってクラスタリングする機能もあります。また PDB ID を入力した時は、各配列（ アライメント ）に対して 構造の重ね合わせ を実行できます。 [例] ここでは「ウシ膵臓トリプシン阻害剤」を例に、類似配列検索の方法を説明します。 基本的な使い方 ...

Web ページ : http://pdbj.org/jv/index_j.html オリジナルマニュアル（英語） : http://ef-site.hgc.jp/eF-site/jV/jV_manual.html 日本語翻訳＋事例等追加版 : http://pdbj.org/jv/manual/index_ja.html 英語版ヘルプページ： http://ef-site.hgc.jp/wiki/jV/index.php 詳しくは上記リンク先のマニュアル等をご覧下さい。

2012年6月20日に行われました第12回蛋白質科学会年会におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

今月の分子 の記事数が150件に達しました。 David S. Goodsell博士（スクリプス研究所）によって執筆されている今月の分子（Molecule of the Month）は2000年1月に掲載が始まり、今月の記事「 スライディングクランプ 」（Sliding Clamp）で150件目の記事となりました。現在PDBjでは全ての記事について日本語訳を提供しています。 RCSB PDB の News もご覧下さい。 050:解糖系酵素 001:ミオグロビン 025: ...