下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 PDBj ランチョンセミナーのご案内 6月12日（水）‐14日（金）鳥取にて開催される第13回日本蛋白質科学会年会にて、PDBj は下記の通りランチョンセミナーを実施いたします。 - 発表日時： 2013年6月12日（水） 11：45－12：45 - 会場（部屋名）： D会場（とりぎん文化会館、鳥取市） [ Access Map / Floor Map ] - 席数： 100席 ＜演者・演題＞ 1. Gert-Jan Bekker （ ...

これまでにない完全なHIVカプシド構造が2つ、 今週の Nature（Vol.497） に掲載され、この構造はPDB（wwpdb.org）からも公開されています。 この成果は、構造生物学の分野において大幅な進歩であり、PDBにとっての節目でもあります。 これらの構造は、電子顕微鏡データに基づいたモデルで、分子動力学可動性フィッティング方法を使用しています。 タンパク鎖の数は3J3Qで1356本、3J3Yでは1176本になり、原子の数ではそれぞれ200万を超えます。 HIVカプシドはタンパク質でできた ...

検索結果ページの右パネルについて 簡易検索バーや詳細条件検索のいずれかを使用してPDBj Mineの検索を実行すると、結果がブラウザ内に表示されます。 画面の中央には、検索結果が保持されて、さらに右エリアには、追加情報と機能を提供するための２つのパネルが現れます。（下図参照） 検索結果情報のパネルには、検索結果数や、１ページに表示される結果数、表示順についての情報が表示されます。 また、オートページャー機能をオンにするオプションもあります。デフォルトはオフで、検索結果は複数のページに分割して表示され ...

PDBの登録数はますます増加し、この中にはさらに大きく複雑な構造や、また複数の実験手法で決定した構造も含まれています。 こういったPDB登録の難題に対応するために、 wwPDBパートナー(wwPDB: http://wwpdb.org/)は、 PDBエントリーの登録と編集を行うための、全く新しいシステムを開発中です。 この新しいシステムは、2014年初期に、全てのwwPDB登録拠点で完全に稼働し始めます。 これによって、回折、NMR、EM（電子顕微鏡）手法によって決定した、どのような大きさの構造の登録 ...

2013年5月3日（金・祝）に、大阪大学いちょう祭にて施設・研究紹介を行いました。発表内容を講習会ページ に掲載しました。

公開済みの登録構造が9万件を超えました。 2013年5月1日の更新時点で、90,206件のPDB登録構造が公開されています。

下記のイベントは終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント PDBj は大阪大学いちょう祭の施設・研究紹介にて、下記のイベントを開催します。タンパク質に興味のある方ならどなたでも歓迎します。 - 開催日時： 2013年5月3日（金・祝） 13時－16時30分 - 会場： 大阪大学蛋白質研究所 蛋白質解析先端研究センター４階 『タンパク質の”かたち”を見てみよう－万見プライム』 『万見プライム』（生体分子を一般の方にも分かりやすく紹介するウェブサービス ...

BIRD辞書によるペプチド様抗生物質や阻害剤分子の定義について wwPDBのBIRD辞書では、抗生物質やペプチド阻害剤、その他の複雑な生物学的リガンドが定義されています。 このような生物学的に興味のある分子を定義し説明するために、BIRDには化学的な説明や、配列と結合の情報、中心となる構造や外部リソースから取得した機能と分類に関する情報等が含まれます。 生物学的に興味のある分子を含むPDBエントリーは全て、BIRD辞書を用いて編集が行われ、対応するBIRD IDは、PDBx形式のファイル ...

2013年3月8日（金）に、医療と生命科学データベースの連携をテーマに、蛋白質研究所セミナーが開催され ました。プログラム（ pdf 293KB）

ジョブマネージャーは投入したジョブの進捗状況の一覧を表示します。現在、Structure NavigatorとPDBetaサービスのみジョブ·マネージャーを使用しています。 今後、他のサービスでも使用する予定です。 ジョブが終了した後、ジョブマネージャーはポップアップウィンドウを表示して、ジョブの完了をユーザーに通知します。ユーザがブラウザを閉じた場合は、 ユーザーがPDBjのウェブサイトを次回開いたときに通知されます。もちろん、この機能は、ユーザがジョブを投入したブラウザで、その結果を見るために同じブ ...

振動する分子の3次元画像 10個の最低振動数モードそれぞれについて、振動する様子をjV(PDBj)やJmolで3次元画像として見ることができる。 (1) 変位ベクトル図 10個の最低振動数モードそれぞれについて、分子が振動する様子を変位ベクトルで表現した図で、ｊVあるいはJmolで表示する。1度に最大3個のモードを同時に表示できる。jVでは右側パネルにある、またJmolでは画面下にあるチェックボックスで、個々のモードの表示・非表示の切り替えができる。 更にjVでは、主鎖原子と側鎖原子の変 ...

[ソフトウェア使用許諾契約書] 本ソフトウェアを使用、複製、または配布すると同時に、利用者が本契約書を理解し、そのすべてに同意いただいたものとします。本契約書の条項に同意されない場合は、本ソフトウェアを使用、複製、または配布しないでください。本契約書の条項に同意されない場合は、本ソフトウェアのダウンロードを中止してください。 PDBETAおよびともに提供されるドキュメント等の関連資料（「本ソフトウェア」と記載します）は、輪湖博（早稲田大学）と猿渡茂（北里大学）（「著作権者」と記載します）によって開発され ...

平成24年度PDBj 講習会（3月7日開催）における発表内容を 講習会ページ に掲載しました。

EMDBヘッダファイル（各マップに付随するXMLファイル)の新しいフォーマット（バージョン1.9.0）が公開されました。 FTPサイトのEMDBヘッダファイルは、新しいフォーマットに置き換わりました。 （ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-/header/emd-.xml） EMDataBankの登録・編集・検索サービスでも新しいバージョンが使用されます。 1.9.0用のスキーマは、以下の場所からご利用頂けます。 ftp://ftp.pdbj ...

PDBj が編集処理を行ったPDB登録数が2万件に達しました。 PDBj は、2000年にPDBエントリーの編集処理を開始して以来、2万件の登録構造を処理しました。 この成果に対しては、全ての登録者とwwPDBのメンバーに感謝しています。 各年の登録数と処理数の統計情報は、 wwPDB の統計情報ページ でご覧頂けます。

平成24年度第3回データベース講習会（12月26日開催、産総研主催）における 発表内容 を掲載しました。

構造因子ファイルの修正、公開計画について wwPDBは、アーカイブにある構造因子ファイルを、フォーマットの整合性と座標データとの対応に関して見直しました。 その結果、フォーマットの標準化とデータの修正を反映させるため、約43,800個の構造因子ファイルが更新されました。 変更点は、構造因子ファイルのaudit.detailsレコードに記載されています。 2013年1月16日より、修正済みの構造因子ファイルを週1000個の単位で公開し始める予定です。 構造因子ファイルは以下のFTPサイトからご利用頂け ...

EMDBヘッダファイルのフォーマットがバージョン1.9.0に更新されます 2013年1月16日に、EMDBアーカイブは、ヘッダファイル（各マップに付随するXMLファイル）のフォーマットをバージョン1.9.0に更新する予定です。 wwPDBパートナーサイトから配布されるEMDBヘッダファイルはバージョン1.9.0になり、 EMDataBankの登録・編集・検索サービスでも新しいバージョンが使用されます。 EMDBのヘッダファイルを利用するソフトウェアやサービスの開発者が必要な変更を行えるよう、事前にフ ...

新しい辞書 （BIRD ：Biologically Interesting molecule Reference Dictionary ） がFTPサイトから公開されました。 以前に予告していました、新しい辞書 BIRD が、下記のFTPサイトからご利用頂けるようになりました。 BIRD辞書についての詳細は、 10月19日のニュース をご覧ください。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/bird/prd/ （PDBj FTPサイト） ftp://ftp. ...

実験データの公開方針が明確になります 2013年2月6日以降にPDBに登録される座標と実験データは、同じ公開条件（ステータス）に従います。 ご不明な点は info@wwpdb.org までお問い合わせください。

wwPDB Outreach講演会（10月13日 開催）の動画（抜粋）をYouTubeで公開しました。（ 詳細... ）

サイエンスアゴラ2012 （11月10日、11日開催）における PDBj の出展内容 を掲載しました。

2012年11月2日（金）に行われました、CCP4講習会における 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧下さい。

2012年10月26日（金）に行われました 平成24年度日本結晶学会年会 におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧下さい。