PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになりました すでにお知らせした通り、 毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなっています。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列からリガンドの結合配置を ...

分子構造情報の活用例について紹介した文献が出版されました。出版物ページもご覧ください。 工藤高裕「SCCJ Cafe –Season 4– 分子のかたち (3)『分子構造の活用』」 Journal of Computer Chemistry, 14 (1): A3-A5 (2015) [doi:10.2477/jccj.2015-0004]

PDBj が公開している蛋白質分子表面データベース(eF-site)をMolmil viewerによりタブレット端末等でも見ることができるサービスを開始しました

検索サービス > PDBj Mine > RESTインタフェース > PDBjウェブサイト検索 PDBjウェブサイト内の内容を検索します。 URLhttps://pdbj.org/rest/webSearch 入力 - query: 検索クエリ（文字列、必須） - limit: 取得結果数の上限（自然数、任意） - offset: 結果取得開始位置（自然数、任意、limitと組み合わせて利用） - sortBy: 並べ替え方法（1〜8の自然数、任意、指定がない場合の既定値は1、各値の意味は以下 ...

検索サービス > PDBj Mine > RESTインタフェース > PDBキーワード検索 PDBエントリーをキーワードで検索します。 URLhttps://pdbj.org/rest/quick_search 入力 - query: 検索クエリ（文字列、必須） - fields: 検索対象フィールド（文字列、任意、指定しない場合は要約データベースの全フィールドが検索対象） 返り値各フィールド（カテゴリ）ごとの結果一覧（json形式） 備考PDBjの全データベースから代表的な項目（ID、タイ ...

新しいWebインターフェースでアクセスできるサービスの多くは、RESTインターフェースで動作します。 このRESTインターフェースは、ユーザーに一般公開されています。 また、使い方の例も公開しています。 PDBjのRESTサービスは、/rest/というURLで公開されています。 検索 API URLhttps://pdbj.org/rest/newweb/search/omni 入力 - query: 検索クエリ - fields: 検索対象フィールド（任意、指定しない場合は全フィールドが検索対象 ...

Q) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入手することはできますか？ A) 申し訳ございませんが、PDBjからの全データを含むCD-ROMの配布は、2004年版で終了しています。 ftpまたはrysncでダウンロードすることができますのでこちらをご利用下さい。詳細は、PDB Archive/Snapshot Archiveページ をご覧下さい。 なお米国のRCSB-PDBではDVDでの配布を行っています。ご希望される方は、cddvd@rcsb.rutgers.edu までご連絡下さい。 ...

電子密度マップのccp4形式のファイルを公開しました。 PDBj Mineの電子密度マップページからは、httpプロトコルにより、各entryのccp4形式ファイルがダウンロードできます。 また、PDBj FTPサイトからは、電子密度マップをもつエントリー全ての ccp4形式ファイルがダウンロードできます。なお、電子密度マップをもつエントリー一覧については、 FTPサイトにある、'edmap.list'をご利用ください。

2015年4月10日より、PDBのアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれて行われるようになります。 2015年4月10日より、毎週行われている蛋白質構造データバンク（PDB）のアーカイブデータの公開処理が２段階に分かれ、 蛋白質立体構造の予測や蛋白質とリガンドの結合に取り組む開発者のニーズをよりいっそう満たしたものとなります。 今後は毎週、第一段階の公開から第二段階の公開までの約４日間の間に、開発者はポリマー配列から蛋白質や核酸の構造を予測したり、 ポリマー配列と結合するリガンドのInChI文字列 ...

理論モデル（Theoretical Models） 2002年7月1日から、PDBは、理論モデルによる座標ファイルを、メインのPDBアーカイブから分離しました。 以降、メインアーカイブには、実験的な手法で解析された構造のみが保管されています。 理論モデルは、PDB FTPサイトからダウンロードできます。 - 理論モデルは全て（公開中及び廃止されたエントリー）FTPアーカイブ中の別の場所に保管されています。(pub/pdb/data/structures/models/current, pub/pdb/ ...

Q) 特定種のポリマーを含むエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) 詳細条件検索でポリマーの種類を指定し、検索することができます。 例：D体アミノ酸を含むエントリーを検索する 1. 詳細条件検索にアクセス 2. 右列「詳細条件を選択して下さい」パネル中にある「含まれるポリマー鎖の種類」をクリック →中央列に「含まれるポリマー鎖の種類」のメニューが増える。 3. 「ポリペプチド(D体)」の行に3つ並んだ○のうち左側の○をクリック →条件が「含む」に変更される。 4. 中央列下端「検 ...

Q) 日本語キーワードで検索しても適切な翻訳内容で検索されません A) キーワードに含まれる日本語を自動的に英語に翻訳して検索する機能は、表示言語が日本語の場合にのみ有効です。表示言語が日本語になっているかどうかをご確認下さい。もし表示言語が日本語になっていて、検索結果ページに表示される「変換クエリ」の内容が適切でないと思われる場合、お問い合わせページからお知らせ下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) 構造因子ファイルを持っているPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) PDB最新情報ページの「構造因子エントリー」に、構造因子ファイル（structure file）を持つPDBIDの一覧が記載されています。こちらを参照下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) ある範囲内の分解能で解かれたPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) PDBj Mineの詳細検索で分解能の項目を設定して検索することにより、分解能がある範囲内にあるPDBエントリーを、検索することができます。 また、 PDBj MineのSQL検索 や PDBj Mine RESTサービスでも分解能がある範囲内にあるPDBエントリーを抽出することができます。具体的な検索例については、下記のヘルプページを参照下さい。 - PDBj Mine: SQLクエリ文の事例 - ...

Q) ある化合物が含まれたPDBエントリーを検索するにはどうすればいいですか？ A) 化合物の名称を、PDBjページトップにある検索ボックスに入力して検索して下さい。ヒットしなければ、PDBには登録されていない可能性が高いです。 他の条件と組み合わせるなどより複雑な条件で検索したい場合は 詳細検索 などをお使い下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) UniProt ID（Swiss-Prot ID）から、その蛋白質のPDBデータを探すのはどうすればいいですか？ A) PDBjページトップにある検索ボックスにUniProt ID（Swiss-Prot ID）を入力して検索することができます。他の条件と組み合わせるなどより複雑な条件を検索したい場合は詳細検索などをお使い下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBデータを部分的に抽出してダウンロードすることはできますか？ A) PDBj Mine検索 や PDBj Mine RESTサービス、XPath検索では一部データを取り出し、csv（コンマ区切り）、tsv（タブ区切り）、json、xmlなどのフォーマットでダウンロードすることができます。PDBフォーマットには対応していません。 抽出方法がご不明の場合は、抽出したい内容等を明記して お問い合わせページからお問い合わせ下さい。 [質問一覧に戻る]

Q) PDBj Mine検索サービス（PDBjにおけるPDBデータ検索サービス）の使い方に関するヘルプはありますか？ A) PDBj Mineでは、簡易検索、詳細検索、SQL検索を用意しています。それぞれの利用方法を下記リンク先のヘルプページに記載しています。 - 簡易検索：基本的な使い方 - 詳細検索：詳細検索の各種項目 - SQL検索：SQLクエリ文の事例 [質問一覧に戻る]

Q) PDBjの各種検索サービスの利用方法に関するヘルプはありますか？ A) ヘルプページの検索サービスに各検索サービスの利用方法に関する説明を記載しています。PDBj各ページの左メニュー「検索パネル」内の「ヘルプ」からもアクセスできます。 [質問一覧に戻る]

Q) 機能情報（Functional Details）ページに掲載されているデータ（CSA等）はどこからダウンロードできますか？ A) 機能情報（Functional Details）ページに掲載されているデータの一部はPDBj で別途収集し付加した情報ですので、wwPDBで共有しているPDBMLには含まれていません。PDBjで別途追加している情報は、PDBMLaddという別のファイルで提供しています。 PDBMLaddファイルは以下のサイトからダウンロードできます。 ftp://ftp. ...

Q) FTPを使って、PDBデータを指定したフォーマット(PDB,mmCIF,XML)でダウンロードする方法を教えて下さい A) FTPサイトの下記ディレクトリ配下に、フォーマット別にディレクトリを分けてデータを収めています。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/ - pdb/ … PDBフォーマット - mmCIF/ … mmCIFフォーマット XMLフォーマットは、必要とするデータに応じて下記の３つのディレクトリからデータ ...

2015年1月27日の日本時間午前9時以降、PDBjのADITはX線結晶構造の登録にはご利用頂けなくなりました。 新規にX線結晶構造の登録を開始する場合、wwPDB登録ツールをご利用ください。 登録途中のセッションは、2015年7月19日までに登録を完了してください。 NMRや電子顕微鏡法などX線結晶解析以外の手法による構造は、当面はADITにてご登録ください。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開 ...

2015年1月27日の日本時間午前9時以降、PDBjのADITはX線結晶構造の登録にはご利用できず wwPDB登録ツールをご利用いただくことになります。 NMRや電子顕微鏡法などX線結晶解析以外の手法による構造の登録は、その後もADITにてご利用頂けます。 2014年1月27日に、wwPDBは、新しい登録及びアノテーション処理のシステムの一部として、 X線結晶構造を対象に、登録ツールの提供を開始しました。 3000件以上の構造が新しいシステムを使って登録され、アノテーション処理が行われました。そのう ...

jV 4.4.2を公開しました。機能に変更はありませんが、署名を更新しています。4.4.1の署名に用いている証明書は2014年12月21日で期限を迎えますので、appletでご利用の方は4.4.2に更新をお願いします。 なおスタンドアロン版の利用に関しては影響ありません（必ずしも更新の必要はありません）。 http://pdbj.org/jv/index_j.html#download

wwPDBでは2014年より、1970年代から使われてきた「PDBフォーマット」に替わる新しい標準フォーマット（PDBx/mmCIF）の利用を開始します。 詳細は、wwPDBの新しい標準フォーマットについて記載されたページをご覧ください。 PDBjでは、"mmCIF"について、過去の講習会でも講演しておりますので、以下の講演資料も合わせてご覧ください。 平成25年度PDBj 講習会 －in 大阪－ （2013年8月23日（金） 大阪大学中之島センター） - 「PDBデータの読み解き方： ...