| 7-3) ナビゲーションパネルの指標は全て緑色に変わり、”Submit（登録）”ボタンも有効になっていますが、登録ボタンを押すと、「検証レポートをクリックしていません」と表示されます。なぜですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースでは、登録セッションが完成する前に、wwPDBの検証レポートをダウンロードすることが求められます。 登録者は、登録が完了する前に、検証レポートに目を通して、明瞭はエラーはいずれも修正してください。 検証レポートが作成されれば、電子メールで通知を受け取ります。 登録インターフェースの検証レポートページに戻り、PDFファイルの検証レポートへのリンクをクリックしてください。 レポートがダウンロードされ、受け入れられれば、登録処理を完了することができます。 [質問一覧に戻る] |
| 7-2) すでに、PIや連絡先著者（corresponding authors）の連絡先情報は完全に入力しましたが、ナビゲーションパネルでは、ページ内のデータが不完全であると指摘されます。なぜですか？- wwPDB D&A FAQ - システムのデフォルトでは、コンタクトオーサー情報を追加で入力できるよう、余分な空欄が設けられています。 追加するコンタクトオーサーがない場合は、「Are there other authors you wish to add?（他に追加したい著者がいますか？）」の質問に対して、「N（いいえ）」を選択してください。 選択後、余分な空欄が消え、このページは完了し、研究責任者と連絡先の著者（corresponding authors）の情報が適切に入力されました、と表示されます。 [質問一覧に戻る] |
| 7-1) 全ての必須項目が入力済みであるかどうか、どのようにしてわかりますか？- wwPDB D&A FAQ - 登録画面の左上の隅にある進捗バーに、必須項目の入力状況が表示されます。 未入力の必須項目を確認したいときはいつでも、進捗バーをクリックしてください。 全ての必須項目が入力済みになると、進捗バーが登録ボタンに変わります。 データ入力が完了し、登録ボタンをクリックすると、PDB又はEMDB又はBMRBのアクセションコードが発行され、 データはwwPDBのアノテーション処理用に送信されます。 [質問一覧に戻る] |
| 6-4) 配列アラインメントの最中にミスマッチエラーを指摘されました。修正する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - 配列アラインメント中のミスマッチエラーを修正するためには、エラーの原因が配列であるのか、アップロードした座標ファイルにあるのかを、決定する必要があります。 エラー原因が配列にある場合、正しい配列を該当する項目に入力し、アラインメントをリフレッシュしてください。 エラー原因がアップロードした座標ファイルにある場合、"Replacement Upload（差し替えアップロード）”ページにて、修正後の座標ファイルをアップロードする必要があります。 [質問一覧に戻る] |
| 6-3) ポリマー又は配列について、詳細情報を入力する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - 登録構造中で一位となる高分子の各々について、左側メニューのMacromolecules（高分子）ヘッダの下に、ページがあります。 用意されたデータ項目に該当しない、高分子の配列や性質に関する詳細情報は、 配列アラインメントの下にある”Compound details（化合物の詳細）”ボックス内に記載することができます。 [質問一覧に戻る] |
| 6-2) 登録構造中に同じ蛋白質鎖が複数ありますが、登録インターフェースでは、複数の高分子が表示されます。Macromolecule（高分子）ページで、一意となるポリマー鎖の数と鎖名を修正する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - アップロードされた座標ファイルに配列が記載されていない場合、登録システムでは、座標から抽出した配列に基づいて、自動的に一意のポリマーエンティティが作成されます。 同じポリマー鎖でも、異なるエンティティは配列の異なる部分集合を持つ可能性があるので、一つのポリマー鎖に対して複数のエンティティが生成される場合があります。 処理の過程で、これらを同じポリマーと識別できるようエンティティを関連づけるには（各々のエンティティが”Macromolecules（高分子）”ヘッダの下に異なるページを持つよう）、 いずれ ... |
| 6-1) 非標準残基や修飾残基を含むアミノ酸配列を登録する方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - 登録者は、完全なアミノ酸配列についての情報を提供する必要があります。 最終段階の座標ファイルには含まれなかった発現タグや、他の観測されない領域も、配列に含めてください。 標準アミノ酸を含むポリペプチド鎖に対しては、ポリマー鎖に含まれる全ての標準アミノ酸を一文字表記で表したアミノ酸配列を登録してください（例：GLU -> E） 同様に、核酸配列に対しても、ポリマー鎖に含まれる標準ヌクレオチドは一文字表記で表してください（例：Uracil -> U）。 標準アミノ酸と核酸の一文字表記の一覧を参考にし ... |
| 5-8j) 登録構造中のリガンドが、化合物辞書（CCD）に登録されていないリガンドの場合、好きなIDを指定できますか？- wwPDB D&A FAQ - リガンドIDは、登録者が指定できるものではなく、アノテーション処理の過程で決定されます。 登録構造のリガンドが、未公開のものも含めて化合物辞書（CCD）に登録されておらず、登録者が希望するIDが使用されていなければ、そのままのIDで登録される可能性があります。 [質問一覧に戻る] |
| 5-7j) 登録構造中のリガンドが、化合物辞書（CCD）に登録されていないリガンドの場合、どんな手続きが必要ですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録処理のリガンド特定時に、リガンドに対する追加情報（SMILES等）を求められますので、指示に従って、情報を提供してください。 [質問一覧に戻る] |
| 5-6j) 登録構造中のリガンドのIDは、何を指定すればよいですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録処理の過程で、リガンドを特定しますので、登録前には仮のIDを使用して頂いて構いません。 リガンドの特定時に、化合物辞書（CCD）に一致するリガンドがあれば、そのIDに置き換えることができます。 この場合、“Use exact match ID of XXX instead of originally proposed ID”を選択してください。 CCDに一致するものがなければ、新しいリガンドとして登録するために、構造の絵やSMILES等の追加情報を求められます。 [質問一覧に戻る] |
| 5-5j) リガンドの特定処理において、ミスマッチを指摘されています。どうすれば良いですか？- wwPDB D&A FAQ - 化合物辞書(CCD)に登録済みのリガンドIDが登録構造中のリガンドで使用され、構造が完全には一致しない場合、ミスマッチが指摘されます。 「選択したリガンドを調べる（Inspect Selected Ligands）」を選択後、提案される選択肢の中から適切なものを選択してください。 - 登録構造中のリガンドの構造は、CCDの定義通りである場合・・・“Use originally proposed ID of YYY” （ここでYYYはCCDに定義され、登録構造にも含まれるリガンドID） - 登録構造中の ... |
| 5-4) 必須のリガンド情報を入力しましたが、”a ligand mismatch requires attention（リガンドのミスマッチに注意してください）”と表示されます。どうすればよいでしょうか？- wwPDB D&A FAQ - ligand summary（リガンド概要）ページで "Inspect Selected Ligands（選択したリガンドを検証する）"をクリックして、インスタンスレベルの照合ページに戻ってください。 ページ最下部付近の”Save（保存）”ボタンがクリックされたことを確認してください。 保存ボタンをクリックすると、”保存”ボタンは”Undo（取り消し）”ボタンに変わり、 リガンドの一致しないインスタンスは全て黄色のヘッダから明るい青色のヘッダへ変わります。 ”Mismatch(es) now ... |
| 5-3) 構造を登録した後に、リガンドの絵や定義ファイルをアップロードする方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 構造が登録された後は、コミュニケーションページを利用して、セッションのロックを解除してもらえるよう、依頼するこができます。 依頼する際に、アノテーション担当者に、リガンドの図や定義ファイルをアップロードしたいと伝えてください。 ロックが解除されたら、”Replacement Upload（差し替えアップロード）”ページでファイルをアップロードし、適切なファイルの種類（例えばリガンド図）を選択後、”Submit”ボ タンをクリックしてください。 リガンドの定義ファイルの場合は、ファイル種類として” ... |
| 5-2) 構造を登録する前に、リガンドの絵や定義ファイルをアップロードする方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - リガンド特定ページでは、CCDに一致する構造がないリガンドに対して、”Address mismatched instances of”というメッセージが表示されます。 リガンドのタイプを確認した後、リガンドの図（必須）とリガンドの定義ファイル（任意）を入力してください。 [質問一覧に戻る] |
| 5-1) 新しい化合物（リガンド）の情報を、どのように登録することができますか？ - wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースでは、化合物辞書(CCD: Chemical Component Dictionary)を使って一致する化合物がないか検索できます。 アップロードしたファイル中に検出された化合物（リガンド）について、概要が表示されます。 登録者は、この情報を確認して何か欠けたデータがないか注意する必要があります。 もしCCDで一致するものがなければ、登録者は登録ツールを使って２次元構造図をアップロードするか、またはSMILESやInCHIを入力するかして、完全な化合物情報を提供する必要があります。 ... |
| 4-2) ファイルのアップロードが失敗する理由を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - まず、"Upload Summary（アップロードサマリー）"ページを表示し、エラーメッセージを確認してください。 エラーメッセージ #1: "File is not readable（ファイルが読めません）" このエラーメッセージは、"Upload Summary"ページ内の"Upload file summary（アップロードファイルの概要）"の"File header check"列で見られます。（各ページは登録ツールの左メニューを使用して選択することができます）。 もしもエラ ... |
| 4-1) アップロードしたファイルに問題がありました。問題点を一覧表示で確認する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ファイルのアップロード中に生じた問題は、２つの場所で確認できます。 (1) ファイルアップロードページの”Populate”又は”Repopulate”ボタンを押した後現れる診断画面（赤いギアの絵に続く） (2) 登録インターフェースのUpload Summary（アップロード概要）ページ [質問一覧に戻る] |
| 3-2) PDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットのファイルに変換する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 新しい登録システムでは、PDBフォーマットでアップロードされたファイルは、自動的にPDBx/mmCIFフォーマットに変換されます。 アップロードしたPDBフォーマットファイルと変換後のPDBx/mmCIFフォーマットファイルは、左側パネルの最下部にあるリンク"Download files"からダウンロードできます。 あるいは、登録前にPDBフォーマットのファイルをPDBxフォーマットに変換したい場合は、pdb_extractを使用して変換し登録用のファイルを準備することもできます。 [質問一覧に ... |
| 2-1) ハイブリッド手法の構造を登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録開始時に、構造の決定に用いた実験手法についての情報を求められます。 複数の実験手法を選択することもできます。 例えば、X線/中性子線ハイブリッド法を使用した場合、X線回折と中性子線回折の両方を選択してください。 登録が終了すると、関連するアクセッションコードが割り当てられます （例えば、X線回折と溶液NMR法で解析された構造には、PDBアクセッションコードとBMRBアクセッションコードの両方が割り当てられます）。 登録セッションが進むと、登録者は、各々の実験手法に対するデータ収集や精密化とい ... |
| 1-8) 構造の著者や引用文献の著者に、著者を追加する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 著者名の隣の”+”ボタンをクリックしてください。新しい著者名を入力するための空欄が追加されます。 著者一覧の順序を並べ替えたい場合、上/下向きの矢印アイコンををドラッグしてください。 ゴミ箱アイコンを選択すると、著者一覧から名前を削除できます。 [質問一覧に戻る] |
| 1-7) パスワードを初期化、又は変更できますか？ - wwPDB D&A FAQ - 現在は、登録セッションのパスワードは、初期化も変更もできません。将来は、できるようになる予定です。 [質問一覧に戻る] |
| 1-5) パスワードを忘れてしまいました。どうすればよいですか？ - wwPDB D&A FAQ - 忘れてしまったパスワードを取得するために、登録ページの左側パネル（”Existing Deposition（既存の登録）”）にある”Forgot Password（ﾊﾟｽﾜｰﾄﾞを忘れました）”ボタンをクリックしてください。 小さいウインドウが現れ、Deposition IDと電子メールアドレスの入力を求められます。 これらを入力後、Submitボタンを押すと、指定された電子メールアドレスにパスワードが届きます。 未公開情報の安全性と機密性を維持するために、登録時に連絡先情報に追加された電子メールアドレスに ... |
| 1-4) 以前に登録したエントリーに基づいて、新しいエントリーを登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 最初に座標と実験データファイルをアップロードする前に、File Upload（ファイルのアップロード）ページで、以前に登録したエントリーのDeposition ID (D_xxxxxxxxxx)とパスワードを入力してください。 その後、登録済みのエントリーからコピーするデータカテゴリーを選択してください。 先にファイルをアップロードして”populate”ボタンを押してしまうと、以前の登録からデータを選択することはできませんので、注意してください。 この後、新しい登録セッションを開始し、以前の登録から情報を ... |
| 1-3) 多数の関連構造を簡単に登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - まず１つの構造を登録してください。その後、関連構造を登録する際、登録ページで"Related depositions(関連する登録)"に、 最初に登録した構造のPDB IDを入力してください。 新しいシステムでは、登録者の連絡先情報、公開条件、データ収集情報、蛋白質名、由来する生物種、配列情報などの情報を新しい登録セッションに自動的にコピーする選択肢があります。 [質問一覧に戻る] |
| 1-2) 登録のために必要な情報とファイルを教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録に必要な情報は旧システムと変更ありません。 登録予定の構造について、配列データベース（例えばUniProtKBやBLAST）から蛋白質や核酸の情報を また、リガンド（Ligand Expoを使って）の情報を集めてください。 新しいリガンドを登録する場合は、登録中に指示が与えられます。 データ処理やスケーリング、分子置換（MR）、精密化などのプログラムからログファイルを集め、 pdb_extractを使ってこれらログファイルをパースし、 試料中に存在する残基の配列情報を集めてください。 [質問一覧に戻 ... |
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件を2024-06-12に公開中
