巨大構造のエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットで登録することができます。 対称操作（らせん対称、点対称、非結晶学的対称操作(NCS)など）を使って生成される巨大構造については、登録者は精密化に使った鎖のみを登録し、 完全集合を生成する演算子（行列変換）をPDBに提供する必要があります。 [質問一覧に戻る]

SF-tool (sf-tool.wwpdb.org)を使って、構造因子ファイルをmmCIFフォーマットに変換することができます。 [質問一覧に戻る]

PDBフォーマットのファイルをアップロードする場合は、以下の項目に注意してください。 a) 各ポリマー鎖の終端には、TERレコードを入れる必要があります。 例: ATOM 2705 CB HIS A 337 -2.421 -9.493 35.428 1.00 30.90 C TER ATOM 2707 N ALA B 3 14.064 2.135 20.580 1.00 15.71 N b) PDBフォーマットファイルに含まれるリガンドや化合物の原子の座標の各行は、HETATMで始まる ...

pdb_extractを使って、精密化した座標ファイル、実験データファイル（例：構造因子）、精密化プログラムのログファイル、登録者情報のテンプレートファイル（もしあれば） から、データを”採取する”ことができます。 pdb_extractを使うと、生成した座標や実験データファイルをPDBx/mmCIFフォーマットで生成できるので、そのまま検証や登録に使用することができます。 [質問一覧に戻る]

コミュニケーションページを使用して、足りない情報を入力してください。 担当のアノテータが、どのように進めればよいかを案内します。 また、登録構造のアノテーション処理中に、ソフトウェア情報をプルダウンリストに追加します。 [質問一覧に戻る]

登録について質問がある場合は、自身の登録セッションにログインし、コミュニケーションページから、wwPDBアノテーションスタッフとやりとりできます。 コミュニケーションページは、登録ツールの最下部にあります。 [質問一覧に戻る]

セッションのロックが解除された場合でも、登録セッションのある部分は、ロックされたままになります。 ロックされた値に変更又は修正を行う必要がある場合、コミュニケーションページから、wwPDBアノテーション担当者に変更内容を連絡してください。 アノテーション処理担当者が、代わって変更を行います。 [質問一覧に戻る]

登録が完了した登録セッションに変更を加えるためには、コミュニケーションページを利用してwwPDBのアノテーション処理担当者に連絡し、どんな変更を行いたいかを伝えてください。 行う修正の内容によって、wwPDBアノテータは、登録者が変更を行えるように登録インターフェースのロックを解除するか、 アノテーション処理中にあなたに代わって変更してくれます。 [質問一覧に戻る]

登録システムは、同じ配列をもつポリマー鎖をまとめて一つの分子種類として扱おうとします。 考えられることは、以前にアップロードした座標では同一だった2つ以上のポリマー配列（モデルから抽出された）が、新しい座標では異なっているというケースです。 この場合は、アップロードした座標に他に問題がなければ、現在の情報を初期化し、再アップロードを完了する必要があります。 （「座標を差し替え、実験データを差し替え、ユーザインタフェースの全ての値を初期化する」オプション」 [質問一覧に戻る]

新しい実験データファイル（例えば、構造因子ファイル）がアップロードされなければ、差し替えページの下部で選択されている、アップロード済みの実験データファイルが読み込まれます。 [質問一覧に戻る]

アップロードしたファイルは、登録前（４文字のPDB IDが発行される前）でも登録後（PDB IDが発行され、PDBアノテーションスタッフが登録構造を処理中又は処理した後）でも、差替えることができます。 登録前の差し替え: 座標ファイルの差し替えは、"Replacement upload（差し替えアップロード）"ページを利用して、登録前のいつでも行うことができます。 新しい座標ファイルをアップロードし、データの種別を選択してください。 ファイル一覧で、新しい座標ファイルを選択して、以前にアップロー ...

登録インターフェースでは、登録セッションが完成する前に、wwPDBの検証レポートをダウンロードすることが求められます。 登録者は、登録が完了する前に、検証レポートに目を通して、明瞭はエラーはいずれも修正してください。 検証レポートが作成されれば、電子メールで通知を受け取ります。 登録インターフェースの検証レポートページに戻り、PDFファイルの検証レポートへのリンクをクリックしてください。 レポートがダウンロードされ、受け入れられれば、登録処理を完了することができます。 [質問一覧に戻る]

システムのデフォルトでは、コンタクトオーサー情報を追加で入力できるよう、余分な空欄が設けられています。 追加するコンタクトオーサーがない場合は、「Are there other authors you wish to add?（他に追加したい著者がいますか？）」の質問に対して、「N（いいえ）」を選択してください。 選択後、余分な空欄が消え、このページは完了し、研究責任者と連絡先の著者（corresponding authors）の情報が適切に入力されました、と表示されます。 [質問一覧に戻る]

登録画面の左上の隅にある進捗バーに、必須項目の入力状況が表示されます。 未入力の必須項目を確認したいときはいつでも、進捗バーをクリックしてください。 全ての必須項目が入力済みになると、進捗バーが登録ボタンに変わります。 データ入力が完了し、登録ボタンをクリックすると、PDB又はEMDB又はBMRBのアクセションコードが発行され、 データはwwPDBのアノテーション処理用に送信されます。 [質問一覧に戻る]

配列アラインメント中のミスマッチエラーを修正するためには、エラーの原因が配列であるのか、アップロードした座標ファイルにあるのかを、決定する必要があります。 エラー原因が配列にある場合、正しい配列を該当する項目に入力し、アラインメントをリフレッシュしてください。 エラー原因がアップロードした座標ファイルにある場合、"Replacement Upload（差し替えアップロード）”ページにて、修正後の座標ファイルをアップロードする必要があります。 [質問一覧に戻る]

登録構造中で一位となる高分子の各々について、左側メニューのMacromolecules（高分子）ヘッダの下に、ページがあります。 用意されたデータ項目に該当しない、高分子の配列や性質に関する詳細情報は、 配列アラインメントの下にある”Compound details（化合物の詳細）”ボックス内に記載することができます。 [質問一覧に戻る]

アップロードされた座標ファイルに配列が記載されていない場合、登録システムでは、座標から抽出した配列に基づいて、自動的に一意のポリマーエンティティが作成されます。 同じポリマー鎖でも、異なるエンティティは配列の異なる部分集合を持つ可能性があるので、一つのポリマー鎖に対して複数のエンティティが生成される場合があります。 処理の過程で、これらを同じポリマーと識別できるようエンティティを関連づけるには（各々のエンティティが”Macromolecules（高分子）”ヘッダの下に異なるページを持つよう）、 いずれ ...

登録者は、完全なアミノ酸配列についての情報を提供する必要があります。 最終段階の座標ファイルには含まれなかった発現タグや、他の観測されない領域も、配列に含めてください。 標準アミノ酸を含むポリペプチド鎖に対しては、ポリマー鎖に含まれる全ての標準アミノ酸を一文字表記で表したアミノ酸配列を登録してください（例：GLU -> E） 同様に、核酸配列に対しても、ポリマー鎖に含まれる標準ヌクレオチドは一文字表記で表してください（例：Uracil -> U）。 標準アミノ酸と核酸の一文字表記の一覧を参考にし ...

リガンドIDは、登録者が指定できるものではなく、アノテーション処理の過程で決定されます。 登録構造のリガンドが、未公開のものも含めて化合物辞書（CCD）に登録されておらず、登録者が希望するIDが使用されていなければ、そのままのIDで登録される可能性があります。 [質問一覧に戻る]

登録処理のリガンド特定時に、リガンドに対する追加情報（SMILES等）を求められますので、指示に従って、情報を提供してください。 [質問一覧に戻る]

登録処理の過程で、リガンドを特定しますので、登録前には仮のIDを使用して頂いて構いません。 リガンドの特定時に、化合物辞書（CCD）に一致するリガンドがあれば、そのIDに置き換えることができます。 この場合、“Use exact match ID of XXX instead of originally proposed ID”を選択してください。 CCDに一致するものがなければ、新しいリガンドとして登録するために、構造の絵やSMILES等の追加情報を求められます。 [質問一覧に戻る]

化合物辞書(CCD)に登録済みのリガンドIDが登録構造中のリガンドで使用され、構造が完全には一致しない場合、ミスマッチが指摘されます。 「選択したリガンドを調べる（Inspect Selected Ligands）」を選択後、提案される選択肢の中から適切なものを選択してください。 - 登録構造中のリガンドの構造は、CCDの定義通りである場合・・・“Use originally proposed ID of YYY” （ここでYYYはCCDに定義され、登録構造にも含まれるリガンドID） - 登録構造中の ...

ligand summary（リガンド概要）ページで "Inspect Selected Ligands（選択したリガンドを検証する）"をクリックして、インスタンスレベルの照合ページに戻ってください。 ページ最下部付近の”Save（保存）”ボタンがクリックされたことを確認してください。 保存ボタンをクリックすると、”保存”ボタンは”Undo（取り消し）”ボタンに変わり、 リガンドの一致しないインスタンスは全て黄色のヘッダから明るい青色のヘッダへ変わります。 ”Mismatch(es) now ...

構造が登録された後は、コミュニケーションページを利用して、セッションのロックを解除してもらえるよう、依頼するこができます。 依頼する際に、アノテーション担当者に、リガンドの図や定義ファイルをアップロードしたいと伝えてください。 ロックが解除されたら、”Replacement Upload（差し替えアップロード）”ページでファイルをアップロードし、適切なファイルの種類（例えばリガンド図）を選択後、”Submit”ボ タンをクリックしてください。 リガンドの定義ファイルの場合は、ファイル種類として” ...

リガンド特定ページでは、CCDに一致する構造がないリガンドに対して、”Address mismatched instances of”というメッセージが表示されます。 リガンドのタイプを確認した後、リガンドの図（必須）とリガンドの定義ファイル（任意）を入力してください。 [質問一覧に戻る]