| 最近、Molmil viewerが動作しなくなりました。 -FAQ これまでMolmilを使用できていた環境で、急に使用できなくなった場合、 グラフィクスドライバの不具合が原因である可能性があります。1 PDBjのウェブインターフェースについてをご覧頂き、 お使いのブラウザが、WebGLに対応しているかどうかをご確認ください。 WebGLに対応していない場合、ブラウザを最新のバージョンに更新するか、別のWebGLに対応したブラウザをお使いください。 WebGLに対応している場合や、ブラウザを最新版に更新しても問題が解消されない場合、 グラフィクスドライバを、最新のバー ... |
| EM Data Bankのデータ利用について -FAQ Q) EMDBからの三次元動画をビデオで使用したいのですが、許可が必要ですか？引用元はどうすればよいですか？ A) EM Data Bankのデータは、無料で自由にご利用いただけます。 EM Navigatorの動画は全てPDBjで作成したものであり、こちらも無料で自由にご利用いただけます。 引用元は”EM Navigator, PDBj”としていただければ幸いです。 [質問一覧に戻る] |
| PDBデータ・画像等の引用についての問合わせ先 - FAQ Q) PDBのデータ・画像等を引用したいのですが、PDBjでなくPDBに問い合わせる必要がありますか？ A) 2003年よりPDBjは、 RCSB PDB 、 PDBe との３極で wwPDB としてPDBのデータベースを運営しております。 ですので、ご質問の件についてはPDBjへお問い合わせいただいて問題ございません。 但し、Molecule of the Month（今月の分子）の図の著作権はRCSB PDBに帰属しますので、 RCSBおよび著者のDavid S. Goodsell博士へ直接 ... |
| PDBアーカイブのX線結晶構造について、検証レポートが更新されます。 PDBアーカイブのX線結晶構造に対して、wwPDBの検証レポートが更新されます。 2016年3月に、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造に対して、検証レポートが更新されます。 新しいレポートでは、以下の点が更新されています。 - 統計グラフには、2015年12月30日時点での、PDBアーカイブの構造情報が反映されています。 - 新しいバージョンのソフトウェアを使用しています。 - CCP4 V6.5 (Refmac 5.8.0135) - Mogul 2015 (CSD archive ... |
| ニュース (2016年1月11日) wwPDBの登録・アノテーションシステムから、NMRと電子顕微鏡法（3DEM）で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 wwPDBの新しい登録・アノテーションシステムから、電子顕微鏡法（3DEM）、NMR、X線、中性子線、電子線結晶解析で解析された構造を、ご登録頂けるようになりました。 現在は、以下のサイトからご登録頂けます。 http://deposit-next.wwpdb.org/deposition/ 新しいシステムでは、EMDBやBMRBと相互に連携することにより、 ... |
| ニュース（2016年1月8日） jV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなります。 jV appletを埋め込んだウェブページを運営されている方はjV 4.4.5に更新をお願いし ます。 変更点について詳しくは jVマニュアルの変更履歴 を参照下さい。" /> 新たな証明書で署名したjV 4.4.5を公開しました。 jV 4.4.4の署名に用いている証明書は2016年1月21日で失効し、 失効するとappletでは利用できなくなり ... |
| Protein Globe 2015年12月末をもって、Protein Globeサービスを終了しました。 Protein Globe は、代表的なPDBエントリーを陸に見立てた点で表し、 構造の似ているエントリーほど距離が近くなるよう地球に見立てた球の上に配置して蛋白質の世界を表現したものです。構造が似ているかの判定には ASH プログラムを使っています。 分子の構造的位置づけを視覚的にとらえながら、PDBjおよびその他関連サービスを利用するための視覚的インタフェースとして利用できます。 - 概要 - 前提条件 - 使い方 ... |
| 2015年12月末をもって、 Protein Globe サービスを終了しました。 2015年12月末をもって、Protein Globeサービスを終了しました。 |
| ニュース（2015年12月18日） NBDCポータルより公開されました。SPARQLエンドポイントを通して、他のデータリソースと合わせてwwPDB/RDFのデータを検索することができます。詳しくはRDF Portal for NBDC をご覧下さい。" /> wwPDB/RDFのデータがNBDCポータルより公開されました。SPARQLエンドポイントを通して、他のデータリソースと合わせてwwPDB/RDFのデータを検索することができます。詳しくはRDF Portal for NBDC をご覧下さい。 |
| ニュース（2015年10月15日） 生命医薬情報学連合大会2015にて、PDBjと創薬等PJ共催ランチョンセミナーを開催いたしました。" /> 10月29日（木）、京都宇治おうばくプラザにて開催される生命医薬情報学連合大会2015にて、PDBjと創薬等PJ共催ランチョンセミナーを開催いたします。 (1) Gert-Jan BEKKER（大阪大学蛋白質研究所） 分子ビューワーMolmil（モル見る）の紹介 (2) 横地 政志（大阪大学蛋白質研究所） NMRデータを扱う新フォーマット（BMRB/XML・RDF）の紹介 (3) 川端 猛（大阪 ... |
| Molmilをウェブページに埋め込む方法 molmilはウェブサイトに埋め込むことができます。 構造を読み込みmolmilを開始するためのJavaScriptを呼び出すhtmlの簡単な事例を以下に示します。 |
| ニュース（2015年11月30日） 12/1（火）から神戸ポートアイランドで開催されるBMB2015（第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会）の企画展示「使って見ようバイオデータベース−つながるデータ、広がる世界 （BioDB）」にPDBjも出展します。詳細は以下の通りです。皆さんのお越しをお待ちしております。 出展期間 2015年12月1日（火）〜3日（木）各日10:00〜18:45 出展場所 神戸国際展示場 2号館 BioDB 13 |
| 非対称単位と生物学的単位について 概要 PDBに登録されている原子座標データは必要最小限の「非対称単位」（asymmetric unit）と呼ばれるものになっています。 これは必ずしも生物の中で実際機能している構造を示しているとは限りません。 実際機能している状態だと考えられている構造は「生物学的単位」（biological unit）と呼ばれ、 「非対称単位」と一致している場合もあれば、「非対称単位」の座標に回転などの変換や平行移動を適用して生成される場合もあります。 非対称単位と生物学的単位について、詳しくはPDBの生物学 ... |
| 旧型ブラウザー用の「 静的バージョン 」のウェブページをupdateしました。 旧型ブラウザー用の「静的バージョン」のウェブページをupdateしました。 |
| BMRB https://bmrbdep.pdbj.org/index.html BMRB（Biological Magnetic Resonance Data Bank、生体分子磁気共鳴データバンク）は ペプチド、タンパク質、核酸のNMRデータベースで、米コネチカット大学のBioMagResBankで管理されています。 大阪ミラーサイトは共同運営を行っている大阪大学BMRBj (Biological Magnetic Resonance Data Bank Japan)によって管理されています。 BMRBjは ... |
| ニュース（2015年10月6日） H27年度日本結晶学会年会にて、PDBjランチョンセミナーを行いました。" /> H27年度日本結晶学会年会・PDBjランチョンセミナー この講習会は終了しました（過去の講習会ページをご覧ください） 日時 平成27年10月18日（日）11：30-12：30 会場 大阪府立大学中百舌鳥キャンパス・C会場（A5棟118大講義室） 席数 100席 <講習会プログラム> 1. 「PDBjとwwPDBの活動について」 講師：中村 春木（大阪大学 蛋白質研究所） PDBj (PDB ... |
| 9-2) システム全般についてのフィードバックは、どのようにして伝えたらよいですか？- wwPDB D&A FAQ - 登録システムやFAQページの情報についての、フィードバックを歓迎します。 もしも登録中に問題に出会ったり、インストラクションについて更に説明が必要な場合は、http://deposit-feedback.wwpdb.orgから、ご連絡ください。 [質問一覧に戻る] |
| 4-3) ファイルをアップロードしようとしていますが問題があり、先に進めません。PDBスタッフに連絡する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースの中で、コミュニケーションページから、wwPDBアノテータの支援を求めてください。 できるだけ詳細に状況を説明してください。アノテータがセッションの状況を調べ、コミュニケーションページからアドバイスします。 アノテータからのコミュニケーションを受け取ると、その登録セッションに関して、連絡先が登録された著者全員に通知メールが届くことに注意してください。 [質問一覧に戻る] |
| 3-5) PDBフォーマットには適合しない、99,999個以上の原子や62本以上のポリマー鎖を含むエントリーを登録できますか？ - wwPDB D&A FAQ - 巨大構造のエントリーは、PDBx/mmCIFフォーマットで登録することができます。 対称操作（らせん対称、点対称、非結晶学的対称操作(NCS)など）を使って生成される巨大構造については、登録者は精密化に使った鎖のみを登録し、 完全集合を生成する演算子（行列変換）をPDBに提供する必要があります。 [質問一覧に戻る] |
| 3-4) 構造因子ファイルをmmCIFフォーマットに変換する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - SF-tool (sf-tool.wwpdb.org)を使って、構造因子ファイルをmmCIFフォーマットに変換することができます。 [質問一覧に戻る] |
| 3-3) PDBフォーマットのファイルをアップロードする方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - PDBフォーマットのファイルをアップロードする場合は、以下の項目に注意してください。 a) 各ポリマー鎖の終端には、TERレコードを入れる必要があります。 例: ATOM 2705 CB HIS A 337 -2.421 -9.493 35.428 1.00 30.90 C TER ATOM 2707 N ALA B 3 14.064 2.135 20.580 1.00 15.71 N b) PDBフォーマットファイルに含まれるリガンドや化合物の原子の座標の各行は、HETATMで始まる ... |
| 3-1) 精密化プログラムのログファイルからデータを取得して、完全なPDBxフォーマットのファイルを生成する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - pdb_extractを使って、精密化した座標ファイル、実験データファイル（例：構造因子）、精密化プログラムのログファイル、登録者情報のテンプレートファイル（もしあれば） から、データを”採取する”ことができます。 pdb_extractを使うと、生成した座標や実験データファイルをPDBx/mmCIFフォーマットで生成できるので、そのまま検証や登録に使用することができます。 [質問一覧に戻る] |
| 2-2) data processing（データ処理）に使用されたソフトウェアを選ぶ際、プルダウンリストの中に使用したソフトウェア名がありません。どうやって情報を入力できますか？ - wwPDB D&A FAQ - コミュニケーションページを使用して、足りない情報を入力してください。 担当のアノテータが、どのように進めればよいかを案内します。 また、登録構造のアノテーション処理中に、ソフトウェア情報をプルダウンリストに追加します。 [質問一覧に戻る] |
| 9-1) 登録後の問合わせ方法を教えてください。- wwPDB D&A FAQ - 登録について質問がある場合は、自身の登録セッションにログインし、コミュニケーションページから、wwPDBアノテーションスタッフとやりとりできます。 コミュニケーションページは、登録ツールの最下部にあります。 [質問一覧に戻る] |
| 8-5) アノテーション担当者が、登録セッションのロックを解除してくれたのですが、一部修正が必要な箇所はロックされたままです。どうすればよいですか？- wwPDB D&A FAQ - セッションのロックが解除された場合でも、登録セッションのある部分は、ロックされたままになります。 ロックされた値に変更又は修正を行う必要がある場合、コミュニケーションページから、wwPDBアノテーション担当者に変更内容を連絡してください。 アノテーション処理担当者が、代わって変更を行います。 [質問一覧に戻る] |
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件を2025-07-09に公開中
