10万件以上の構造のうち、ごく一部のエントリーについては、 検証レポート（PDF）や構造の評価図（multipercentile slider assessments）が欠損しているものがあります。 また、計算が正常に終了しなかったため、レポート中で、一部の要素が欠けているものもあります。 こういった失敗の原因については調査中です。

2014年に、全てのX線結晶構造に対しての検証レポート（PDF、XMLファイル）が、wwPDBのFTPサイトから公開されました。 その後、2016年5月に、核磁気共鳴法（NMR）と電子顕微鏡法（3DEM）による構造に対しても、検証レポートが公開されました。 検証レポートは、FTPサイトに加えて、各パートナーのウェブサイトからもご利用頂けます。 （RCSB PDB、 PDBe、 PDBj）

X線結晶構造に対しては、スタンドアロンの検証サーバを利用して、検証レポートをオン・デマンドで作成することができます。 NMRやEMによって決定した構造についても、間もなく利用できるようになる予定です。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

新しい形式の検証レポートは、X線結晶構造やNMR、EMによって決定された構造の、新しい登録に対して、提供されています。 そのための基礎的計算が正常終了する必要があります。 例えば、中性子線回折による構造には、現在、検証レポートは提供されていませんし、 しばしば、ソフトウェアの問題のために、ある構造の検証レポートが作成されません。 （ソフトウェアの開発者と協力して、そのような問題をできるだけ早く、修正しようと努力しています） 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問 ...

登録構造に対する検証レポートは、wwPDBのアノテーションパイプラインの一環として生成され、公開タイミングには影響しません。 構造が登録されると、次の週のPDB更新処理の中で、登録者一覧、タイトル、公開条件のみが、公開されます。 （もし登録者が許可している場合には、配列の事前公開とも連動します） 登録者は、wwPDB登録ツールを使って、 タイトルや登録者名を、座標の公開まで、非公開にする選択をすることもできます。 アノテーション処理が行われたPDBエントリーを登録者が確認・承認すると ...

論文の投稿過程（論文が出版されるまで投稿情報は機密情報として扱われます）と同様に、 PDBエントリーの公開以前は、一般に公開される情報は限られています。 （次のFAQ 2-2もご覧ください。） 機密情報である検証レポートは、登録者のみに送付されます （このレポートを論文と一緒に投稿するかどうかは登録者が選択できます）。 この検証レポートには、配置のチェック、構造因子の検証、リガンドの検証結果が記載されます。 座標や実験データは、レポートには含められていません。 wwPDB検証レポート ...

eProtS（蛋白質構造百科事典） eProtS（イープロッツ）は「蛋白質構造百科事典（Encyclopedia of Protein Structures）」の略です。 一般の方を対象として、分子の構造と機能に関して解説しており、教育用コンテンツとしても利用できます。 wikiに基づくシステムを用いており、記事を閲覧するだけでなく、登録・編集することもできます。 URL: http://pdbj.org/eprots/index_ja.cgi 今月の分子 RCSB ...

2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM）によって決定した構造をPDBへ登録する際は、EMDBへのマップの登録が必須になります。 2016年9月6日より、電子顕微鏡法(3DEM）で決定した原子座標をPDBへ登録する場合、マップを座標と同時に登録するか、座標より前にEMDBへ登録しておくことが必要になります。 マップと原子座標は、wwPDBのパートナーの各登録サイトから、統合化されたPDB、EMDB、BMRB登録ツールを使って、登録できます。 RCSB PDB (http:// ...

[ASHについて] ASH（Alignment of Structural Homologs、アッシュ）はPDBjで開発されている３次元構造アライメント（立体構造の類似度比較）を行うプログラムです。 初期のASHは藤 博幸によって作られました[1]。 比較アルゴリズムの中心は Orengo と Taylor による二重動的プログラミングアルゴリズム[2]に、Daron M. Standley による NER（Number of Equivalent Residues、等価残基数）に基づく新しいスコア関数 ...

PDBjのFTPサイト ftp://ftp.pdbj.org/RDF/sifts/ で、SIFTSのRDF版が公開されました。 SIFTSはGene Ontologyや、分類学（生物種）、構造的な分類（SCOPやCATH）、酵素番号、UniProt配列との対応などのアノテーションを提供していますが、これをRDFとして公開することで、様々なサイトが提供するその他の多くのRDFデータと容易に統合することができます。

VisLab OSAKA（グランフ ロント大阪 北館タワーC 9F）にて、All-in-one 合同講習会 2016 ～バイオビッグデータ解析入門～が開催されます。" /> 7月23日（土）、VisLab OSAKA （グランフ ロント大阪 北館タワーC 9F）にて、All-in-one 合同講習会 2016 ～バイオビッグデータ解析入門～が開催されます。 詳細・講習会へのお申込みは、開催案内ページを御覧ください。

PDBデータを登録する際は、ORCIDコードと助成金情報を入力してください。 wwPDBは、アノテーションや追跡をよりよくするために、登録者がPDBデータを登録する際に、 ORCIDコードと研究助成金に関する情報を提供することを推奨します。 ORCIDは、研究者ごとに唯一に決まるコードです。 そのため、このコードを使用すると、PDBやBMRB、EMDBエントリーの著者が誰であるかを特定する際に、 曖昧性を排除できます。 ORCIDコードは、http://orcid.orgからご登録ください。 ...

wwPDBとRCSB PDBウェブサイトへのアクセスについて 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）は、 生体高分子の立体構造データを集めたPDBアーカイブを 世界中の利用者に無償で公開し、運営していくことを使命としています。 wwPDBのウェブサイトは、各パートナーのウェブサイトや、登録サイト、データ定義辞書やファイルフォーマットに関する情報へのリンクを提供しています。 6月30日以降は、wwPDBウェブサイトは、wwPDB.org又はPDB.orgで アクセスできるようになります。 ...

PDBetaウェブサービスは終了しました。 今後はPDBetaプログラムをダウンロードし、ローカルでご利用頂くようお願いします。プログラムの更新は継続していく予定です 。

第16回日本蛋白質科学会年会にて、PDBjとJAICI（化学情報協会）は合同ランチョンセミナーを実施致しました。" /> ＜PDBj&JAICI合同ランチョンセミナー＞ このセミナーは終了しました 第16回日本蛋白質科学会年会にて、PDBjとJAICI（化学情報協会）は合同ランチョンセミナーを実施致します。 日時 平成28年6月7日（火）11：45－12：35 会場（部屋名) B会場 （福岡国際会議場 2F 多目的ホール） 席数 100席 <演者・演題> - 演者1：小林直 ...

AutoDepからの登録受付は、2016年8月25日に終了します。 ADIT-NMRとEMDepからの登録受付は、2016年9月30日に終了します。 2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム （RCSB PDB | PDBe | PDBj） を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、すでに公開されています。 新しいシステムには以下のような特徴 ...

- CRNPRED（アミノ酸配列に基づく立体構造予測） - Spanner（構造既知の類似配列分子と利用して立体構造予測） - SFAS（配列比較と構造予測を組み合わせたサービス） [CRNPRED] CRNPRED （クルンプレッド）はアミノ酸配列に基づき、２次構造（secondary structure）、埋もれ度（contact number）、残基毎コンタクトオーダ（residue-wise contact order）を含む１次元の蛋白質立体構造予測を行うウェブサービスです。 URL: ...

検証レポートは、登録者のみに送付され、学術誌や第三者には公開されません。 従って、検証レポートを学術誌や共著者、他の個人や第三者機関に配布するかどうかについては、登録者が完全な権限をもっています。 また、登録者は、構造を登録する際に、通常は、投稿する学術誌の要求に従った、公開条件を決定します。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

wwPDBの登録、検証、アノテーション処理に対するサポートが改善されました。 2016年5月25日以降、新しい登録セッションは、アノテーションを担当するwwPDBパートナーへと転送されます。 ヨーロッパとアフリカは英国のPDBe、アジアや中東は日本のPDBj、米国やオーストラリア、オセアニア地区は米国のRCSB PDBが担当することになっています。 これによってアノテータとのコミュニケーションが迅速になり、アノテーション処理の負荷が、wwPDBパートナーサイト間で偏らなくなります。 3つの ...

インスリンとその受容体についてのページを万見プライムに追加しました。

ご覧になっている検証レポートは、全ての外れ値を表示している「完全版」のレポートのようです。 「要約版」のレポートには、各カテゴリごとに、最も悪い外れ値5つのみが表示されていますので、こちらをご覧ください。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

PDFフォーマットで提供する要約版の検証レポートに加えて、wwPDBは、各々のエントリーに対して、完全版のレポート（PDF, XMLフォーマット）を提供しています。 完全版のレポートには、あらゆる統計、外れ値の完全なリスト等、膨大な情報が含まれています。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

準備、登録、アノテーション、公開の段階に応じて、異なる種類の検証レポートが生成されます。 Preliminary Report（初期のレポート） 初期のレポートは、スタンドアロンの検証サーバや、登録・アノテーションシステムで、構造が初めて登録されるときに生成されます。 初期のレポートの各ページには、ピンク色の斜めの透かしで、PRELIMINARY VALIDATION REPORTと記載されています。 初期のレポートは、登録の証明にはならず、学術誌に投稿すべきではありません。 チェック ...

- [はじめに] - [利用方法] - [利用環境] - [トラブルシューティング] スタンドアロンのWebベースのビューアとしてのMolmil（ユーザー提供のファイル用）は、https://pdbj.org/molmil2/から入手可能です。 また、Molmilは、PDBjのリポジトリから入手可能なmolmil-appによって、ローカルインストール可能なバージョン（ローカルファイルシステムに完全にアクセスできる）としても利用可能です。 はじめに Molmilはインターネットに接続されたウェブ環境 ...

CASP-12 構造予測競争のために登録構造を指定してください。 タンパク質の配列を公開することによって、構造モデルの研究者が、予測方法をテストする手助けができます。 登録構造をCASPターゲットとして指定するには、構造の登録時に公開条件のページをご利用ください。 理想的な候補は、公開構造に対する配列相同性が50%以下か、あるいは予測自体が興味深いものです。 エントリーにCASPターゲットの印が付くと、ターゲット予測のために、配列は直ちに公開され、 構造は、８週間後に公開される（held ...