| OneDep登録サイト は、セキュリティ機能を強化するため、HTTPSによる通信に移行しました。 httpでアクセスした場合は、自動的にhttpsにリダイレクトされます。 OneDep登録サイトは、セキュリティ機能を強化するため、HTTPSによる通信に移行しました。 httpでアクセスした場合は、自動的にhttpsにリダイレクトされます。 |
| PDBjニュースと、 今月の分子 のRSS配信サービスを開始しました。 PDBjニュースと、今月の分子のRSS配信サービスを開始しました。 |
| 11月30日（水）〜12月2日（金）に、パシフィコ横浜で開催される 第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。 第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。 - 日時：2016年11月30日（水）〜12月2日（金）各日10:00-18:00 - 会場：パシフィコ横浜 展示ホール A・B・C 特別企画バイオデータベースコーナー14 皆さまのお越しをお待ちしています。 |
| 5-4) 検証レポートでクラッシュが報告された場合、何をすべきでしょうか？ - validation FAQ - 構造のクラッシュスコアが悪い場合、以下の原因が考えられます。 - 全体的な構造の構築が不十分である - 部分的に構築が不十分な領域がある - 精密化が収束しなかった - 精密化における幾何学とX線条件の相対的な重みが上手く行かなかった、などです。 クラッシュの一覧を表示する検証レポートは、あまり役に立ちません。 プログラム「coot」は、MolProbityを使用して、「検証する」「クラッシュを調べる」という有益な特徴を持っています。 これによって、構造のどの部分にクラッシュが生 ... |
| 5-2) なぜ、REMARK 500レコードと、検証レポートは違うのですか？ - validation FAQ - REMARK 500レコードの生成と、検証レポートの作成に使われているプログラムは異なるためです。 例えば、検証レポートのMolprobityラマチャンドラン解析は、 REMARK 500の解析で使用されている、古い研究（Kleywegt and Jones (1996)） より、より多くのデータに基づいているなど、検証レポートの基準の方が新しい場合があります。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 3-3) 解析した構造を評価するために、OneDep検証サービスのパッケージは利用できますか？ - validation FAQ - wwPDBの検証サーバ（https://validate.wwpdb.org）をご利用頂くことで、構造を評価することができます。 |
| 3-2) wwPDBの検証サーバについて、もっと詳しく教えてください。 - validation FAQ - スタンドアロン検証サーバのページをご覧ください。 http://wwpdb.org/validation/validation-servers 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 1-10) 構造予測コンテストの登録であることを指定する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 「Release Status（公開条件）」ページで、「Y（はい）」を選択して、登録構造が予測ターゲットであることを指定してください。 既存構造に対する配列の一致度合いが50%以下であるか、さもなければ、予測対象として興味深いと考える場合は、CASPなど適切な開発方法を選択してください。 [質問一覧に戻る] |
| 1-9) 登録セッションが保管される期間を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 最後にログインしたときから、90日間保管されます。 [質問一覧に戻る] |
| ニュース (2016年10月15日) PDBの電子顕微鏡エントリーの改善 wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクト ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578576)は、PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新中です。 更新が完了すると、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改定デー ... |
| 登録・編集に関するお問い合わせ お問い合わせ内容は、wwPDBの他の拠点と共有しています。お問い合わせは必ず英語でお願い致します。 登録済みデータに関するお問い合わせ wwPDB登録システムからご登録の場合、コミュニケーションツールをご利用ください。 過去に旧登録システム（ADIT、ADIT-NMR等）から登録されたデータについては、wwPDB編集者からお送りするメールへの返信としてお問い合わせください。 何らかの理由で、これらの手段がご利用頂けない場合、以下のフォームから「英語で」お問い合わせください。その際、PDB ID/ ... |
| ニュース (2014年5月2日) PDB 初期の登録構造と10万件への道のり 今週の更新で、PDBアーカイブのエントリー数は 99,775件に達し、まもなく100,000件を迎える見通しです。この節目を迎えるにあたり、今週、PDBの他の節目を振り返っています。 1950年代に、科学者は初めて、X線結晶解析によって、原子レベルで、蛋白質の立体構造を解明し始めました。 ミオグロビン1,2 やヘモグロビン3、 リゾチーム4,5、 リボヌクレアーゼ6,7 などの構造が解明されたことにより、予期せずして、蛋白質の規則性や類似性、また、 ... |
| 2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、ADIT-NMR、EMDepを終了しました。 2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、ADIT-NMR、EMDepを終了しました。 2014年1月に、wwPDBは、X線結晶構造に対して、統合された登録・アノテーション・検証システム （RCSB PDB | PDBe | PDBj） を開始しました。 14000件以上の構造が新しいシステムを使って登録された後、アノテーション処理や検証処理が行われ、そのうち9000件以上が、すでに公開されています。 新しいシステムには以下のような特徴があります。 PDBx/mmCIFフォーマットを ... |
| ニュース (2016年4月21日) 大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント このイベントは終了しました 今年も大阪大学創立記念祭「いちょう祭」にてタンパク質などの生体分子をより知って頂くためのさまざまな展示・実習・実演を行います。 皆さんのお越しをお待ちしております。 詳細は以下の通りです。 日時 2016年5月1日（日）13:00〜16:30 会場 大阪大学蛋白質研究所（大阪府吹田市山田丘3-2） 本館１階セミナー室 [Map] [Google Map] ※本館正面を入って右に進んだ突き当たりにある講堂のさらに奥です。 ... |
| 機能情報のページについて 2010年2月15日 [機能情報のページについて] 機能情報のページでは、生物学的役割、細胞内局在、各アミノ酸残基に起因する生化学的な分子機能などの情報を表示します。これらの情報は、他のデータベースや文献から得られたものです。 1) GO（ジーン・オントロジー）に由来する情報 GO（ジーン・オントロジー）のコンソーシアム は、全ての生命体に対して利用される標準的な語句を構築しています。 そして、個々の蛋白質に関する生物学的役割、細胞内局在、各アミノ酸残基に起因する生化学的な分子機能などの情報が収 ... |
| PDBの生物学的構造単位について PDBの生物学的構造単位について 原文：(RCSB PDB-101) Looking at Structures: Introduction to Biological Assemblies and the PDB Archive の内容を基に翻訳（一部編集）しています。 - 非対称単位 - 生物学的集合体 - PDBファイル、mmCIF（PDBML）における生物学的集合体の記述 - 生物学的集合体座標ファイルの表示とダウンロード - 著者 - 参考文献 非対称単位 非対称単位（ ... |
| ニュース (2016年8月31日) お知らせ 2016年8月31日 - 万見文書" /> これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。詳細はこちらをご覧ください。 お知らせ 2016年8月31日 - 万見文書 |
| PDBjが開発した分子構造ビューア「 Molmil 」に関する論文が 出版されました 。 PDBjが開発した分子構造ビューア「Molmil」に関する論文が出版されました。 |
| wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。 wwPDBの構造検証サーバが、新しくなりました。 wwPDBの新しい検証サーバ（https://validate.wwpdb.org）で、 X線結晶構造だけでなく、NMRや電子顕微鏡法によって決定された構造に対しても、初期の（preliminary*1）検証レポートを生成できるようになりました。 *1 validation FAQ) 検証レポートには、どんな種類がありますか？ |
| PDBjでは、名古屋大学が作成・運営している天然変性蛋白質のデータベース ( IDEAL ) へ、各PDBID毎にリンクを張るサービスを開始しました。 PDBjでは、名古屋大学が作成・運営している天然変性蛋白質のデータベース (IDEAL) へ、各PDBID毎にリンクを張るサービスを開始しました。 |
| 5-1) もし、検証レポートの内容が間違っていると考える場合、どうすればよいですか？ - validation FAQ - 問題について、できるだけ詳細な情報とともに、 validation@mail.wwpdb.orgまで、英語にてご連絡ください。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 5-3) 登録構造には水素原子間のクラッシュがないのに、検証レポートで指摘されているのはなぜですか？ - validation FAQ - MolProbityのクラッシュスコアは、水素原子を構造に付加し、クラッシュの有無を解析することによって動作します。 特に、水素原子を実際には置かずに、構造の中で改善できる領域を見つける際に役に立ちます （水素原子が精密化において考慮される構造においては、あまり役に立ちません）。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 4-3) 同じエントリーに対して、昨年から、パーセンタイル順位が変わったのはなぜですか？ - validation FAQ - PDBアーカイブのエントリーの増加に合わせて、 パーセンタイル順位の基礎となる統計も再計算を行います。 X線結晶構造に対しては、2015年12月末時点のアーカイブに基づいて再計算が行われ、 2016年3月に、再計算後の結果が公開されました。 更新された統計値を使って、全ての検証レポートが再作成され、結果として、パーセンタイル順位も変わっています。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 4-2) 検証レポートがないエントリーがあるのは、なぜですか？ - validation FAQ - 10万件以上の構造のうち、ごく一部のエントリーについては、 検証レポート（PDF）や構造の評価図（multipercentile slider assessments）が欠損しているものがあります。 また、計算が正常に終了しなかったため、レポート中で、一部の要素が欠けているものもあります。 こういった失敗の原因については調査中です。 |
| 4-1) 既存のPDBエントリーについて、検証レポートを取得できますか？ - validation FAQ - 2014年に、全てのX線結晶構造に対しての検証レポート（PDF、XMLファイル）が、wwPDBのFTPサイトから公開されました。 その後、2016年5月に、核磁気共鳴法（NMR）と電子顕微鏡法（3DEM）による構造に対しても、検証レポートが公開されました。 検証レポートは、FTPサイトに加えて、各パートナーのウェブサイトからもご利用頂けます。 （RCSB PDB、 PDBe、 PDBj） |
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件を2024-05-29に公開中
