| 6-5) なぜ、Mogulの統計は解析に利用できないのでしょうか？ - validation FAQ - 検証レポートと一緒に生成されたXMLファイルは、結合長と角度の外れ値に関しての、Mogulの追加情報を含んでいます。 あるリガンドに関するMogulの全出力情報の公開については、CCDCの許可が必要になるでしょう。 （データマイニング問題のため） 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 6-4) リガンドの検証において、登録・検証サーバの初期のレポートと、 アノテーション後にスタッフから送付される最終版のレポートで、結果に多くの矛盾があるのはなぜですか？ - validation FAQ - 例えば、リガンドの外れ値は、一般向けの検証サーバや、登録サーバでは、指摘されませんが、PDBのアノテーション処理の中で、指摘されました。 Mogulが妥当な結果を出すためには、リガンドの正しい結合配置をプログラムに提供することが必要です。 最終的なレポートに対しては、結合次数が定義された、PDBの化合物辞書が使用されます。 現在は、初期の検証レポートでは、CCDCのプログラムGold_utilsを使用して、結合性を見つけ、ユーザが提供した座標のみから、結合性と結合次数を割り当てています。 こ ... |
| 6-3) PDBが使用している、リガンド分子の幾何構造の基準を教えてください。また、REFMAC/PHENIX/BUSTERなどと異なるのはなぜですか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートは、Mogulを使用して、 リガンド幾何学のレポートを作成しています。 低分子構造からの情報を含むリガンドの制限情報を引き出すためには、以下のような良い方法があります。 - CCP4のACEDRGプログラム （別の低分子構造のオープンデータベースCODを使う） - Phenix Elbow （ライセンスを持つMogulプログラムをインストール済の場合は特に） - Global Phasing Gradeプログラム （ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであ ... |
| 6-2) リガンドの検証結果、なぜこれほど多くの外れ値が出るのでしょうか？ - validation FAQ - いくつか理由があります。 例えば、リガンドに対する幾何学的制限を生成するために使われた方法が良くなかった、という場合です。 （次のFAQを参照してください） 電子密度にへの重ね合わせが誤っている場合や、問題のあるX線の重みを使った精密化が行われた場合にも、外れ値が導かれます。 検証パイプラインソフトウェアが、分子の化学について誤った記述をMogulツールに提供している場合も、外れ値につながります。 初期の検証レポートでは、このようなケースが生じることがありますが、 最終版の検証レポートでは、そのリガンドに対 ... |
| 6-1) リガンド分子の幾何構造は、PDBではどのように検証されますか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートでは、低分子有機物構造を集めたケンブリッジ構造データベース（CSD）に対して、 CCDC Mogulプログラムを使って、リガンドの幾何構造の検証を行います。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは特徴を含む構造を同定し、観測された値に対する分布をつくります。 Engh & Huberは、CSDが、天然アミノ酸に対して幾何学情報のよい情報源となることを示しました。 Mogulは、リガンドに対して、よく似たアプローチをとっています。 リガンド内の結合長、結 ... |
| 7-3) RSRを再計算したいのですが、なぜEDSサーバを利用できないのでしょうか？ - validation FAQ - wwPDBの検証サービスhttp://validate.wwpdb.orgは、スタンドアロンのサーバーであり、 検証パイプラインソフトウェアは、ユーザが確認したいどんなモデルや構造に対しても、実行することができます。 登録時に使用されるのと同じソフトウェアが使用され、RSRやRSRZを算出する際にも使うことができます。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 7-4) 登録構造中のリガンドに対して、RSR値は十分低いのに、LLDFが非常に高いのはなぜですか？ - validation FAQ - LLDFは、リガンドとリガンドを囲む蛋白質又は核酸残基のRSR値を比較します。 比較においては、残基を取り囲む標準偏差を使用しています。
LLDF = (RSR_ligand - |
| 7-4) R因子について、登録者の報告する値と計算値が、特にBUSTERの場合に異なる理由は何でしょうか？ - validation FAQ - RCSBのユーティリティーDCCは、アップロードされた座標と構造因子ファイルを使って、R因子を再計算するために使用されます。 DCCは、又はREFMAC、phenix-refine、CNSのいずれかを使用しますが、現在、BUSTERはサポートしていません。 BUSTERのR因子は、X線の最尤推定計算について、異なるアプローチを使用しているため、 他のプログラムとは直接は比較できません 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| お問い合わせメールの送信を完了しました PDBjへのお問い合わせ、ありがとうございました お問い合わせ頂いた内容は、PDBj管理者に電子メールにて送信されました。 送信者様にも、同時に送信されましたので、ご確認ください。 PDBj担当者から、後ほどご回答させて頂きますまで、しばらくお待ち下さい。 (注意) お問い合わせ内容のメールが届かない場合、電子メールアドレスを誤入力されたか、spam/junk/迷惑メールフォルダに 移動された可能性があります。 |
| ニュース (2016年12月14日) 電子顕微鏡法エントリーの2016年改良版ファイルを公開しました。 wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクトは、 PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新してきました。 この更新が完了し、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改良データモデルに従うようになりました。 2016年1月以来、 ... |
| wwPDBの登録・アノテーションシステム 最新の情報は、wwPDB: wwPDB OneDep System （英語）をご覧ください。 wwPDB OneDep システム 概要 wwPDBのパートナーは協力して、次世代のPDB登録・アノテーションツールを開発してきました。 新システムは、この先10年にわたって進化し続ける登録に関する要求に、wwPDBが対応していくために開発されました。 新システムは、wwPDBの全登録拠点にまたがる登録・アノテーションシステムを統合し、PDBアーカイブのデータ品質と完全性を改善することに焦点をあてると ... |
| 5-5) 分子グラフィクスプログラム（例えばCoot）で検証結果を見る方法を教えてください。 - validation FAQ - 検証レポートPDFファイルは少々冗長です。 Cootプログラムの最新のバージョンでは、 検証過程で生成されたXMLファイルを読み込み、 外れ値が構造の中のどの部分にあるかを、もっと会話的な方法でクリックして表示する機能が備わっています。 現在、この機能は、Cootのメニュー・オプション「File（ファイル）, Fetch PDB using Accession Code（アクセッションコードからPDBを取得する）」 を使って読み込まれた、公開済みのPDBエントリーに対してのみ利用できます。 検証サーバ、又は ... |
| PDBjサービスについて PDBj ではPDBデータに基づき下記のサービスを提供しています。 - データ登録 PDBへの登録 （X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録）【チュートリアル】 - PDBへの登録 （X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録）【チュートリアル】 - ダウンロード PDBアーカイブからのデータダウンロード - PDBアーカイブからのデータダウンロード - 新フォーマット PDBx/mmCIFについて フォーマット変換 - PDBx/mmCIFについて - フォーマット ... |
| OneDep登録サイト は、セキュリティ機能を強化するため、HTTPSによる通信に移行しました。 httpでアクセスした場合は、自動的にhttpsにリダイレクトされます。 OneDep登録サイトは、セキュリティ機能を強化するため、HTTPSによる通信に移行しました。 httpでアクセスした場合は、自動的にhttpsにリダイレクトされます。 |
| PDBjニュースと、 今月の分子 のRSS配信サービスを開始しました。 PDBjニュースと、今月の分子のRSS配信サービスを開始しました。 |
| 11月30日（水）〜12月2日（金）に、パシフィコ横浜で開催される 第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。 第39回 日本分子生物学会年会 にブース出展します。 - 日時：2016年11月30日（水）〜12月2日（金）各日10:00-18:00 - 会場：パシフィコ横浜 展示ホール A・B・C 特別企画バイオデータベースコーナー14 皆さまのお越しをお待ちしています。 |
| 5-4) 検証レポートでクラッシュが報告された場合、何をすべきでしょうか？ - validation FAQ - 構造のクラッシュスコアが悪い場合、以下の原因が考えられます。 - 全体的な構造の構築が不十分である - 部分的に構築が不十分な領域がある - 精密化が収束しなかった - 精密化における幾何学とX線条件の相対的な重みが上手く行かなかった、などです。 クラッシュの一覧を表示する検証レポートは、あまり役に立ちません。 プログラム「coot」は、MolProbityを使用して、「検証する」「クラッシュを調べる」という有益な特徴を持っています。 これによって、構造のどの部分にクラッシュが生 ... |
| 5-2) なぜ、REMARK 500レコードと、検証レポートは違うのですか？ - validation FAQ - REMARK 500レコードの生成と、検証レポートの作成に使われているプログラムは異なるためです。 例えば、検証レポートのMolprobityラマチャンドラン解析は、 REMARK 500の解析で使用されている、古い研究（Kleywegt and Jones (1996)） より、より多くのデータに基づいているなど、検証レポートの基準の方が新しい場合があります。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 3-3) 解析した構造を評価するために、OneDep検証サービスのパッケージは利用できますか？ - validation FAQ - wwPDBの検証サーバ（https://validate.wwpdb.org）をご利用頂くことで、構造を評価することができます。 |
| 3-2) wwPDBの検証サーバについて、もっと詳しく教えてください。 - validation FAQ - スタンドアロン検証サーバのページをご覧ください。 http://wwpdb.org/validation/validation-servers 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る] |
| 1-10) 構造予測コンテストの登録であることを指定する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 「Release Status（公開条件）」ページで、「Y（はい）」を選択して、登録構造が予測ターゲットであることを指定してください。 既存構造に対する配列の一致度合いが50%以下であるか、さもなければ、予測対象として興味深いと考える場合は、CASPなど適切な開発方法を選択してください。 [質問一覧に戻る] |
| 1-9) 登録セッションが保管される期間を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 最後にログインしたときから、90日間保管されます。 [質問一覧に戻る] |
| ニュース (2016年10月15日) PDBの電子顕微鏡エントリーの改善 wwPDBとEMデータバンク/電子顕微鏡法の統合データリソースプロジェクト ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26578576)は、PDBアーカイブ中で、電子顕微鏡と電子線結晶学によって解析された全てのエントリーの実験手法に関する記述を、協力して更新中です。 更新が完了すると、電子顕微鏡法による全てのエントリーは、より整理された内容になり、wwPDBのOneDepシステムで使用できるようにEMデータバンクが開発した、改定デー ... |
| 登録・編集に関するお問い合わせ お問い合わせ内容は、wwPDBの他の拠点と共有しています。お問い合わせは必ず英語でお願い致します。 登録済みデータに関するお問い合わせ wwPDB登録システムからご登録の場合、コミュニケーションツールをご利用ください。 過去に旧登録システム（ADIT、ADIT-NMR等）から登録されたデータについては、wwPDB編集者からお送りするメールへの返信としてお問い合わせください。 何らかの理由で、これらの手段がご利用頂けない場合、以下のフォームから「英語で」お問い合わせください。その際、PDB ID/ ... |
| ニュース (2014年5月2日) PDB 初期の登録構造と10万件への道のり 今週の更新で、PDBアーカイブのエントリー数は 99,775件に達し、まもなく100,000件を迎える見通しです。この節目を迎えるにあたり、今週、PDBの他の節目を振り返っています。 1950年代に、科学者は初めて、X線結晶解析によって、原子レベルで、蛋白質の立体構造を解明し始めました。 ミオグロビン1,2 やヘモグロビン3、 リゾチーム4,5、 リボヌクレアーゼ6,7 などの構造が解明されたことにより、予期せずして、蛋白質の規則性や類似性、また、 ... |
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件を2024-10-09に公開中
