11月24日 (金)、平成29年度 日本結晶学会年会にて、ランチョンセミナーを開催します <PDBj ランチョンセミナー> 平成29年度 日本結晶学会年会および会員総会 にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年11月24日(金)12:00-13:00 会場(部屋名) JMSアステールプラザ (広島市) 4F A会場 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) "PDBjとwwPDBの活動方針について (Recent activities of PDBj and wwPDB)" - 中川 敦史(大阪大学蛋白質 ... |
Spanner: SpannerもAlphaFoldなど同じように配列から構造を予測しますが、どのように違うのですか? Q)Spanner: SpannerもAlphaFoldなど同じように配列から構造を予測しますが、どのように違うのですか? A) SpannerとAlphaFoldとの違いは、「templateを必要とするかどうか」です。 Spannerはtemplateとする構造(モデリングしたい配列と似た配列を持つ構造)が既にPDBに登録されている必要があります。 一方AlphaFoldは深層学習に基づいた手法を用いたtemplateを必要としないツールです。 templateがあるならどちらのツールも使うことがで ... |
フォーマット変換: ファイルフォーマットをPDBフォーマット - PDBx/mmCIF の間で変換するサービスはありますか - FAQ Q)フォーマット変換: ファイルフォーマットをPDBフォーマット - PDBx/mmCIF の間で変換するサービスはありますか A)フォーマット変換のウェブサービスを使ってPDBフォーマットファイルをPDBx/mmCIFフォーマットに変換することができます。 また逆方向(PDBx/mmCIFからPDBフォーマット)への変換も可能です。 [質問一覧に戻る] |
PDBj管理者へメール送信 FAQページもご覧下さい。 お探しの情報が見つからない場合、下記フォームからお問い合わせ下さい。 PDBjのサービスをご利用中のご質問やトラブルについては、サービス名もご記入ください。 |
OneDep登録サービスのチュートリアル等について - FAQ Q) OneDep登録サービスのチュートリアルはありますか? A)チュートリアルページをご覧ください。 また、その他登録に関する情報をデータ登録の案内ページに掲載しています。 [質問一覧に戻る] |
[wwPDB] バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について 新しいFTPアーカイブ ' ftp-versioned.wwpdb.org/' (PDBj: ' ftp-versioned.pdbj.org/')で、モデル構造ファイルが、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで、公開されました。 5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるバージョニン ... |
10月4日、5日「トーゴーの日シンポジウム2017」にて、口頭・ポスター発表を行います トーゴーの日シンポジウム2017 (2017年10月4日(水)、5日(木) 東京大学弥生講堂一条ホール アネックス) 口頭発表 (講演プログラム) 1. 10月5日(木)10:00-10:15「蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化」 発表者: 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) ポスター発表 (日程・一覧) 1. No. 24 「ASH Viewerの開発」 発表者: 藤 博幸 (関西学院大学理工学部) 2. No. 25 「 蛋白質構造データバンク(PDBj)の検証高度化と統合 ... |
[wwPDB] 今すぐ寄付をしてPDBの公開、協力、教育の精神をご支援ください 国際蛋白質構造データバンク財団(wwPDB Foundation)では個人・企業からの寄付を受け付ける基金を立ち上げました。集めた資金は、講習会、シンポジウム、諮問委員会など将来に渡ってPDBアーカイブを維持する上で重要となるwwPDBのアウトリーチ活動に活用します。 支援企業には財団のウェブサイト上で謝意を表明するとともに、求人情報の掲載や財団ロゴの商品への使用を許可します。 個人の支援者($100以上を寄付した専門家、または$25以上寄付した学生)には、オンラインで謝意をお伝えするととも ... |
9月27日 (水)、第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2017)にて、ランチョンセミナーを開催します <PDBj ランチョンセミナー> 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2017) にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年9月27日(水)12:25 - 13:25 会場(部屋名) 北海道大学情報科学研究科棟2F A会場 席数 80席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) "PDBjとwwPDBの活動方針について" - 城田 松之(東北大学大学院医学系研究科)、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科) "PDBjを利用したデ ... |
9月21日 (木)、第55回 日本生物物理学会年会にて、ランチョンセミナーを開催します <PDBj ランチョンセミナー> 第55回日本生物物理学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年9月21日(木)11:45-12:35 会場(部屋名) 熊本大学 黒髪北地区 I会場(全学教育棟 E305) 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) "Recent activities of PDBj and wwPDB" (PDBjとwwPDBの最近の活動について) - 金城 玲(大阪大学蛋白質研究所) " ... |
[wwPDB] I/H構造モデルの登録システム「PDB-Dev」をStructure誌で発表しました 統合/ハイブリッド(I/H)構造モデルの登録用プロトタイプシステム「PDB-Dev」について Structure誌で発表しました。 wwPDBとwwPDB I/H法専門委員会(wwPDB Integrative/Hybrid (I/H) Methods Task Force)は、 I/H 構造モデルを登録するためのプロトタイプシステム、 PDB-Development (又は「PDB-Dev」) を、登録サイト pdb-dev.wwpdb.orgで一般公開したことを報告します。 生体高分子の ... |
[wwPDB] 国際結晶学連合会議(IUCr 2017)でポスター賞贈呈 国際結晶学連合会議(IUCr 2017)で、ポスター賞が授与されました。 Deekshi Angiraさん、おめでとうございます。 Angiraさんは、 「Gamma secretase activating protein as profound target for Alzheimer’s disease」 に関するポスターに対して、最近、wwPDBのポスター賞を受賞しました。 (Deekshi Angira, Vijay Thiruvenkatam, Indian Institute Of ... |
サービス&ソフトウェア 万見(yorodumi) 万見 (よろづみ)は生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。 詳しくは万見文書をご覧ください。 URL: https://pdbj.org//yorodumi/ |
SeSAW ※旧版ヘルプページはこちら URL: http://pdbj.org/sesaw/ - 概要 - 手法 - 利用方法 - 参考文献 ※このページは、SeSAWに関する案内文、 SeSAWの解説を訳したものです。より詳しく具体的な使い方について説明されているSeSAW Tutorialもご覧下さい。 概要 SeSAW(Sequence-derived Structure Alignment Weights、配列から導き出された構造比較比重)は、指定した蛋白質に含まれる保存された配列や構造 ... |
EM Navigator URL: https://pdbj.org//emnavi/?lang=ja EM Navigatorは電子顕微鏡によって解かれた分子の立体構造を見るためのウェブサービスです。 より詳しい文書が万見文書にあります。 - - |
検索サービス PDBエントリー検索(PDBj Mine) PDBj Mine は、PDB ID やキーワードなどを指定してPDBエントリーを検索するツールです。使い方については 基本的な使い方 もご覧下さい。 URL: http://pdbj.org/mine/ 詳細検索(PDBj Mine) 詳細条件検索では、様々な条件を組み合わせて指定して、検索することができます。 URL: http://pdbj.org/advancedSearch Chemie search(化合物 ... |
PDBjのフォーマット変換サービスが、化合物ファイルに対応しました。 PDBjのPDBx/mmCIF フォーマット変換サービスが、化合物のmmCIFファイルに対応できるようになりました。 化合物のmmCIFファイルをアップロードすると、PDBフォーマットの化合物ファイルへ変換されます。 |
[wwPDB] 国際結晶学連合会議(IUCr, 8月21日-28日)で、発表を行います。 国際結晶学連合会議(IUCr, 8月21日-28日)で、発表やブース展示を行います。 wwPDBのメンバーは、 8月21日(月)から28日(月)に、インドのハイデラバード(Hyderabad)で開催される、 第24回国際結晶学連合会議(the International Union of Crystallography, IUCr)に参加しています。 75番の展示ブースにお越し頂ければ、wwPDB OneDepシステムを記念した特別な扇子をプレゼントします。 その他のwwPDBイベン ... |
[wwPDB] バージョン化を導入した新規ファイル管理法について PDBにおけるバージョニングと改訂履歴による新たなファイル管理法について(PDBアクセションコード、ファイル名の変更) 5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるよう、ファイル・バージョニングシステムを導入する予定です。 バージョン化されたファイルは、新しいFTPアーカイブに保管されます。 バージョンは、大きな更新(メジャーバージョン)と小さな更新(マイナーバージョン)に分け ... |
JBI (Japan alliance for Bioscience Information) ポータル開設のお知らせ PDBj は、 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan(DDBJ)、 科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)、 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) と共同で、研究者に役立つサービス・情報のワンストップサービスを目指して、 生命科学データベースポータルサイト JBI (Japan alliance for Bioscience Information) ポータ ... |
[wwPDB] PDBフォーマットファイルの凍結 2014年以降、wwPDBの標準フォーマットはPDBx/mmCIFとなっており、PDBファイルフォーマットの開発は凍結されています。 PDBx/mmCIFフォーマットは更新されますが、PDBフォーマットは旧バージョンのまま更新されません。 詳細については、 wwPDBサイト(File Formats and the PDB)をご覧ください。 [ wwPDB ニュース ] |
[wwPDB] OneDepのデータ基準に準拠した、より強化された内容のPDB構造ファイルが、テストサイトから公開されました。 2017年7月12日に、wwPDBは、PDB FTPアーカイブのPDB構造ファイルを、 PDBx/mmCIF辞書のV5.0に従ったファイルへ 更新する予定です。V5.0は、すでに、PDBデータの登録、アノテーション、検証のための、wwPDBの OneDepシステム(日本語版) で使用されています。 7月の更新への準備として、PDB構造ファイルの利用者・開発者が 予定されている更新内容について、テストし、フィードバックをする時間が十分持てるように、 wwPDBは、今回、新しいFTPリポジトリ(ftp ... |
[wwPDB] PDBアクセションコードを変更しない公開済みの構造の改訂(ファイル・バージョニングシステム)と、FTPアーカイブの変更 wwPDBでは、既に公開されたPDBアーカイブ中のエントリーに対し、指定された登録者(Depositor of Record)が行う 大きな改訂を管理するための 新たな仕組み(ファイル・バージョニングシステム)を2017年中に導入する予定です (ここで、指定登録者(Depositor of Record)は、エントリーに対する主要研究者(PI)として定義されます)。 現在は、既存の公開済みPDBエントリーに対して原子座標を改訂する場合、新しいPDBアクセションコードが発行され、以前のPDBエントリー ... |
[wwPDB] PDB登録への5つのステップ 構造をPDBへ登録する準備ができていますか? OneDepシステムを使った登録には、新しいガイドが役に立ちます。 OneDepによるPDB登録への5つのシンプルなステップをまとめたパンフレットを、 wwPDBサイトからダウンロード頂けます。 [ wwPDB ニュース ] |
[wwPDB] OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。 PDBアーカイブ中のモデル構造ファイルが V5.0の PDBx/mmCIFディクショナリに従うよう更新されました。 PDBx/mmCIFフォーマットとXMLフォーマットの両方が更新されています。 これらのファイルは、利用者が確認及びテストが行えるように、 すでにテストサイトから公開されてきました。 旧フォーマットである PDBフォーマットのファイルは、変更されません。 従って、PDBフォーマットのファイルには、修正情報が含まれない場合があります。 V5.0には、以下のような変更点があります: - ... |