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トーゴーの日シンポジウム2020にてPDBjからもポスター発表を行います

... (PDBj)の高度化と統合的運用 - 【50】PDB/BMRBのデータ登録システム改善 ... 及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方 ...

[wwPDB] 拡張されたPDBx/mmCIF構造因子ファイルに対してOneDepのサポートを改善しました

... 究室でのデータ処理/精密化とPDBへの登録との間でデータを失 ... 。 wwPDBは、構造生物学者に対して、PDB登録用のデータファイルを作 ...

分子ビューア

... ス 分子ビューア jV Molmil Jmol JSmol PDBj Mine(PDBデータブラウザ)非対称単位 ○ ○ ○ ○ PDBj ... Mine(PDBデータブラウザ)生物学的単位 ...

1月20日(水)、BINDS-PDBj講習会・蛋白研セミナー「データベース登録ノウハウ講習会」を開催します

... データの登録・配布については、PDBをはじめとする様々なデータベ ... 白質研究所) 14:05-14:30「最近のPDBの動向」栗栖 源嗣 (大阪大学 蛋 ...

Molmilユーザマニュアル

... はありません。 - PDBx/mmCIF - PDBML (all-atom) - mmJSON - PDBフォーマット(フラットファイ ... 合物ID(ChemCompID)を指定するだけでPDBエントリーや化学物質エント ...

機能情報

... acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る - Pfam ... り高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る

実験情報

... )であるエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリー 1iqq のP値(密度値、exptl ... り高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る

[wwPDB] 非標準座標系で登録された結晶構造の改善

... 座標系または空間群設定でPDBに登録された合計 268の構造 ... ルの座標やマトリックスは、 PDBのバージョン管理されたアーカ ...

2019/1/28(月)All-in-one 合同講習会 2018/統合データベース講習会:AJACS 番町2 にてPDBjからも講演します

... 「タンパク質構造データバンク・PDB の使い方」鈴木 博文(早稲田大 ... の方から初学者を対象とし、PDB のデータの解説や PDBj が提供す ...

PDBID一覧、件数

... ともできます。 - 全PDBエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリーの全件数 ...

[wwPDB] CASP13のため蛋白質の立体構造を求めています。

... するデータをお持ちであれば、PDB登録の際に、wwPDBのOneDep登録シス ... かつすぐに手続きできます。 PDBの公開前には構造を必要と ...

登録・編集に関するお問い合わせ

... 問い合わせください。その際、PDB ID/BMRB ID/Deposition IDを件名にご記入 ... するお問い合わせの際には、PDB ID/BMRB IDとDeposition IDを明記してく ...

2022年日本バイオインフォマティクス学会年会、第11回生命医薬情報学連合大会にてランチョンセミナーを開催します

... 演題・演者 - 「PDBjの最近の活動とPDBデータの高度利用と活用促進 ... 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) 「PDBデータの高度利用と活用促進 ...

対話型チュートリアル

... ートリアルをご覧ください。 ・各PDBエントリーのページも改訂され ... い機能が加わっています。 Mine PDB エクスプローラーチュートリアル ...

2016年9月30日に、従来の登録システム AutoDep、ADIT-NMR、EMDepを終了しました。

... ノテーション・検証システム (RCSB PDB | PDBe | PDBj) を開始しました。 14000件以 ... 録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBへの登録受付を終了し ...

[wwPDB] 論文「PDBx/mmCIF Ecosystem」 の掲載

... ループによる新しい論文では、 PDBアーカイブに不可欠な構造生 ... し、 現代の蛋白質データバンク(PDB)アーカイブ(wwPDB.org)の基礎をつく ...

ニュース (2016年4月21日)

... ます。 蛋白質構造データバンク(PDB)では、生体分子の立体構造を ... 。 これらのメニューはいずれもPDBのデータを利用したものです ...

ニュース (2016年3月31日)

... ノテーション・検証システム (RCSB PDB | PDBe | PDBj) を開始しました。 14000件以 ... 録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBの新しい登録の受付を ...

ニュース (2016年6月1日)

... ノテーション・検証システム (RCSB PDB | PDBe | PDBj) を開始しました。 14000件以 ... 録システム、 AutoDep、 ADIT-NMR (BMRB |PDBj)、 EMDep は、PDBやEMDBの新しい登録の受付を ...

1/30(木)、蛋白研セミナー:PDBj・BINDSユニット連携講習会を開催します

... います。 計算機演習としては、PDBに登録されている化合物-蛋 ... 質研究所) 10:35 – 12:00 「HOMCOSによるPDB内の低分子化合物の検索と ...

登録したエントリーの公開について -FAQ

... 覧ください。 公開のご依頼は、「PDB登録・編集に関するお問い合 ... 連絡ください。 メールの件名にPDB IDとRCSB ID/Deposition IDを明記して、英 ...

基本的な使い方

... 行うことができます。 - 分子のPDB ID(一部でも可) - キーワード - 残基配 ... ご覧下さい。 [更に詳細な検索] (PDB検索サービス PDBj Mine)の SQL Search や XPath ...

新しいEDMapサービスを開始しました

... ダから公開されています。 - /pub/pdb/validation_reports/*/*/*_validation_fo-fc_map_coef.cif.gz - /pub ... /pdb/validation_reports/*/*/*_validation_2fo-fc_map_coef.cif.gz 一方、MTZ ...

10月28日(月)に、京都国際会館にて開催される第51回日本生物物理学会年会にて、ランチョンセミナーを実施いたします。

... - 演者・演題: Activities of PDBj and wwPDB: A new PDB format, Data Deposition, Validation, and Data Integration 中村 春木 ... Research, Osaka University) - Activities of PDBj and wwPDB: A new PDB format, Data Deposition, Validation, and Data Integration 中村 春木 (大 ...

12月7(土)-10日(火)に香港で開催される第12回アジア結晶学会にて、口頭発表およびポスター発表を行います。

... 蛋白質研究所) Modifications to the Protein Data Bank (PDB) - 日時: 12月8日(日) 10:50-11:15 - 会 ... 蛋白質研究所) - Modifications to the Protein Data Bank (PDB) - ポスター発表 日時: 12月9日(月 ...

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件を2024-06-26に公開中

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