| PDBjのフォーマット変換サービスが、化合物ファイルに対応しました。 ... ァイルをアップロードすると、PDBフォーマットの化合物ファイ ... |
| 1/10（金）、韓国生体分子科学連合学会にて、ランチョンセミナーを開催します ... PDBx/ｍｍCIF format files for crystallographic depositions to the Protein Data Bank (PDB) 伊藤暢聡（東京医科歯科大学） |
| 6-3) PDBが使用している、リガンド分子の幾何構造の基準を教えてください。また、REFMAC/PHENIX/BUSTERなどと異なるのはなぜですか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートは、Mogulを使用して、 リガンド幾何学のレポートを作成しています。 低分子構造からの情報を含むリガンドの制限情報を引き出すためには、以下のような良い方法があります。 - CCP4のACEDRGプログラム （別の低分子構造のオープンデータベースCODを使う） - Phenix Elbow （ライセンスを持つMogulプログラムをインストール済の場合は特に） - Global Phasing Gradeプログラム （ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであ ... |
| 6-1) リガンド分子の幾何構造は、PDBではどのように検証されますか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートでは、低分子有機物構造を集めたケンブリッジ構造データベース（CSD）に対して、 CCDC Mogulプログラムを使って、リガンドの幾何構造の検証を行います。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは特徴を含む構造を同定し、観測された値に対する分布をつくります。 Engh & Huberは、CSDが、天然アミノ酸に対して幾何学情報のよい情報源となることを示しました。 Mogulは、リガンドに対して、よく似たアプローチをとっています。 リガンド内の結合長、結 ... |
| 6-2) リガンドの検証結果、なぜこれほど多くの外れ値が出るのでしょうか？ - validation FAQ - ... では、そのリガンドに対するPDBの化合物定義が、化学的な説 ... |
| 7-4) 登録構造中のリガンドに対して、RSR値は十分低いのに、LLDFが非常に高いのはなぜですか？ - validation FAQ - ... ずしも真実ではありません。 PDBエントリー3n86は、良い配置のリ ... |
| CIF treeツール ... ーマットのファイルを、PDBjのMine PDBエクスプローラーサービス上でPDBx ... |
| ジカウイルス - ペーパーモデル ... きます。 関連情報 - Learning Resources: Zika Virus…RCSB PDBの教育コンテンツサイト「PDB101 ... |
| PDBjサービスへのPDBx/mmCIF辞書更新による影響について 2017年7月12日に、FTPのPDBエントリーは全て、PDBx/mmCIF辞書の ... |
| Molmilをウェブページに埋め込む方法 ... 、20行目のdata-pdbid="1crn"で読み込むPDBエントリー 1crn を指定していま ... |
| ニュース (2014年11月26日) ... が成功したことを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは ... |
| BMRB ... ています。 PDBj-BMRBの目的は、BMRBとPDBの国際的な協力のもと、特に ... |
| 4-3) ファイルをアップロードしようとしていますが問題があり、先に進めません。PDBスタッフに連絡する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - 登録インターフェースの中で、コミュニケーションページから、wwPDBアノテータの支援を求めてください。 できるだけ詳細に状況を説明してください。アノテータがセッションの状況を調べ、コミュニケーションページからアドバイスします。 アノテータからのコミュニケーションを受け取ると、その登録セッションに関して、連絡先が登録された著者全員に通知メールが届くことに注意してください。 [質問一覧に戻る] |
| ニュース（2015年10月15日） ... 微鏡の三次元密度マップとPDBの原子モデルを比較する「Omokage ... |
| ポリゴンファイル MolmilやjVでは、非PDBの３次元構造を表示するた ... |
| [wwPDB] PDB50: オンラインイベントの登録受付を開始しました 2021年を通して、wwPDBはPDBアーカイブの50周年を記念し ... ジタルデータリソースとしてのPDBの設立50周年を記念して、構 ... |
| 二次データベース ... （Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data、二面角を独立変数とする ... 析計算プログラム）を使ってPDBデータの基準振動解析を行っ ... |
| スタッフ ... （大阪大学蛋白質研究所・教授） - PDB/EMDBデータベース構築グループ 中川 ... 学蛋白質研究所・特任研究員） - PDB/EMDBデータベース高度化グループ 水 ... |
| ニュース (2012年03月07日) 2012年3月7日に、EMデータバンク(EMDB) がPDBアーカイブに追加されました。今後は PDBj の ftp サイト（ ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/emdb ）からお使い頂けます。 過去のニュース もご覧ください。 |
| ニュース (2011年09月20日) ... 以降に実施予定の新PDBフォーマットや、PDB/RDFについて紹介して ... |
| 新しい辞書 （BIRD ：Biologically Interesting molecule Reference Dictionary）がFTPサイトから公開されました ... をご覧ください。 ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/bird/prd/ （PDBj FTPサイト） ftp://ftp.wwpdb.org ... |
| 2013年6月12日（水）に、鳥取にて開催される第13回日本蛋白質科学会年会にて、 ランチョンセミナーを実施いたします。 ... 城 玲 （大阪大学蛋白質研究所） PDBの”新”フォーマット（The "new ... " PDB format) ※詳細は、発表の概要（pdf 617KB）を ... |
| [wwPDB] EMDBアーカイブの電子顕微鏡メタデータをPDBx/mmCIFファイル形式で配布します ... ブに追加されることで、EMDBとPDB（EM実験データと３次元構造）の ... /databases/emdb/structures/ - wwPDB: https://files.wwpdb.org/pub/emdb/structures/ - RCSB PDB (US): https://files.rcsb.org/pub/emdb/structures/ - PDBe (UK): https://ftp ... |
| 第23回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します ... 研究所) - 「OneDepにおけるPDB登録のポイント」 （Tips for PDB Deposition through OneDep System） 丹羽 智 ... |
| 各Chemical Component IDの分子名、分子式、化学式量、InChIKeyを得る ... 名、分子式、化学式量、InChIKeyを得る PDBエントリーに現れるすべての ... 化合物にはPDBで規定した独自のIDChemical Component IDが ... |
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件を2024-07-10に公開中
