| 1-2) 登録のために必要な情報とファイルを教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ... ムからログファイルを集め、 pdb_extractを使ってこれらログファ ... |
| ニュース (2014年12月24日) ... が成功したことを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは ... |
| 3-3) 解析した構造を評価するために、OneDep検証サービスのパッケージは利用できますか？ - validation FAQ - ... not been made available for distribution as it includes a lot of PDB-specific code that makes difficult to use elsewhere. Instead a publically accessible ... |
| 2-1) ハイブリッド手法の構造を登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ... NMR法で解析された構造には、PDBアクセッションコードとBMRBア ... |
| wwPDB基準で計算された電子密度マップ係数がPDBjの電子密度マップサービスからご利用できるようになりました ... 下のPDBj FTPサイト( ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/)からご利用頂けます。 ま ... |
| エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含む構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、label_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る ... ~* '.*phospholipase C.*') SELECT t1.pdbid, t1.entity_id, array_agg(DISTINCT e2.pdb_strand_id) auth_asym_ids, array_agg(DISTINCT e2.asym_id) label ... |
| 1-3) 多数の関連構造を簡単に登録する方法を教えてください。 - wwPDB D&A FAQ - ... 録)"に、 最初に登録した構造のPDB IDを入力してください。 新し ... |
| ポリゴンファイル MolmilやjVでは、非PDBの３次元構造を表示するた ... |
| ニュース (2014年11月26日) ... が成功したことを受けて、RCSB PDBとPDBjは、2015年1月27日からは ... |
| PDBj Help（テストページ） ... のがあります。 - カスタマイズ - PDBエントリー情報の取得 - キーワード ... |
| 論文が公開されました「How Community Has Shaped the Protein Data Bank」 ... れました「How Community Has Shaped the Protein Data Bank」 PDB設立以来の沿革についての ... |
| 生物種情報 ... させて分子を得た場合のみ） - PDBエントリー1a14に含まれる各分 ... |
| 構造ドメイン ... インを分類しており、多くのPDBエントリーはこれらデータベース ... |
| ジカウイルス - ペーパーモデル ... きます。 関連情報 - Learning Resources: Zika Virus…RCSB PDBの教育コンテンツサイト「PDB101 ... |
| エントリーの概要、キーワード ... エントリーに関連するキーワード。 - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得 ... |
| 実験手法 ... 液NMR」（SOLUTION NMR）であるエントリーのPDB IDと要約を得る - 文献雑誌の ... |
| 6-3) PDBが使用している、リガンド分子の幾何構造の基準を教えてください。また、REFMAC/PHENIX/BUSTERなどと異なるのはなぜですか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートは、Mogulを使用して、 リガンド幾何学のレポートを作成しています。 低分子構造からの情報を含むリガンドの制限情報を引き出すためには、以下のような良い方法があります。 - CCP4のACEDRGプログラム （別の低分子構造のオープンデータベースCODを使う） - Phenix Elbow （ライセンスを持つMogulプログラムをインストール済の場合は特に） - Global Phasing Gradeプログラム （ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであ ... |
| 6-1) リガンド分子の幾何構造は、PDBではどのように検証されますか？ - validation FAQ - wwPDBの検証レポートでは、低分子有機物構造を集めたケンブリッジ構造データベース（CSD）に対して、 CCDC Mogulプログラムを使って、リガンドの幾何構造の検証を行います。 リガンド内の結合長、結合角、ねじれ角、リング各々に対して、Mogulは特徴を含む構造を同定し、観測された値に対する分布をつくります。 Engh & Huberは、CSDが、天然アミノ酸に対して幾何学情報のよい情報源となることを示しました。 Mogulは、リガンドに対して、よく似たアプローチをとっています。 リガンド内の結合長、結 ... |
| 6-2) リガンドの検証結果、なぜこれほど多くの外れ値が出るのでしょうか？ - validation FAQ - ... では、そのリガンドに対するPDBの化合物定義が、化学的な説 ... |
| Topics - 基本的な使い方 - PDBデータの書式 - jV（分子Viewer） - Sequence Navigator - Structure Navigator - ASH - eF-site - eF-surf - eF-seek - eProtS - Protein Globe - データ登録のご案内 |
| 7-4) 登録構造中のリガンドに対して、RSR値は十分低いのに、LLDFが非常に高いのはなぜですか？ - validation FAQ - ... ずしも真実ではありません。 PDBエントリー3n86は、良い配置のリ ... |
| PDBjサービスへのPDBx/mmCIF辞書更新による影響について 2017年7月12日に、FTPのPDBエントリーは全て、PDBx/mmCIF辞書の ... |
| 登録データの機密性 - FAQ Q) PDBにデータを登録した後、公開前 ... |
| 7-1) 全ての必須項目が入力済みであるかどうか、どのようにしてわかりますか？- wwPDB D&A FAQ - ... 録ボタンをクリックすると、PDB又はEMDB又はBMRBのアクセショ ... |
| Chain IDの付け方の規則について -FAQ ... の規則はありません。 従来は、PDBフォーマットの制限内（１文字 ... |
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件を2025-07-02に公開中
