462件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、237423件になりました。（2025-06-11付） その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。

第２５回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2025年6月20日(金) 11:15 ～ 12:05 会場 アクリエひめじ（兵庫県姫路市） E会場（施設部屋名：409） 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 直接会場にお越しください、事前の整理券等の配布はありません。 講演言語 日本語 / 英語 演題・演者 - 「PDBj の最近の活動と wwPDB の今後の活動方針について Activity report of PDBj ...

PDBコアアーカイブ(https://files.rcsb.org) のスナップショットは、 HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロードできます。 RCSB PDBでは、RSYNCの代わりにAWS SYNCがサポートされています。 スナップショットは、2005年から毎年アーカイブ化され、PDBアーカイブの研究用に年別に容易に区別できるデータセットを提供しています。 HTTPS プロトコル - RCSB PDB (米国/AWS): https://s3snapshots.rcsb. ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBID、分解能、R-freeの値を得る 検索はこちら SELECT pdbid, ls_d_res_high AS "Resolution", "ls_R_factor_R_free" AS "R_free" FROM refine 要素 データ型 内容 refine.ls_d_res_high 浮動小数点 refine.ls_R_factor_R_free 浮動小数点 タグ - エントリー情報 - ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 文献タイトルまたは構造のタイトルに「spike」を含むエントリーのPDBID、文献タイトル、構造タイトルを得る 検索はこちら SELECT b.pdbid, b.citation_title, s.title FROM brief_summary b JOIN struct s ON b.pdbid=s.pdbid WHERE CAST(b.citation_title AS text) ILIKE '%spike%' OR s. ...

PDBj Newsletter Vol.25を公開しました。

- Vol.25 (2025年 3月) 英語(pdf 2.9M) / 日本語(pdf 3.2M) - Vol.24 (2024年 3月) 英語(pdf 2.9M) / 日本語(pdf 2.9M) - Vol.23 (2023年 3月) 英語(pdf 2.7M) / 日本語(pdf 3.0M) - Vol.22 No.2 (2022年 3月) 英語(pdf 2.4M) / 日本語(pdf 2.6M) - Vol.22 (2021年 12月) 英語(pdf 2.6M) / 日本語(pdf 3.3M) - Vol ...

ニュースレター 最新版（Vol.25、6ページ） - 日本語 English 過去のニュースレターはこちら 研究者向けチラシ（2ページ） - 日本語 English 一般向けリーフレット - 日本語（A3 6ページ A4 12ページ） 2021年カレンダー（PDB設立50周年記念） - - English A4サイズ日曜始まり（36MB） A4サイズ月曜始まり（36MB） レターサイズ日曜始まり（35MB） 日本語（39MB） 简体中文（37MB） 繁體中文（36MB ...

PDBアーカイブのデータは営利・非営利にかかわらず、自由にご利用いただけます（CC0 1.0 全世界 パブリック・ドメイン提供）。 その他PDBjサイトで提供している各コンテンツの利用について詳細は以下を参照ください。 PDBj各ページへのリンクは特に断りなく自由に設定していただいて構いません。 ご不明な点などあればお問い合わせフォームよりお問い合わせください。 プライバシーポリシーについてはこちらを参照ください。 対象 表記すべきクレジット内容 例・備考 PDBデータ（各 ...

The wwPDB Foundation made an award for an outstanding student presentation at the 2025 Biophysical Society Meeting (February 15-19, Los Angeles, CA). Hsiang-Ling Huang Mechanisms of dysferlin-mediated membrane repair in health and disease Hsiang- ...

新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました PDBアーカイブのPDB-IHMブランチに保管されている 統合的ハイブリッド法（IHM）を用いて決定された構造の検証レポート（バージョン2）を更新しました。 検証レポートは、アーカイブやPDB-IHMのウェブサイトから入手できます。 IHM検証ソフトウェア v2 はPDB-IHMの登録・アノテーションシステムに統合され、新しい登録構造の検証をサポートします。 IHM 検証と v2への更 ...

PDBx/mmCIFユーザーガイドに関する 簡単なアンケート にご協力をお願いいたします。 PDBx/mmCIFエコシステムの利点 フィードバックは大変助かります。 回答者は、wwPDBの賞品が当たる抽選に参加することができます。 アンケートは2025年2月28日まで受け付けています。 [ wwPDB News ]

統合構造が、wwPDB.orgとPDBアーカイブからご利用頂けます。 現在、多くの高分子集合体の構造は、 複数の実験的手法と計算手法から得られた情報を組み合わせて三次元構造を計算する、統合的アプローチを用いて決定されています。 PDB-IHM(旧PDB-Dev)は、統合的手法やハイブリッド手法(IHM)を用いて決定された立体構造をアーカイブ化・公開し、 検索可能・アクセス可能・相互運用可能・再利用可能(FAIR)にするためのシステムです。 2024年8月、PDB-DevはPDBと統合され、 ...

新しいアーカイブスナップショットをご利用頂けます 2025年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ...

PDBの化合物辞書（Chemical Component Dictionary、CCD）に理想的なジオメトリ情報が追加され、PDBアーカイブ上でSDF/MOL形式のファイルで提供されるようになりました。 SDF/MOL形式の個々のCCDファイルは、PDBアーカイブ上の以下の場所からダウンロード頂けます。 https://files.wwpdb.org/pub/pdb/refdata/chem_comp/ （又は、PDBjサイトのhttps://files.pdbj.org/pub/pdb/refdata/ ...

PDBjで公開された日本人遺伝子変異情報と蛋白質の配列・構造をつなぐ新しいポータルサイト（例 UniProt ID: P20813） 国立大学法人大阪大学 蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank Japan :PDBj 代表 栗栖源嗣教授）※1と国立大学法人東北大学 東北メディカル・メガバンク機構（ToMMo 機構長 山本雅之教授）※2は、日本人遺伝子変異情報とタンパク質配列・立体構造情報をつなぐポータルサイトを構築し、PDBjの新しいサービスとして公開しま ...

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 過去2-3年の間に主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことも影響し、 一般ユーザーにとってFTPプロトコルは事実上使われなくなりました。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したことを考慮して ...

2024年10月24日（木）、APBJC 2024（1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference ～JSBi, GIW, InCoB, APBC, and ISCB-Asia～）にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2024年10月24日（木）12:30～13:30（JST = UTC+9） 会場 那覇文化芸術劇場なはーと（沖縄県那覇市久茂地3-26-27 GoogleMap）小スタジオ 参加 ...

2024年11月10日（日）、令和6年(2024年)度 日本結晶学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2024年11月10日（日）12:00～13:00（JST = UTC+9） 会場 名古屋大学 東山キャンパス（名古屋市千種区不老町 GoogleMap）シンポジオン会議室（会場表記B） 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 直接会場にお越しください（整理券の配布はありません） 講演言語 日本語 開催方式 対面のみ 演題・演者 ...

スウェーデン王立科学アカデミーは、 デイヴィッド・ベイカー教授（ワシントン大学）、デミス・ハサビスCEO（DeepMind社）、ジョン・ジャンパー氏（DeepMind社） の3氏に、計算によるタンパク質の設計(アミノ酸配列のデザイン)とタンパク質の立体構造予測で 2024年のノーベル化学賞を授与すると発表しました。 60,000人以上のPDB登録者が実験データを登録し、wwPDBによって慎重にレビュー、検証、バイオキュレーションが行われています。 wwPDBのパートナーは、FAIR原則を遵守して検索、 ...

プレプリントが公開された場合、wwPDBはデータを公開します wwPDBは、以下の状況において、エントリーを公開します: - 登録者が公開を要望したとき - 論文が公開されたとき - 論文が公開されず、登録時に指定された保留期間が終了したとき（最長1年） PDB、EMDB、BMRBのエントリーIDを参照する公開プレプリントアーカイブは、wwPDBでは出版物とみなされ、 データの公開につながります。 例えば、公開保留中のPDB構造（ステータスHPUB/HOLD）について、wwPDBが ...

PDBアーカイブでは、蛋白質の化学修飾（PCM）と翻訳後修飾（PTM）のアノテーションが標準化されました。 以前お知らせした通り、 PDBx/mmCIF辞書 はPCMとPTMアノテーションを強化するために拡張されました。 以下のような新しいPDBx/mmCIFカテゴリと項目が含まれます： 化合物辞書（CCD）には、 - chem_compカテゴリに 新しい項目： chem_comp.pdbx_pcm が追加され、CCDが既知のPCM/PTMであるかどうかが記載されるようになりました ...

統合構造がwwPDBサイトとPDBアーカイブからご利用頂けます 統合的構造決定法とハイブリッド構造決定法(IHM)によって決定された構造は、PDBアーカイブの225,000を超える実験構造とともに、 公開済み・未公開両方のエントリーに対して、wwPDB DOIランディングページで利用できるようになりました。 これらのページでは、対応するIHM構造に関する基本的な情報を紹介し、 モデルの座標と検証ファイルを、PDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/pub/pdb_ihm/) ...

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 過去2-3年の間に主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことも影響し、 一般ユーザーにとってFTPプロトコルは事実上使われなくなりました。 インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したことを考慮して ...

統合的構造決定法とハイブリッド構造決定法(IHM)によって決定された構造は、PDBアーカイブで実験構造と一緒に利用できるようになりました。 これらの構造はPDB-Devシステムに登録され、処理されます。 各IHM構造にはPDB IDが発行され、PDBx/mmCIFファイルの_database_2カテゴリーに記載されます。 "integrative "メソッドに関する情報は、_struct.pdbx_structure_determination_methodology に記述されます。 IHM構造と関連デー ...