388件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、248335件になりました。（2026-01-28付） その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。

公開されたEMDBエントリーの年別増加率 wwPDBは、1年間で10,000件のEMDBエントリーを公開しました。 3DEMデータの公開ペースは驚異的な速さで継続しており、wwPDBでは初めて、わずか1年間で10,000件のEMDBエントリーが公開されました。 2019年時点では、EMDBの総エントリー数は17年間の成長を経てようやく10,000件に達したばかりでした。 2025年現在、データ公開の現在のペースにより、アーカイブの総エントリー数は50,000件を突破しました。 この急速な ...

登録は、地理によって自動的にwwPDBの各登録サイトに振り分けられます。 データ処理は、wwPDBパートナーサイト間で以下のように分担しています。 - RCSB PDBは、アメリカ大陸から登録されるPDBとEMDBデータを担当します。 - PDBeとEMDBは、ヨーロッパ（ベラルーシおよびロシア連邦を除く）およびアフリカにおけるPDBとEMDBデータを担当します。 - PDBjは、アジア地域（中国を除く）、ベラルーシ、ロシア連邦、オセアニアからのPDBとEMDBデータを担当します。 - ...

2026年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加し ...

年別PDB登録数の推移 wwPDBは、今年新たに20,000件の構造データ登録を 達成したことを発表します。この成果は、低温電子顕微鏡法、ハイスループット結晶学、強化された計算機およびAI駆動モデリングツールの急速な進歩、 そしてオープンデータ共有への長年の取り組みがもたらした影響を反映しています。 この画期的な成果は、wwPDBバイオキュレーターの専門知識によって支えられました。 wwPDBバイオキュレーターは各構造を慎重に審査・検証し、付加価値のある注釈で強化することで、エントリーが正確で ...

wwPDBのDeborah Harrus博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 彼女は、このマイルストーンに到達したwwPDB全体で８番目のバイオキュレーターとなります。 Harrus氏は2019年に欧州蛋白質構造データバンク（PDBe）に参加し、 フランス・グルノーブルでの研究で得たタンパク質結晶学の専門知識を活かしてきました。 フランス・パリサクレ大学にて構造ウイルス学の博士号を取得後、博士研究員としてタンパク質間相互作用の制御に焦点を当てた 基礎がん ...

2026年1月上旬より、PDBj（Protein Data Bank Japan：日本蛋白質構造データバンク）は、中国を除くアジア地域のデータ登録に加え、 オセアニア地域からのデータ登録についてもデータ編集処理を実施します。 PDBcは、wwPDBの準会員として、 中国からの生物学的データ登録の編集処理を担当しています。 RCSB PDBは、引き続き、アメリカ大陸からの登録データを担当します。 PDBeは、引き続き、欧州およびアフリカからの登録データを担当します。 登録データは登録時 ...

金属-タンパク質相互作用アノテーションおよび金属配位アノテーションと評価 金属タンパク質はPDBアーカイブの約30％を占めます。金属タンパク質におけるFAIRデータ実践を確実にすることは、極めて大きな影響を及ぼします。 wwPDBは、既存の多原子金属を含むPDBエントリーおよびCCDを更新し、金属タンパク質の構造を見つけやすく再利用しやすくなるよう、 より完全な化学的記述と金属配位の注釈を提供します。 約900個の金属含有多原子の化合物辞書(CCD)および影響を受ける約13000件のPDBエントリー ...

PDBjは、東京お台場で開催される対話型科学イベント「サイエンスアゴラ2025」にブースを出展します。 詳細は以下の通りです。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2025/10/25（土）・26（日） 10:00-17:00 会場 テレコムセンタービル（東京都江東区青海2-5-10 Google Map ）3F 311 入場料 無料 出展タイトル 見て・さわって・作って！タンパク質の世界（Hello! The World of Protein Structures） 出展概要 ...

wwPDBは、新たな機能を追加したwwPDBの検証レポートにより、検証サービスの改善と拡充を継続して行っています。 座標モデルに関するパーセンタイルスライダーの成功を経て、このセクションを拡張し Q-スコア パーセンタイルスライダーを追加しました。 座標モデルパーセンタイルスライダーは、登録者、論文査読者、アーカイブ利用者がPDBアーカイブの文脈でPDBモデルの品質を評価するのに役立ちます。 新たに追加されたスライダーは、このレポートの利用者がEMDB/PDBアーカイブと比較したモデル・マップの品質を一目で ...

第63回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2025年9月26日(金) 12:00 ～ 12:50 会場 奈良県コンベンションセンター BPセミナー８ I会場（205） 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日朝（8:15～11:00）展示会場入り口付近で配布する整理券を受け取って会場にお越しください。 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBj の最近の活動と wwPDB の今後の活動方針について Activity ...

２０２５年日本バイオインフォマティクス学会年会（IIBMP2025）にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2025年9月5日(金) 12:30 ～ 13:30 会場 名古屋大学豊田講堂・シンポジオン 〒464-8601 名古屋市千種区不老町 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日受付にて整理券を希望者に配布予定 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBj の最近の活動と wwPDB の今後の活動方針について Activity report ...

wwPDBは、全てののユーザーが拡張PDB IDフォーマットを採用し、 PDBx/mmCIFファイルフォーマットにできるだけ早く移行することを強く推奨します。 これには、ソフトウェアに変更を加えることや、あらゆるコミュニケーションにおいて完全な12文字のIDでPDBエントリーを参照すること、 そして周囲のユーザにも同様に対応するよう奨励することが含まれます。 拡張PDB IDへの移行について PDBアーカイブの拡大が続く中、4文字のPDBアクセッションコード（PDB ID）は2028年までに全て割り ...

EMDBアーカイブは、指数関数的に急速に成長し続けています。 この急速な拡大をサポートするため、wwPDBは将来に向けてシステムを準備し、今後数年間、 データをシームレスに登録、検証、普及できるよう取り組んできました。 その一環として、以下の重要な変更を行う予定です EMDB IDは6桁までサポートできるように拡張され、EMD-123456のような識別子が可能になります。 現在、アーカイブでは4桁と5桁のID（例：EMD-0123、EMD-45678）を使用しており、EMD-99999までの ...

Q 今月の分子の文章や画像を転載するにはどうすればいいですか? A 図についてはクレジットを表記すれば特に断りなく転載していただいて結構ですが、ご利用の際は問い合わせフォームよりご一報いただけましたらありがたいです。 クレジットに表記すべき内容は記事によって異なります。詳細は利用規約をご覧ください。 文章については「原著者および翻訳者を表記し、内容を改変しない」という条件の下、許可を得た上で再配布することができます。 許可を申請されたい場合、英語原文については info@rcsb.org ...

第25回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2025年6月20日(金) 11:15 ～ 12:05 会場 アクリエひめじ（兵庫県姫路市） E会場（施設部屋名：409） 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 直接会場にお越しください、事前の整理券等の配布はありません。 講演言語 日本語 / 英語 演題・演者 - 「PDBj の最近の活動と wwPDB の今後の活動方針について Activity report of PDBj ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBID、分解能、R-freeの値を得る 検索はこちら SELECT pdbid, ls_d_res_high AS "Resolution", "ls_R_factor_R_free" AS "R_free" FROM refine 要素 データ型 内容 refine.ls_d_res_high 浮動小数点 refine.ls_R_factor_R_free 浮動小数点 タグ - エントリー情報 - ...

PDBコアアーカイブ(https://files.rcsb.org) のスナップショットは、 HTTPS、SYNC、RSYNC、FTP経由でダウンロードできます。 RCSB PDBでは、RSYNCの代わりにAWS SYNCがサポートされています。 スナップショットは、2005年から毎年アーカイブ化され、PDBアーカイブの研究用に年別に容易に区別できるデータセットを提供しています。 HTTPS プロトコル - RCSB PDB (米国/AWS): https://s3snapshots.rcsb. ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 文献タイトルまたは構造のタイトルに「spike」を含むエントリーのPDBID、文献タイトル、構造タイトルを得る 検索はこちら SELECT b.pdbid, b.citation_title, s.title FROM brief_summary b JOIN struct s ON b.pdbid=s.pdbid WHERE CAST(b.citation_title AS text) ILIKE '%spike%' OR s. ...

PDBj Newsletter Vol.25を公開しました。

The wwPDB Foundation made an award for an outstanding student presentation at the 2025 Biophysical Society Meeting (February 15-19, Los Angeles, CA). Hsiang-Ling Huang Mechanisms of dysferlin-mediated membrane repair in health and disease Hsiang- ...

新しいバージョンのPDB-IHM 検証レポートに、クロスリンキング質量分析に基づく構造モデルの評価が追加されました PDBアーカイブのPDB-IHMブランチに保管されている 統合的ハイブリッド法（IHM）を用いて決定された構造の検証レポート（バージョン2）を更新しました。 検証レポートは、アーカイブやPDB-IHMのウェブサイトから入手できます。 IHM検証ソフトウェア v2 はPDB-IHMの登録・アノテーションシステムに統合され、新しい登録構造の検証をサポートします。 IHM 検証と v2への更 ...

PDBx/mmCIFユーザーガイドに関する 簡単なアンケート にご協力をお願いいたします。 PDBx/mmCIFエコシステムの利点 フィードバックは大変助かります。 回答者は、wwPDBの賞品が当たる抽選に参加することができます。 アンケートは2025年2月28日まで受け付けています。 [ wwPDB News ]

統合構造が、wwPDB.orgとPDBアーカイブからご利用頂けます。 現在、多くの高分子集合体の構造は、 複数の実験的手法と計算手法から得られた情報を組み合わせて三次元構造を計算する、統合的アプローチを用いて決定されています。 PDB-IHM(旧PDB-Dev)は、統合的手法やハイブリッド手法(IHM)を用いて決定された立体構造をアーカイブ化・公開し、 検索可能・アクセス可能・相互運用可能・再利用可能(FAIR)にするためのシステムです。 2024年8月、PDB-DevはPDBと統合され、 ...

新しいアーカイブスナップショットをご利用頂けます 2025年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ...