379件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、255615件になりました。（2026-06-24付） その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。

2027年7月21日、wwPDBは拡張された12文字のPDB ID、PDBx/mmCIF形式、 および再編成されたPDBアーカイブへ完全に移行します。 この時点以降、新たな4文字のIDは発行されなくなります。 PDBデジタルオブジェクト識別子（DOI）は、対応するwwPDBのDOIランディングページへのリンクに使用できます。 DOIはデジタルオブジェクトに割り当てられる一意で永続的な英数字の文字列であり、 オンライン上の所在に対する恒久的で信頼性の高いリンクを提供します。DOIは一度割り当てられると変 ...

RCSB PDB における PDBの Versioned および NextGen アーカイブに対する rsync プロトコルのサポートは、6月22日で終了となります。 PDBj では、引き続きrsyncプロトコルをサポートし、versionedとNextGenアーカイブへのrsyncアクセスは以下の通りです。 - rsync://rsync-versioned.pdbj.org - rsync://rsync-nextgen.pdbj.org Versioned および NextGen ...

2026年6月19日（金）第26回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します Zoomによるオンライン参加（Zoom）も可能です！ 学会名 第26回日本蛋白質科学会年会 セミナータイトル 新しいPDB Betaアーカイブと12桁のPDB IDの準備はできていますか？ セミナー概要 PDBの4桁IDは枯渇しつつあるため、ID体系を12桁に拡張します。 wwPDBでは新たなPDBアーカイブ「PDB Beta」の提供を開始し、テストできるようにしています。 この新たなアーカイブの ...

2027年7月21日以降： - PDBベータアーカイブが現在のPDBメインアーカイブに置き換わります。 現在のベータアーカイブのURLはメインアーカイブを指すようになります。 - 4文字のPDB IDが付与されているPDBエントリー（PDB-IHMに含まれるIHM構造を含む）は、このアーカイブでは拡張PDB IDを用いてアクセス頂けます。 拡張PDB IDは、4文字IDの前に「pdb_0000」を付加した形式です（例：1ABC は pdb_00001abc になります）。 - OneDepはそれ以降 ...

公開済みのPDBおよびEMDBエントリーに対するすべての検証レポートが更新され、再計算されたパーセンタイル値とともにご利用頂けるようになりました。 さらに、検証レポートには、2025年12月31日時点のPDBアーカイブの状態を反映した新しいパーセンタイル統計、 EDS およびMolProbityの更新、新たな Qスコアのパーセンタイル情報、 ならびにリガンド検証の改良が含まれています。 リガンド検証の改良は、Global Phasing Ltd.からのフィードバックを受けて実施されました。 同社は、 ...

PDBj Newsletter Vol.26を公開しました。 2025年度の活動概要を紹介しています。

ニュースレター 最新版（Vol.26、6ページ） - 日本語 English 過去のニュースレターはこちら 研究者向けチラシ（2ページ） - 日本語 English 一般向けリーフレット - 日本語（A3 6ページ A4 12ページ） 2021年カレンダー（PDB設立50周年記念） - - English A4サイズ日曜始まり（36MB） A4サイズ月曜始まり（36MB） レターサイズ日曜始まり（35MB） 日本語（39MB） 简体中文（37MB） 繁體中文（36MB ...

- Vol.26 (2026年 3月) 英語(pdf 3.0M) / 日本語(pdf 3.9M) - Vol.25 (2025年 3月) 英語(pdf 2.9M) / 日本語(pdf 3.2M) - Vol.24 (2024年 3月) 英語(pdf 2.9M) / 日本語(pdf 2.9M) - Vol.23 (2023年 3月) 英語(pdf 2.7M) / 日本語(pdf 3.0M) - Vol.22 No.2 (2022年 3月) 英語(pdf 2.4M) / 日本語(pdf 2.6M) - Vol. ...

詳しくは、英語ニュースをご覧ください。

PDBアーカイブには25万件以上のエントリーが含まれます

2028年までに4文字のPDB ID（例：1abc）は完全に割り当て済みとなります。 その後、新規エントリーには拡張PDB IDのみが割り当てられます。 新しい拡張PDB ID形式は12文字となり、 接頭辞pdb_に続いて8文字の英数字が続きます（例：pdb_1000axyz）。 この新しいID形式により、 公開文献中のPDBエントリのテキストマイニング検出が可能となり、改訂データファイルのより有益かつ透明性の高い提供が実現します。 拡張PDB IDをジャーナルに提出する際、および原稿内で拡張PDB ...

公開されたEMDBエントリーの年別増加率 wwPDBは、1年間で10,000件のEMDBエントリーを公開しました。 3DEMデータの公開ペースは驚異的な速さで継続しており、wwPDBでは初めて、わずか1年間で10,000件のEMDBエントリーが公開されました。 2019年時点では、EMDBの総エントリー数は17年間の成長を経てようやく10,000件に達したばかりでした。 2025年現在、データ公開の現在のペースにより、アーカイブの総エントリー数は50,000件を突破しました。 この急速な ...

登録は、地理によって自動的にwwPDBの各登録サイトに振り分けられます。 データ処理は、wwPDBパートナーサイト間で以下のように分担しています。 - RCSB PDBは、アメリカ大陸から登録されるPDBとEMDBデータを担当します。 - PDBeとEMDBは、ヨーロッパ（ベラルーシおよびロシア連邦を除く）およびアフリカにおけるPDBとEMDBデータを担当します。 - PDBjは、アジア地域（中国を除く）、ベラルーシ、ロシア連邦、オセアニアからのPDBとEMDBデータを担当します。 - ...

2026年1月1日時点のPDBアーカイブ (https://files.wwpdb.org/、https://s3.rcsb.org 又はPDBj: https://files.pdbj.org/)のスナップショットを スナップショットサイト https://s3snapshots.rcsb.org/、 snapshots.rcsb.org (rsync -rlpy -a -v --delete snapshots.rcsb.org:: .) 及び ftp://snapshots.pdbj.org に追加し ...

年別PDB登録数の推移 wwPDBは、今年新たに20,000件の構造データ登録を 達成したことを発表します。この成果は、低温電子顕微鏡法、ハイスループット結晶学、強化された計算機およびAI駆動モデリングツールの急速な進歩、 そしてオープンデータ共有への長年の取り組みがもたらした影響を反映しています。 この画期的な成果は、wwPDBバイオキュレーターの専門知識によって支えられました。 wwPDBバイオキュレーターは各構造を慎重に審査・検証し、付加価値のある注釈で強化することで、エントリーが正確で ...

wwPDBのDeborah Harrus博士が処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 彼女は、このマイルストーンに到達したwwPDB全体で８番目のバイオキュレーターとなります。 Harrus氏は2019年に欧州蛋白質構造データバンク（PDBe）に参加し、 フランス・グルノーブルでの研究で得たタンパク質結晶学の専門知識を活かしてきました。 フランス・パリサクレ大学にて構造ウイルス学の博士号を取得後、博士研究員としてタンパク質間相互作用の制御に焦点を当てた 基礎がん ...

2026年1月上旬より、PDBj（Protein Data Bank Japan：日本蛋白質構造データバンク）は、中国を除くアジア地域のデータ登録に加え、 オセアニア地域からのデータ登録についてもデータ編集処理を実施します。 PDBcは、wwPDBの準会員として、 中国からの生物学的データ登録の編集処理を担当しています。 RCSB PDBは、引き続き、アメリカ大陸からの登録データを担当します。 PDBeは、引き続き、欧州およびアフリカからの登録データを担当します。 登録データは登録時 ...

金属-タンパク質相互作用アノテーションおよび金属配位アノテーションと評価 金属タンパク質はPDBアーカイブの約30％を占めます。金属タンパク質におけるFAIRデータ実践を確実にすることは、極めて大きな影響を及ぼします。 wwPDBは、既存の多原子金属を含むPDBエントリーおよびCCDを更新し、金属タンパク質の構造を見つけやすく再利用しやすくなるよう、 より完全な化学的記述と金属配位の注釈を提供します。 約900個の金属含有多原子の化合物辞書(CCD)および影響を受ける約13000件のPDBエントリー ...

PDBjは、東京お台場で開催される対話型科学イベント「サイエンスアゴラ2025」にブースを出展します。 詳細は以下の通りです。皆さまのお越しをお待ちしています。 日時 2025/10/25（土）・26（日） 10:00-17:00 会場 テレコムセンタービル（東京都江東区青海2-5-10 Google Map ）3F 311 入場料 無料 出展タイトル 見て・さわって・作って！タンパク質の世界（Hello! The World of Protein Structures） 出展概要 ...

wwPDBは、新たな機能を追加したwwPDBの検証レポートにより、検証サービスの改善と拡充を継続して行っています。 座標モデルに関するパーセンタイルスライダーの成功を経て、このセクションを拡張し Q-スコア パーセンタイルスライダーを追加しました。 座標モデルパーセンタイルスライダーは、登録者、論文査読者、アーカイブ利用者がPDBアーカイブの文脈でPDBモデルの品質を評価するのに役立ちます。 新たに追加されたスライダーは、このレポートの利用者がEMDB/PDBアーカイブと比較したモデル・マップの品質を一目で ...

第63回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2025年9月26日(金) 12:00 ～ 12:50 会場 奈良県コンベンションセンター BPセミナー８ I会場（205） 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日朝（8:15～11:00）展示会場入り口付近で配布する整理券を受け取って会場にお越しください。 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBj の最近の活動と wwPDB の今後の活動方針について Activity ...

２０２５年日本バイオインフォマティクス学会年会（IIBMP2025）にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2025年9月5日(金) 12:30 ～ 13:30 会場 名古屋大学豊田講堂・シンポジオン 〒464-8601 名古屋市千種区不老町 定員 100名 参加費 無料（別途学会参加費は必要） 参加方法 当日受付にて整理券を希望者に配布予定 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBj の最近の活動と wwPDB の今後の活動方針について Activity report ...

wwPDBは、全てののユーザーが拡張PDB IDフォーマットを採用し、 PDBx/mmCIFファイルフォーマットにできるだけ早く移行することを強く推奨します。 これには、ソフトウェアに変更を加えることや、あらゆるコミュニケーションにおいて完全な12文字のIDでPDBエントリーを参照すること、 そして周囲のユーザにも同様に対応するよう奨励することが含まれます。 拡張PDB IDへの移行について PDBアーカイブの拡大が続く中、4文字のPDBアクセッションコード（PDB ID）は2028年までに全て割り ...

EMDBアーカイブは、指数関数的に急速に成長し続けています。 この急速な拡大をサポートするため、wwPDBは将来に向けてシステムを準備し、今後数年間、 データをシームレスに登録、検証、普及できるよう取り組んできました。 その一環として、以下の重要な変更を行う予定です EMDB IDは6桁までサポートできるように拡張され、EMD-123456のような識別子が可能になります。 現在、アーカイブでは4桁と5桁のID（例：EMD-0123、EMD-45678）を使用しており、EMD-99999までの ...