pdb-l@lists.wwpdb.org は、 蛋白質の構造、解析、および関連するトピックに関する質問やPDBユーザーコミュニティとの議論のためのオープンなディスカッションフォーラムです。 pdb-l@lists.wwpdb.org に送信されたメッセージは、すべての購読者に送信されます。 HTMLフォーマットと画像に対応したこの掲示板は、以前のフォーラム（pdb-l@sdsc.edu）に代わるものです。 前の掲示板から移行したメッセージも含めてアーカイブされています。 既存の購読者は、再登録の必 ...

wwPDBの見学有美子さんが処理したPDBエントリーが10,000件に到達しました。おめでとうございます。 見学さんはPDBjの設立メンバーとして，母校である大阪大学にて2000年に業務を開始されました。 今年4月に彼女は10,000件以上の構造を処理した最初のwwPDB研究員となりました。 多くのアジア地区の構造生物学者は，彼女の名前をよくご存知と思います。 見学さんはPDBの編集作業を通じて，20年以上にわたり多くのPDB登録者とともに，高精度エントリーのタイムリーなリリースに貢献しています。 本年4月 ...

PDBx/mmCIF辞書が，回折強度データの異方性を考慮した処理や，フレーム毎にマージしないデータ，異常分散データの品質記述を拡張した事を受けて，OneDepのサポートを改善しました。 2020年10月にwwPDBPDBx/mmCIF専門委員会のサブグループが招集され、実験データのより詳細な記述と関連するデータの品質評価基準の開発を開始しました。データ収集・処理に関するサブグループメンバーは，回折データ処理ソフトウェアの開発とサポートに積極的に取り組みました。 具体的には、数ヶ月にわたってオンライン会議を行 ...

キュレーション処理における生物学的単位の定義をより明確にするために、 wwPDBは、処理後のPDB生物学的単位を、登録者がOneDep上でMol*ビューアを使って確認できるように改善しました。 PDBエントリーのキュレーションにおける重要なプロセスの1つに、各構造の生物学的単位の定義があります。 これにより、PDBデータの利用者は、実験条件で複雑に形成された構造を理解するのに役立ちます。 生物学的単位が正しくキュレーションされていることを確認するために、 処理の過程でキュレータが確認した後、処理 ...

2014年にPDBx/mmCIFがPDBの標準フォーマットとなり、レガシーPDBフォーマットは凍結されました。 wwPDBでは、すべてのエントリーのPDBx/mmCIFファイルに加えて、このレガシーファイルフォーマットで表現できるエントリーについては、PDBフォーマットのファイルを作成しています （例えば、99,999個を超える原子を持つエントリーや、複数文字の鎖IDを持つエントリーはPDBx/mmCIFでしか利用できません）。 PDB構造のサイズと複雑さが増すにつれ、従来のPDBフォーマットの限界が ...

Structure誌に掲載された新しい記事では、 糖鎖の分岐表現や２次元SNFG画像、関心のあるリガンドの識別、電子密度重ね合わせの３次元ビュー、低分子配置の２次元画像などの新機能が紹介されています。 ３次元低分子構造の検証のためのこれらの機能強化とプロセスは、wwPDB/CCDC/D3R Ligand Validation Workshopからの提言と、 コミュニティの共同作業によるソフトウェアの採用を反映しています。 この原稿では、Validation of the Structures ...

wwPDBは2021年を通してPDBアーカイブの50周年の記念行事を行います (wwpdb.org/pdb50). まず最初に2021年5月4日、5日（米国東部時間, EST)には、発足シンポジウムがオンラインで開催される予定です。 オンラインのセッションは、米国東部時間 5月4日、5日の午前11時～午後4時30分（日本時間 5月5日、6日の午前0時～5時30分）に開催されます。 イベントの様子を録画し、会議終了後に、登録済みの参加者へ公開する予定です。 学生や若手研究者はポスター賞の対象 ...

今週の更新で、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）関連構造が1000件を超え、1018件の関連エントリーをPDBからご利用頂けるようになりました。 最初のSARS-CoV-2由来蛋白質の構造はメインプロテアーゼ(PDB 6lu7, wwPDB DOI landing page)の高分解能結晶構造で、流行初期の2020年2月5日に公開されました。 それ以来構造生物学者は、SARS-CoV-2のスパイク蛋白質、そのヒトACE2受容体および中和抗体との複合体など、SARS-CoV-2蛋白質の ...

概要 CIFクエリサービスは、XPath検索でPDBMLファイルからその一部を取り出すのと似た方法で、mmCIFファイルの一部分を取り出すことができます。XPath検索のように条件付きで検索することはできませんが、もし希望があるなら実装を検討します。また、mmCIFクエリサービスではXPath検索とは異なり、atom_siteカテゴリや巨大構造エントリーも検索することができます。 例 PDB ID「1GOF」のmmCIF内容を得る 1gof PDB ID「1GOF」の化合物情報のmmCIF ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各Chemical Component IDの分子名、分子式、化学式量、InChIKeyを得る PDBエントリーに現れるすべての化合物にはPDBで規定した独自のIDChemical Component IDが割り振られています。 PDBj Mineのデータベースに問い合わせることでChem Comp IDと化合物に関する他の情報との関係を得ることができます。 検索はこちら SELECT c.id, c.name, c. ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 化合物（chem_comp）について PDBエントリーに現れる化合物単位は、 PDBで独自に設定した3文字以内のIDが割り振られています。 化合物単位とは、ペプチド、核酸、多糖の高分子を構成するアミノ酸、核酸、単糖などと その他リガンド、補欠分子族、溶媒などとして現れるすべての化合物です。 以下にそれらを検索する事例を挙げます。 - ヘム（HEM）を含むエントリーのPDBIDと分子名を得る - 非ポリマー分子を含むが、 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 追加の情報を使う（PDBMLadd、SIFTS、BIRD辞書、CSD） PDBj Mineの検索ではPDBのデータに含まれる内容以外に、PDBjで独自に作成した「PDBMLadd」を含む以下の情報も利用することができます。 - PDBjで独自に作成した「PDBMLadd」 引用論文に記載されているが共通のPDBデータには記載されていない情報 関連する遺伝子オントロジー（Gene Ontology、GO）の情報 PDBeで提供している ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 構成要素情報 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な高分子鎖の種別名を番号に置き換えてchain_type_idsカラムに保存しています。 高分子鎖の種別名と番号の対応は以下の通りです。 なお現在のPDBにおいて多糖は高分子種から除外されています。 1. D体アミノ酸でできたポリペプチド（polypeptide(D)） 2. L体アミノ酸でできたポリペプチド（polypeptide(L)） 3. デオキシリボ核酸で ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - エントリー情報 以下にエントリー情報（PDBID、登録日、公開日など）に関する検索例を挙げます。 - 全てのPDB IDを得る - PDB IDの全件数を得る - 「1g」で始まるPDBID全てを得る - PDBIDを構成する文字が4文字とも数字であるエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリー「1gof」の概要情報を得る - 同じ鎖の含まれている数（分子数）が多いものから5つについて、PDBIDとentity IDを得る - ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各PDBエントリーのタイトル（pdbx_descriptor）、キーワード（pdbx_keywords）、単位格子の3辺の長さと角度、高分子鎖の数、高分子鎖の合計化学式量を得る 検索はこちら SELECT cell.pdbid, struct.pdbx_descriptor, struct_keywords.pdbx_keywords, cell.length_a, cell.length_b, cell.length_c, cell ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 各PDBエントリーのPDBIDと高分子鎖の合計化学式量を得る（合計化学式量の多い順） 検索はこちら SELECT pdbid, SUM(pdbx_number_of_molecules*formula_weight) AS weight FROM entity WHERE type = 'polymer' GROUP BY pdbid ORDER BY weight DESC タグ - エントリー情報 - 構成要素情報 - ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 巨大構造エントリー（1つのPDBフォーマットファイルで記述できない大きな構造）のPDBIDと化学式量を表示（表示順は化学式量が大きい順） 検索はこちら SELECT e1.pdbid, SUM(e2.formula_weight) AS total_formula_weight FROM pdbx_database_status e1 JOIN entity e2 ON e1.pdbid=e2.pdbid WHERE e1.pdb_ ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 化学式量が1000 Da以下の抗体を含むPDBエントリーのPDBID、分子名を得る 検索はこちら SELECT mf.pdbid, rm.name FROM pdbj.pdbx_molecule_features mf JOIN prd.pdbx_reference_molecule rm ON rm.prd_id = mf.prd_id WHERE rm.class = 'Antibiotic' AND rm.formula_ ...

wwPDB OneDepシステム X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録に対応しています。 - 登録の手引き チュートリアル wwPDB OneDepシステムの概要 wwPDB OneDepシステム - よくあるご質問（FAQ）- OneDepを使ったPDB登録への5つのステップ (PDF) PDBj YouTubeチャンネルの登録講習会動画 - チュートリアル - wwPDB OneDepシステムの概要 - wwPDB OneDepシステム - よくあるご質問（FAQ）- - ...

2021年を通して、wwPDBはPDBアーカイブの50周年を記念しています。 2021年5月4日、5日（米国東部時間, EST)には、 米国生化学分子生物学会（American Society for Biochemistry and Molecular Biology）が主催し、 wwPDB財団が企画するイベントにおいて、発足シンポジウムが開催される予定です。 生物学界初のオープンアクセス・デジタルデータリソースとしてのPDBの設立50周年を記念して、構造生物学とバイオインフォマティクスの分野 ...

wwPDBアーカイブ（PDB, EMDB）を更新し、PDBアーカイブ内の全てのEMモデル座標エントリーと全てのEMDBマップエントリーについて、検証レポートを追加・更新しました。検証レポートは、構造の品質について定量的および視覚的な評価を提供し、アーカイブ全体で比較できるようになります (https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports). wwPDBのEM検証レポートは、2019年に初めて、OneDepの登録者に向けて提供されました。 ( ...

PDBjの著作権表示、PDBj Mine（PDB検索結果）ページなどPDBjサイト内のページへのリンクなど、PDBjに関係する事項についてはご自由に以下のロゴをご利用ください。 PDBjアイコンのみ（カラー） - jpg（567px x 567px, 300dpi） - png（567px x 567px, 300dpi） - svg PDBjアイコンのみ（白黒） - jpg（567px x 567px, 300dpi） - png（567px x 567px, 300dpi） - svg ...

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2021年1月5日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20210105は、 ...