wwPDBのNMR検証作業チームの提案内容が雑誌に掲載されました wwPDBのNMR検証作業チーム（wwPDB NMR Validation Task Force）の提案内容が雑誌「Structure」に掲載されたことをお知らせします（doi: 10.1016/j.str.2013.07.021）。 PDBに登録されている、NMRを使って解かれた構造の件数が増加するにつれ、確かな検証ツールを提供することは益々重要になってきています。NMRによって解かれた構造データとそれに伴う実験データの品質評 ...

論文が公開されました「How Community Has Shaped the Protein Data Bank」 PDB設立以来の沿革についての論文が公開されました。 How Community Has Shaped the Protein Data Bank Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, Haruki Nakamura, John L. Markley Structure (2013) 21: 1485-1491 doi: 10.1016/j ...

2013年8月23日（金）、大阪中之島にてPDBj 講習会を開催しました。発表内容を講習会ページに掲載しました。

構造の登録者、ならびに雑誌編集者や論文査読者を支援するため、wwPDBでは新たなX線構造検証レポートを発行します wwPDBの各メンバーより、新しい非常に有益なX線構造の検証レポートの提供が始まることをお知らせします。 このレポートは構造のアノテーション過程の一環として構造登録者に提供されるもので、登録者が登録構造の品質評価に使ったり、雑誌編集者や査読者が原稿を審査する上で役立てたりすることができます。 新レポートを作成する過程で行われる検証には多くの専門家の提言が取り入れられています [1, ...

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 2013年7月29日-8月1日に、札幌にて第7回国際構造ゲノム会議-構造生命科学が開催されます。PDBj はブース展示を行い、PDBjとwwPDBの活動について紹介いたします。

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 H25年度「PDBj 講習会」のご案内 - 日時： 平成25年8月23日（金）10：00～16：50 - 会場： 大阪大学中之島センター 講義室702 〒530-0005 大阪市北区中之島4丁目3-53 [Map] - 定員： 40名（先着順） - 参加費： 無料 - PCについて： 講習会ではPCを使用します。 原則ご自身のノートPCを持参下さい。お持ちでない方は、貸出用PC（Windows XPか7, Mac）を準備しますので申込み時 ...

第11回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース（6月17日、18日開催）における発表内容を講習会ページに掲載しました。

wwPDBは設立10周年を迎えました

NMR構造の登録件数が10000件に到達しました wwPDBは、核磁気共鳴（NMR）分光法によって決定された構造の登録が１万件に到達したことを報告いたします。 NMR と PDB 1986年に最初のNMR構造が決定されて以来、PDBに登録されたNMR構造の数は着実に増加してきました。 昨年だけを見ても、登録開始後10年間に登録されたNMR構造の総数を超える500件もの新しいNMR構造が登録され、その登録数の伸びが実感できます(図 1)。 今日では、NMR構造の登録数は、PDBアーカイブ全体の ...

第13回日本蛋白質科学会年会における、ランチョンセミナー（6月12日開催）の発表内容を講習会ページ に掲載しました。

下記講演は終了しました。 第11回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース＠蘇州大学 - 開催日: 2013年6月17日（月）、18日（火） - 開催場所: 蘇州大学（中国） 6月17-18日、中国蘇州大学にて、今年で11回目を迎える日韓中バイオインフォマティクストレーニングコースが開催されます。 PDBj から金城玲准教授が招待講演者として参加し、蛋白質の最適コンタクトポテンシャルと配列の保存モードについて講義を行います。 2013年6月18日（火）10:50 - 11:50 ...

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 PDBj ランチョンセミナーのご案内 6月12日（水）‐14日（金）鳥取にて開催される第13回日本蛋白質科学会年会にて、PDBj は下記の通りランチョンセミナーを実施いたします。 - 発表日時： 2013年6月12日（水） 11：45－12：45 - 会場（部屋名）： D会場（とりぎん文化会館、鳥取市） [ Access Map / Floor Map ] - 席数： 100席 ＜演者・演題＞ 1. Gert-Jan Bekker （ ...

これまでにない完全なHIVカプシド構造が2つ、 今週の Nature（Vol.497） に掲載され、この構造はPDB（wwpdb.org）からも公開されています。 この成果は、構造生物学の分野において大幅な進歩であり、PDBにとっての節目でもあります。 これらの構造は、電子顕微鏡データに基づいたモデルで、分子動力学可動性フィッティング方法を使用しています。 タンパク鎖の数は3J3Qで1356本、3J3Yでは1176本になり、原子の数ではそれぞれ200万を超えます。 HIVカプシドはタンパク質でできた ...

検索結果ページの右パネルについて 簡易検索バーや詳細条件検索のいずれかを使用してPDBj Mineの検索を実行すると、結果がブラウザ内に表示されます。 画面の中央には、検索結果が保持されて、さらに右エリアには、追加情報と機能を提供するための２つのパネルが現れます。（下図参照） 検索結果情報のパネルには、検索結果数や、１ページに表示される結果数、表示順についての情報が表示されます。 また、オートページャー機能をオンにするオプションもあります。デフォルトはオフで、検索結果は複数のページに分割して表示され ...

PDBの登録数はますます増加し、この中にはさらに大きく複雑な構造や、また複数の実験手法で決定した構造も含まれています。 こういったPDB登録の難題に対応するために、 wwPDBパートナー(wwPDB: http://wwpdb.org/)は、 PDBエントリーの登録と編集を行うための、全く新しいシステムを開発中です。 この新しいシステムは、2014年初期に、全てのwwPDB登録拠点で完全に稼働し始めます。 これによって、回折、NMR、EM（電子顕微鏡）手法によって決定した、どのような大きさの構造の登録 ...

2013年5月3日（金・祝）に、大阪大学いちょう祭にて施設・研究紹介を行いました。発表内容を講習会ページ に掲載しました。

公開済みの登録構造が9万件を超えました。 2013年5月1日の更新時点で、90,206件のPDB登録構造が公開されています。

下記のイベントは終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 大阪大学いちょう祭・蛋白研イベント PDBj は大阪大学いちょう祭の施設・研究紹介にて、下記のイベントを開催します。タンパク質に興味のある方ならどなたでも歓迎します。 - 開催日時： 2013年5月3日（金・祝） 13時－16時30分 - 会場： 大阪大学蛋白質研究所 蛋白質解析先端研究センター４階 『タンパク質の”かたち”を見てみよう－万見プライム』 『万見プライム』（生体分子を一般の方にも分かりやすく紹介するウェブサービス ...

BIRD辞書によるペプチド様抗生物質や阻害剤分子の定義について wwPDBのBIRD辞書では、抗生物質やペプチド阻害剤、その他の複雑な生物学的リガンドが定義されています。 このような生物学的に興味のある分子を定義し説明するために、BIRDには化学的な説明や、配列と結合の情報、中心となる構造や外部リソースから取得した機能と分類に関する情報等が含まれます。 生物学的に興味のある分子を含むPDBエントリーは全て、BIRD辞書を用いて編集が行われ、対応するBIRD IDは、PDBx形式のファイル ...

2013年3月8日（金）に、医療と生命科学データベースの連携をテーマに、蛋白質研究所セミナーが開催され ました。プログラム（ pdf 293KB）

ジョブマネージャーは投入したジョブの進捗状況の一覧を表示します。現在、Structure NavigatorとPDBetaサービスのみジョブ·マネージャーを使用しています。 今後、他のサービスでも使用する予定です。 ジョブが終了した後、ジョブマネージャーはポップアップウィンドウを表示して、ジョブの完了をユーザーに通知します。ユーザがブラウザを閉じた場合は、 ユーザーがPDBjのウェブサイトを次回開いたときに通知されます。もちろん、この機能は、ユーザがジョブを投入したブラウザで、その結果を見るために同じブ ...

振動する分子の3次元画像 10個の最低振動数モードそれぞれについて、振動する様子をjV(PDBj)やJmolで3次元画像として見ることができる。 (1) 変位ベクトル図 10個の最低振動数モードそれぞれについて、分子が振動する様子を変位ベクトルで表現した図で、ｊVあるいはJmolで表示する。1度に最大3個のモードを同時に表示できる。jVでは右側パネルにある、またJmolでは画面下にあるチェックボックスで、個々のモードの表示・非表示の切り替えができる。 更にjVでは、主鎖原子と側鎖原子の変 ...

[ソフトウェア使用許諾契約書] 本ソフトウェアを使用、複製、または配布すると同時に、利用者が本契約書を理解し、そのすべてに同意いただいたものとします。本契約書の条項に同意されない場合は、本ソフトウェアを使用、複製、または配布しないでください。本契約書の条項に同意されない場合は、本ソフトウェアのダウンロードを中止してください。 PDBETAおよびともに提供されるドキュメント等の関連資料（「本ソフトウェア」と記載します）は、輪湖博（早稲田大学）と猿渡茂（北里大学）（「著作権者」と記載します）によって開発され ...

平成24年度PDBj 講習会（3月7日開催）における発表内容を 講習会ページ に掲載しました。