PDBの構築と10万件への道のり 今週の更新で、PDBアーカイブのエントリー数は 99,624件に達し、まもなく100,000件を迎える見通しです。この節目を迎えるにあたり、今週、PDBの他の節目を振り返っています。 精力的な話し合いや討論、将来の計画立案を通じて、構造生物学の研究者たちが一団となり、1971年に、ブルックヘブン国立研究所（Brookhaven National Laboratory）1で、実験的に決定した生物学的高分子の構造のデータベースとして、PDBを設立しました。 ...

FTPサイトからのPDBMLplusファイル提供を終了します 現在、PDBjで独自に収集したデータをPDBML-noatom（原子座標部分を除いたもの）に付加した「PDBMLplus」を下記2通りの方法で公開しています。 - FTPサイトに配置している合成済みのファイル例：ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_xp_gz/100d.pdbmlplus.xml.gz - リクエストに応じオンデマンドでPDBMLと付加部分（PDBMLadd）を合成しているもの例： ...

jVの最新版（ jV4.3 ）が公開されました。 最新版は こちら からダウンロードしてお使い下さい。 更新内容の詳細は リリースノート をご覧ください。

従来の各PDBID entryごとのfasta format sequence情報('fasta_seq_data/PDBID_seq.txt')に加えて、全entryのfasta format情報をまとめたもの('all_fasta_sequence.txt.gz')も、PDBj ftp siteからダウンロードできるようになりましたので、ご利用ください。

FTPサイトから Mine2 RDB（Mine 2 Relational DataBase）を公開しました。 詳細は、ヘルプページをご覧ください。" /> 3月5日（水）に、FTPサイトから Mine2 RDB（Mine 2 Relational DataBase）を公開しました。 詳細は、ヘルプページをご覧ください。

小角散乱（SAS）データのアーカイブについて 生物学的高分子の立体構造の研究において、小角散乱法（SAS）がますます利用されています。 wwPDBは各分野の専門家からなるSAS専門委員会(SAS Task Force)を設立しました。2012年の会議で議論された内容は、論文で出版されています。[Structure Trewhella et al., 21, 875-881 (2013)] SAS専門委員会は、次のような提言を行っています： PDBアーカイブとは別に（但しPDBと連合の）SASデ ...

X線結晶構造に対して、wwPDBの新しい登録システムが公開されました。 X線結晶構造解析で求めた構造に対して、新しい登録システムが利用できるようになりました。 （新登録システム：http://deposit.wwpdb.org/deposition） 新システムは、今後10年にわたって進化していく研究者の要望（巨大構造や錯体化学、複数の実験手法の使用などのサポートを含む）に見合うよう、開発されました。wwPDBの登録拠点で現在使用されている、全ての登録・編集システムは、新システムに置き換 ...

wwPDBは、2014年2月に、PDBアーカイブの全てのX線結晶構造について、検証レポートを公開します。 この検証レポートでは、モデル座標と実験データ、及びこれら２つの一致度を考慮することによって、解析された構造の品質を評価することができます。 あるモデルとアーカイブ中の他のモデルの品質を比較した要約情報は、容易に解釈することができ、PDBデータの利用者は、アーカイブ中の構造を評価し、ニーズに合った最も適切な構造モデルを選択することができます。 このレポートは、検証に関する専門家グループの意 ...

wwPDBは、2014年1月末に、新しい登録システムを公開する予定です wwPDBは、2014年1月末に、X線結晶構造の登録に対して、新しい登録システムを公開する予定です。新しいウェブベースの登録ツールは、既存システムの多数の特徴を兼ね備えており、データの可視化やwwPDBのアノテータとのコミュニケーション機能も強化されています。 登録のインターフェースは、wwPDBの新登録・編集システムの重要となる部分です。新システムはwwPDBの各登録拠点において、登録・編集ツールや方法を統一するために作 ...

アミノ酸命名法を標準化します wwPDBは、ピロリジン (pyrrolysine) とセレノシステイン (selenocysteine) に対して、生化学命名に関するIUPAC・IUBMB合同委員会の推奨に従った命名を使うよう移行中です。 １月以降は、これらを含む新規公開エントリーやアーカイブ中のエントリー（50個未満）のアミノ酸三文字表記には、PYL（ピロリジン）とSEC（セレノシステイン）が使われます。 ４月には、これらを含む新規公開エントリーやアーカイブ中のエントリーのアミノ酸一 ...

wwPDBが作成した世界結晶年（IYCr:2014）のカレンダーをダウンロード頂けます。 ユネスコ（国際連合教育科学文化機関、UNESCO）と国際結晶学連合（IUCr）は、2014年を世界結晶年（IYCr2014）と宣言しました。 世界結晶年（IYCr2014）は、X線回折の100周年を記念するとともに、結晶学の現代における重要な役割を祝っています。 wwPDBが作成した2014年のカレンダーでは、X線結晶学によって可能になった、生物学を原子レベルで理解する方法を示しています。 ...

第36回日本分子生物学会年会（12月3日-5日出展）におけるPDBj の出展内容を講習会ページに掲載しました。 セミナー案内ページ：http://pdbj.org/news/20131125

PDBj の出展内容を講習会ページに掲載しました。 下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 NBDC特別企画 －使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界－ バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）特別企画においてPDBj の最近の活動とデータベースについてご紹介します。 （URL: http://events.biosciencedbc.jp/exhibition/mbsj36/） - 展示期間： 2013年12月3日（火）－5日（木） 9 ...

下記講演は終了しました。 第12回アジア結晶学会 (The 12th Conference of the Asian Crystallographic Association) 香港で開催される第12回アジア結晶学会にて、口頭発表およびポスター発表を行います。 - 口頭発表 日時： 12月8日（日） 10:50-11:15 会場： Lecture Theatre J (MS-1) 発表番号： O1-1 (ASCA130144) 演者： 栗栖源嗣、中川敦史、中村春木（大阪大学蛋白質研究所） ...

wwPDBでは、1970年代から使われてきた「PDBフォーマット」に替わり、2014年から新しい標準フォーマット（PDBx/mmCIF）の利用を開始する予定です。詳細は、新しい標準フォーマットについて記載されたページをご覧ください。

wwPDBの新しいサービスを使って、解析したX線結晶構造を検証できます。 新しく公開されたwwPDB検証サーバー(stand-alone wwPDB validation server)を使って、高分子結晶学者自身がX線結晶構造の検証レポートを作成できるようになりました。 この検証レポートは、構造解析や論文の発表、登録の前に対処すべき潜在的な問題を特定するために、初期、中期、ほぼ最終段階のモデルの品質を評価する際に使うことができます。 URL: http://wwpdb- ...

サイエンスアゴラ2013（11月9日、10日開催）におけるPDBj の出展内容を講習会ページに掲載し ました。

PDBMLplusファイルの非圧縮版アーカイブは、2013年12月31日までの提供とさせていただきます。 圧縮版はこれまで通り、PDBj ftpサイトにて提供致します。

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 サイエンスアゴラ2013への誘い 2013年11月9（土）・10（日）、東京お台場にて、JST主催一般向け科学イベント「サイエンスアゴラ2013」が開催されます。 （公式サイト: http://www.jst.go.jp/csc/scienceagora/） 「サイエンスアゴラ」はサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。 たんぱく質のかたちを調べると何がわかる ...

第51回日本生物物理学会年会におけるランチョンセミナー（10月28日開催）の発表内容を講習会ページに掲載しました

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 PDBj ランチョンセミナーのご案内 PDBj は、京都国際会館にて開催される第51回日本生物物理学会年会にて、ランチョンセミナーを実施いたします。 - 発表日時： 2013年10月28日（月） 12：30－13：20 - 会場（部屋名）： C 会場（Room C-1） - 席数： 100席 - 演者・演題： Activities of PDBj and wwPDB: A new PDB format, Data ...

日本結晶学会年会における、ランチョンセミナー（10月13日開催）の発表内容を講習会ページに掲載しました。

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 PDBj ランチョンセミナーのご案内 PDBj は、熊本大学にて開催される日本結晶学会年会にて、ランチョンセミナーを実施いたします。 - 発表日時： 2013年10月13日（日） 11：30－12：30 - 会場（部屋名）： D 会場（工学部2号館2階 225講義室） - 席数： 100席 - 演者・演題： 中村 春木 （大阪大学蛋白質研究所） PDBj（PDB japan)の活動とwwPDB 中川 敦史 （大阪大学蛋白質研究所） ...

下記講演は終了しました。多数のご来場をありがとうございました。 BioJapan 2013 - World Business Forum のご案内 PDBj は、パシフィコ横浜で開催される BioJapan 2013 -World Business Forumに出展します。 - 会期： 2013年10月9日（水）- 11日（金） - 会場： パシフィコ横浜 〒220-0012 横浜市西区みなとみらい1-1-1 [Map] 展示会場・大学研究室/TLO向けアカデミックゾーンの『科学技術振興 ...

PDBj Help このページは、PDBj（日本蛋白質構造データバンク）で提供される各種サービスの解説とチュートリアルをまとめたものです． PDBjのサービスには以下のようなものがあります。 - カスタマイズ - PDBエントリー情報の取得 - キーワード検索 - 詳細条件検索 - 配列相同性検索 - 立体構造相同性検索 など。 PDBjサービスの基本的な使い方については基本的な使い方をご覧ください。 新しいPDBjウェブサイトのチュートリアルは、こちらからご利用頂けます。 なお、 過去の ...