eF-surf は PDBフォーマットファイルにある原子座標情報に基づいて 分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算する ウェブサービスです。 静電ポテンシャルはポアソン-ボルツマン方程式を解いて計算しています。 分子表面は Connolly によって作られた msroll プログラムを使って計算しています。 eF-surf トップページ eF-surf ヘルプページ

eF-seek は似たリガンド結合部位を検索する ウェブサービスです。 PDBフォーマットファイルの原子座標情報に基づいて計算してます。 eF-site に登録されている代表的な結合部位は、 クリーク検索アルゴリズムに基づいて検索しています。 eF-seek トップページ eF-seek ヘルプページ

2018年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20180101は、 ...

これまでPDBjのPDBアーカイブダウンロードサービスは ftp（File Transfer Protocol）とrsyncでのみ提供してきましたが、 新たにhttp（Hyper Text Transfer Protocol）でのサービスも開始しました。 ftpやrsyncが利用できない方も、httpですべてのPDBアーカイブデータをダウンロードしていただくことができるようになりました。 - http://ftp.pdbj.org/（現行のPDBアーカイブ） - http://ftp- ...

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pro.3273/full New tools and functions in Data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj) Kinjo, A.R., Bekker, G.-J., Wako, H., Endo, S., Tsuchiya, Y., Sato, H., Nishi, H., Kinoshita, K., Suzuki, H., ...

新しいバージョンのRDBには、化合物（cc)、化合物モデル(ccmodel)、BIRD(prd)の新しいスキーマが加わりました。 また、PDBj Mine2のスキーマも、pdbx-v50-v5.287へ更新しました。 cc、ccmodel、prdについては、ダンプファイルをダウンロードしてご利用ください。次週からは、差分ファイルをご利用頂けます。 RDBヘルプページもご覧ください。

wwPDBが作成した構造検証レポートに焦点を当てた論文(Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure doi: 10.1016/j.str.2017.10.009)が発表されました。 その論文では、2013年にPDBのX線結晶構造に対する検証レポートが登録者に提供できるようになり(PDBjニュース）、 2014年にはPDB Archiveへ追加された事が記述されています(PDBjニュース)。 2016年の始めには ...

ConBio2017 2017年度生命科学系学会合同年次大会 （2017年12月6日（水）～9日（土） 神戸ポートピアアイランド） ブース展示：「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」 ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースをポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベー ...

PDBj FTP Archiveから、化合物エントリー (mmCIF / PDBML フォーマット)のファイルがダウンロードできるようになりました。 化合物エントリーの詳細については、化合物検索サービスや、 chem_comp/RDFサービスもご利用下さい。

サイエンスアゴラ2017 －in 東京－ サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。 日時： - 2017年11月24日（金）13:30〜18:00 - 2017年11月25日（土）〜26日（日）10:00〜16:00 場所： テレコムセンタービル（東京お台場） 5F Dエリア（分野の壁を越えて新たな知を創造する） 65 生命をささえるタンパク質の「かたち」 「見る」「さわる」「つくる」といったさまざまな ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 平成29年度 日本結晶学会年会および会員総会 にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年11月24日（金）12:00-13:00 会場（部屋名) JMSアステールプラザ (広島市) 4F A会場 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "PDBjとwwPDBの活動方針について (Recent activities of PDBj and wwPDB)" - 中川 敦史（大阪大学蛋白質 ...

Q)フォーマット変換: ファイルフォーマットをPDBフォーマット - PDBx/mmCIF の間で変換するサービスはありますか A)フォーマット変換のウェブサービスを使ってPDBフォーマットファイルをPDBx/mmCIFフォーマットに変換することができます。 また逆方向（PDBx/mmCIFからPDBフォーマット）への変換も可能です。 [質問一覧に戻る]

Q)Spanner: SpannerもAlphaFoldなど同じように配列から構造を予測しますが、どのように違うのですか？ A) SpannerとAlphaFoldとの違いは、「templateを必要とするかどうか」です。 Spannerはtemplateとする構造（モデリングしたい配列と似た配列を持つ構造）が既にPDBに登録されている必要があります。 一方AlphaFoldは深層学習に基づいた手法を用いたtemplateを必要としないツールです。 templateがあるならどちらのツールも使うことがで ...

FAQページもご覧下さい。 お探しの情報が見つからない場合、下記フォームからお問い合わせ下さい。 PDBjのサービスをご利用中のご質問やトラブルについては、サービス名もご記入ください。

Q) OneDep登録サービスのチュートリアルはありますか？ A)チュートリアルページをご覧ください。 また、その他登録に関する情報をデータ登録の案内ページに掲載しています。 [質問一覧に戻る]

バージョン化と改訂履歴を導入した新しいPDBアーカイブの管理法について 新しいFTPアーカイブ ' ftp-versioned.wwpdb.org/' (PDBj: ' ftp-versioned.pdbj.org/')で、モデル構造ファイルが、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで、公開されました。 5月19日付のニュースでお知らせした通り、 wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるバージョニン ...

トーゴーの日シンポジウム2017 （2017年10月4日（水）、5日（木） 東京大学弥生講堂一条ホール アネックス） 口頭発表 （講演プログラム） 1. 10月5日（木）10:00-10:15「蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化」 発表者： 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） ポスター発表 （日程・一覧） 1. No. 24 「ASH Viewerの開発」 発表者： 藤 博幸 （関西学院大学理工学部） 2. No. 25 「 蛋白質構造データバンク(PDBj）の検証高度化と統合 ...

国際蛋白質構造データバンク財団（wwPDB Foundation）では個人・企業からの寄付を受け付ける基金を立ち上げました。集めた資金は、講習会、シンポジウム、諮問委員会など将来に渡ってPDBアーカイブを維持する上で重要となるwwPDBのアウトリーチ活動に活用します。 支援企業には財団のウェブサイト上で謝意を表明するとともに、求人情報の掲載や財団ロゴの商品への使用を許可します。 個人の支援者（$100以上を寄付した専門家、または$25以上寄付した学生）には、オンラインで謝意をお伝えするととも ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 第６回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2017) にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年9月27日（水）12:25 - 13:25 会場（部屋名) 北海道大学情報科学研究科棟２F A会場 席数 80席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "PDBjとwwPDBの活動方針について" - 城田 松之（東北大学大学院医学系研究科）、木下賢吾（東北大学大学院情報科学研究科） "PDBjを利用したデ ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 第55回日本生物物理学会年会にて、 PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 平成29年9月21日（木）11：45－12：35 会場（部屋名) 熊本大学 黒髪北地区 I会場（全学教育棟 E305） 席数 100席 <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） "Recent activities of PDBj and wwPDB" （PDBjとwwPDBの最近の活動について） - 金城 玲（大阪大学蛋白質研究所） " ...

統合/ハイブリッド（I/H）構造モデルの登録用プロトタイプシステム「PDB-Dev」について Structure誌で発表しました。 wwPDBとwwPDB I/H法専門委員会（wwPDB Integrative/Hybrid (I/H) Methods Task Force）は、 I/H 構造モデルを登録するためのプロトタイプシステム、 PDB-Development (又は「PDB-Dev」) を、登録サイト pdb-dev.wwpdb.orgで一般公開したことを報告します。 生体高分子の ...

国際結晶学連合会議（IUCr 2017）で、ポスター賞が授与されました。 Deekshi Angiraさん、おめでとうございます。 Angiraさんは、 「Gamma secretase activating protein as profound target for Alzheimer’s disease」 に関するポスターに対して、最近、wwPDBのポスター賞を受賞しました。 (Deekshi Angira, Vijay Thiruvenkatam, Indian Institute Of ...

万見（yorodumi） 万見 （よろづみ）は生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページです。 詳しくは万見文書をご覧ください。 URL: https://pdbj.org//yorodumi/

※旧版ヘルプページはこちら URL: http://pdbj.org/sesaw/ - 概要 - 手法 - 利用方法 - 参考文献 ※このページは、SeSAWに関する案内文、 SeSAWの解説を訳したものです。より詳しく具体的な使い方について説明されているSeSAW Tutorialもご覧下さい。 概要 SeSAW（Sequence-derived Structure Alignment Weights、配列から導き出された構造比較比重）は、指定した蛋白質に含まれる保存された配列や構造 ...

URL: https://pdbj.org//emnavi/?lang=ja EM Navigatorは電子顕微鏡によって解かれた分子の立体構造を見るためのウェブサービスです。 より詳しい文書が万見文書にあります。 - -