新しいバージョン(V3.0)のOneDepでは、公開前に、PDBやEMDBエントリーのデータを差し替える際の手続きが改善されています。 V3.0では、新しいファイルが登録セッションにマージされる前に、全ての新しいデータのチェックと検証が行われます。 データが更新される度に、新しい検証レポートが作成されます。 登録者は検証レポートを慎重に確認し、ハイライト表示された問題は、全て調査する必要があります。 登録者は、アーカイブへデータを再提出する前に、検証レポートを承認する必要があります。 今回のバージョンアップ ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - データベース情報 以下の検索で、データベース内にあるテーブルの名称一覧を得ることができます。 検索はこちら SELECT relname FROM pg_class WHERE relkind='r' AND relacl='{pdbj=arwdDxt/pdbj,pdbjuser=r/pdbj}' 以下の検索で、指定したテーブルのカラム名（項目名）一覧を得ることができます SELECT ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 以下に、SQL文の基本的な書式について説明します。 なお、SQLコマンド類は分かりやすくするため大文字にしていますが、これは小文字で入力しても構いません。また、読み書きしやすいよう適宜改行を入れても構いません（但しLIMITは大文字でないと動作しないようです）。 PDBj Mineの検索ではPostgreSQLによる関係データベースを使っています。 PostgreSQLについて詳しくはPostgreSQL 9 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - InChIKeyの値が「ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N」である化合物を含んでいるPDBエントリーのPDBIDと該当化合物の化合物ID（chem_comp ID）を得る 検索はこちら SELECT p.pdbid, p.id FROM pdbj.chem_comp p JOIN cc.pdbx_chem_comp_descriptor cc ON cc.comp_id = p.id WHERE cc.type = ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - テキストの全文検索（照合） テキストの全文検索を行うには照合演算子 @@ を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.13. テキスト検索関数と演算子）。 この演算子による比較では複数形などの変化型も考慮に入れて検索が行われます。なお、全文検索の検索対象と問い合わせ内容は一定の書式に基づいて記す必要がありますが、to_tsvector/to_tsquery 関数などを使った方がその手続きの ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 2つの配列に共通要素があるか調べる（重複、&&） 配列同士を比較し、1つでも共通する要素があるかどうかを表現するには「重複」（&&）の演算子を使います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.18. 配列関数と演算子）。 例：カラム名2 の値（配列）に {値1,値2} のいずれか1つを含むデータについて、カラム名1 を表示する。 SELECT カラム名1 FROM テーブル名 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - ある値が配列にあるか調べる（包含、<@,>@） いくつかのカラムのデータ側は配列型になっています。その配列内にある値を含むかどうかを表現するには「包含」（>@ ＝ 右の要素が左の要素を含む、<@ ＝ 右の要素が左の要素を含むか同一）の演算子を使います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.18. 配列関数と演算子）。 例：カラム名2 の値（配列）が 値1 １つだけを含む集合を包含している ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字列結合（||） 文字列を結合するには「||」を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.4. 文字列関数と演算子）。 例： SELECT カラム名1 || ( || カラム名2 || ) AS 別名 FROM テーブル名 ↓ +------------+ | 別名 | +------------+ | hoge (foo) | +------------+ 結合する要素 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 別名指定（AS） カラム名が長い場合など別名を付けて結果を表示させることもできます。その場合はASを用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.3.2. 列ラベル）。 例： SELECT 長〜〜〜〜〜〜いカラム名 AS 短い別名 FROM テーブル名 なお、ASは省略可能です。 例： SELECT 長〜〜〜〜〜〜いカラム名 短い別名 FROM テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字数カウント（CHAR_LENGTH、CHARACTER_LENGTH） 文字数を数えるには CHAR_LENGTH または CHARACTER_LENGTH を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.6 SQL文字列関数と演算子、表9.7 その他の文字列関数）。 例： SELECT CHAR_LENGTH(カラム名) FROM テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字列置換（REPLACE）、コードでの文字指定（CHR） 文字列を置換するには REPLACE(対象文字列,検索文字列,置換文字列) を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.7 その他の文字列関数）。 なお改行コードなど制御系文字列を指定するには CHR(キャラクターコード) を用います。 LFの場合は10、CRの場合は13になります。 例：列「カラム名1」の値から改行（LF ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 文字列位置検出（STRPOS） 指定した文字列が結果文字列の何文字目から現れるかを得るには STRPOS(処理対象文字列,検索文字列) を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.7 その他の文字列関数）。 例：列「カラム名1」の値と、その中で「検索文字列」が何文字目から登場するかを得る SELECT カラム名1, STRPOS( カラム名1, 検索文字列) from テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 結果件数を制限する（LIMIT） 結果の件数を制限するには、LIMIT 数値 を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.6. LIMITとOFFSET）。 SELECT カラム名1 FROM テーブル名 LIMIT 数値

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - グループ化（GROUP BY）と集約関数 同じ値のものはまとめて表示するには GROUP BY カラム名 を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.2.3. GROUP BY句とHAVING句、9.20. 集約関数）。 SELECT カラム名1 , カラム名2 FROM テーブル名 GROUP BY カラム名1 GROUP BY節で指定したカラムについては同じ値ものがグループ化 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 並べ替え（ORDER BY） 値を並べ替えて表示するには ORDER BY を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.5. 行の並べ替え）。 降順（大きい順）で並べ替えるには ORDER BY カラム名 DESC を、 昇順（小さい順）で並べ替えるには ORDER BY カラム名 ASCを用います。 DESC, ASCどちらもつけなかった場合はASC（昇順並べ替え）が指定されたものとして扱 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - テーブルの結合（JOIN） ２つのテーブルを結合するには JOIN ... ON を用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.2. テーブル式）。 ON の後には両テーブルを結合するための条件を記します。JOIN ... ON では条件に合った両テーブルのレコードのみが結合済みテーブルに含められます。代わりに LEFT JOIN ... ON を使うと、先に記したテーブルは全レコードが、 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 件数を数える（COUNT） 値ではなく件数を得るにはCOUNTを用います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 表9.49 汎用集約関数）。 SELECT COUNT(項目名) FROM テーブル名

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 複数条件の結合（AND、OR）と否定（NOT） WHERE節などで複数の条件を結合したり、条件を否定したりするには 以下の論理演算子を使います （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.1. 論理演算子）。 演算子 意味 AND 論理積（両方真なら真） OR 論理積（どちらか一方でも真なら真） NOT 否定（偽なら真） 書式 【書式1】2つの条件が両方とも真であるデータを抽出 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 正規表現による条件指定 正規表現（regular expression）を使うとWHERE節などでより詳細な条件指定ができます （参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.7.3. POSIX正規表現）。 正規表現の指定はチルダ（~）を使って行います。特殊な意味を持つパターン記述文字が以下の通りLIKEとは異なることに注意して下さい 文字 意味 . 任意の1文字 * 直前パターンが0個以上（ ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 部分一致（LIKE） WHERE節などで部分一致の条件指定を行うにはLIKEを使います（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 9.7.1. LIKE）。 LIKE のパターン指定において以下の文字は特殊な意味を持ちます。 文字 意味 % 任意の0文字以上の文字（列） _ 任意の1文字 例えば、パターン「123%」は123、1234、12345 などに一致し、「123_」は 1234 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 対象を限定する（WHERE） 検索条件を付加しSELECT文による抽出結果を限定するには、SELECT文の後にWHERE節を付け加えます（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.2.2. WHERE句）。 - 条件は「項目名 [演算子] 値」の形式で指定します。以下に使える演算子をいくつか示します。 演算子 内容 例 結果 + 和 1 + 2 3 - 差 3 - 2 1 * 積 2 * 3 6 / ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 機能情報 以下に分子の機能情報に関する検索例を挙げます。 - 遺伝子オントロジー（GO）のbiological_processカテゴリtricarboxylic acid cycleに関連づけられているPDBエントリーのPDBID一覧を得る - Pfamコードが"PF00046" (Homeobox) で、分解能が2.0Åより高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 実験情報 主要項目テーブルbrief_summaryでは 選択可能な実験手法名を番号に置き換えてexptl_methodカラムに保存しています。対応は以下の通りです。 1. X線回折（X-RAY DIFFRACTION） 2. 中性子回折（NEUTRON DIFFRACTION） 3. 繊維回折（FIBER DIFFRACTION） 4. 電子線結晶解析（ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY） 5. 電子顕微鏡（ ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 情報を取り出す（SELECT） テーブルから情報を取り出すにはSELECT文を使います（参考：PostgreSQL 9.5.4文書 - 7.1. 概要）。 - 出力対象となる項目名（列名、カラム名）はコンマで区切って複数指定できます。 - すべての項目名を出力対象とする場合、項目名にアスタリスク（*）を指定します。 - 条件をつけて返される結果を限定するにはWHERE節を併用してください。 - 返される結果数 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - Pfamコードが"PF00046" (Homeobox) で、分解能が2.0Åより高く、鎖長が58残基以上のPDBエントリーの配列を得る 検索はこちら SELECT s.*, r.ls_d_res_high AS reso, LENGTH(p.pdbx_seq_one_letter_code_can) AS len, ('>' || s.pdbid || s.chain) AS header, p.pdbx_seq_one_ ...