Molmilユーザマニュアル はじめに MolmilはPDBjで開発したjVと同じようにPDBjの様々なサービスで使われている分子ビューア(閲覧ソフト)です。 標準的なウェブブラウザがあれば動作します。 Molmilはウェブページに埋め込むことも、スタンドアロンビューアとしても使うこともできます。 利用方法 基本的な操作は標準的なマウス(2ボタン+ホイール付きマウス)で行うことができます。 操作内容 操作方法 移動 今の中心の周りに回転 以下のいずれかの方法が使えます。 - 左ドラッグ(マウスの左ボタン ... |
11/17(土)、ららぽーとEXPOCITY(大阪府吹田市)にて開催される「大阪大学共創DAY@EXPOCITY『大阪大学とあそぼう』」に出展します 大阪大学共創DAY@EXPOCITY「大阪大学とあそぼう」 -in 大阪- 大阪大学のさまざまな研究・実績・資料などのブースや体験コーナーを会場内一帯で展開し、小さなお子様から大人まで、楽しみながら科学、研究について学んでいただけるイベントです。お申し込み不要ですので、ぜひお気軽にお越しください♪ 日時: 2018年11月17日(土)11:00〜17:00 場所: ららぽーとEXPOCITY(大阪府吹田市)「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約2分 PDBj は2F光の広場付近に出展します ... |
11/10(土)・11(日)、東京お台場にて開催される「サイエンスアゴラ2018」に出展します サイエンスアゴラ2018 -in 東京- サイエンスアゴラはサイエンスについてのおもしろいこと、気になることを発見し、一緒に楽しみ、語り合い、共有するマルチイベントです。 今年は2018年11月9日(金)~11(日)、東京お台場地域で開催されます。このイベントにブースを出展します。 出展日時: - 2018年11月10日(土)・11日(日)10:00〜16:00 出展場所: テレコムセンタービル(東京都江東区青海2丁目5−10) 4F 出展番号35 生命をささえるタンパク質の「かたち」 「 ... |
[wwPDB] OneDepシステムは、XFEL/SFX解析による構造の登録に対して、サポートを強化します 登録や検証、編集処理に使用されているOneDepシステムは、 X線自由電子レーザー(XFEL)と連続フェムト秒結晶構造解析(SFX)によって解析された構造に対して、メタデータの収集範囲を拡張しました。 登録者は、結晶搬送法の詳細、 集光光学系、パルスエネルギー、周波数、使用した結晶の数など、データ測定についての詳細を、 XFEL及びSFX実験に特化したPDBx/mmCIFカテゴリ内に、入力できるようになりました。 PDBアーカイブ中の既存のXFELエントリーについては、登録者に連絡をとり、情報を追加 ... |
第56回日本生物物理学会年会にて、PDBjランチョンセミナーを開催します 岡山大学、津島キャンパスにて開催される第56回日本生物物理学会年会にてPDBjランチョンセミナーを開催します。 日時 2018年9月16日(日)11:45-12:35 場所 岡山大学 津島キャンパス D会場(A棟3階 A36) [交通アクセス] 講演者 「wwPDB検証レポートの活用法」“Making full use of the wwPDB validation reports” 横地 政志(大阪大学蛋白質研究所) 「遺伝研スパコンとDDBJの紹介」“Introduction to NIG ... |
10月5日(金)「トーゴーの日シンポジウム2018」にて、口頭・ポスター発表を行います トーゴーの日シンポジウム2018 (2018年10月5日(金) 日本科学未来館) 口頭発表 (講演プログラム) 1. 10月5日(金)11:35~11:50「 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化・統合化と創薬研究」 発表者: 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所) ポスター発表 (日程・一覧) 1. No. 9 「 Linked Open Dataを利用するアラインメントビューアの開発」 発表者: 藤 博幸 (関西学院大学理工学部) 2. No. 42 「 PDBアーカイブの検証レポートの ... |
PDBjのFTPサイトから、mmJSONファイルを公開しました PDBjが開発・提供しているmmJSONファイルが、これまでの RESTインターフェースに加えて、 PDBjのFTPサイトからもご利用頂けるようになりました。 詳細は、mmJSONヘルプページをご覧ください。 |
mmjsonフォーマットについて "PDBx/mmJSON"は、"PDBx/mmCIF"をJSON形式で表現した、PDBjが開発したファイルフォーマットです。 以下のサービスでは、mmJSON形式を使用しています。 - Mine PDBエクスプローラ - Mine CIF クエリサービス - Molmil - CIF ツリーツール mmJSONファイルを作成できる、PDBx/mmCIFパーサーについての詳細は、 GitHubの説明をご覧ください。 PDBjはまた、PDBや、化合物(chem_comp)、化合物モデル、PRD/ ... |
wwPDB/RDF URL: http://rdf.wwpdb.org/pdb/ PDB/RDF は Resource Description Framework (RDF)形式で書かれたPDBデータの集まりです。RDF形式による記述はセマンティックウェブの標準書式です。 ウェブオントロジー言語 (Web Ontology Language、OWL)で定義されるオントロジーもPDB/RDFで提供していますが、これは PDB mmCIF Exchange Dictionary をそのままRDF形式に書き直したものです。 ... |
[wwPDB] PDBは、信頼できるデジタルリポジトリの認定を受けました。 wwPDBは、信頼できるデジタルリポジトリとして、CoreTrustSealの認定を受けました。 CoreTrustSealは、データリポジトリの認証のための統一された国際組織として、国際科学会議世界科学データシステム(ICSU World Data System)とData Seal of Approval(DSA)によって、設立されました。 この認定の要件は、PDBデータの管理やプロジェクトの組織及び管理の完全なライフサイクルを広くカバーしています。 wwPDBは、永続的な公共の利益として、自由にアクセ ... |
PDBj omni検索 PDBjの新サービス「omni検索」の機能を使って、必要な情報やサービスをより素早く探し出すことができます。 検索キーワードを入力している途中でも、PDBjが提供する様々なデータベースに対して検索を行い、キーワードに合った項目を表示します。 PDBj各ページ上にあるomni検索バーに「ubi」を入力したところ 現在、PDBj各ページの上にあるomni検索バーでは以下の検索を行うことができます。 - PDBjサービス検索 - PDB ID検索 - PDB キーワード検索(英語、日本語) - ... |
[wwPDB] OneDepからの登録時に、研究者ID番号(ORCiD)が必須になりました OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー(連絡先)情報で、 これまで任意となっていた研究者ID番号(ORCiD)が、必須となりました。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。 [ wwPDB ニュース ] |
第18回日本蛋白質科学会年会にてランチョンセミナーを開催します 朱鷺メッセ(新潟県新潟市)で開催される第18回日本蛋白質科学会年会にて、化学情報協会(JAICI)と合同でランチョンセミナーを開催します。 日時: 2018年6月28日(木) 11:45 - 12:35 場所: C会場(中会議室 302B) 講演内容・演者: 演題 演者 所属 PDBとBMRB: データベースの高度化と機械学習への応用(PDB and BMRB: Innovation of database and application to machine learning) 小林 直宏( ... |
7/10(火)AJACS筑波4にてPDBjからも講演を行います 7/10(火)に物質・材料研究機構にて開催される統合データベース講習会:AJACS筑波4でPDBjからも講演を行います。 日時 2018年7月10日(火)9:30-17:30(開場および受付開始は、開始時間の30分前) 場所 物質・材料研究機構 千現地区研究本館1階第2会議室(茨城県つくば市千現1-2-1)アクセス Google Map 参加費 無料 持ち物 パソコン ※会場に電源、無線LANの環境あり PDBjからの講演 16:00-17:30「タンパク質立体構造データベース(PDBj)」 鈴木 博文 ... |
ProMode-Elasticとは何か ProMode-Elastic(プロモード エラスティック)は、プログラムPDBETA(PDBη、ピーディービーイータ)を使ってPDBデータの基準振動解析を行った結果を公開しているデータベースである。 PDBETAは、 二面角を独立変数とする弾性ネットワークモデルによる基準振動解析計算プログラム(Elastic-network-model based normal mode analysis in Torsional Angle space for PDB data) で、 二面角を独立変数に採用することで ... |
[wwPDB] OneDepから登録する際に、コンタクトオーサー(連絡先)情報で、ORCIDの入力が必須になります wwPDBのOneDepシステムは、登録、検証、編集処理で使用されていますが、 OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー(連絡先)情報で、 現在は任意となっている研究者ID番号(ORCID)が、夏以降に必須となる予定です。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。 [ wwPDB ニュース ] |
Spanner URL: http://pdbj.org/spanner/ Spanner(スパナー)は既知の立体構造との類似性に基づいて、構造が分かっていないアミノ酸配列の立体構造を予測するサービスです。 構造を予測したモデルを作るには、構造予測したい(構造が未知の)アミノ酸配列と、その配列と類似性比較を行う基準となる構造既知の鋳型構造(template structure)を指定します(詳細は「利用方法」をご覧下さい)。Spannerは適合する残基の置換、すきまへの残基挿入や削除を行い、熱力学的に最適な構 ... |
配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ(Glycine max)である構造のPDBID+ChainID(auth_asym_id)を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ(Glycine max)である構造のPDBID+ChainID(auth_asym_id)を得る 検索はこちら SELECT b.pdbid, e.pdbx_strand_id FROM entity_poly e LEFT JOIN brief_summary b ON e.pdbid=b. ... |
著者・登録者、文献の情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 著者・登録者、文献の情報 以下に著者・登録者、文献の情報に関する例を挙げます。 - 構造登録者か主引用文献の著者に「Roberts, R.J.」を含むPDBエントリーのPDBIDを得る - PDBエントリー 1gof の citation_author カテゴリの内容を得る - 文献著者名に「Ito, N.」を含むエントリーのPDBIDを得る - 著者名(citation_author)に「Ito, N.」と「Phillips, S. ... |
登録者・文献情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - brief_summaryを使う - 登録者・文献情報 登録者や文献に関する情報は以下の項目にあります。 WHERE節を併用し 条件に合ったエントリーの必要情報を取り出すことができます。 項目名 内容 deposit_author エントリーの登録者リスト citation_author 論文の著者リスト citation_title 論文タイトルのリスト citation_journal 論文雑誌名のリスト ... |
雑誌名に「molecular cell」を含むエントリーのPDBID、雑誌名、文献タイトルを得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - 雑誌名に「molecular cell」を含むエントリーのPDBID、雑誌名、文献タイトルを得る 検索はこちら SELECT pdbid, citation_journal, citation_title FROM brief_summary WHERE CAST(citation_journal AS text) ILIKE '%molecular cell%' - citation_journalのデータ型はテキストではないの ... |
ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)の化合物IDが「YARXEW」である化合物を含むPDBエントリーのPDB ID、化合物ID一覧を得る - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD)の化合物IDが「YARXEW」である化合物を含むPDBエントリーのPDB ID、化合物ID一覧を得る 検索はこちら SELECT p.pdbid, p.id, p.name, r.db_code FROM pdbj.chem_comp p JOIN ccmodel.pdbx_chem_comp_model m ON m.comp_id = p.id JOIN ccmodel.pdbx_chem ... |
[wwPDB] 公開前のデータ差し替えに関するOneDepの改善、プライバシー・ポリシーの更新 新しいバージョン(V3.0)のOneDepでは、公開前に、PDBやEMDBエントリーのデータを差し替える際の手続きが改善されています。 V3.0では、新しいファイルが登録セッションにマージされる前に、全ての新しいデータのチェックと検証が行われます。 データが更新される度に、新しい検証レポートが作成されます。 登録者は検証レポートを慎重に確認し、ハイライト表示された問題は、全て調査する必要があります。 登録者は、アーカイブへデータを再提出する前に、検証レポートを承認する必要があります。 今回のバージョンアップ ... |
データベース情報 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - データベース情報 以下の検索で、データベース内にあるテーブルの名称一覧を得ることができます。 検索はこちら SELECT relname FROM pg_class WHERE relkind='r' AND relacl='{pdbj=arwdDxt/pdbj,pdbjuser=r/pdbj}' 以下の検索で、指定したテーブルのカラム名(項目名)一覧を得ることができます SELECT ... |
SQL文の基本的な書式 - 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 以下に、SQL文の基本的な書式について説明します。 なお、SQLコマンド類は分かりやすくするため大文字にしていますが、これは小文字で入力しても構いません。また、読み書きしやすいよう適宜改行を入れても構いません(但しLIMITは大文字でないと動作しないようです)。 PDBj Mineの検索ではPostgreSQLによる関係データベースを使っています。 PostgreSQLについて詳しくはPostgreSQL 9 ... |