wwPDB OneDepシステム X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録に対応しています。 - 登録の手引き チュートリアル wwPDB OneDepシステムの概要 wwPDB OneDepシステム - よくあるご質問（FAQ）- OneDepを使ったPDB登録への5つのステップ (PDF) PDBj YouTubeチャンネルの登録講習会動画 - チュートリアル - wwPDB OneDepシステムの概要 - wwPDB OneDepシステム - よくあるご質問（FAQ）- - ...

2021年を通して、wwPDBはPDBアーカイブの50周年を記念しています。 2021年5月4日、5日（米国東部時間, EST)には、 米国生化学分子生物学会（American Society for Biochemistry and Molecular Biology）が主催し、 wwPDB財団が企画するイベントにおいて、発足シンポジウムが開催される予定です。 生物学界初のオープンアクセス・デジタルデータリソースとしてのPDBの設立50周年を記念して、構造生物学とバイオインフォマティクスの分野 ...

wwPDBアーカイブ（PDB, EMDB）を更新し、PDBアーカイブ内の全てのEMモデル座標エントリーと全てのEMDBマップエントリーについて、検証レポートを追加・更新しました。検証レポートは、構造の品質について定量的および視覚的な評価を提供し、アーカイブ全体で比較できるようになります (https://www.wwpdb.org/validation/validation-reports). wwPDBのEM検証レポートは、2019年に初めて、OneDepの登録者に向けて提供されました。 ( ...

PDBjの著作権表示、PDBj Mine（PDB検索結果）ページなどPDBjサイト内のページへのリンクなど、PDBjに関係する事項についてはご自由に以下のロゴをご利用ください。 PDBjアイコンのみ（カラー） - jpg（567px x 567px, 300dpi） - png（567px x 567px, 300dpi） - svg PDBjアイコンのみ（白黒） - jpg（567px x 567px, 300dpi） - png（567px x 567px, 300dpi） - svg ...

FAQページもご覧下さい。 お探しの情報が見つからない場合、下記フォームからお問い合わせ下さい。 PDBjのサービスをご利用中のご質問やトラブルについては、サービス名もご記入ください。 OneDepへの登録に関するご質問については、OneDep内のコミュニケーションページからご連絡ください。 お名前: メールアドレス: 件名 (64文字以内): お問い合わせ内容:

2021年1月5日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20210105は、 ...

PDBアーカイブ 現在公開しているPDBの元データはPDBアーカイブから入手することができます。内容は毎週水曜日の９時（日本時間）に更新されます。 (次世代アーカイブについては、毎月第１水曜日の９時（日本時間）に更新されます。） - 使用できるプロトコルはhttps、ftp、rsyncです。 - PDBアーカイブは、従来からあり最新版だけを保持しているメインアーカイブ（files.pdbj.org）と各主要バージョンを収容しているversionedアーカイブ（files-versioned. ...

PDBは1971年10月20日に、 Crystallography: Protein Data Bank Nature New Biology 233: 223 (1971) doi: 10.1038/newbio233223b0において発表されました。 50年後の今日、PDBアーカイブには17万件を超える蛋白質や核酸、複合体の構造が登録されており、学生や研究者がタンパク質合成から健康や疾病まで、生体臨床医学と農業のあらゆる側面を理解する手助けとなっています。 国際蛋白質構造データバンク（wwPDB, ...

PDBデータが医薬品開発を加速することは広く知られており，現在猛威をふるう新型コロナウイルス感染症（COVID-19）に対しても， 世界中で積極的な研究が進められています。 PDBは地域分担で運営されているので，アジア発の蛋白質構造は全て大阪大学にあるPDBjで編集された後に世界共通のPDBアーカイブへ登録されます。 COVID-19に関連する最初の構造は，中国・上海科技大学のRao Zihe氏とYang Haitao氏が率いる共同グループが解析したメインプロテアーゼの構造でした（PDB ID: ...

An archival-level carbohydrate remediation project that led to the re-release of over 14,000 PDB structures in July 2020. This update includes diverse oligosaccharides: glycosylation; metabolites such as maltose, sucrose, cellulose fragments; ...

開催趣旨 科学研究で得られたデータを、公開データベースに登録することは、科学の健全な発展に大変重要です。 構造生物学のデータの登録・配布については、PDBをはじめとする様々なデータベースが整備されています。 しかし、近年、登録に必要なデータが複雑化してきたため、初心者にはわかりにくくなってきていることも確かです。 そこで、本講習会では、データ登録作業を円滑に行っていただくためのコツやノウハウを、登録経験が豊富な方やデータベースの開発・管理を 行っている方を講師に招き、説明していただきます。 主催 日本蛋 ...

開催趣旨 近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 本リモート講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電子顕微鏡の原理と実験手続き、単粒子解析の原理、画像処理、三次元再構成、 原子モデリングについての講義と講習を行います。遠隔による講義のため、本格的な実習はできませんが、動画や実データの配布を行うことで、できるだけ体感的な講習を行います。 主催 医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE)「タンパク質構造解析のハイスループッ ...

OneDepシステム上で提供されるNMRエントリーのwwPDBの検証レポートに、NMR制限情報の検証結果が追加され、登録者が登録データに含まれる潜在的な不一致を特定することが容易になりました。 wwPDBのNMRデータ検証に関する専門委員会（Validation Task Force , VTF）は、制限情報の検証の進め方に関する提言を公表しています(10.1016/j.str.2013.07.021)。それ以来、wwPDBはNMRの専門家と協力して、制限情報の検証を可能にするために、NEF（NMR ...

PDBj（日本蛋白質構造データバンク Protein Data Bank Japan）は、 - 国際蛋白質構造データバンク(wwPDB)の一員で、各構成組織（米国RCSB、BMRB、および欧州PDBe）と協力して国際的に統一された生体高分子の立体構造データベース「PDB」を運営しています。 - 日本国内では「JST-NBDC」と「大阪大学蛋白質研究所に措置された共同利用・共同研究拠点経費（文部科学省）」の支援を受けています。 - 後述の「PDBアーカイブ」の提供を行っている他、PDBj独自に実験 ...

- 統括責任者 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所・教授） - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所・教授） - PDB/EMDBデータベース構築グループ 中川 敦史（大阪大学蛋白質研究所・教授） 于 健（大阪大学蛋白質研究所・特任准教授） 張 羽澄（陳 旻瑜）（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 池川 恭代（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 金 宙妍（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 丹羽 智美（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） 多久和 綾子（大阪大学蛋白質研究所・特任研究員） - 中川 敦史（大阪大 ...

PDBjでは2000年7月に大阪でのデータ処理を開始し，地域分担して処理したPDBエントリー数が累計で40,000件に到達しました（wwPDBサイトの統計ページ）。 wwPDB全体で約17万件のエントリー数ですので，全体の約24％をPDBjでデータ登録処理した計算になります。 2000年から継続して援助していただいているJSTに深く感謝いたします。 PDBj 20周年の記事については、ニュースレター(Vol.21 No.2)もご覧ください。

[PDB format] １行が80列の固定長となっている、テキスト形式の書式です。 最も古くから用いられています。 詳細は以下のサイトに記されています（英語）。 - http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html 各レコードの簡易版説明 （日本語） [mmCIF] 結晶構造のデータ書式として用いられるCIFを高分子用に拡張したもので、PDBMLはこのデータに基づいてつくられています。 mmCIFの辞書は、以下のサイトから ...

トーゴーの日シンポジウム2020 開催日： 2020（令和2）年10月5日（月） 開催場所： オンライン開催 ポスター - 【49】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 - 【50】PDB/BMRBのデータ登録システム改善及びPDBエントリーの糖鎖データ表現方法の改訂 第58回日本生物物理学会年会 オンライン展示会 開催日： 2020（令和2）年9月16日（水）～ 18日 (金） 開催場所： メッセ群馬 オンライン開催 演者・演題： - 栗栖 源嗣（大阪大学蛋 ...

11月22日（日）、サイエンスアゴラ2020にてオンラインライブイベントを開催します。 視聴には概要ページ左下「このセッションに参加する（事前登録）」から事前参加登録が必要です（参加料無料）。ご参加お待ちしています。 日時 2020年11月22日（日）12:30-13:20 タイトル ようこそ、タンパク質ワンダーランドへ！ 出展者 大阪大学蛋白質研究所・ＰＤＢｊ 登壇者 栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所 教授、PDBj代表） 企画概要 タンパク質と言えば栄養素の一種としてお肉や卵などを思い浮かべる人が多 ...

Q) PDBエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかはどこに記載されていますか？ A) PDBx/mmCIFまたはPDBMLで、pdbx_database_status.pdb_format_compatibleを見ると、そのエントリーがPDB形式変換不可であるかどうかが判別できます。 直接ファイル内を参照する以外に、CIF queryサービスや、SQL searchサービスを使って、この項目を参照することができます。 この要素の値として「Y」が設定されていればPDB形式変換可（従来同様PDB ...

[よくあるお問い合わせ] 1. データの公開・ダウンロードに関して - 1-1) 新しいPDBデータの公開・更新はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょうか？ 更新タイミングは異なるのでしょうか？ - 1-2) 全てのPDBデータを収めたCD又はDVDを入手することはできますか？ - 1-3) FTP又はrsyncを使用してPDBデータをダウンロードするためのURL等を教えて下さい - 1-4) FTPで、指定したフォーマット（PDB、mmCIF、 ...

PDB bundle ファイルは、複数の著者、引用文献の詳細、座標データ等、PDB形式変換不可エントリーに対して”可能な範囲で表現された (best-effort, minimal)”制限付きPDBフォーマットファイル(群)と PDB形式変換不可エントリーの鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載したマッピングファイルを１つにまとめて圧縮したものです。各ファイルの内容につきましては、以下のFTP siteから、PDB bundle (PDBID-pdb-bundle.tar.gz) ファイル ...

「PDB形式変換不可エントリー」は、以下のいずれかの理由により、PDBフォーマットでは表現できず、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ表現可能なエントリーです。 - 非常に大きい（原子数が99,999より多い） - 非常に複雑（鎖数が62より多い） - ２文字以上の鎖名が使用されている - 複雑なシート構造（例えば、大きなベータバレル構造） - 温度因子が大きい（値が1000以上） - 5桁の化合物IDが使用されている 2014年12月10日、これまで提供してきた分割エントリー（splitエン ...

PDB形式変換不可エントリー PDB形式変換不可エントリーは、いくつかの理由によりPDBフォーマットの制限を超えるため、通常のPDBフォーマットでは表現できないエントリーです。 PDBフォーマットの制限を超えるため、PDBx/mmCIF、 PDBML/XMLファイルとしてのみ保管されています。 URL: https://pdbj.org/PDBSearchOnly?query=tag:large_structures グループ登録エントリー グループ登録エントリーは、 ...