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6BNA	BINDING OF AN ANTITUMOR DRUG TO DNA. NETROPSIN AND C-G-C-G-A-A-T-T-BRC-G-C-G 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(CBR)P*GP*CP*G)-3'), NETROPSIN 著者 Kopka, M.L, Yoon, C, Goodsell, D, Pjura, P, Dickerson, R.E. 登録日 1984-08-30 公開日 1984-10-29 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.21 Å) 主引用文献 Binding of an antitumor drug to DNA, Netropsin and C-G-C-G-A-A-T-T-BrC-G-C-G. J.Mol.Biol., 183, 1985
7SM5	[T:Ag+/Ag+:T--pH 11] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (4.84 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SM6	[U:Hg2+/Hg2+:U--pH 8.5] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*UP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*UP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.8 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SM9	[U:Hg2+/Ag+:U--pH 10] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*UP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*UP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.24 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SM8	[U:Hg2+/Ag+:U--pH 9.5] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*UP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*UP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.62 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SMB	[U:Ag+/Ag+:U--pH 11] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*UP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*UP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (4.63 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SM4	[T:Hg2+/Ag+:T--pH 10.5] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*TP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (4.01 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SM7	[U:Hg2+/Ag+:U--pH 9] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*UP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*UP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.9 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
7SMA	[U:Hg2+/Ag+:U--pH 10.5] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle in Ag+ and Hg2+ solution 分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*TP*GP*TP*UP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*UP*AP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*CP*TP*GP*AP*TP*GP*T)-3'), ... 著者 Lu, B, Vecchioni, S, Seeman, N.C, Sha, R, Ohayon, Y.P. 登録日 2021-10-25 公開日 2022-11-23 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.64 Å) 主引用文献 Heterobimetallic Base Pair Programming in Designer 3D DNA Crystals. J.Am.Chem.Soc., 145, 2023
8E86	Human DNA polymerase eta-DNA-rC-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mn2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.78 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E87	Human DNA polymerase eta-DNA-rA-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.19 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8J	Human DNA polymerase eta-DNA-rG-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8B	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:ground state at pH7.0 (K+ MES) with 1 Ca2+ ion 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8G	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 180s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.13 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8D	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 60s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.09 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8C	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 30s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E3E	ZBTB7A Zinc Finger Domain Bound to DNA Duplex Containing CAST sequence (#10) 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*AP*A)-3'), ZINC ION, ... 著者 Horton, J.R, Ren, R, Cheng, X. 登録日 2022-08-17 公開日 2023-02-08 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.99 Å) 主引用文献 Structural basis for transcription factor ZBTB7A recognition of DNA and effects of ZBTB7A somatic mutations that occur in human acute myeloid leukemia. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8H	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 300s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.13 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E88	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8K	Human DNA polymerase eta-DNA-rC-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mg2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E85	Human DNA polymerase eta-DNA-rG-ended primer-dGMPNPP ternary mismatch complex with Mn2+ 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.72 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8F	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 120s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.14 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
8E8E	Human DNA polymerase eta-DNA-rU-ended primer ternary mismatch complex:reaction with 10 mM Mn2+ for 90s 分子名称: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Chang, C, Gao, Y. 登録日 2022-08-25 公開日 2023-02-01 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.05 Å) 主引用文献 Primer terminal ribonucleotide alters the active site dynamics of DNA polymerase eta and reduces DNA synthesis fidelity. J.Biol.Chem., 299, 2023
2UP1	STRUCTURE OF UP1-TELOMERIC DNA COMPLEX 分子名称: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'), PROTEIN (HETEROGENEOUS NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A1) 著者 Ding, J, Hayashi, M.K, Krainer, A.R, Xu, R.-M. 登録日 1998-07-10 公開日 1999-11-10 最終更新日 2023-08-30 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) 主引用文献 Crystal structure of the two-RRM domain of hnRNP A1 (UP1) complexed with single-stranded telomeric DNA. Genes Dev., 13, 1999
8S4T	DNA bound structure of PrgE from plasmid pCF10 分子名称: DNA, PrgE, TRIETHYLENE GLYCOL 著者 Breidenstein, A, Berntsson, R.P.-A. 登録日 2024-02-22 公開日 2024-05-29 最終更新日 2024-07-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.67 Å) 主引用文献 PrgE: an OB-fold protein from plasmid pCF10 with striking differences to prototypical bacterial SSBs. Life Sci Alliance, 7, 2024

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