8EBS
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8EBY
| XPC release from Core7-XPA-DNA (AP) | 分子名称: | DNA, DNA repair protein complementing XP-A cells, DNA repair protein complementing XP-C cells, ... | 著者 | Kim, J, Yang, W. | 登録日 | 2022-08-31 | 公開日 | 2023-04-19 | 最終更新日 | 2023-05-17 | 実験手法 | ELECTRON MICROSCOPY (3.6 Å) | 主引用文献 | Lesion recognition by XPC, TFIIH and XPA in DNA excision repair. Nature, 617, 2023
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8EBX
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8EBW
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8EBU
| XPC release from Core7-XPA-DNA (Cy5) | 分子名称: | DNA repair protein complementing XP-A cells, DNA repair protein complementing XP-C cells, DNA1, ... | 著者 | Kim, J, Yang, W. | 登録日 | 2022-08-31 | 公開日 | 2023-04-19 | 最終更新日 | 2023-05-17 | 実験手法 | ELECTRON MICROSCOPY (3.3 Å) | 主引用文献 | Lesion recognition by XPC, TFIIH and XPA in DNA excision repair. Nature, 617, 2023
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8EBV
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1NHH
| Crystal structure of N-terminal 40KD MutL protein (LN40) complex with ADPnP and one Rubidium | 分子名称: | 1,2-ETHANEDIOL, DNA mismatch repair protein mutL, MAGNESIUM ION, ... | 著者 | Hu, X, Machius, M, Yang, W. | 登録日 | 2002-12-19 | 公開日 | 2003-06-10 | 最終更新日 | 2023-08-16 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) | 主引用文献 | Monovalent cation dependence and preference of GHKL ATPases and kinases FEBS Lett., 544, 2003
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1NNE
| Crystal Structure of the MutS-ADPBeF3-DNA complex | 分子名称: | 1,2-ETHANEDIOL, 5'-D(*GP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*TP*C)-3', 5'-D(P*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*G)-3', ... | 著者 | Alani, E, Lee, J.Y, Schofield, M.J, Kijas, A.W, Hsieh, P, Yang, W. | 登録日 | 2003-01-13 | 公開日 | 2003-05-20 | 最終更新日 | 2024-02-14 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (3.11 Å) | 主引用文献 | Crystal structure and biochemical analysis of the MutS-ADP-Beryllium Fluoride complex
suggests a conserved mechanism for ATP interactions in mismatch repair J.Biol.Chem., 278, 2003
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6V0V
| Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) | 分子名称: | CALCIUM ION, DNA (30-MER), V(D)J recombination-activating protein 1, ... | 著者 | Chen, X, Yang, W, Gellert, M. | 登録日 | 2019-11-19 | 公開日 | 2020-01-29 | 最終更新日 | 2024-03-06 | 実験手法 | ELECTRON MICROSCOPY (3.61 Å) | 主引用文献 | Cutting antiparallel DNA strands in a single active site. Nat.Struct.Mol.Biol., 27, 2020
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7M7R
| Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dAMPNPP | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-28 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.81 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M87
| Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 230 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7Q
| Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and dAMPNPP | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-28 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.27 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M81
| Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 100 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.05 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M85
| Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 80 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*A)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M82
| Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.07 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M88
| Human DNA Pol eta S113A with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.66 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7S
| Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and 0.1 mM dAMPNPP | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-28 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M89
| Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.83 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7N
| Human DNA Pol eta with 2'-FA-ended primer and dAMPNPP | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*(AF5))-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-28 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.31 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7T
| Human DNA Pol eta S113A with dT-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-28 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.46 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7Y
| Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 0 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*A)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M8B
| Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 140 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.85 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M8D
| Human DNA Pol eta S113A with rA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 300 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, DIPHOSPHATE, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.92 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7M
| Human DNA Pol eta with rA-ended primer and dAMPNPP | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-28 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.46 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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7M7Z
| Human DNA Pol eta with dA-ended primer and dATP: in crystallo reaction for 40 s | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | 著者 | Gregory, M.T, Gao, Y, Yang, W. | 登録日 | 2021-03-29 | 公開日 | 2021-06-02 | 最終更新日 | 2023-10-18 | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.82 Å) | 主引用文献 | Multiple deprotonation paths of the nucleophile 3'-OH in the DNA synthesis reaction. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
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