6月24日(木)・25日(金)、CiCLE単粒子解析リモート講習会を開催します

開催趣旨

近年のクライオ電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。本リモート講習会では、電顕の初心者の方を対象に、電子顕微鏡の原理と単粒子解析の原理の講義、画像処理、三次元再構成、原子モデリングについての計算機実習を行います。遠隔による講習会のため、本格的な実習はできませんが、動画や画像データの配布を行うことで、できるだけ体感的な講習を行います。今回はcryoSPARCを用いて、画像処理・3次元再構成を行います。

主催

医療研究開発革新基盤創成事業(CiCLE)「タンパク質構造解析のハイスループット化へ向けた装置開発」

日程

2021年 6月24日(木) 13:00-18:00、25日(金) 13:00-18:00

開催方法

ZOOMによるミーティング形式での開催
※画像処理・3次元再構成の計算にはGPU付き計算機が必要ですが、リモートの参加者全員にその環境を準備するのは大変です。そこで、今回は数名のアシスタントの方だけにGPUマシンでリアルタイムにcryoSPARCを操作してもらい、リモートの参加者の方はその様子をリモートでご覧になりながら、別途配布する計算途中の画像ファイルをご自分のPCで検討していただく形式にします。原子モデリングについては、一般的なパソコンで十分可能です。事前に必要なソフト(UCSF ChimeraとCoot)をインストールしていただき、リモート参加者の方全員に実習を行っていただきます。

定員

100名程度 (先着順)

参加費

無料 (事前登録必要)

参加申込

参加定員に達しましたので、参加申込を締め切らせていただきます。
6/18(金)の夕方に、参加登録者全員宛に、Zoomの接続方法をメールで送付いたしました。登録者の方でZoomの接続方法が届いていない方はPDBjのお問い合わせページからご連絡ください。

ソフトウエアの事前インストールのお願い

事前に以下のソフトをお使いのPCにインストールしておいてください。

Comment Screen
UCSF Chimera
Coot

インストール手続きは以下にご案内します。
※UCSFChimeraは非商用(non-commercial)目的の場合のみ無料で使えるソフトです。商用目的の場合は有料となります。企業の方でUCSF Chimeraのインストールが難しい場合は、代わりに PyMOLをインストールしておいてください。

講義・講習の担当

加藤　貴之(大阪大学蛋白質研究所)、田中　秀明（大阪大学蛋白質研究所）、牧野　文信(日本電子・大阪大学招へい准教授)、岸川淳一(大阪大学蛋白質研究所), 川端　猛(蛋白質研究奨励会・大阪大学招へい准教授)

お問い合わせ

PDBjのお問い合わせページをご利用ください。

<スケジュール>

2021年6月24日(木)

13:00 - 15:00	講義「単粒子解析の原理」加藤貴之	[講義資料：分解能の話]
15:10 - 16:00	講義「日本電子の低温電子顕微鏡の紹介」牧野文信
16:10 - 18:00	実習「cryoSPARCによる電顕画像処理」川端猛、加藤貴之	[講習資料:CryoSPARC演習] [講義資料：Blob pickerを使った場合] [パソコン用の講習会データ (cryoSPARC_INX-6_results_202106.zip) (67MB)]	[講習会の様子の動画]

2021年6月25日(金)

13:00 - 14:05	実習「cryoSPARCによる三次元再構成」川端猛、加藤貴之		[講習会の様子の動画]
14:15 - 15:00	実習「Chimera 便利な機能」加藤貴之	[講義資料：Chimera便利な機能]	[講習会の様子の動画]
15:30 - 18:00	実習「Cootによる原子モデリング」田中秀明	[講義資料] [モデリング用データ(EM_kousuukai.zip)(53MB)] [講習ビデオ:Cootによる原子モデリング(youtube)]	[講習会の様子の動画]

<事前インストールが必要なソフトウエア>

Comment Screenのインストール方法

"https://commentscreen.com/#download からWindows版、もしくはMacintosh版をダウンロードしてインストールを行ってください。

UCSF Chimeraのインストール方法

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.htmlのサイトから、ダウンロードしインストールを行ってください。 Windows, MacOS X, Linux版があります。最新版は1.15です。非商用目的での使用のみ無料で用いることができます。 Windows版のダウンロード手続き、および Mac版のダウンロード手続きを参考にしてください。

※企業の方でUCSF Chimeraのインストールが難しい場合は、代わりにPyMOLをインストールしておいてください。

Cootのインストール方法

0.8.9か0.9.2の版をインストールしてください。いくつかのインストール法があります。

Windowsの場合

WinCootのページ(https://bernhardcl.github.io/coot/wincoot-download.html) からダウンロードして、インストールできます。　[Download WinCoot 0.8.9]をクリックすると、0.9.2の版がインストールできます。
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/cootのページ　からCoot 0.8.9のWindows版をダウンロードできます。
CCP4のページ(http://www.ccp4.ac.uk/download/#os=windows)から、 CCP4をインストールすると、Coot 0.8.9もいっしょにインストールされます。

MacOS Xの場合

http://www.ccp4.ac.uk/download/#os=mac

作成日: 2021-05-11