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PDBアーカイブ中のモデル構造ファイルが V5.0の PDBx/mmCIFディクショナリに従うよう更新されました。 PDBx/mmCIFフォーマットとXMLフォーマットの両方が更新されています。 これらのファイルは、利用者が確認及びテストが行えるように、 すでにテストサイトから公開されてきました。 旧フォーマットである PDBフォーマットのファイルは、変更されません。 従って、PDBフォーマットのファイルには、修正情報が含まれない場合があります。

V5.0には、以下のような変更点があります:

  • auditカテゴリが改善され、 各エントリーの変更について、カテゴリレベルまでの詳細な変更情報が記録できるようになったこと
  • 電子顕微鏡法によって解析されたモデル構造の座標ファイルが、 より整理されたデータ内容、 より拡張されたメタデータになったこと
  • キメラ蛋白質中の各フラグメント配列に対して、由来する生物種と参照配列が修正されたこと
  • ソフトウェア名や、検出器の名称、検出器の型式などを含む、複数のカテゴリで、データが標準化されたこと

変更点の一覧は、wwPDBウェブサイトでご確認頂けます。

V5.0データに関するご質問等は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語でお寄せください。

[ wwPDB ニュース ]


PDBjのサービスへの影響について

PDBj MineのMine2関係データベース(RDB)のスキーマを pdbx-v50-v5.282へ更新しました。
V5.0への更新による、PDBjのサービスへの影響については、過去のニュースをご覧ください。
2017-07-12 (last edited: 1 month ago)2017-07-31
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