これまでにない完全なHIVカプシド構造がPDBで公開されました
これまでにない完全なHIVカプシド構造が2つ、 今週の Nature（Vol.497） に掲載され、この構造はPDB（wwpdb.org）からも公開されています。 この成果は、構造生物学の分野において大幅な進歩であり、PDBにとっての節目でもあります。
これらの構造は、電子顕微鏡データに基づいたモデルで、分子動力学可動性フィッティング方法を使用しています。 タンパク鎖の数は3J3Qで1356本、3J3Yでは1176本になり、原子の数ではそれぞれ200万を超えます。 HIVカプシドはタンパク質でできた殻で、カプシドの中にあるウイルスのRNAゲノムを保護します。 完全なカプシドの構造を知ることは重要な研究テーマですが、分子サイズが非常に大きく、多様な形態を取ることから容易に構造の決定することができませんでした。
wwPDBでは、さらに大きく複雑で、PDBフォーマットの制限を超えるような構造が今後も登録されることを見込んでいます。 これらカプシド構造は、最近のニュースでお知らせした 「大きな構造の登録と公開の方法について」に従って編集されています。 今後このようにPDBフォーマットの制限を超える大きな構造についても、１つのPDBx/mmCIF、 PDBML/XMLファイルとして登録、編集、公開を行います。
完全なカプシド構造のデータは、米国、欧州、日本のPDBアーカイブftpサイトからダウンロードできます。
- 米国
-
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3q.cif.gz
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/large_structures/XML/3j3q.xml.gz
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3y.cif.gz
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/large_structures/XML/3j3y.xml.gz
ftp://ftp.wwpdb.org/pub/emdb/structures/EMD-5639/map/emd_5639.map.gz
- 欧州
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ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3q.cif.gz
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/XML/3j3q.xml.gz
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3y.cif.gz
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/data/large_structures/XML/3j3y.xml.gz
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/structures/EMD-5639/map/emd_5639.map.gz
- 日本
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ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3q.cif.gz
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/large_structures/XML/3j3q.xml.gz
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/large_structures/mmCIF/3j3y.cif.gz
ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/large_structures/XML/3j3y.xml.gz
ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5639/map/emd_5639.map.gz
参考文献
Mature HIV-1 capsid structure by cryo-electron microscopy and all-atom molecular dynamics.
Gongpu Zhao, Juan R. Perilla, Ernest L. Yufenyuy, Xin Meng, Bo Chen, Jiying Ning, Jinwoo Ahn, Angela M. Gronenborn, Klaus Schulten, Christopher Aiken, & Peijun Zhang,
Nature 497, 643-646 (2013) DOI: 10.1038/nature12162
関連エントリー
EMDB entry EMD-5639 is the cryo-electron tomography reconstruction from which 3J3Q and 3J3Y were generated; related entry 3J34, derived from an 8.6 Ångström reconstruction of a capsid hexameric subunit in a helical assembly (EMD-5582), was used in the construction of both 3J3Q and 3J3Y. These entries can be accessed and analysed through the websites of the wwPDB partners in Europe (pdbe.org), the USA (rcsb.org) and Japan (pdbj.org).
