5KDN

ZmpB metallopeptidase from Clostridium perfringens

> 概要

5KDN の概要

関連するPDBエントリー5KD2 5KD5 5KD8 5KDJ 5KDS 5KDU 5KDV 5KDW 5KDX
分子名称F5/8 type C domain protein, 1,2-ETHANEDIOL, ZINC ION, ... (4 entities in total)
機能のキーワードo-glycopeptidase, pf13402/m60-like, hydrolase
由来する生物種Clostridium perfringens (strain ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A)
ポリマー鎖数1
分子量合計60456.6
構造登録者
Noach, I.,Ficko-Blean, E.,Stuart, C.,Boraston, A.B. (登録日: 2016-06-08, 公開日: 2017-01-11, 最終更新日: 2017-02-08)
主引用文献
Noach, I.,Ficko-Blean, E.,Pluvinage, B.,Stuart, C.,Jenkins, M.L.,Brochu, D.,Buenbrazo, N.,Wakarchuk, W.,Burke, J.E.,Gilbert, M.,Boraston, A.B.
Recognition of protein-linked glycans as a determinant of peptidase activity.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 114:E679-E688, 2017
PubMed: 28096352 (主引用文献が同じPDBエントリー)
DOI: 10.1073/pnas.1615141114
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実験手法
X-RAY DIFFRACTION (1.66 Å)
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構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.190100.5%1.4%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 5kdn
回転なし
Molmil generated image of 5kdn
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5kdn
y軸(上下方向)周りに90°回転

> 構造情報

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数1
分子量合計60080.9
非ポリマー*分子数6
分子量合計375.7
全て*分子量合計60456.6
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (1.66 Å)

格子定数 [Å]65.89068.020170.860
格子定数 [度]90.0090.0090.00
空間群P 21 21 21
分解能 [Å] (低 - 高)43.09 - 1.66
最も高い分解能シェルの値1.699 - 1.656
R因子0.15508
R-work0.15376
最も高い分解能シェルの値0.194
R-free0.18046
最も高い分解能シェルの値0.225
結合長の平均二乗偏差(RMSD) [Å]0.018
結合角の平均二乗偏差(RMSD) [度]1.863

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高)43.09 - 1.66
最も高い分解能シェルの値 -
独立反射数92133
Rmerge_l_obs0.054
最も高い分解能シェルの値0.249
完全性 [%]99.9
冗長性7.2
最も高い分解能シェルの値6.6

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位
1VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP7.5291

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
注釈情報は下記文献より抽出しています*

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
A0046872molecular_functionmetal ion binding
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
AC15binding site for residue EDO A 1101
鎖名残基
AGLY569
ALYS570
ASER932
ALEU979
AHOH1319

AC26binding site for residue EDO A 1102
鎖名残基
APRO586
AASP588
AVAL589
AGLN666
AHOH1234
AHOH1245

AC35binding site for residue EDO A 1103
鎖名残基
AASP588
APRO647
ALYS648
AHOH1510
AHOH1602

AC45binding site for residue EDO A 1104
鎖名残基
ASER496
ATHR524
AVAL611
AARG612
AILE613

AC55binding site for residue EDO A 1105
鎖名残基
ATYR834
ALEU835
AASN838
AMET914
AASN915

AC65binding site for residue ZN A 1106
鎖名残基
AHIS756
AHIS760
AGLU771
AHOH1300
AHOH1312

?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
EDO_5kdn_A_110491,2-ETHANEDIOL binding site
鎖名残基ligand
ASER496-LEU498EDO: 1,2-ETHANEDIOL
ATHR524EDO: 1,2-ETHANEDIOL
ALEU526EDO: 1,2-ETHANEDIOL
APHE597EDO: 1,2-ETHANEDIOL
AVAL611-ILE613EDO: 1,2-ETHANEDIOL

EDO_5kdn_A_110141,2-ETHANEDIOL binding site
鎖名残基ligand
ATYR537EDO: 1,2-ETHANEDIOL
APRO568-LYS570EDO: 1,2-ETHANEDIOL

EDO_5kdn_A_110261,2-ETHANEDIOL binding site
鎖名残基ligand
ALEU555EDO: 1,2-ETHANEDIOL
APRO586EDO: 1,2-ETHANEDIOL
AASP588-VAL589EDO: 1,2-ETHANEDIOL
AGLN666EDO: 1,2-ETHANEDIOL
APRO739EDO: 1,2-ETHANEDIOL

EDO_5kdn_A_110351,2-ETHANEDIOL binding site
鎖名残基ligand
AASP588-ILE590EDO: 1,2-ETHANEDIOL
APRO647-LYS648EDO: 1,2-ETHANEDIOL

EDO_5kdn_A_110591,2-ETHANEDIOL binding site
鎖名残基ligand
ATYR834-ASN838EDO: 1,2-ETHANEDIOL
AALA913-TYR916EDO: 1,2-ETHANEDIOL

?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
PS0014210
鎖名残基詳細
AGLY753-PHE762

?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

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