5HDG

crystal structure of heat shock factor 1-DBD

> 概要

5HDG の概要

関連するPDBエントリー5HDK 5HDN
分子名称Heat shock factor protein 1, SODIUM ION (3 entities in total)
機能のキーワードsf1-dbd, transcription
由来する生物種Homo sapiens (Human)
細胞内の位置Cytoplasm Q00613
ポリマー鎖数1
分子量合計13179.96
構造登録者
Feng, H.,Liu, W.,Wang, D.C. (登録日: 2016-01-05, 公開日: 2017-01-11)
主引用文献
Feng, H.,Liu, W.,Wang, D.C.
HSF1-DBD crystal structure
To Be Published,
実験手法
X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å)
?

構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.221902.3%2.1%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 5hdg
回転なし
Molmil generated image of 5hdg
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5hdg
y軸(上下方向)周りに90°回転

他の静止画像(生物学的単位)

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回転なし
Molmil generated image of 5hdg
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5hdg
y軸(上下方向)周りに90°回転
(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (5hdg.pdb1.gz [19.54 KB])
生物学的単位の座標ファイル (5hdg.pdb2.gz [38.05 KB])

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
AHeat shock factor protein 1polymer11213157.01
UniProt (Q00613)
Pfam (PF00447)
Homo sapiens (Human)HSF 1,Heat shock transcription factor 1,HSTF 1
SODIUM IONnon-polymer23.01
waterwater18.0149

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数1
分子量合計13157.0
非ポリマー*分子数1
分子量合計23.0
全て*分子量合計13180.0
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å)

格子定数 [Å]48.61064.42068.770
格子定数 [度]90.0090.0090.00
空間群I 2 2 2
分解能 [Å] (低 - 高)32.21 - 1.70
最も高い分解能シェルの値1.768 - 1.700
R因子0.1935
R-work0.19070
最も高い分解能シェルの値0.234
R-free0.21840
最も高い分解能シェルの値0.286
結合長の平均二乗偏差(RMSD) [Å]0.003
結合角の平均二乗偏差(RMSD) [度]0.753

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高)32.21 - 1.70
最も高い分解能シェルの値 -
独立反射数12343
Rmerge_l_obs0.120
最も高い分解能シェルの値0.527
完全性 [%]99.5
冗長性7.1
最も高い分解能シェルの値7.3

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位
1VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP7.2293

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
注釈情報は下記文献より抽出しています*

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
A0005813cellular_componentcentrosome
A0000777cellular_componentcondensed chromosome kinetochore
A0005737cellular_componentcytoplasm
A0005829cellular_componentcytosol
A0000791cellular_componenteuchromatin
A0000792cellular_componentheterochromatin
A0000776cellular_componentkinetochore
A0097431cellular_componentmitotic spindle pole
A0097165cellular_componentnuclear stress granule
A0005654cellular_componentnucleoplasm
A0005634cellular_componentnucleus
A0048471cellular_componentperinuclear region of cytoplasm
A0016605cellular_componentPML body
A0045120cellular_componentpronucleus
A1990904cellular_componentribonucleoprotein complex
A0031490molecular_functionchromatin DNA binding
A0003677molecular_functionDNA binding
A0031072molecular_functionheat shock protein binding
A0051879molecular_functionHsp90 protein binding
A0042802molecular_functionidentical protein binding
A1990841molecular_functionpromoter-specific chromatin binding
A0046982molecular_functionprotein heterodimerization activity
A0019901molecular_functionprotein kinase binding
A0043621molecular_functionprotein self-association
A0000978molecular_functionRNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding
A0000979molecular_functionRNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding
A0001162molecular_functionRNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
A0043565molecular_functionsequence-specific DNA binding
A0098847molecular_functionsequence-specific single stranded DNA binding
A0097677molecular_functionSTAT family protein binding
A0003700molecular_functiontranscription factor activity, sequence-specific DNA binding
A0001078molecular_functiontranscriptional repressor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
A0061770molecular_functiontranslation elongation factor binding
A0043623biological_processcellular protein complex assembly
A1904385biological_processcellular response to angiotensin
A0071276biological_processcellular response to cadmium ion
A0071280biological_processcellular response to copper ion
A0072738biological_processcellular response to diamide
A0071392biological_processcellular response to estradiol stimulus
A0071480biological_processcellular response to gamma radiation
A0034605biological_processcellular response to heat
A0070301biological_processcellular response to hydrogen peroxide
A1904845biological_processcellular response to L-glutamine
A0071222biological_processcellular response to lipopolysaccharide
A1904843biological_processcellular response to nitroglycerin
A0035865biological_processcellular response to potassium ion
A1903936biological_processcellular response to sodium arsenite
A0034620biological_processcellular response to unfolded protein
A0006952biological_processdefense response
A0006281biological_processDNA repair
A0001892biological_processembryonic placenta development
A0060136biological_processembryonic process involved in female pregnancy
A0007143biological_processfemale meiotic nuclear division
A0000165biological_processMAPK cascade
A0006397biological_processmRNA processing
A0009299biological_processmRNA transcription
A0051028biological_processmRNA transport
A0010667biological_processnegative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process
A0008285biological_processnegative regulation of cell proliferation
A2001033biological_processnegative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining
A0090084biological_processnegative regulation of inclusion body assembly
A1901215biological_processnegative regulation of neuron death
A0000122biological_processnegative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
A0032720biological_processnegative regulation of tumor necrosis factor production
A1902512biological_processpositive regulation of apoptotic DNA fragmentation
A0008284biological_processpositive regulation of cell proliferation
A0043280biological_processpositive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
A0090261biological_processpositive regulation of inclusion body assembly
A1904528biological_processpositive regulation of microtubule binding
A0045931biological_processpositive regulation of mitotic cell cycle
A1900365biological_processpositive regulation of mRNA polyadenylation
A0040018biological_processpositive regulation of multicellular organism growth
A0045944biological_processpositive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
A0061408biological_processpositive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to heat stress
A0042531biological_processpositive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein
A0051260biological_processprotein homooligomerization
A0070207biological_processprotein homotrimerization
A1900034biological_processregulation of cellular response to heat
A0043497biological_processregulation of protein heterodimerization activity
A0014823biological_processresponse to activity
A1990910biological_processresponse to hypobaric hypoxia
A0007584biological_processresponse to nutrient
A1990911biological_processresponse to psychosocial stress
A0033574biological_processresponse to testosterone
A0007283biological_processspermatogenesis
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
AC16binding site for residue NA A 201
鎖名残基
ALEU25
AVAL26
AASP28
ATHR31
AASP32
AILE35

?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
SWS_FT_FI1106{ECO:0000250}.
鎖名残基詳細
AVAL7

?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

Resources

ファイル形式ファイル名 (ファイルサイズ)
PDB全ての情報pdb5hdg.ent.gz (24.03 KB)
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全ての情報 (非圧縮)pdb5hdg.ent (106.63 KB)
ヘッダのみpdb5hdg.ent.gz (5.49 KB)
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PDBx/mmCIF5hdg.cif.gz (34.13 KB)
PDBML
全ての情報5hdg.xml.gz (41.97 KB)
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ヘッダのみ5hdg-noatom.xml.gz (13.49 KB)
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座標情報のみ5hdg-extatom.xml.gz (21.12 KB)
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PDBMLplus全ての情報5hdg-plus.xml.gz (45.06 KB)
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ヘッダのみ5hdg-plus-noatom.xml.gz (16.58 KB)
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付加情報のみ5hdg-add.xml.gz (3.09 KB)
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RDF5hdg.rdf.gz (25.36 KB)
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構造因子r5hdgsf.ent.gz (251.01 KB)
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生物学的単位 (PDB形式)5hdg.pdb1.gz (19.54 KB) (A)
*author defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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5hdg.pdb2.gz (38.05 KB) (A)
*software defined assembly, 2 molecule(s) (dimeric)
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検証レポートPDF5hdg​_validation.pdf.gz (407.61 KB)
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PDF-full5hdg​_full​_validation.pdf.gz (408.33 KB)
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XML5hdg​_validation.xml.gz (7.75 KB)
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PNG5hdg​_multipercentile​_validation.png.gz (141.21 KB)
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SVG5hdg​_multipercentile​_validation.svg.gz (929 B)
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Sequence (fasta)5hdg​_seq.txt
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