5HDF

Hydrolase SeMet-StnA

> 概要

5HDF の概要

関連構造のPDB ID5HDP
分子名称Hydrolase
機能のキーワードhydrolase
由来する生物種Streptomyces flocculus
ポリマー鎖数4
分子量合計165499.86
構造登録者
Qian, T. (登録日: 2016-01-05, 公開日: 2017-01-11, 最終更新日: 2017-01-25)
主引用文献
Qian, T.,Wo, J.,Zhang, Y.,Song, Q.,Feng, G.,Luo, R.,Lin, S.,Wu, G.,Chen, H.F.
Crystal Structure of StnA for the Biosynthesis of Antitumor Drug Streptonigrin Reveals a Unique Substrate Binding Mode
Sci Rep, 7:40254-40254, 2017
PubMed: 28074848
DOI: 10.1038/srep40254
MImport into Mendeley
実験手法
X-RAY DIFFRACTION (2.71 Å)
?

構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.218700.2%1.3%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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他の静止画像(非対称単位)

Molmil generated image of 5hdf
回転なし
Molmil generated image of 5hdf
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5hdf
y軸(上下方向)周りに90°回転

他の静止画像(生物学的単位)

Molmil generated image of 5hdf
回転なし
Molmil generated image of 5hdf
x軸(左右方向)周りに90°回転
Molmil generated image of 5hdf
y軸(上下方向)周りに90°回転
(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (5hdf.pdb1.gz [52.82 KB])
生物学的単位の座標ファイル (5hdf.pdb2.gz [51.78 KB])
生物学的単位の座標ファイル (5hdf.pdb3.gz [52.09 KB])
生物学的単位の座標ファイル (5hdf.pdb4.gz [52.24 KB])

> 構造情報

エンティティ

鎖名説明種類鎖長分子量分子数データベース名(アクセス番号)由来する生物種エンティティの一般名
B, A, C, DHydrolasepolymer38341375.04
UniProt (L7PIJ2)
Pfam (PF12697)
Streptomyces flocculus
waterwater18.052

配列ビューア

非対称単位の内容

ポリマー鎖の数4
分子量合計165499.9
非ポリマー*分子数0
分子量合計0.0
全て*分子量合計165499.9
*水分子は含んでいません

> 実験情報

精密化の統計情報

実験手法:X-RAY DIFFRACTION (2.71 Å)

格子定数 [Å]178.42081.970118.693
格子定数 [度]90.00126.7590.00
空間群C 1 2 1
分解能 [Å] (低 - 高)50.00 - 2.71
最も高い分解能シェルの値2.777 - 2.707
R因子0.19366
R-work0.19228
最も高い分解能シェルの値0.256
R-free0.21957
最も高い分解能シェルの値0.293
結合長の平均二乗偏差(RMSD) [Å]0.017
結合角の平均二乗偏差(RMSD) [度]1.250

回折データの統計情報

分解能 [Å] (低 - 高)50.00 - 2.71
最も高い分解能シェルの値 -
独立反射数37623
Rmerge_l_obs0.111
最も高い分解能シェルの値0.300
完全性 [%]99.9
冗長性3.8
最も高い分解能シェルの値3.8

結晶化条件

結晶ID方法pHpHの範囲温度単位
1VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP5287

結晶化試薬

ID結晶ID濃度試薬名濃度 (単位)詳細
文献の結晶化試薬*
ID結晶ID溶液試薬名濃度 (単位) (単位)詳細
注釈情報は下記文献より抽出しています*

> 機能情報

?

GO(遺伝子オントロジー)由来の情報

鎖名GO(遺伝子オントロジー)id名前空間内容
A0016787molecular_functionhydrolase activity
B0016787molecular_functionhydrolase activity
C0016787molecular_functionhydrolase activity
D0016787molecular_functionhydrolase activity
?

PDBデータベースに由来する情報

site_id残基数詳細
?

「HETATM」原子の座標から抽出されたリガンド結合部位

site_id残基数詳細
?

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id残基数詳細
?

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id残基数詳細
?

CSAにおける酵素触媒機能の情報

site_id残基数詳細

> 相同蛋白質

> ダウンロード

Resources

ファイル形式ファイル名 (ファイルサイズ)
PDB全ての情報pdb5hdf.ent.gz (204.04 KB)
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全ての情報 (非圧縮)pdb5hdf.ent (871.54 KB)
ヘッダのみpdb5hdf.ent.gz (10.13 KB)
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PDBx/mmCIF5hdf.cif.gz (245.8 KB)
PDBML
全ての情報5hdf.xml.gz (334.73 KB)
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ヘッダのみ5hdf-noatom.xml.gz (45.27 KB)
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座標情報のみ5hdf-extatom.xml.gz (216.05 KB)
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PDBMLplus全ての情報5hdf-plus.xml.gz (335.69 KB)
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ヘッダのみ5hdf-plus-noatom.xml.gz (46.23 KB)
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付加情報のみ5hdf-add.xml.gz (978 B)
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RDF5hdf.rdf.gz (105.29 KB)
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構造因子r5hdfsf.ent.gz (783.1 KB)
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生物学的単位 (PDB形式)5hdf.pdb1.gz (52.82 KB) (B)
*author defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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5hdf.pdb2.gz (51.78 KB) (A)
*author defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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5hdf.pdb3.gz (52.09 KB) (C)
*author defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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5hdf.pdb4.gz (52.24 KB) (D)
*author defined assembly, 1 molecule(s) (monomeric)
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検証レポートPDF5hdf​_validation.pdf.gz (438.1 KB)
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PDF-full5hdf​_full​_validation.pdf.gz (450.61 KB)
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XML5hdf​_validation.xml.gz (42 KB)
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PNG5hdf​_multipercentile​_validation.png.gz (140.68 KB)
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SVG5hdf​_multipercentile​_validation.svg.gz (930 B)
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Sequence (fasta)5hdf​_seq.txt
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