6N9E

Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with a short substrate mimic CC-Pmn and bound to mRNA and P-site tRNA at 3.7A resolution

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鎖名	残基
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2A	G271

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残基数	2
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鎖名	残基
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残基数	1
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残基数	2
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鎖名	残基
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残基数	5
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鎖名	残基
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残基数	6
詳細	binding site for residue MG 2a 3101

鎖名	残基
2a	HOH3201
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残基数	6
詳細	binding site for residue MG 2a 3102

鎖名	残基
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site_id	EK9
残基数	5
詳細	binding site for residue MG 2a 3103

鎖名	残基
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2a	HOH3207
2a	HOH3209
2a	HOH3212
2a	HOH3214

site_id	EL1
残基数	1
詳細	binding site for residue MG 2d 301

鎖名	残基
2d	SER208

site_id	EL2
残基数	3
詳細	binding site for residue MG 2f 201

鎖名	残基
2f	ARG80
2f	ARG82
2f	VAL85

site_id	EL3
残基数	1
詳細	binding site for residue MG 2l 201

鎖名	残基
2l	ARG19

site_id	EL4
残基数	4
詳細	binding site for residue ZN 2n 501

鎖名	残基
2n	CYS24
2n	CYS27
2n	CYS40
2n	CYS43

site_id	EL5
残基数	1
詳細	binding site for residue MG 2r 101

鎖名	残基
2r	ARG32

site_id	EL6
残基数	8
詳細	binding site for residues M2G 1a 966 and 5MC 1a 967

鎖名	残基
1a	A965
1a	A968
1a	A969
1a	5MC1400
1i	TYR125
1i	LYS127
1i	ARG128
1x	C34

site_id	EL7
残基数	7
詳細	binding site for residues MA6 1a 1518 and MA6 1a 1519

鎖名	残基
1a	5MC1404
1a	G1405
1a	U1406
1a	G1497
1a	G1516
1a	G1517
1a	G1520

site_id	EL8
残基数	5
詳細	binding site for residues 5MU 1x 54 and PSU 1x 55

鎖名	残基
1x	G18
1x	G53
1x	C56
1x	A57
1x	A58

site_id	EL9
残基数	6
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2A 1910 and PSU 2A 1911

鎖名	残基
2A	C1909
2A	A1912
2A	A1918
2A	A1919
2A	4OC1920
2A	G1921

site_id	EM1
残基数	10
詳細	binding site for Di-nucleotide PSU 2A 1911 and A 2A 1912

鎖名	残基
2A	G1910
2A	A1913
2A	PSU1917
2A	A1918
2A	A1919
2A	MG3294
2a	5MC1407
2a	A1408
2a	G1494
2a	U1495

site_id	EM2
残基数	3
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2A 1914 and 5MU 2A 1915

鎖名	残基
2A	A1913
2A	A1916
2a	C1409

site_id	EM3
残基数	4
詳細	binding site for Di-nucleotide 5MU 2A 1915 and A 2A 1916

鎖名	残基
2A	C1914
2A	PSU1917
2a	A1408
2a	C1409

site_id	EM4
残基数	5
詳細	binding site for Di-nucleotide A 2A 1916 and PSU 2A 1917

鎖名	残基
2A	A1912
2A	5MU1915
2A	A1918
2a	A1408
2a	C1409

site_id	EM5
残基数	6
詳細	binding site for Di-nucleotide PSU 2A 1917 and A 2A 1918

鎖名	残基
2A	PSU1911
2A	A1912
2A	A1916
2A	A1919
2A	4OC1920
2A	MG3294

site_id	EM6
残基数	7
詳細	binding site for Di-nucleotide A 2A 1919 and 4OC 2A 1920

鎖名	残基
2A	G1910
2A	PSU1911
2A	A1912
2A	A1918
2A	G1921
2a	U1495
2a	G1517

site_id	EM7
残基数	6
詳細	binding site for Di-nucleotide 4OC 2A 1920 and G 2A 1921

鎖名	残基
2A	C1909
2A	G1910
2A	A1918
2A	A1919
2A	G1922
2a	G1517

site_id	EM8
残基数	11
詳細	binding site for Di-nucleotide A 2A 1938 and 5MU 2A 1939

鎖名	残基
2A	G1770
2A	A1786
2A	A1937
2A	U1940
2A	C1967
2A	A2590
2A	C2591
2A	G2592
2A	U2604
2A	PSU2605
2A	MG3303

site_id	EM9
残基数	4
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2A 1941 and 5MC 2A 1942

鎖名	残基
2A	U1940
2A	U1943
2A	C1965
2A	MG3005

site_id	EN1
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2A 1961 and 5MC 2A 1962

鎖名	残基
2A	G1935
2A	A1936
2A	G1945
2A	A1960
2A	U1963
2A	G1964
2a	C1484
2a	U1485

site_id	EN2
残基数	18
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2A 2250 and OMG 2A 2251

鎖名	残基
20	LYS4
2A	G962
2A	U963
2A	C2064
2A	C2065
2A	U2249
2A	G2252
2A	C2275
2A	G2276
2A	U2449
2A	A2450
2A	C2496
2A	A2497
2Q	ARG82
2Q	MET83
2Q	GLY84
2Q	LYS85
2x	C75

site_id	EN3
残基数	11
詳細	binding site for Di-nucleotide OMG 2A 2251 and G 2A 2252

鎖名	残基
20	LYS4
2A	C2064
2A	C2065
2A	U2249
2A	G2250
2A	G2253
2A	U2449
2A	A2450
2Q	ARG82
2x	C74
2x	C75

site_id	EN4
残基数	11
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2A 2502 and 2MA 2A 2503

鎖名	残基
2A	U576
2A	G577
2A	U1255
2A	A2059
2A	A2060
2A	G2061
2A	C2501
2A	U2504
2A	G2505
2A	MG3216
2A	MG3270

site_id	EN5
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2A 2551 and 2MU 2A 2552

鎖名	残基
2A	G1954
2A	U1955
2A	U1956
2A	G1985
2A	G2550
2A	G2553
2A	U2554
2A	C2556
2A	G2557

site_id	EN6
残基数	12
詳細	binding site for Di-nucleotide 2MU 2A 2552 and G 2A 2553

鎖名	残基
2A	C1672
2A	U1955
2A	U1956
2A	G1985
2A	C2507
2A	C2551
2A	U2554
2A	C2556
2A	G2582
2A	G2583
2w	C75
2w	PPU76

site_id	EN7
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide PSU 2A 2605 and C 2A 2606

鎖名	残基
2A	A1786
2A	A1938
2A	C1983
2A	G2588
2A	A2589
2A	A2590
2A	U2604
2A	G2607

site_id	EN8
残基数	6
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2a 515 and PSU 2a 516

鎖名	残基
2a	C514
2a	G517
2a	C519
2a	A533
2a	C536
2a	G537

site_id	EN9
残基数	6
詳細	binding site for Di-nucleotide PSU 2a 516 and G 2a 517

鎖名	残基
2a	G515
2a	C518
2a	C519
2a	G530
2a	U531
2a	A533

site_id	EO1
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2a 526 and 7MG 2a 527

鎖名	残基
2a	U12
2a	G505
2a	C522
2a	A523
2a	C525
2a	C528
2a	A535
2a	A913
2l	LYS91

site_id	EO2
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide 7MG 2a 527 and C 2a 528

鎖名	残基
2a	G521
2a	C522
2a	A523
2a	C526
2a	G529
2a	A535
2l	ASN49
2l	LYS91

site_id	EO3
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide A 2a 965 and M2G 2a 966

鎖名	残基
2a	U952
2a	G953
2a	A964
2a	5MC967
2a	A969
2a	G1198
2a	5MC1400
2i	ARG128
2x	C34

site_id	EO4
残基数	7
詳細	binding site for residues M2G 2a 966 and 5MC 2a 967

鎖名	残基
2a	A965
2a	A968
2a	A969
2a	5MC1400
2i	TYR125
2i	ARG128
2x	C34

site_id	EO5
残基数	4
詳細	binding site for Di-nucleotide 5MC 2a 967 and A 2a 968

鎖名	残基
2a	M2G966
2a	A969
2a	U1062
2i	TYR125

site_id	EO6
残基数	10
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2a 1206 and 2MG 2a 1207

鎖名	残基
2a	A532
2a	C1051
2a	U1052
2a	A1055
2a	C1200
2a	U1205
2a	C1208
2c	THR192
2c	TYR193
2c	GLY194

site_id	EO7
残基数	5
詳細	binding site for Di-nucleotide 2MG 2a 1207 and C 2a 1208

鎖名	残基
2a	G1050
2a	C1051
2a	U1052
2a	G1206
2a	C1209

site_id	EO8
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2a 1399 and 5MC 2a 1400

鎖名	残基
2a	A923
2a	C924
2a	M2G966
2a	A1398
2a	G1401
2a	A1502
2a	G1504
2v	G18
2x	C34

site_id	EO9
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide 5MC 2a 1400 and G 2a 1401

鎖名	残基
2a	M2G966
2a	C1395
2a	A1396
2a	C1399
2a	4OC1402
2a	C1501
2a	G1504
2v	G18
2x	C34

site_id	EP1
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2a 1401 and 4OC 2a 1402

鎖名	残基
2a	C1395
2a	A1396
2a	C1399
2a	5MC1400
2a	C1403
2a	A1500
2a	C1501
2a	G1504
2v	G18

site_id	EP2
残基数	7
詳細	binding site for Di-nucleotide 4OC 2a 1402 and C 2a 1403

鎖名	残基
2a	C1395
2a	G1401
2a	5MC1404
2a	A1499
2a	A1500
2a	C1501
2v	G18

site_id	EP3
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2a 1403 and 5MC 2a 1404

鎖名	残基
2a	4OC1402
2a	G1405
2a	G1497
2a	UR31498
2a	A1499
2a	A1500
2a	MA61519
2v	G18

site_id	EP4
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide 5MC 2a 1404 and G 2a 1405

鎖名	残基
2a	C1403
2a	U1406
2a	C1496
2a	G1497
2a	UR31498
2a	A1499
2a	MA61518
2a	MA61519

site_id	EP5
残基数	6
詳細	binding site for Di-nucleotide 5MC 2a 1407 and A 2a 1408

鎖名	残基
2A	A1912
2A	A1916
2a	U1406
2a	C1409
2a	G1494
2a	U1495

site_id	EP6
残基数	11
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2a 1497 and UR3 2a 1498

鎖名	残基
2a	A790
2a	G791
2a	A792
2a	5MC1404
2a	G1405
2a	C1496
2a	A1499
2a	MA61518
2a	MA61519
2v	A16
2v	U17

site_id	EP7
残基数	12
詳細	binding site for Di-nucleotide UR3 2a 1498 and A 2a 1499

鎖名	残基
2a	A790
2a	G791
2a	A792
2a	C1403
2a	5MC1404
2a	G1497
2a	A1500
2a	G1505
2a	G1520
2a	MG3018
2v	A16
2v	U17

site_id	EP8
残基数	10
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2a 1517 and MA6 2a 1518

鎖名	残基
2A	A1919
2A	4OC1920
2a	G791
2a	U793
2a	G1405
2a	U1406
2a	C1496
2a	G1497
2a	G1516
2a	MA61519

site_id	EP9
残基数	8
詳細	binding site for residues MA6 2a 1518 and MA6 2a 1519

鎖名	残基
2a	G791
2a	5MC1404
2a	G1405
2a	U1406
2a	G1497
2a	G1516
2a	G1517
2a	G1520

site_id	EQ1
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide MA6 2a 1519 and G 2a 1520

鎖名	残基
2a	5MC1404
2a	G1405
2a	G1497
2a	A1499
2a	C1515
2a	G1516
2a	MA61518
2a	G1521

site_id	EQ2
残基数	15
詳細	binding site for Di-peptide SF4 2d 302 and CYS 2d 31

鎖名	残基
2d	CYS9
2d	CYS12
2d	LYS18
2d	LEU19
2d	TYR20
2d	LEU21
2d	LYS22
2d	CYS26
2d	SER28
2d	PRO29
2d	LYS30
2d	ALA32
2d	MET33
2d	GLU34
2d	ARG35

site_id	EQ3
残基数	16
詳細	binding site for Di-nucleotide C 2w 75 and PPU 2w 76

鎖名	残基
2A	G2061
2A	A2451
2A	C2452
2A	U2504
2A	U2506
2A	C2507
2A	G2553
2A	U2554
2A	C2573
2A	G2583
2A	U2584
2A	U2585
2A	A2602
2A	MG3318
2w	C74
2x	A76

site_id	EQ4
残基数	11
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2x 7 and 4SU 2x 8

鎖名	残基
2x	G6
2x	G9
2x	A14
2x	G15
2x	C16
2x	A21
2x	G46
2x	C48
2x	G49
2x	C66
2x	C67

site_id	EQ5
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide 4SU 2x 8 and G 2x 9

鎖名	残基
2x	G7
2x	G10
2x	A14
2x	G15
2x	A21
2x	G45
2x	G46
2x	C48

site_id	EQ6
残基数	9
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2x 31 and 5MC 2x 32

鎖名	残基
2a	C1230
2a	A1339
2a	A1340
2i	ARG128
2x	G30
2x	U33
2x	A38
2x	C39
2x	C40

site_id	EQ7
残基数	5
詳細	binding site for Di-nucleotide G 2x 53 and 5MU 2x 54

鎖名	残基
2x	G52
2x	PSU55
2x	A58
2x	C61
2x	C62

site_id	EQ8
残基数	5
詳細	binding site for residues 5MU 2x 54 and PSU 2x 55

鎖名	残基
2x	G18
2x	G53
2x	C56
2x	A57
2x	A58

site_id	EQ9
残基数	8
詳細	binding site for Di-nucleotide PSU 2x 55 and C 2x 56

鎖名	残基
2G	SER76
2G	ILE77
2G	SER78
2x	G18
2x	G19
2x	5MU54
2x	A57
2x	A58

UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報

site_id	PS00049
残基数	27
詳細	RIBOSOMAL_L14 Ribosomal protein L14 signature. AVVVrtkkeikrp.DGsairFddNaaVI

鎖名	残基	詳細
1O	ALA60-ILE86

site_id	PS00052
残基数	27
詳細	RIBOSOMAL_S7 Ribosomal protein S7 signature. DvLvtaFInkimrdGKKnlaarIFydA

鎖名	残基	詳細
1g	ASP20-ALA46

site_id	PS00053
残基数	18
詳細	RIBOSOMAL_S8 Ribosomal protein S8 signature. GiaILSTSkGVLtdreAR

鎖名	残基	詳細
1h	GLY108-ARG125

site_id	PS00054
残基数	23
詳細	RIBOSOMAL_S11 Ribosomal protein S11 signature. IrALqaS.GLqVksivDdTPvPHN

鎖名	残基	詳細
1k	ILE95-ASN117

site_id	PS00055
残基数	8
詳細	RIBOSOMAL_S12 Ribosomal protein S12 signature. KkPNSAlR

鎖名	残基	詳細
1l	LYS46-ARG53

site_id	PS00056
残基数	13
詳細	RIBOSOMAL_S17 Ribosomal protein S17 signature. GDvVeIiEsRPIS

鎖名	残基	詳細
1q	GLY54-SER66

site_id	PS00057
残基数	24
詳細	RIBOSOMAL_S18 Ribosomal protein S18 signature. RDYrn.VevLkrFLSEt.GKIlprRR

鎖名	残基	詳細
1r	ARG32-ARG55

site_id	PS00063
残基数	16
詳細	ALDOKETO_REDUCTASE_3 Aldo/keto reductase family putative active site signature. LAKTIKraRIlGLlPF

鎖名	残基	詳細
1r	LEU66-PHE81

site_id	PS00196
残基数	16
詳細	COPPER_BLUE Type-1 copper (blue) proteins signature. GrvY.VICenPkHkqr.Q

鎖名	残基	詳細
19	GLY21-GLN36

site_id	PS00323
残基数	25
詳細	RIBOSOMAL_S19 Ribosomal protein S19 signature. NGKqhvpvyItenmVGhkLGEFapT

鎖名	残基	詳細
2s	ASN53-THR77

site_id	PS00358
残基数	17
詳細	RIBOSOMAL_L5 Ribosomal protein L5 signature. LalITGQkpAvTrAKkS

鎖名	残基	詳細
1G	LEU60-SER76

site_id	PS00360
残基数	19
詳細	RIBOSOMAL_S9 Ribosomal protein S9 signature. GGGksGQidAiklGiARAL

鎖名	残基	詳細
1i	GLY67-LEU85

site_id	PS00361
残基数	16
詳細	RIBOSOMAL_S10 Ribosomal protein S10 signature. ArrsGAqvsGPIpLPT

鎖名	残基	詳細
1j	ALA27-THR42

site_id	PS00362
残基数	31
詳細	RIBOSOMAL_S15 Ribosomal protein S15 signature. LseHLkvhKkDhhShrgLlmMvgqrrrLlrY

鎖名	残基	詳細
1o	LEU39-TYR69

site_id	PS00464
残基数	25
詳細	RIBOSOMAL_L22 Ribosomal protein L22 signature. KrvLpRArGRadiikkrtSHITViL

鎖名	残基	詳細
1W	LYS83-LEU107

site_id	PS00467
残基数	12
詳細	RIBOSOMAL_L2 Ribosomal protein L2 signature. PhvRGAAmNPvD

鎖名	残基	詳細
1D	PRO219-ASP230

site_id	PS00474
残基数	24
詳細	RIBOSOMAL_L3 Ribosomal protein L3 signature. FkpgervDvtGtSkGRGfaGvmkR

鎖名	残基	詳細
1E	PHE96-ARG119

site_id	PS00475
残基数	30
詳細	RIBOSOMAL_L15 Ribosomal protein L15 signature. KILGeGeAkp...LkVvahaFSksAlekLkaaG

鎖名	残基	詳細
1P	LYS113-GLY142

site_id	PS00527
残基数	23
詳細	RIBOSOMAL_S14 Ribosomal protein S14 signature. R.CvrcgrarsvyrfFGLCRiCLR

鎖名	残基	詳細
1n	ARG23-ARG45

site_id	PS00548
残基数	35
詳細	RIBOSOMAL_S3 Ribosomal protein S3 signature. ARtewaaqGrVplHt..LranIDygfalarTtyGvlG

鎖名	残基	詳細
1c	ALA163-GLY197

site_id	PS00579
残基数	15
詳細	RIBOSOMAL_L29 Ribosomal protein L29 signature. QNHKIRdLKRQIARL

鎖名	残基	詳細
22	GLN46-LEU60

site_id	PS00582
残基数	20
詳細	RIBOSOMAL_L33 Ribosomal protein L33 signature. YaTeKNkrntPnkLElrKYC

鎖名	残基	詳細
16	TYR21-CYS40

site_id	PS00585
残基数	33
詳細	RIBOSOMAL_S5 Ribosomal protein S5 signature. GRrfrFgAlvVVGDrq.GrVGlGfgkap.EVpl.AV

鎖名	残基	詳細
1e	GLY23-VAL55

site_id	PS00632
残基数	25
詳細	RIBOSOMAL_S4 Ribosomal protein S4 signature. LEsRLdnvVYRlgfAvSrrqARqLV

鎖名	残基	詳細
1d	LEU97-VAL121

site_id	PS00634
残基数	33
詳細	RIBOSOMAL_L30 Ribosomal protein L30 signature. ALkaLgLrRlqQeRvledtpairgNVekVahLV

鎖名	残基	詳細
23	ALA22-VAL54

site_id	PS00646
残基数	14
詳細	RIBOSOMAL_S13_1 Ribosomal protein S13 signature. RGlRHrrGlpVRGQ

鎖名	残基	詳細
1m	ARG88-GLN101

site_id	PS00651
残基数	28
詳細	RIBOSOMAL_L9 Ribosomal protein L9 signature. GdvGqvvdVkpGYarNYLlprglAvlaT

鎖名	残基	詳細
1I	GLY13-THR40

site_id	PS00783
残基数	23
詳細	RIBOSOMAL_L13 Ribosomal protein L13 signature. VKGMLPkgpl.GRrlfkrLkVYaG

鎖名	残基	詳細
1N	VAL103-GLY125

site_id	PS00784
残基数	20
詳細	RIBOSOMAL_L34 Ribosomal protein L34 signature. KRTWQpnrrkRakth.GFraR

鎖名	残基	詳細
17	LYS2-ARG21

site_id	PS00828
残基数	26
詳細	RIBOSOMAL_L36 Ribosomal protein L36 signature. CdkCkvIrRhgrVyViCenp.KHkQrQ

鎖名	残基	詳細
19	CYS11-GLN36

site_id	PS00831
残基数	15
詳細	RIBOSOMAL_L27 Ribosomal protein L27 signature. GnILvRQRGtrfkpG

鎖名	残基	詳細
10	GLY34-GLY48

site_id	PS00936
残基数	27
詳細	RIBOSOMAL_L35 Ribosomal protein L35 signature. KTHkGAkKRVkitasgkvvamktgk.RH

鎖名	残基	詳細
18	LYS5-HIS31

site_id	PS00937
残基数	17
詳細	RIBOSOMAL_L20 Ribosomal protein L20 signature. KrdfRrLWIVRINaacR

鎖名	残基	詳細
1U	LYS54-ARG70

site_id	PS00962
残基数	12
詳細	RIBOSOMAL_S2_1 Ribosomal protein S2 signature 1. VkELLEAGVHFG

鎖名	残基	詳細
1b	VAL7-GLY18

site_id	PS01015
残基数	16
詳細	RIBOSOMAL_L19 Ribosomal protein L19 signature. IvQrGRAR.RAKLYFIR

鎖名	残基	詳細
1T	ILE88-ARG103

site_id	PS01048
残基数	10
詳細	RIBOSOMAL_S6 Ribosomal protein S6 signature. GlRRLAYpIA

鎖名	残基	詳細
1f	GLY44-ALA53

site_id	PS01108
残基数	18
詳細	RIBOSOMAL_L24 Ribosomal protein L24 signature. GDtVlVAsGkyKGrv.GkV

鎖名	残基	詳細
1Y	GLY10-VAL27

site_id	PS01143
残基数	22
詳細	RIBOSOMAL_L31 Ribosomal protein L31 signature. EVcskcHPFYTgqqrfvdte....GR

鎖名	残基	詳細
24	GLU34-ARG55

SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報

site_id	SWS_FT_FI1
残基数	8
詳細	BINDING: BINDING => ECO:0000250\|UniProtKB:P80256

鎖名	残基	詳細
19	CYS11
19	CYS14
19	CYS27
19	HIS32
29	CYS11
29	CYS14
29	CYS27
29	HIS32

		Sequence (fasta)
		PDBx/mmCIF
		PDBML (ヘッダのみ (no-atom))
		検証レポート (PDF)
		EDMap 2fo-fc (MTZ)