1IKA
STRUCTURE OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE WITH ALPHA-KETOGLUTARATE AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION: CONFORMATIONAL CHANGES INDUCED BY DECARBOXYLATION OF ISOCITRATE
GO(遺伝子オントロジー)由来の情報
鎖名 | GO(遺伝子オントロジー)id | 名前空間 | 内容 |
A | 0000287 | molecular_function | magnesium ion binding |
A | 0004450 | molecular_function | isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity |
A | 0005515 | molecular_function | protein binding |
A | 0005737 | cellular_component | cytoplasm |
A | 0005829 | cellular_component | cytosol |
A | 0006097 | biological_process | glyoxylate cycle |
A | 0006099 | biological_process | tricarboxylic acid cycle |
A | 0006979 | biological_process | response to oxidative stress |
A | 0016491 | molecular_function | oxidoreductase activity |
A | 0016616 | molecular_function | oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor |
A | 0022900 | biological_process | electron transport chain |
A | 0046872 | molecular_function | metal ion binding |
A | 0051287 | molecular_function | NAD binding |
A | 0097216 | molecular_function | guanosine tetraphosphate binding |
PDBデータベースに由来する情報
site_id | AC1 |
残基数 | 3 |
詳細 | BINDING SITE FOR RESIDUE CA A 417 |
鎖名 | 残基 |
A | ASP307 |
A | ASP311 |
A | AKG418 |
site_id | AC2 |
残基数 | 9 |
詳細 | BINDING SITE FOR RESIDUE AKG A 418 |
鎖名 | 残基 |
A | ASP307 |
A | ASP311 |
A | CA417 |
A | SER113 |
A | ASN115 |
A | ARG119 |
A | ARG129 |
A | LYS230 |
A | ASP283 |
UniProtにおけるモチーフ・データベースPROSITEからの機能情報
site_id | PS00470 |
残基数 | 20 |
詳細 | IDH_IMDH Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. NLNGDYiSDalAaqv.GGIGI |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASN303-ILE322 |
SwissProt/UniProtに記載されている蛋白質分子機能情報
site_id | SWS_FT_FI1 |
残基数 | 1 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDE, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJR |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | THR104 |
site_id | SWS_FT_FI2 |
残基数 | 4 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:10623532, ECO:0000269|PubMed:2204109, ECO:0007744|PDB:1AI3, ECO:0007744|PDB:1CW1, ECO:0007744|PDB:1CW7, ECO:0007744|PDB:1GRP, ECO:0007744|PDB:1P8F, ECO:0007744|PDB:1PB1, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJA, ECO:0007744|PDB:4AJB, ECO:0007744|PDB:4AJS, ECO:0007744|PDB:4BNP, ECO:0007744|PDB:5ICD, ECO:0007744|PDB:8ICD |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | SER113 | |
A | ASN115 | |
A | ARG129 | |
A | ARG153 |
site_id | SWS_FT_FI3 |
残基数 | 1 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:10623532, ECO:0000269|PubMed:2204109, ECO:0007744|PDB:1AI3, ECO:0007744|PDB:1CW7, ECO:0007744|PDB:1GRP, ECO:0007744|PDB:1P8F, ECO:0007744|PDB:1PB1, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJA, ECO:0007744|PDB:4AJB, ECO:0007744|PDB:4AJS, ECO:0007744|PDB:4BNP, ECO:0007744|PDB:5ICD, ECO:0007744|PDB:8ICD |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ARG119 |
site_id | SWS_FT_FI4 |
残基数 | 1 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2204109, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI3, ECO:0007744|PDB:1BL5, ECO:0007744|PDB:1GRP, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDC, ECO:0007744|PDB:1P8F, ECO:0007744|PDB:4AJB, ECO:0007744|PDB:4AJR, ECO:0007744|PDB:4AJS, ECO:0007744|PDB:4BNP, ECO:0007744|PDB:8ICD |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP307 |
site_id | SWS_FT_FI5 |
残基数 | 1 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:1BL5, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDE, ECO:0007744|PDB:1ISO, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJR, ECO:0007744|PDB:9ICD |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | HIS339 |
site_id | SWS_FT_FI6 |
残基数 | 2 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:1BL5, ECO:0007744|PDB:1HJ6, ECO:0007744|PDB:1IDE, ECO:0007744|PDB:4AJ3, ECO:0007744|PDB:4AJR, ECO:0007744|PDB:9ICD |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASN352 | |
A | TYR391 |
site_id | SWS_FT_FI7 |
残基数 | 1 |
詳細 | BINDING: BINDING => ECO:0000269|PubMed:11284679, ECO:0000269|PubMed:2682654, ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0007744|PDB:1AI2, ECO:0007744|PDB:9ICD |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ARG395 |
site_id | SWS_FT_FI8 |
残基数 | 2 |
詳細 | SITE: Critical for catalysis => ECO:0000269|PubMed:7761851, ECO:0000269|PubMed:7819221 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | TYR160 | |
A | LYS230 |
site_id | SWS_FT_FI9 |
残基数 | 2 |
詳細 | MOD_RES: N6-succinyllysine => ECO:0000269|PubMed:21151122 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | LYS100 | |
A | LYS242 |
site_id | SWS_FT_FI10 |
残基数 | 1 |
詳細 | MOD_RES: Phosphoserine => ECO:0000269|PubMed:2204109, ECO:0000269|PubMed:3112144 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | SER113 |
site_id | SWS_FT_FI11 |
残基数 | 1 |
詳細 | MOD_RES: N6-acetyllysine => ECO:0000269|PubMed:18723842 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | LYS142 |
CSAにおける酵素触媒機能の情報
site_id | CSA1 |
残基数 | 1 |
詳細 | Annotated By Reference To The Literature 1a05 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | TYR160 |
site_id | CSA2 |
残基数 | 2 |
詳細 | Annotated By Reference To The Literature 1a05 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | ASP283 | |
A | LYS230 |
site_id | MCSA1 |
残基数 | 4 |
詳細 | M-CSA 7 |
鎖名 | 残基 | 詳細 |
A | TYR160 | electrostatic stabiliser, hydrogen bond donor, proton acceptor, proton donor, proton relay |
A | LYS230 | electrostatic stabiliser, proton acceptor, proton donor, proton relay |
A | ASP283 | electrostatic stabiliser, proton acceptor, proton donor |
A | ASP307 | metal ligand |