想要了解更多信息，請參照wwPDB: Deposition Tutorial （英語）

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登記系統的簡介

目錄

• 錄像教程
• 逐步教程
  • 坐標登記
  • NMR結構的登記
  • 電子顯微鏡法數據的登記

請對新數據登記系統以及本教程提出意見和建議。如在數據登記過程中遇到任何問題，請聯繫：

• deposit-help@mail.wwpdb.org
• PDBj 諮詢表格 （根據需要，可能轉發wwPDB）

录像教程

X射線晶體學結構登記：坐標文件以及實驗數據文件的上傳，結構驗證，信息提交

配體檢索：坐標文件中所包含配體的匹配檢索並確認

配體信息：新配體的化學結構以及相關信息的輸入

指南：wwPDB 登記・註釋（D&A）系統

坐標登記:

1. 登記入口https://deposit-pdbj.wwpdb.org/deposition 登記系統首頁提供兩種選擇，面板左側爲已有登記賬號和密碼入口，面板右側爲新設賬號入口。開設新賬號時，爲提供更好支持服務，請選擇登記人所在國。填寫完畢後請點擊Start Deposition，系統會將新賬號和密碼以電子郵件發送給登記人（登記人可自由選擇密碼，或采用系統任意生成的密碼）。
2. 登記人可使用新賬號和密碼登錄系統。登錄後，頁面上部將顯示登記賬號。 請點擊頁面左側導航目錄中File Upload選項，上傳坐標文件和結構因子文件。文件上傳後，請在下拉菜單中指定正確的文件格式。
3. 上傳完成後，系統將對所上傳的文件進行驗證。驗證完成後將以電子郵件通知登記人。登記人可從導航目錄最下方Download & View>View Reports獲取驗證報告。
4. 著重推薦登記人仔細確認Upload Summary Page，該頁面可確認所有已上傳文件。
5. 數據輸入時請使用左側導航目錄進行頁面切換。
   • 黃色圖標表示該文件夾含有相關子目錄，點擊該圖標可以打開或者關閉子目錄。
   • 白色圖標表示該頁面含有有強制性項目。紅色顯示爲強制性項目。對于任意項目，也建議盡量提供完全信息。
   • 綠色圓圈表示該頁面的所有強制性項目已經提交完成。
   • 可對所有頁面上的已輸入數據進行再度確認，重新編輯。
   • 帶有警告條文的紅色框架內的數據必須在正式提交前完成編輯。
   • 帶有警告條文的黃色框架，表示框架內的數據超過標准範圍，提請登記人的注意。
6. 系統對強制性項目進行自動檢測，左側的導航目錄上端的2條條形圖顯示了數據提交的進度。
   • Submit---該條顯示了強制性項目的提交完成率。點擊該條將列示尚未完成強制性項目。
   • Data Supplied---該條顯示所有數據的提交完成率。
7. 登記人可在Macromoleculars頁面查看序列信息。該頁面顯示高分子相關信息，以及登記人提交的樣品序列和坐標文件中的氨基酸序列對比結果。如有不匹配，登記人必須修改樣品序列或者坐標文件。
8. 登記人可從左側導航目錄中選擇Ligands確認配體的信息。該頁顯示就坐標文件中所含配體在CCD（chemical component dictionary）已發布化合物中搜索結果。如有完全一致的結果，則無需更多工作。如有相似結果，則將作爲候補提起登記人確認。 如無法在CCD中找到與坐標文件中配體一致的化合物，該配體將作爲新化合物由編輯人員登入CCD。登記人可指定該化合物的3文字代碼，並提供SMILES或者InChI代碼，或者2D化學構造圖。登記人亦可提供Refinement Monomer Library文件。
9. 登記完成之前，可用Replacement Upload功能更換坐標以及實驗數據文件。
10. 與wwPDB之間的交流全部通過通信面板實行。該頁面保存所有相關消息。
11. 可從Downloads & View>Download Files確認現在所上傳的文件。
12. 登記人必須在登記前確認並同意Summary & conditions中記載的所有條款。
13. 登記人必須在Validation Reports頁面確認數據驗證報告。
14. 在完成所有的強制性項目（包括完成文件上傳，以及導航目錄中所有圓圈都轉爲綠色）後，Submit條將顯示100%，即可點擊提交數據完成登記。
15. 登記人可從Communication頁面確認並下載PDB編輯人員發送的處理完畢的數據文件荷驗證報告。

NMR結構的登記

登記開始頁

開始登記時，登記人首先需選擇為決定結構採用的實驗方法。

與原子坐標同時登記NMR數據， 選定實驗方法「Solution NMR」或者「Solid-state NMR」後，系統將自動勾選PDB編碼和BMRB編碼選項。請直接按「Start deposition」，即可開始登記。

無原子坐標的NMR數據登記， 選定實驗方法「Solution NMR」或者「Solid-state NMR」之後，請取消PDB編碼的選項，只保留勾選BMRB編碼選項。此時頁面下部將顯示「Deposit NMR data at BMRB」和「Deposit NMR data at PDBj-BMRB」按鈕。單擊按鈕，頁面自動跳轉到BMRB或者PDBj－BMRB。請注意BMRB登記完成後，如需登記其相關原子坐標文件數據，則需另行進行PDB登記。

關於文件上傳

必須上傳以下文件

• 原子坐標文件
• 結構限制條件
• 化學位移

建議上傳以下文件

• 峰值列表

所上傳文件的驗證

對上傳文件就以下的項目進行驗證：

1. 驗證文件的整合性以確認各模型具有相同化學特性（相同原子）。
2. 驗證化學位移值。
3. 驗證化學位移文件以及相應坐標文件中原子名是否一致。

如有發現需要警告或錯誤報告，將作如下提示：

警告信息∶ 有關上傳文件的警告將顯示在「File format validation for model coordinates and data files」窗口。主要內容包括超過容許值域的化學位移值。登記人可由此確認並（或）進行適當修正。

錯誤信息∶ 文件上傳過程中發生的錯誤將顯示在下述2處：(1)點擊「File upload」頁的「Populate」或「Repopulate」按鈕後出現的對話窗（紅色的齒輪之後），(2)登記界面的「Upload Summary」頁。錯誤信息中主要強調必須修改的原子命名。如有錯誤提示，則必須修改並重新上傳文件以完成登記。

登記界面的有關NMR數據的輸入

有關NMR數據輸入，請從左側導航面版的頂部開始依次向下進行，因為有些數據被輸入後將自動成為後面項目的引用或參考。

具體而言，在「NMR experiments」和「NMR software」中所有必要項目完成之前，無法完成「chemical shift connection」頁。因為chemical shift connection頁面中，用於同定化學位移的數據和其他的NMR項的信息（例如化學位移文件名，參照化學位移，NMR的試料和條件，NMR實驗，軟件等）互相對應。

並且，如果上傳了NMR峰值列表，則需同時輸入「spectral peak list」有關數據。

電子顯微鏡法數據的登記

關於文件上傳

必須上傳以下文件

1. 三維重構模型，和該模型的體素級，推薦輪廓度
2. 模型的二維圖像（500x500像素，jpg, png等形式）

推薦上傳文件（非必須）

1. 半數據集（用於FSC計算的兩個獨立的半數據集）
2. 其他模型圖
3. FSC曲線
4. 層線數據

EMDB數據發佈時,所有上傳文件將全部公開。

高分子三維重構模型數據的登記

登記人可提供樣品的序列信息以及相關UniProt或GenBank參照數據。單純三維重構模型的數據（無原子坐標）的序列信息的提供與否是任意的。

電子顯微鏡實驗的樣品信息

電子顯微鏡實驗中所使用的樣本的生物來源等信息請按等級劃分。具體案例如下：

1. 試料全體： 核醣體
   1. 子成分： 50S核醣體大亞基サブコンポーネント
      1. 子成分： 5S rRNA
      2. 子成分： 23S rRNA
      3. 子成分： SeC6
      4. 子成分： 50S核糖體蛋白質L4
   2. 子成分： 30S核醣體小亞基
      1. 子成分： 16S rRNA
      2. 子成分： eIF2
      3. 子成分： 30S核糖體蛋白質S1
      4. 子成分： 30S核糖體蛋白質S2

注意∶可以根據需要追加或者刪除子成分。但是一旦刪除一個子成分，其下方子成分將被全部刪除（上例中如果刪除b，i, ii, iii, iv會同時被刪除）。

實驗信息

有關“EM experiment”包括5個項目。各項目內的數據與其它項目相互鏈接，也可返回樣品信息頁面。登記時，請先完成全部樣品信息（包括子成分）的輸入之後進入 "EM experiment"頁面。有關實驗信息，也推薦由上至下依次輸入。

以下為各項目的詳細內容。請注意所有必要項目全部完成後方可提交登記。

1. Specimen preparation 主要記述有關樣品的冷凍，染色，包埋，負染色，以及載網及其預處理方法，晶體形成的詳細等內容。
2. Microscopy 主要記述收集實驗數據所採用電子顯微鏡的各種信息，比如射線源和試料容器，能量過濾器等。還包括顯微鏡的設定和成像處理時採用的各種參數（倍率，散焦，圖像匹配等）。如果有數個成像記錄，請單擊“Microscopy”頁面下部的"+"按鈕。
3. Image recording 主要記述成像記錄所使用的檢測器等信息，比如檢測器的物理特性和圖像收集方法。也包括數據處理的時間（採集過程中還是採集後），圖像數等等。
4. Reconstruction 主要記述由二維投影像到三維重構模型的流程，顆粒挑選，二維圖像匹配，分類以及平均，取向計算，投影匹配以及三維模型建立。如有復數的重構流程，亦可在此記述。
5. Fitting interpretation 主要記述將既存原子坐標或從頭計算的模型定位到三維模型的密度圖的有關信息。可單擊頁面下部的"+"按鈕添加複數校正案例，每個案例亦可有多個原始模型。同時也記述有關最後模型的生成所使用的精密化軟件等詳細信息。