Structure Navigator
URL: https://pdbj.org/strucNavi
Structure Navigator は、似た立体構造を持つタンパク質をPDBエントリーの中から検索するツールです。 立体構造を指定すると、Structure Navigator は 構造ドメイン （ここでは「鋳型 (templates)」と呼びます）の一覧を結果として返します。 結果は ASH 類似度（ASH similarity score）によって順位付けされます。 各鋳型に対して配列と構造の類似度が表示され、ペアワイズアライメントや構造重ね合わせの結果も見ることができます。構造重ね合わせについてはダウンロードすることもできます。
[利用方法]
立体構造の指定は「PDBフォーマット形式のファイル」または「PDB ID」で行います。また、処理対象鎖と結果取得方法も合わせて指定する必要があります。
構造
構造をファイルで指定する場合、PDBフォーマット形式で記述された構造データファイルを指定してアップロードします。「PDB File」の右にあるボックスにファイル名を入力するか、ボックスの右にある「選択...」ボタンをクリックしてファイル選択画面を開き、ファイルを指定して下さい。
構造をPDB IDで指定する場合、「PDB ID」の右にあるボックスにPDB IDを入力して下さい。この場合まず、あらかじめ結果が計算された検索条件と同じものがないかを検索します。もし完全に一致する検索条件が見つからなかった場合、なるべく配列が似ているもの（BLASTのE値が0.000001未満）を対象とした検索条件を探し出し、類似検索条件を受け入れるのか、それとも元の検索条件を処理するのかを聞かれます。 元の検索条件を処理することを選んだ場合は、結果が返るまでにしばらく時間がかかります。 一度計算された結果は、計算済み結果データベースに登録され、次回からは素早く結果が返るようになります。
処理対象鎖
「Chain ID」の右のボックスに鎖IDを入力して指定します。ここに指定するのはPDBファイルに記載されているChain ID（PDBMLのauth_asym_id）で、大文字小文字は区別されます。
結果取得方法
処理が完了するまでにしばらく時間がかかることがあります。
そのため、結果の取得方法として、下記２つの方法を用意しています。
※実行結果は、ジョブ終了から1週間ご確認頂けます。
- 結果ページの準備ができ次第結果アドレスをメールでお知らせする方法
- 直接Webブラウザで結果ページにアクセスする方法
前者の場合、「Email」欄に連絡先電子メールアドレスも指定する必要があります。結果ページの準備ができると、指定されたメールアドレスに結果ページのアドレスが記されたメールが送られます。
後者の場合は、まず、ジョブの実行状況がジョブマネージャーに表示されます。
次に、ジョブの実行が終了すると、Web Pageの右下に、実行終了を知らせる小さなウィンドウが表示されます。
このウィンドウで”ジョブマネージャー"ボタンをクリックすると、ジョブマネージャーが表示されます。
「ステータス」の”完了"をクリックすると、結果が直接Webブラウザに表示されます。
- Template
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各PDBIDの PDBj Mine 概要ページにリンクしています。
- Domain
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SCOPの該当ページにリンクしています。
- Details
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下図のような詳細結果を表示します。
「view with jV」をクリックすると、 jV を使って対話的に分子を操作して見ることができる画面が表示されます。
[検索処理の手法]
Structure Navigator で使っている検索処理の手法は、 検索条件がファイルで指定した場合と PDB ID で指定した場合では多少異なります。
検索条件を PDB ID で指定した場合、Structure Navigator はまず ASH 構造アライメントを使って似た構造の位置を探します。 完全に一致する検索条件がなかった場合は次に、あらかじめ計算され蓄積されたデータから近似配列を探します。どちらの場合も、すぐに結果が表示されます。 なお、近似配列を用いて検索結果を推定し、しかも元の検索条件のまま検索を実行するオプションを選択した場合、初回は計算を行うため結果が返るまでに時間がかかりますが、その結果は我々のデータベースに蓄積され、次回からは素早く結果が返るようになります。
検索条件をファイルで指定した場合、類似配列を持つドメインの検索方法は PDB ID を指定した場合と同じです。 PDBにはまだ登録されていない全く新しいファミリーを条件に指定し、 類似配列を持つドメインが見つからなかった場合、 Structure Navigator は ASH プログラムを使って 代表配列 に対して条件検索を行います。 ファイルで検索条件を指定した場合は、検索結果はデータベースに保存されません。
