Molmilユーザマニュアル

はじめに

MolmilはPDBjで開発したjVと同じようにPDBjの様々なサービスで使われている分子ビューア（閲覧ソフト）です。 標準的なウェブブラウザがあれば動作します。 Molmilはウェブページに埋め込むことも、スタンドアロンビューアとしても使うこともできます。

利用方法

基本的な操作は標準的なマウス（2ボタン＋ホイール付きマウス）で行うことができます。

操作内容		操作方法
移動	今の中心の周りに回転	以下のいずれかの方法が使えます。 左ドラッグ（マウスの左ボタンを押しながらドラッグ） スワイプ（指1本をディスプレイに触れたまま指を動かす、タッチディスプレイの場合）
	選択した原子の周りに回転	Ctrl＋左ドラッグ（Ctrlボタンとマウスの左ボタンを押しながらドラッグ）
	X、Y方向（画面左右上下方向）への移動	以下のいずれかの方法が使えます。 Shift＋左ドラッグ（Shiftとマウスの左ボタンを押しながらドラッグ） 左右ドラッグ（マウスの左ボタンと右ボタンを押しながらドラッグ） ホイールドラッグ（マウスのホイールボタンを押しながらドラッグ） 2本指でスワイプ（指2本を少し離しディスプレイに触れたまま指を動かす、タッチディスプレイの場合）
	Z方向（画面前後方向）への移動（拡大縮小）	以下のいずれかの方法が使えます。 右ドラッグ（マウスの右ボタンを押しながらドラッグ） ホイール（マウスのホイールボタンを回す） 2本指で上下方向ゼスチャー（トラックパッドに指2本を少し離して触れたまま上下に指を動かす）
原子選択	単一原子	クリック
	選択原子を追加	Ctrl＋クリック（Ctrlを押しながらクリック）

サポートしているファイル形式

現在のところ以下に記す種類のファイルを読み込むことができます。 ウェブサイトに埋め込まれたMolmilの場合、通常は関係するデータを読み込む指示も含まれているため読み込むファイルの形式を意識する必要はありません。

• PDBx/mmCIF
• PDBML (all-atom)
• mmJSON
• PDBフォーマット（フラットファイル）
• jV用ポリゴンXML
• GRO
• CCP4
• MyPrestoトラジェクトリーファイル
• Gromacsトラジェクトリーファイル（trr/xtc）

• iOS環境ではファイルを指定して読み込むことはできません（ローカルファイルシステムを扱うことができないため）
• PDBIDや化合物ID（ChemCompID）を指定するだけでPDBエントリーや化学物質エントリーを読み込むこともできます。
• PNG画像として静止画を保存することができます。またこの画像ファイルと他のソフトも使えばmp4ムービーファイルを作ることもできます。