配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ(Glycine max)である構造のPDBID+ChainID(auth_asym_id)を得る
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SELECT b.pdbid, e.pdbx_strand_id FROM entity_poly e LEFT JOIN brief_summary b ON e.pdbid=b.pdbid WHERE e.pdbx_seq_one_letter_code LIKE '%TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR%' AND b.biol_species LIKE '%Glycine max%'
- 由来生物種情報は分子の採取方法によって情報を記載するカテゴリが異なるため、それらをまとめたbrief_summary.biol_speciesを使った方が検索SQL文が簡単になります。
- ChainIDが必要ないのであれば、エントリー内各分子の配列情報を結合したbrief_summary.aaseqを参照することもできます。
要素 | 内容 |
---|---|
entity_src_nat | 分子を由来生物種から直接採取した場合の由来生物種情報 |
entity_src_nat | 由来生物種の遺伝子を他の宿主生物に導入し発現させてつくった場合の由来生物種や宿主生物種の情報 |
pdbx_entity_src_syn | 由来生物種の遺伝子情報に基づき人工的に合成して分子を得た場合の由来生物種の情報 |
brief_summary.biol_species | エントリー内各分子の由来生物種名(学名、一般名)をつなげたもの |
entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code | エントリー内各高分子のアミノ酸・核酸配列情報 |
brief_summary.aaseq | エントリー内各高分子のアミノ酸・核酸配列情報をつなげたもの |
作成日: 2018-06-13 (最終更新日: more than 1 year ago)