生物種情報
生物種に関する情報は以下のカテゴリに記載されています。 また、brief_summaryテーブルのbiol_speciesには これらの情報がまとめられています(学名と一般名を空白区切りでつなげた値が入っている)。
| カテゴリ名 | 内容 |
|---|---|
| entity_src_natカテゴリ | 分子を直接由来生物種から採取した場合の由来生物種情報 |
| entity_src_genカテゴリ | 由来生物種の遺伝情報を利用し、別の宿主生物を利用して分子を得た場合の遺伝子源生物種、宿主生物種の情報 |
| pdbx_entity_src_synカテゴリ | 由来生物種の遺伝情報を利用し、人工的に合成して分子を得た場合の遺伝子源生物種情報 |
また付加情報(SIFTS)由来の情報も検索で利用することができます。
以下に生物種情報に関する検索例を挙げます。
- 2種類の生物種に由来するキメラタンパク質のPDBID、エンティティID、Taxonomy IDを得る
- 配列「TVSFSWNKFVPKQPNMILQGDAIVTSSGKLQLNKVDENGTPKPSSLGR」を含み、かつ由来生物種がダイズ(Glycine max)である構造のPDBID+ChainID(auth_asym_id)を得る
- エンティティ(鎖)の名称に「phospholipase C」を含み由来生物種が「ラット」である構造のPDBIDと鎖ID(auth_asym_id、lebel_asym_id)、エンティティID、エンティティ名を得る
- 由来生物種に新型コロナウイルス(NCBI Taxonomy ID: 2697049)を含み最近30日以内に公開されたPDBエントリーの一覧を得る
作成日: 2020-06-30 (最終更新日: more than 1 year ago)






