PDBj データサイト・FTPサイトの詳細
このページでは、PDBjのデータアーカイブ内のファイルについて説明します。 ftpやrsyncによるダウンロード方法についてはダウンロードページをご覧下さい。
また、wwPDBコアアーカイブ(PDB/EMDB)@PDBjについても以下をご覧ください。
データアーカイブ内のファイルについて
efsite/data-web/${entryId}.mpbf.gz | |
pdb_versioned | wwPDBメンバーサイト間で共通(バージョン化されたPDBデータ) |
data | |
entries | |
${id23}/pdb0000${pdbid}/ | |
pdb_0000${pdbid}_xyz-ext-atom_v${version}.xml.gz | |
pdb_0000${pdbid}_xyz-no-atom_v${version}.xml.gz | |
pdb_0000${pdbid}_xyz_v${version}.cif.gz | |
pdb_0000${pdbid}_xyz_v${version}.xml.gz | |
removed | |
${id23}/pdb0000${pdbid}/ | |
pdb_0000${pdbid}_xyz-ext-atom_v${version}.xml.gz | |
pdb_0000${pdbid}_xyz-no-atom_v${version}.xml.gz | |
pdb_0000${pdbid}_xyz_v${version}.cif.gz | |
pdb_0000${pdbid}_xyz_v${version}.xml.gz | |
views | |
all | |
coordinates | |
mmcif | |
${id23}/pdb0000${pdbid}/ | |
pdb_0000${pdbid}_xyz_v${version}.cif.gz | |
pdbml | |
${id23}/pdb0000${pdbid}/ | |
pdb_0000${pdbid}_xyz_v${version}.xml.gz | |
latest | |
coordinates | |
mmcif | |
${id23}/pdb0000${pdbid}/ | |
pdb_0000${pdbid}_xyz.cif.gz | |
pdbml | |
${id23}/pdb0000${pdbid}/ | |
pdb_0000${pdbid}_xyz.xml.gz | |
pdbjplus | wwPDBのデータを利用してPDBjが作成したデータ |
data | |
cc | 化合物(chem_comp)データ (Chemie) |
mdl | |
${comp_id}.mdl.gz | |
mmcif | |
${comp_id}.cif.gz | |
mmjson | |
${comp_id}.json.gz | |
mmjson-plus | |
${comp_id}-plus.json.gz | |
rdf | |
${comp_id}.rdf.gz | |
svg | |
${comp_id}.svg.gz | |
xml | |
${comp_id}.xml.gz | |
ccmodel | |
mmcif | |
${model_id}.cif.gz | |
mmjson | |
${model_id}.json.gz | |
pdb | PDB データ |
mmjson | |
${pdbid}.json.gz | |
mmjson-chain | |
${pdbid}_${asym_id}-chain.json.gz | |
mmjson-noatom | |
${pdbid}-noatom.json.gz | |
mmjson-plus | |
${pdbid}-plus.json.gz | |
rdf | |
${pdbid}.rdf.gz | |
prd | BIRD データ |
mmcif | |
${prd_id}.cif.gz | |
mmcif-cc | |
${prd_id}-cc.cif.gz | |
mmjson | |
${prd_id}.json.gz | |
svg | |
${prd_id}.svg.gz | |
sifts | SIFTS データ |
rdf | |
pdb_chain_cath_uniprot.ttl.gz | |
pdb_chain_enzyme.ttl.gz | |
pdb_chain_go.ttl.gz | |
pdb_chain_interpro.ttl.gz | |
pdb_chain_pfam.ttl.gz | |
pdb_chain_scop_uniprot.ttl.gz | |
pdb_chain_taxonomy.ttl.gz | |
pdb_chain_uniprot.ttl.gz | |
pdb_chain_uniprot_short.ttl.gz | |
pdb_pubmed.ttl.gz | |
uniprot_pdb.ttl.gz | |
dictionaries | 各種ディクショナリ・スキーマ |
edmap2 | 電子密度マップデータ |
ccp4 | |
${pdbid}_validation_${type}_map_coef.ccp4 | |
mtz | |
${pdbid}_validation_${type}_map_coef.mtz | |
edmap.list | |
mine2 | |
dump | PostgreSQL関係データベース(RDB)ダンプファイル |
rdb_docs | RDBドキュメント(jsonフォーマット) |
schema | RDB スキーマ定義(YAMLフォーマット、mine2updaterで使用) |
statistics | RDB 統計:各列ごとに非ヌル要素の数の一覧 |
promode/data_web/${entryId}/ | 二次データベースPromode Elasticのウェブデータ |
pub | wwPDBメンバー間で共通(PDB/EMDBアーカイブ) |
emdb | |
doc | |
obsoleted/${emdb_id}/header | 廃止された(Obsolete)エントリーのヘッダファイル |
${emdb_id}-v19.xml | |
${emdb_id}-v30.xml | |
${emdb_id}.xml | |
status | |
archive | 週次更新の履歴 |
latest | 最新の更新状況 |
structures/${emdb_id}/ | 公開中のエントリーのデータファイル |
header | |
${emdb_id}-v19.xml | |
${emdb_id}-v30.xml | |
${emdb_id}.xml | |
images/${emdb_id}.png | |
map/${emdb_id}.map.gz | |
${emdb_id}-v19.xml | |
validation_reports/${emdb_id}/ | |
${emdb_id}_full_validation.pdf.gz | |
${emdb_id}_validation.pdf.gz | |
${emdb_id}_validation.xml.gz | |
pdb | |
compatible/pdb_bundle/${id23}/${pdbid}/${pdbid}-pdb-bundle.tar.gz | |
data | |
biounit | |
PDB | |
all/${pdbid}.pdb${buid}.gz | |
divided/${id23}/${pdbid}/${pdbid}.pdb${buid}.gz | |
coordinates | |
all/${pdbid}.pdb${buid}.gz | |
divided/${id23}/${pdbid}/${pdbid}.pdb${buid}.gz | |
mmCIF | |
all/${pdbid}-assembly${buid}.gz | |
divided/${id23}/${pdbid}/${pdbid}-assembly${buid}.gz | |
bird | |
family | |
prd | |
component-models/complete/ | |
monomers/${comp_id} | |
status | 更新エントリー一覧 |
structures | |
all | |
XML/${pdbid}.xml.gz | |
XML-extatom/${pdbid}-extatom.xml.gz | |
XML-noatom/${pdbid}-noatom.xml.gz | |
mmCIF/${pdbid}.cif.gz | |
nmr_chemical_shifts/${pdbid}_cs.str.gz | |
nmr_data | |
${pdbid}_nmr-data.nef.gz | |
${pdbid}_nmr-data.str.gz | |
nmr_restraints/${pdbid}.mr.gz | |
nmr_restraints_v2/${pdbid}_mr.str.gz | |
pdb/pdb${pdbid}.ent.gz | PDB フォーマット |
structure_factors/r${pdbid}.ent.gz | mmCIF フォーマット |
divided | |
XML/${id23}/${pdbid}.xml.gz | |
XML-extatom/${id23}/${pdbid}-extatom.xml.gz | |
XML-noatom/${id23}/${pdbid}-noatom.xml.gz | |
mmCIF/${id23}/${pdbid}.cif.gz | |
nmr_chemical_shifts/${id23}/${pdbid}_cs.str.gz | |
nmr_data | |
${id23}/${pdbid}_nmr-data.nef.gz | |
${id23}/${pdbid}_nmr-data.str.gz | |
nmr_restraints/${id23}/${pdbid}.mr.gz | |
nmr_restraints_v2/${id23}/${pdbid}_mr.str.gz | |
pdb/${id23}/pdb${pdbid}.ent.gz | PDB フォーマット |
structure_factors/${id23}/r${pdbid}.ent.gz | mmCIF フォーマット |
models | |
current/pdb/${id23}/pdb${pdbid}.ent.gz | |
index | |
obsolete/pdb/${id23}/pdb${pdbid}.ent.gz | |
obsolete | |
XML/${id23}/${pdbid}.xml.gz | |
mmCIF/${id23}/${pdbid}.cif.gz | |
nmr_chemical_shifts/${id23}/${pdbid}_cs.str.gz | |
nmr_data | |
${id23}/${pdbid}_nmr-data.nef.gz | |
${id23}/${pdbid}_nmr-data.str.gz | |
nmr_restraints/${id23}/${pdbid}.mr.gz | |
nmr_restraints_v2/${id23}/${pdbid}_mr.str.gz | |
pdb/${id23}/pdb${pdbid}.ent.gz | PDB フォーマット |
structure_factors/${id23}/r${pdbid}.ent.gz | mmCIF フォーマット |
derived_data | |
doc | |
software | |
validation_reports${id23}/${pdbid} | |
${pdbid}_full_validation.pdf.gz | |
${pdbid}_multipercentile_validation.png.gz | |
${pdbid}_multipercentile_validation.svg.gz | |
${pdbid}_validation.pdf.gz | |
${pdbid}_validation.xml.gz | |
${pdbid}_validation_2fo-fc_map_coef.cif.gz | |
${pdbid}_validation_fo-fc_map_coef.cif.gz |
上の表内で使用された変数の説明
${pdbid} | エントリーのPDBID |
${comp_id} | エントリーの化合物ID(comp_id (cc)) |
${model_id} | エントリーのモデルID(ccmodel) |
${prd_id} | エントリーのPRD ID |
${emdb_id} | エントリーのEMDB ID |
${id23} | PDBIDの2文字目と3文字目 |
${buid} | 生物学的単位のID |
${entryId} | エントリーID (efsite, promode) |
${version} | ファイルのバージョン |
wwPDBコアアーカイブ(PDB/EMDB)@PDBjのファイルについて
- ディレクトリ構成の概要
- ディレクトリ構成の詳細
-
- mine (obsoleted)
ディレクトリ構成の概要
以下にルートおよびコンテンツの種類ごとに分類したサブディレクトリの内容について、URLとともに記します。
内容 | FTP URL |
ドキュメントルート | ftp://ftp.pdbj.org/ |
PDB Archiveルート(各局共通コンテンツ) | ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data |
二次データ(各局共通コンテンツ) | ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/derived_data |
ドキュメント類(newsletterなど)(各局共通コンテンツ) | ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/doc |
EMDB Archiveルート(各局共通コンテンツ) | ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb |
構造検証レポート(各局共通コンテンツ) | ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports |
ディレクトリ構成の詳細
[RDF]
pdb
pdb/[1-9][0-9a-z]{3}.rdf.gz各PDBエントリーのPDBML(mmCIF)の内容をRDF形式に変換したものです。 wwPDB/RDF もご参照下さい。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/RDF/pdb/100d.rdf.gz
chem_comp
chem_comp/[0-9A-Z]{1,3}.rdf.gz各化学グループのmmCIFの内容をRDF形式に変換したものです。 wwPDB/RDF もご参照下さい。
sifts
SIFTSのRDF形式のデータを収めています。- pdb_chain_cath_uniprot.ttl.gz
- pdb_chain_enzyme.ttl.gz
- pdb_chain_go.ttl.gz
- pdb_chain_interpro.ttl.gz
- pdb_chain_pfam.ttl.gz
- pdb_chain_scop_uniprot.ttl.gz
- pdb_chain_taxonomy.ttl.gz
- pdb_chain_uniprot.ttl.gz
- pdb_pubmed.ttl.gz
- uniprot_pdb.ttl.gz
vrpt-alt
既存のmmCIFに準じた命名スキームとカテゴリを使用して再編成されたRDF形式の検証レポートを収めています。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/RDF/vrpt-alt/00/100d-validation-alt.rdf.gz
[XML]
オリジナルのPDBMLファイルおよびPDBjでアノテーションを加えたPDBMLaddを収めています。PDBMLの定義内容については http://pdbml.rcsb.org/ や PDBML Schema pdbx-v40.xsd / pdbx-v42.xsdをご覧下さい。
all
全データを収めたPDBMLファイルがあります。 /pub/pdb/data/structures/all/XML の内容と同じです。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/XML/all/100d.xml.gz
all-extatom
原子座標部分だけを抽出したデータを収めたPDBMLファイルがあります。/pub/pdb/data/structures/all/XML-extatom の内容と同じです。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/XML/all-extatom/100d-extatom.xml.gz
all-noatom
原子座標部分を除いたメタデータ部分のみを含むPDBMLファイルがあります。/pub/pdb/data/structures/all/XML-noatom の内容と同じです。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/XML/all-noatom/100d-noatom.xml.gz
pdbmlplus
PDBML に、PDBjで独自に情報を追加した PDBMLaddファイル、およびそのスキーマファイル( ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/PDBMLadd_v40.xsd)などがあります。
-
pdbml_add
PDBjで独自に情報を追加した内容を、PDBMLと結合できるXML形式で記したPDBMLaddファイルをgzip形式で圧縮したファイルがあります。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/XML/pdbmlplus/pdbml_add/100d-add.xml.gz
vrpt-alt
既存のmmCIFに準じた命名スキームとカテゴリを使用して再編成されたPDBML形式の検証レポートを収めています。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/XML/vrpt-alt/00/100d-validation-alt.xml.gz
[chem_comp]
mmcif
mmcif/[0-9a-z]{1,3}.cif.gz各化合物エントリーのmmCIFフォーマットのファイルです。
PDBML
PDBML/[0-9A-Z]{1,3}.xml.gz各化合物エントリーのmmCIFの内容をPDBML(XML)形式に変換したものです。
RDF
RDF/[0-9A-Z]{1,3}.rdf.gz各化合物エントリーのmmCIFの内容をRDF形式に変換したものです。
[doc]
newsletters
PDBjで発行しているニュースレターのPDFファイルがあります。ニュースレターページからダウンロードすることもできます。
- en ... 英語版ニュースレター
- ja ... 日本語版ニュースレター
[edmap]
このディレクトリには、電子密度マップ関連データが収められています。- edmap.list ... 電子密度マップデータが作成されているPDBIDの一覧
- ccp4/([0-9a-z]{2})/[1-9]{1}[0-9a-z]{3}.ccp4.gz ... 電子密度マップデータ。PDBID中2文字ごとにサブディレクトリで分割して格納されている。
[emnavi]
- data ... EM Navigator で使用しているデータ。
[family]
[mine]
旧版PDBj Mineのデータベースダンプファイルなどがあります。旧版データの更新は2014年12月10日で終了しています。
新版PDBj Mineのデータベースデータについては次の"mine2"ディレクトリからご利用下さい。
[mine2]
現行版PDBj Mine のデータベースダンプファイルなどがあります。- mine2.dump ... PDBj Mine データベース全体を1つのファイルにダンプしたファイル
- split/mine2.{aa,ab...} ... PDBj Mineデータベース全体を100MBごとに分割してダンプしたファイル群
- weekly/mine2_update_yyyymd.sql.gz ... PDBj Mine データベースのyyyy年m月d日の増分。
- readme.txt ... PDBj Mineデータベースをローカルインストールする方法について記しています。
- keywords.txt
- update.json
- sifts ... このディレクトリでは、PDBeで開発されているSIFTSのデータをPDBj Mine2関係データベースに統合するためのSQLとシェルのスクリプトを提供しています。
[mmCIF]
mmCIFファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/mmCIF/ にある内容と同じです。mmCIFフォーマットの定義内容については http://mmcif.pdbj.org/ をご覧下さい。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/mmcif/100d.cif.gz
[model]
現在、PDBのメインデータ領域に格納しているデータは実験で決定された構造のみであり、理論モデルは除外されています。このディレクトリにはその除外された理論モデル構造のPDBファイルが保管されています。
- 例:PDBID 163dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/model/pdb163d.ent.gz
[nmr]
NMR restraintファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints/ にある内容と同じです。
- 例:PDBID 108dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/nmr/108d.mr.gz
[nmr_chemical_shifts]
NMRで解かれた構造の化学シフト情報ファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/nmr_chemical_shifts/ にある内容と同じです。
- 例:PDBID 2l7eの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/nmr_chemical_shifts/2l7e_cs.str.gz
[nmr_v2]
NMR restraint version 2ファイルです。/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints_v2/ にある内容と同じです。
- 例:PDBID 108dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/nmr_v2/108d_mr.str.gz
[pdb]
PDBフォーマットファイルです。gzip形式で圧縮されています。/pub/pdb/data/structures/all/pdb にある内容と同じです。PDBフォーマットの書式については http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html をご覧下さい。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/pdb/pdb100d.ent.gz
[pdb_h]
オリジナルのPDBフォーマットファイルから座標情報部分を取り除いたものです。gzip形式で圧縮されています。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/pdb_h/pdb100d.ent.gz
[pdb_nc]
gzip圧縮されていないオリジナルのPDBフォーマットファイルです。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/pdb_nc/pdb100d.ent
[structure_factors]
オリジナルの構造因子ファイルがあります。/pub/pdb/data/structures/all/structure_factors/ にある内容と同じです。
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/structure_factors/r100dsf.ent.gz
[prd]
[prdcc]
[pub/emdb]
wwPDB各局(wwPDB, RCSB PDB, PDBe and PDBj)共通コンテンツのEMDBアーカイブデータdoc
obsoleted
structures
[pub/pdb]
wwPDB各局(wwPDB, RCSB PDB, PDBe and PDBj)共通コンテンツのPDBアーカイブデータcompatible/pdb_bundle
巨大構造エントリーは、旧来から利用されているPDBフォーマットでは原子数や鎖数を扱い切れないため、 多くの旧来からあるソフトウェアが処理できるようにするため、複数のPDBフォーマットファイルに変換したファイル群が提供されています。このディレクトリには、複数の著者、引用文献の詳細、座標データ等、巨大構造に対して”可能な範囲で表現された(best-effort, minimal)”制限付きPDBフォーマットファイル(群)と 巨大構造の鎖名と制限付きPDBフォーマット中の鎖名の対応付けを記載したマッピングファイルを1つにまとめて圧縮した、PDB bundleファイルが置かれています。
各エントリーのPDB bundleファイルは、PDB IDの2文字(2文字目と3文字目)を名前にもつディレクトリに分類されています。
例えば、1ABCのPDB bundleファイルは、/pdb/compatible/pdb_bundle/ab/1abc/というディレクトリに公開されています。
PDB bundleファイルは、gzip フォーマットで圧縮されています。(例:1abc-pdb-bundle.tar.gz)
data
biounit
bird
component-models
monomers
- components.cif 化合物辞書に登録されている全エントリーの構造データを一つにつなげたmmCIFファイルです。
- components.cif.gz 前項をgzip圧縮したものです。
- components_iupac.cif 化合物辞書に登録されている全エントリーの構造データを一つにつなげたmmCIFファイルです。
- components_iupac.cif.gz 前項をgzip圧縮したものです。
status
structures
原子座標などの構造データです。
all
各データがそれぞれgzip圧縮され、全てのエントリーが一つのディレクトリに格納されています。
-
XML
PDBMLファイル(gzip圧縮)
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/XML/100d.xml.gz
-
XML-extatom
PDBMLファイル(gzip圧縮、座標情報のみ)
-
XML-noatom
PDBMLファイル(gzip圧縮、座標情報以外のみ)
-
mmCIF
mmCIFファイル(gzip圧縮)
- 例:PDBID 100dの場合
- ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/all/mmCIF/100d.cif.gz
-
nmr_chemical_shifts
NMR化学シフト情報ファイル(gzip圧縮)
-
nmr_restraints
NMR restraintファイル(gzip圧縮)
-
nmr_restraints_v2
NMR restraintバージョン2ファイル(gzip圧縮)
-
pdb
PDBフォーマットファイル(gzip圧縮)
-
structure_factors
構造因子ファイル(gzip圧縮)
-
XML
divided
各データはgzip圧縮され、PDBIDの真ん中2文字(2,3文字目)ごとにディレクトリを分けて格納されています。データはallにあるものと同一です。
-
XML
PDBMLファイル(gzip圧縮)
-
XML-extatom
PDBMLファイル(gzip圧縮、座標情報のみ)
-
XML-noatom
PDBMLファイル(gzip圧縮、座標情報以外のみ)
-
mmCIF
mmCIFファイル(gzip圧縮)
-
nmr_chemical_shifts
NMR化学シフト情報ファイル(gzip圧縮)
-
nmr_restraints
NMR restraintファイル(gzip圧縮)
-
nmr_restraints_v2
NMR restraintバージョン2ファイル(gzip圧縮)
-
pdb
PDBフォーマットファイル(gzip圧縮)
-
structure_factors
構造因子ファイル(gzip圧縮)
-
XML
models
obsolete
廃止されたエントリーのデータです。
-
XML ... PDBMLファイル(全データ、gzip圧縮)
-
mmCIF ... mmCIF形式のファイル(gzip圧縮)
-
nmr_restraints ... NMR restraintファイル
-
pdb…PDB形式のファイル(gzip圧縮)
-
structure_factors…構造因子ファイル(gzip圧縮)
-
derived_data
doc
software
validation_reports
全てのX線結晶構造についての検証レポートファイル群。
各エントリーのファイル群は、PDB IDの2文字(2文字目と3文字目)を名前にもつディレクトリに分類されています。
例えば、1ABCのレポートは、/pdb/validation_reports/ab/1abc/というディレクトリ以下で公開されています。
ファイルは全て、gzip フォーマットで圧縮されています。
各エントリーごとに、5種類のファイルが公開されています。
- 標準版のwwPDB検証レポート(PDF) (例:1abc_validation.pdf.gz)
- 完全版のwwPDB検証レポート(PDF) (例:1abc_full_validation.pdf.gz)
- 全体的な品質を表す画像(PNG) (例:1abc_multipercentile_validation.png.gz)
- 全体的な品質を表す画像(SVG) (例:1abc_multipercentile_validation.svg.gz)
- 全ての診断を含むXML形式ファイル (XML) (例:1abc_validation.xml.gz)
status
毎週の更新で新規追加、更新、廃止・他のIDへの置換が行われたエントリーの情報が書かれたテキストファイル群が置かれています。
- obsolete.dat
-
これまでに廃止または他のIDへの置換が行われたエントリーの一覧が以下に示すような PDBフォーマットに似た固定長の書式で記載されています。
LIST OF OBSOLETE COORDINATE ENTRIES AND SUCCESSORS OBSLTE 31-JUL-94 116L 216L OBSLTE 15-APR-98 125D 1AW6 OBSLTE 20-SEP-99 14PS 1QJB OBSLTE 30-OCT-78 151C 251C OBSLTE 15-JAN-91 156B 256B OBSLTE 08-JUL-08 179L OBSLTE 07-DEC-04 1A0V 1Y46 OBSLTE 07-DEC-04 1A0W 1Y4F OBSLTE 07-DEC-04 1A0X 1Y4G ...
2行目以降についての詳細な仕様は以下の通りです。
列 内容 例 1-6 データ種識別子。「OBSLTE」固定 OBSLTE 11-19 更新年月日。[日付2桁]-[3文字月名]-[西暦下2桁] 31-JUL-94 21-24 更新・廃止対象エントリーのPDBID 116L 30-33 置換後のPDBID。廃止時は記入されない 216L - [yyyymmdd]ディレクトリ
-
yyyy年mm月dd日(yyyyは西暦4桁、mmは月2桁、ddは日2桁)の更新で追加、更新、廃止または置換されたエントリーのPDBIDを1行に1つずつ記した以下のファイル群が置かれています。
ファイル名 内容 added.pdb 新たに追加されたエントリーのPDBID added.sf 新たに構造因子(Structure Factor)情報ファイルが追加されたエントリーのPDBID added.nmr 新たにNMR距離制限情報ファイルが追加されたエントリーのPDBID added.cs 新たに化学シフト(Chemical Shift)情報ファイルが追加されたエントリーのPDBID added.models 新たに追加された理論モデルエントリーのPDBID※ modified.pdb 情報が更新されたエントリーのPDBID modified.sf 構造因子(Structure Factor)情報ファイルが更新されたエントリーのPDBID modified.nmr NMR距離制限情報ファイルが更新されたエントリーのPDBID modified.cs 化学シフト(Chemical Shift)情報ファイルが更新されたエントリーのPDBID modified.models 更新された理論モデルエントリーのPDBID※ obsolete.pdb 廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID obsolete.sf 構造因子(Structure Factor)情報ファイルが廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID obsolete.nmr NMR距離制限情報ファイルが廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID obsolete.cs 化学シフト(Chemical Shift)情報ファイルが廃止または別IDのエントリーに置換されたエントリーのPDBID obsolete.models 廃止または別IDのエントリーに置換された理論モデルエントリーのPDBID※ ※現在、理論モデルの新たな受付は行っておらず、既存の理論モデルエントリーもPDBのメインアーカイブからは外されています。 これまでに登録されたすべての理論モデルエントリー一覧はこちらに掲載しています。
- latest
- 最新の更新情報が書かれたディレクトリへのリンク