+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nnv | ||||||||||||||||||
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Title | PD-L1 IgV domain complex with macro-cyclic peptide | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fragment-based screening / Structure-based design / PD-L1 inhibitor / Cancer drug discovery / Immunotherapy | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / transcription coactivator activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Zhao, B. / Perry, E. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Bioorg. Med. Chem. Lett. / Year: 2019 Title: Fragment-based screening of programmed death ligand 1 (PD-L1). Authors: Perry, E. / Mills, J.J. / Zhao, B. / Wang, F. / Sun, Q. / Christov, P.P. / Tarr, J.C. / Rietz, T.A. / Olejniczak, E.T. / Lee, T. / Fesik, S. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nnv.cif.gz | 217.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nnv.ent.gz | 173.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nnv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6nnv_validation.pdf.gz | 497.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6nnv_full_validation.pdf.gz | 506.9 KB | Display | |
Data in XML | 6nnv_validation.xml.gz | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6nnv_validation.cif.gz | 35.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6nm7C 6nm8C 6nojC 6nosC 6np9C 3bikS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14542.585 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 18-134 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: Q9NZQ7 #2: Protein/peptide | Mass: 1853.232 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation Details: 0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 3, 2017 |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→30 Å / Num. obs: 41912 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.149 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→1.96 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Num. unique obs: 2469 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.415 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 92.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BIK Resolution: 1.92→29.099 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / Phase error: 31.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→29.099 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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