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Yorodumi- PDB-6hpr: Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a n... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hpr | ||||||
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Title | Crystal structure of cIAP1 RING domain bound to UbcH5B-Ub and a non-covalent Ub | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / Ubiquitin / E3 / cIAP1 / UbcH5B / ubiquitin ligase | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / regulation of cysteine-type endopeptidase activity / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / CD40 receptor complex / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / XY body / negative regulation of necroptotic process / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of protein monoubiquitination / TNFR1-induced proapoptotic signaling / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / RIPK1-mediated regulated necrosis / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / female gonad development / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / seminiferous tubule development / regulation of cell differentiation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / male meiosis I / necroptotic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / ubiquitin conjugating enzyme activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / neuron projection morphogenesis / canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / ubiquitin ligase complex / energy homeostasis / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / response to cAMP / Glycogen synthesis / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / EGFR downregulation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Patel, A. / Huang, D.T. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2019 Title: Structural insights into non-covalent ubiquitin activation of the cIAP1-UbcH5B∼ubiquitin complex. Authors: Patel, A. / Sibbet, G.J. / Huang, D.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hpr.cif.gz | 162.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hpr.ent.gz | 127.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hpr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hpr_validation.pdf.gz | 440.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6hpr_full_validation.pdf.gz | 440.8 KB | Display | |
Data in XML | 6hpr_validation.xml.gz | 16.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6hpr_validation.cif.gz | 24.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/6hpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/6hpr | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 7305.725 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: cIAP1 residues 556-C with N-terminal GS resulted from TEV cleavage Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BIRC2, API1, MIHB, RNF48 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q13490, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||||||
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#2: Protein | Mass: 8922.141 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Ubiquitin residues 1-76 contains N-terminal GSGGS after TEV cleavage. Chain D Gly76 forms isopeptide linkage with Chain C Lys85. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0CG47 #3: Protein | | Mass: 16781.264 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: UbcH5B residues 1-147. Cys85 is mutated to Lys and forms isopeptide linkage with ubiquitin's Gly76 in chain D. Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 34.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M ammonium fluoride and 15% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 27, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→23.52 Å / Num. obs: 34206 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.74 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.632 / % possible all: 94.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EB6, 3ZNI Resolution: 1.7→23.515 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.46
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→23.515 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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