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- PDB-4wkm: AmpR effector binding domain from Citrobacter freundii bound to U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wkm
タイトルAmpR effector binding domain from Citrobacter freundii bound to UDP-MurNAc-pentapeptide
要素
  • ALA-FGA-API-DAL-DAL
  • LysR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / UDP-MurNAc-pentapeptide
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / N-acetyl-alpha-muramic acid / polypeptide(D) / :
機能・相同性情報
生物種Citrobacter freundii ATCC 8090 = MTCC 1658 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Vadlamani, G. / Reeve, T.M. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Cystic Fibrosis Canada カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The beta-Lactamase Gene Regulator AmpR Is a Tetramer That Recognizes and Binds the d-Ala-d-Ala Motif of Its Repressor UDP-N-acetylmuramic Acid (MurNAc)-pentapeptide.
著者: Vadlamani, G. / Thomas, M.D. / Patel, T.R. / Donald, L.J. / Reeve, T.M. / Stetefeld, J. / Standing, K.G. / Vocadlo, D.J. / Mark, B.L.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Structure summary
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen ...chem_comp / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator
C: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator
G: LysR family transcriptional regulator
H: LysR family transcriptional regulator
I: ALA-FGA-API-DAL-DAL
J: ALA-FGA-API-DAL-DAL
K: ALA-FGA-API-DAL-DAL
L: ALA-FGA-API-DAL-DAL
M: ALA-FGA-API-DAL-DAL
N: ALA-FGA-API-DAL-DAL
O: ALA-FGA-API-DAL-DAL
P: ALA-FGA-API-DAL-DAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,70931
ポリマ－201,71816
非ポリマー2,99115
水18,7901043
1
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator
I: ALA-FGA-API-DAL-DAL
J: ALA-FGA-API-DAL-DAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1087
ポリマ－50,4304
非ポリマー6793
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator
K: ALA-FGA-API-DAL-DAL
L: ALA-FGA-API-DAL-DAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2008
ポリマ－50,4304
非ポリマー7714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator
M: ALA-FGA-API-DAL-DAL
N: ALA-FGA-API-DAL-DAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2008
ポリマ－50,4304
非ポリマー7714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: LysR family transcriptional regulator
H: LysR family transcriptional regulator
O: ALA-FGA-API-DAL-DAL
P: ALA-FGA-API-DAL-DAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2008
ポリマ－50,4304
非ポリマー7714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.700, 183.600, 197.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
LysR family transcriptional regulator


分子量: 24682.244 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii ATCC 8090 = MTCC 1658 (バクテリア)
遺伝子: D186_13659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K8QNC4
#2: Polypeptide(D)
ALA-FGA-API-DAL-DAL


分子量: 532.544 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖
ChemComp-MUB / N-acetyl-alpha-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / N-ACETYLMURAMIC ACID / 2-(アセチルアミノ)-3-O-[(R)-1-カルボキシエチル]-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO8
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1043 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: AmpR-EBD concentration: 4.5 mg/ml, mixed with 5mM UDP-MurNAc-pentapeptide, then crystallized in 10% PEG 3350, 9% glycerol and 100 mM MES pH 6.2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→59.33 Å / Num. obs: 121101 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9pre_1669) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kos

3kos


解像度: 2.15→52.956 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 2722 2.25 %Random
Rwork0.2009 ---
obs0.2022 120936 96.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→52.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12527 0 138 1043 13708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45617734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7024559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.18910.36631330.30986033X-RAY DIFFRACTION95
2.1891-2.23120.35231590.29426249X-RAY DIFFRACTION98
2.2312-2.27680.34781380.2766190X-RAY DIFFRACTION98
2.2768-2.32630.32171390.26096335X-RAY DIFFRACTION98
2.3263-2.38040.30091590.26196193X-RAY DIFFRACTION99
2.3804-2.43990.33041360.24426322X-RAY DIFFRACTION98
2.4399-2.50590.27961440.2376281X-RAY DIFFRACTION98
2.5059-2.57960.24591420.22216216X-RAY DIFFRACTION98
2.5796-2.66290.31471480.21066259X-RAY DIFFRACTION98
2.6629-2.7580.27951530.20446264X-RAY DIFFRACTION98
2.758-2.86850.26811340.21086237X-RAY DIFFRACTION97
2.8685-2.9990.28031440.20946274X-RAY DIFFRACTION97
2.999-3.15710.23561430.20946215X-RAY DIFFRACTION97
3.1571-3.35490.25081450.20226211X-RAY DIFFRACTION97
3.3549-3.61380.26871420.18736198X-RAY DIFFRACTION96
3.6138-3.97740.24461350.17596233X-RAY DIFFRACTION96
3.9774-4.55270.18691500.1516162X-RAY DIFFRACTION95
4.5527-5.73480.19031360.1546195X-RAY DIFFRACTION94
5.7348-52.97160.22331420.19096147X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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