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- PDB-5z4a: Structure of Tailor in complex with AGU RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z4a
タイトルStructure of Tailor in complex with AGU RNA
要素
  • RNA (5'-R(*AP*GP*U)-3')
  • Terminal uridylyltransferase Tailor
キーワードTRANSFERASE/RNA / Terminal uridylyltransferase / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of pre-miRNA processing / positive regulation of miRNA catabolic process / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Terminal uridylyltransferase Tailor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.637 Å
データ登録者Cheng, L. / Li, F. / Jiang, Y. / Yu, H. / Xie, C. / Shi, Y. / Gong, Q.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into a unique preference for 3' terminal guanine of mirtron in Drosophila TUTase tailor.
著者: Cheng, L. / Li, F. / Jiang, Y. / Yu, H. / Xie, C. / Shi, Y. / Gong, Q.
履歴
登録2018年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (5'-R(*AP*GP*U)-3')
A: Terminal uridylyltransferase Tailor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3262
ポリマ－41,3262
非ポリマー00
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.717, 84.944, 148.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*U)-3')


分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: タンパク質 Terminal uridylyltransferase Tailor / TUTase Tailor


分子量: 40390.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Tailor, CG1091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VI58, RNA uridylyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium chloride, 0.1M Tris pH 8.4, 15% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.637→50 Å / Num. obs: 48194 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.601 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.86-1.8910.80.49314420.9480.1490.5150.46393.1
1.89-1.9311.30.48916070.9480.1450.5110.46997.3
1.93-1.9611.70.43115640.9730.1270.4490.4898.7
1.96-212.10.37816100.9740.1110.3940.48299.9
2-2.0512.50.31815930.9790.0930.3320.49100
2.05-2.0912.70.2916060.9870.0840.3030.499100
2.09-2.1512.20.25616180.9880.0760.2670.497100
2.15-2.2112.70.21916080.990.0640.2280.508100
2.21-2.2713.60.19716180.9930.0550.2050.541100
2.27-2.3413.80.17216050.9940.0480.1790.538100
2.34-2.4313.60.15415950.9950.0430.160.56100
2.43-2.5213.70.13816360.9950.0390.1440.562100
2.52-2.6413.40.12116170.9970.0340.1260.597100
2.64-2.7812.60.10316220.9970.030.1080.643100
2.78-2.9513.20.0916340.9980.0260.0940.66999.9
2.95-3.1813.90.08116260.9980.0220.0840.697100
3.18-3.513.60.07116560.9980.020.0730.754100
3.5-4.0112.70.06216610.9980.0180.0650.835100
4.01-5.0513.20.05716560.9980.0160.0590.822100
5.05-5012.30.05517710.9990.0160.0570.79100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NKT

4nkt


解像度: 1.637→49.93 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 2419 5.02 %
Rwork0.1571 --
obs0.1587 48194 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.58 Å2 / Biso mean: 32.491 Å2 / Biso min: 11.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.637→49.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 62 0 243 3134
Biso mean---32.88 -
残基数----354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9794109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059463
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4161822
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6372-1.67060.21061250.19892547267296
1.6706-1.7070.24751540.191426582812100
1.707-1.74670.22541550.184826762831100
1.7467-1.79030.20831400.179826342774100
1.7903-1.83880.20561310.171226792810100
1.8388-1.89290.21781520.175826762828100
1.8929-1.9540.20451350.167326932828100
1.954-2.02380.18661280.162127112839100
2.0238-2.10480.19531300.160326902820100
2.1048-2.20060.1891540.159126632817100
2.2006-2.31660.17661480.156326822830100
2.3166-2.46180.17641430.151326882831100
2.4618-2.65190.18981630.158126952858100
2.6519-2.91870.20151370.157127432880100
2.9187-3.3410.1951430.159627012844100
3.341-4.20890.18121470.140327602907100
4.2089-49.95290.17511340.149928793013100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.9806 Å / Origin y: -25.4418 Å / Origin z: 15.7645 Å
111213212223313233
T0.135 Å2-0.0462 Å2-0.0136 Å2-0.1528 Å2-0.0027 Å2--0.1095 Å2
L1.194 °2-0.0622 °20.0946 °2-0.6168 °2-0.4657 °2--1.5044 °2
S-0.0012 Å °0.1029 Å °0.0023 Å °0.0042 Å °0.0109 Å °0.0202 Å °0.0453 Å °0.0595 Å °-0.005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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