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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z4d | ||||||
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Title | Structure of Tailor in complex with AGUU RNA | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/RNA / Terminal uridylyltransferase / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of miRNA catabolic process / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / pre-miRNA processing / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheng, L. / Li, F. / Jiang, Y. / Yu, H. / Xie, C. / Shi, Y. / Gong, Q. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into a unique preference for 3' terminal guanine of mirtron in Drosophila TUTase tailor. Authors: Cheng, L. / Li, F. / Jiang, Y. / Yu, H. / Xie, C. / Shi, Y. / Gong, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 188.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 443.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5z4aC ![]() 5z4cC ![]() 5z4jC ![]() 5z4mC ![]() 4nktS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 41702.457 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 1241.786 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Lithium chloride, 0.1M Tris pH 8.4, 15% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 13, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 35714 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.657 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NKT Resolution: 1.803→49.82 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 17.35
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.82 Å2 / Biso mean: 34.4815 Å2 / Biso min: 12.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.803→49.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 65.6536 Å / Origin y: 110.3443 Å / Origin z: 15.8729 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |